Molecular dynamics (MD) simulations

Molecular dynamics (MD) simulations are another computational approach that can be used to complement experimental work and build comprehensive models of interactions on the level of molecules and atoms. MD simulations have already been used for several decades to study interactions between proteins in a membrane,(8-14) in particular also for NMR structure refinement.(15) More recently, the introduction of coarse grain (CG) models has made MD a standard approach for investigating the association of components in a membrane,(16, 17) allowing simulations of larger systems and larger time scales. These studies typically report binding to occur within one to several microseconds, after which the formed complexes are found to be stable for the remainder of the simulations, up to 25 μs.(9, 18-20) This observed stability may actually be a concern as it may reflect that the off-rate koff is just too low to allow sufficient sampling in simulations. Indeed, it is known that even simple dimers such as glycophorin A (GpA) take significant time to exchange(21) and long-term atomistic simulations performed on a dedicated machine have recently strengthened this view.(22

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การจำลองโมเลกุล dynamics (MD) มีวิธีคำนวณอื่นที่สามารถใช้ในการเติมเต็มงานทดลอง และสร้างรูปแบบครอบคลุมในระดับโมเลกุลและอะตอมของ MD จำลองแล้วใช้สำหรับหลายทศวรรษที่ผ่านมาจะศึกษาระหว่างโปรตีนในการ membrane,(8-14) โดยเฉพาะยัง NMR โครงสร้างรีไฟน์เมนท์ (15) เมื่อเร็ว ๆ นี้ การแนะนำรุ่นเม็ดหยาบ (CG) ทำ MD วิธีมาตรฐานสำหรับการตรวจสอบความสัมพันธ์ของส่วนประกอบในเมมเบรน, (16, 17) ให้จำลองสถานการณ์ของระบบใหญ่และสมดุลครั้งใหญ่ การศึกษานี้โดยทั่วไปรายงานผูกให้เกิดขึ้นภายในหนึ่งหลาย microseconds หลังจากพบสิ่งอำนวยความสะดวกรูปแบบสภาพที่เหลือของจำลอง ถึง 25 μs (9, 18-20) ตรวจสอบความมั่นคงอาจจะเป็นกังวลอาจสะท้อนได้ว่า koff ปิดอัตราต่ำเกินไปเพียงให้สุ่มตัวอย่างเพียงพอในการจำลอง แน่นอน เป็นที่รู้จักกันว่า dimers ได้ง่ายเช่น glycophorin A (เกรดเฉลี่ย) ใช้เวลาสำคัญ exchange(21) และจำลอง atomistic ระยะยาวที่ดำเนินการบนเครื่องจักรเฉพาะเมื่อเร็ว ๆ นี้มีความเข้มแข็งมุมมองนี้ (22

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเปลี่ยนแปลงระดับโมเลกุล (MD) การจำลองเป็นอีกวิธีการคำนวณที่สามารถใช้เพื่อเติมเต็มประสบการณ์การทำงานและสร้างแบบจำลองที่ครอบคลุมของการมีปฏิสัมพันธ์ในระดับโมเลกุลและอะตอม การจำลองแมรี่แลนด์ได้ถูกนำมาใช้เป็นเวลาหลายทศวรรษที่ผ่านมาเพื่อศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนในเมมเบรน (8-14) โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการปรับแต่งยังโครงสร้าง NMR. (15) เมื่อเร็ว ๆ นี้การเปิดตัวของเมล็ดหยาบ (CG) รุ่นได้ทำ MD วิธีการมาตรฐานในการตรวจสอบความสัมพันธ์ขององค์ประกอบในเมมเบรน, (16, 17) ที่ช่วยให้การจำลองระบบขนาดใหญ่และขนาดใหญ่เวลาชั่งน้ำหนัก การศึกษาเหล่านี้มักจะรายงานผลผูกพันที่จะเกิดขึ้นภายในหนึ่งถึงหลาย microseconds หลังจากที่สลับซับซ้อนที่เกิดขึ้นจะพบว่ามีความเสถียรที่เหลือของแบบจำลองที่ได้ถึง 25 ไมโครวินาที. (9, 18-20) นี้สังเกตความมั่นคงจริงอาจจะกังวล ในขณะที่มันอาจสะท้อนให้เห็นว่า Koff ปิดเป็นเพียงอัตราต่ำเกินไปที่จะอนุญาตให้เพียงพอในการสุ่มตัวอย่างแบบจำลอง อันที่จริงมันก็เป็นที่รู้จักกันว่า dimers ง่ายแม้เช่น glycophorin A (GPA) ใช้เวลาอย่างมีนัยสำคัญในการแลกเปลี่ยน (21) และแบบจำลองละอองในระยะยาวดำเนินการบนเครื่องเฉพาะเมื่อเร็ว ๆ นี้มีความเข้มแข็งมุมมองนี้. (22

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจำลองพลศาสตร์เชิงโมเลกุล ( MD ) เป็นอีกแนวทางที่สามารถใช้คอมพิวเตอร์ช่วยงานทดลองและสร้างครอบคลุมรูปแบบของปฏิสัมพันธ์ในระดับโมเลกุลและอะตอม MD จำลองได้ถูกใช้มานานหลายทศวรรษ เพื่อศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนในเยื่อ ( 8-14 ) โดยเฉพาะยังปรับโครงสร้าง NMR ( 15 ) เมื่อเร็วๆ นี้การแนะนำของเกรนหยาบ ( CG ) รุ่น ทำให้ MD มาตรฐานวิธีการตรวจสอบความสัมพันธ์ขององค์ประกอบในเยื่อ ( 16 , 17 ) อนุญาตให้จำลองของระบบขนาดใหญ่และเครื่องชั่งเวลาขนาดใหญ่ การศึกษาเหล่านี้มักจะรายงานผูกพันเกิดขึ้นภายในหนึ่งถึงหลายไมโครวินาทีหลังจากที่เกิดสารประกอบเชิงซ้อน จะพบว่ามีเสถียรภาพสำหรับส่วนที่เหลือของจำลอง ,ถึง 25 μสหรัฐ ( 9 , 18-20 ) สังเกตความจริงอาจเป็นกังวล มันอาจสะท้อนได้ว่า ออกคะแนน คอฟฟ์เป็นเพียงต่ำเกินไปเพื่อให้เพียงพอตัวอย่างจำลอง . จริงๆแล้ว มันเป็นที่รู้จักกันว่า แม้แต่วิิ เช่น glycophorin ( GPA ) ใช้เวลาที่สำคัญเพื่อแลกเปลี่ยน ( 21 ) และระยะยาวปรมาณูจำลองแสดงบนเครื่องเฉพาะเมื่อเร็ว ๆ นี้ ( 22 มีมุมมองนี้