In the MS-AFLP analysis, polymorphi

In the MS-AFLP analysis, polymorphisms were analyzed by comparing the presence
or absence of bands between two sets of digestion/ligation reactions. Band presence in only
one digestion set and absence in the other set were recorded as methylation polymorphism in
order to eliminate nucleotide polymorphism. The polymorphic bands were scored as binary
data and analyzed using the same procedure as for standard AFLP. From nine primer combinations,
60 methylation polymorphisms were detected. Estimates of the PIC value had a
similar range as the AFLP data ranging from 0.03 to 0.46 with an average of 0.179. Genetic
similarity estimated by Sneath and Sokal (1973) among samples studied was moderately high,
ranging from 0.70 to 1.00. Results from cluster analysis using UPGMA separated 56 samples
into five groups (Figure 1B). The cophenetic correlation coefficient revealed a good fit of
cluster analysis, with a value of r = 0.84 for the dendrogram. The first group comprised only
one sample, the hybrid from Anna21 and E-L23 (JCL23). The second group was all non-toxic
JCL. The third group was mutation-induced JCL (JCL25 and JCL26). The fourth group was
the JCL sample from an area with saline soil (JCL8). The fifth group consisted of the rest of the
samples including mostly Thai and foreign accessions, as well as some mutants and hybrids.
PCA showed the same pattern as the UPGMA tree. Principal components 1, 2 and 3 accounted
for 14.5, 9.06 and 8.40% of the total variation, respectively. MS-AFLP analysis revealed the
alteration in the DNA methylation level among the samples, which possibly was caused by
different environmental effects.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในการวิเคราะห์ MS AFLP, polymorphisms ถูกวิเคราะห์ โดยการเปรียบเทียบสถานะหรือของวงระหว่างสองชุดของปฏิกิริยาย่อยอาหาร/ไข่ แถบสถานะในเท่านั้นย่อยอาหารหนึ่งชุดและการขาดงานในชุดอื่น ๆ ได้รับการบันทึกเป็นโพลิมอร์ฟิซึมปรับในสั่งตัดนิวคลีโอไทด์โพลีมอร์ฟิซึม วง polymorphic ได้คะแนนเป็นไบนารีข้อมูลและการวิเคราะห์โดยใช้กระบวนการเดียวกันกับมาตรฐาน AFLP จากเก้าผสมรองพื้นตรวจพบ polymorphisms ปรับ 60 มีการประเมินค่ารูปภาพเป็นช่วงที่คล้ายกันเป็นข้อมูล AFLP ตั้งแต่ 0.03 0.46 โดยเฉลี่ย 0.179 ทางพันธุกรรมคล้ายประมาณ Sneath และ Sokal (1973) จากตัวอย่างที่ศึกษาได้ค่อนข้างสูงตั้งแต่ 0.70 ถึง 1.00 ผลจากการวิเคราะห์คลัสเตอร์ที่ใช้ UPGMA คั่นตัวอย่าง 56เป็น 5 กลุ่ม (รูปที่ 1B) พอดีของการเปิดเผยของสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ copheneticคลัสเตอร์การวิเคราะห์ มีค่า r = 0.84 สำหรับ dendrogram กลุ่มแรกประกอบด้วยเท่านั้นตัวอย่างหนึ่ง ไฮบริ Anna21 และ E-L23 (JCL23) กลุ่มที่สองมีทั้งพิษJCL กลุ่มที่สามเป็น JCL เกิดการกลายพันธุ์ (JCL25 และ JCL26) กลุ่มสี่ตัวอย่าง JCL จากพื้นที่ด้วย saline ดิน (JCL8) กลุ่ม 5 ประกอบด้วยส่วนเหลือของการตัวอย่างส่วนใหญ่ไทย และต่างประเทศ accessions ตลอดจนบางสายพันธุ์ และลูกผสมPCA พบรูปแบบเดียวกันเป็นต้น UPGMA คิดเป็นส่วนประกอบหลัก 1, 2 และ 314.5, 9.06 และ 8.40% ของความแปรปรวนทั้งหมด ตามลำดับ การวิเคราะห์ MS AFLP ที่เปิดเผยตัวแก้ไขในระดับปรับดีเอ็นเอระหว่างตัวอย่าง ซึ่งอาจมีสาเหตุมาจากผลกระทบสิ่งแวดล้อมแตกต่างกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ใน MS-AFLP การวิเคราะห์ความหลากหลายที่ได้มาวิเคราะห์โดยการเปรียบเทียบการแสดงตน
หรือไม่มีของวงระหว่างสองชุดของการย่อยอาหาร / ปฏิกิริยา ligation การปรากฏตัวของวงดนตรีในเวลาเพียง
หนึ่งในการย่อยอาหารและการขาดการตั้งค่าในชุดอื่น ๆ ที่ถูกบันทึกไว้เป็นความแตกต่างใน methylation
เพื่อขจัดความแตกต่างเบื่อหน่าย วง polymorphic ถูกยิงเป็น binary
ข้อมูลและการวิเคราะห์โดยใช้ขั้นตอนเดียวกันกับการ AFLP มาตรฐาน จากเก้าผสมรองพื้น,
60 ความหลากหลาย methylation ถูกตรวจพบ การประเมินมูลค่า PIC มี
ช่วงที่คล้ายกันเป็นข้อมูล AFLP ตั้งแต่ 0.03-0.46 มีค่าเฉลี่ย 0.179 พันธุกรรม
คล้ายคลึงกันประมาณโดย Sneath และ Sokal (1973) ในกลุ่มตัวอย่างที่ศึกษาอยู่ในระดับสูงปานกลาง
ตั้งแต่ 0.70-1.00 ผลลัพธ์ที่ได้จากการวิเคราะห์กลุ่มโดยใช้ UPGMA แยก 56 ตัวอย่าง
เป็นห้ากลุ่ม (รูปที่ 1B) ค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ cophenetic เปิดเผยแบบที่ดีของ
การวิเคราะห์กลุ่มที่มีค่าของ r = 0.84 สำหรับ dendrogram กลุ่มแรกประกอบด้วยเพียง
หนึ่งตัวอย่างไฮบริดจาก Anna21 และ E-L23 (JCL23) กลุ่มที่สองคือทั้งหมดที่ปลอดสารพิษ
JCL กลุ่มที่สามคือการกลายพันธุ์เกิด JCL (JCL25 และ JCL26) กลุ่มที่สี่เป็น
ตัวอย่าง JCL จากพื้นที่ที่มีดินเค็ม (JCL8) กลุ่มที่ห้าประกอบด้วยส่วนที่เหลือของ
กลุ่มตัวอย่างส่วนใหญ่รวมทั้งสายไทยและต่างประเทศเช่นเดียวกับการกลายพันธุ์และลูกผสม.
PCA แสดงให้เห็นรูปแบบเดียวกับต้นไม้ UPGMA องค์ประกอบหลักที่ 1, 2 และ 3 คิดเป็นสัดส่วน
14.5, 9.06 และ 8.40% ของการเปลี่ยนแปลงทั้งหมดตามลำดับ การวิเคราะห์ MS-AFLP พบ
การเปลี่ยนแปลงในระดับดีเอ็นเอ methylation ในตัวอย่างซึ่งอาจมีสาเหตุมาจาก
ผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมที่แตกต่างกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ในการวิเคราะห์ ms-aflp ล , วิเคราะห์โดยการเปรียบเทียบตน
หรือขาดวงระหว่างสองชุดของปฏิกิริยาการย่อย / Ligation . การแสดงวงดนตรีในเพียงหนึ่งชุด และขาด
การย่อยอาหารในชุดอื่น ๆที่ถูกบันทึกไว้เป็น polymorphism เมทิลเลชั่นใน
เพื่อขจัดนิวคลีโอไทด์ ) . วงที่มีคะแนนเป็นไบนารี
วิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้วิธีการเช่นเดียวกับเทคนิคมาตรฐาน จากเก้าผสมรองพื้น
60 จากความหลากหลาย , พบ . การประเมินค่า PIC มี
ช่วงที่คล้ายกับ AFLP ข้อมูลตั้งแต่ 0.03 0.46 โดยเฉลี่ย 0.179 . ความเหมือนทางพันธุกรรม
โดยประมาณ และสเนท Sokal ( 1973 ) ของตัวอย่างสูงปานกลาง
ตั้งแต่ 0.70 ถึง 1.00ผลจากการวิเคราะห์กลุ่ม ใช้วิธีแยก 56 ตัวอย่าง
ออกเป็น 5 กลุ่ม ( รูปที่ 1A ) ค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ cophenetic พบพอดีของ
การวิเคราะห์กลุ่มที่มีค่า r = 0.84 สำหรับพันธุกรรม . กลุ่มแรกประกอบด้วยเพียง
ตัวอย่างหนึ่งและลูกผสมจาก anna21 e-l23 ( jcl23 ) กลุ่มที่สองมีทั้งหมดปลอดสารพิษ
JCL .กลุ่มที่สามคือการกลายพันธุ์ที่เกิด JCL ( jcl25 และ jcl26 ) กลุ่มที่สี่คือ
JCL ตัวอย่างจากบริเวณที่มีดินเค็ม ( jcl8 ) กลุ่มที่ 5 ประกอบด้วยส่วนที่เหลือของ
ตัวอย่างรวมทั้งส่วนใหญ่สายพันธุ์ไทยและต่างประเทศ รวมทั้งบางสายพันธุ์และลูกผสม .
PCA พบรูปแบบเดียวกับต้นไม้ UPGMA . องค์ประกอบหลักที่ 1 , 2 และ 3 เป็นระดับ 6
สำหรับ , และ 8 .40 % ของการเปลี่ยนแปลงทั้งหมด ตามลำดับ การวิเคราะห์ ms-aflp เปิดเผย
แก้ไขในระดับของดีเอ็นเอจากตัวอย่างซึ่งอาจจะเกิดจากผลด้านสิ่งแวดล้อมที่แตกต่างกัน