3.1.1. Molecular evidence Ammonium

3.1.1. Molecular evidence Ammonium was previously shown to degrade in the subsurface of a treatment wetland at metabolically significant levels (Powell,2010). The same study also indicated the potential to couple the ammonium oxidation to TCE biodegradation by aerobic cometabolism in shallow vegetated subsurface. Of interest then was the question of whether ammonium-oxidizing bacteria (AOB) are present in association with wetland plant roots in the shallow subsurface.Two approaches were used to gather evidence of AOB presence and activity. The molecular biology approach yielded evidence based on DNA presence. PCR primers were chosen to target the gene encoding the a-subunit of the amoA enzyme (Junier et al., 2008; Park et al., 2008). PCR results demonstrated that amoA gene was present in DNA extracts from the reactors described above(Fig. S1 in SM). As expected, an abundance of the amoA target gene was present in the three live microcosms at both sampling times,while no amoA was detected in the triplicate control microcosms.This provides substantial evidence that AOB were present in live microcosms and inhibited in control microcosms, as intended. A similar approach was taken by Bollmann and Laanbroek (2001),who amplified 16S rDNA from ammonium-oxidizing bacteria cultures,and followed PCR with other techniques to quantify the diversity and microbial community structure. In the present study,techniques other than PCR were not employed since determining the presence or absence of the amoA gene was the desired outcome.By targeting the functional gene (amoA) responsible for ammonium oxidation rather than 16S, as is often done, the results could be relied upon to positively demonstrate the presence of ammonium oxidizers.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.1.1 หลักฐานที่โมเลกุลแอมโมเนียก่อนหน้านี้มีแสดงการใน subsurface ของพื้นที่ชุ่มน้ำรักษา metabolically สำคัญระดับ (พาวเวล 2010) การศึกษาเดียวกันยังระบุศักยภาพการคู่การออกซิเดชันของแอมโมเนียกับ TCE biodegradation โดย cometabolism แอโรบิกในน้ำตื้น subsurface ปลูกพืช น่าสนใจแล้วมีคำถามที่ว่ารับอิเล็กตรอนแอมโมเนียแบคทีเรีย (AOB) อยู่กับรากพืชพื้นที่ชุ่มน้ำในตื้น subsurface วิธีที่สองถูกใช้เพื่อรวบรวมหลักฐานอยู่ AOB และกิจกรรม วิธีอณูชีววิทยาหาหลักฐานตามสถานะดีเอ็นเอ ไพรเมอร์ PCR ได้เลือกเป้าหมายยีนที่เข้ารหัสที่เป็นย่อยของเอนไซม์ amoA (Junier et al., 2008 สวนร้อยเอ็ด al., 2008) ผล PCR แสดงยีน amoA ที่มีในสารสกัดดีเอ็นเอจากเตาปฏิกรณ์ที่อธิบายข้างต้น (ฟิก S1 ใน SM) ตามที่คาดไว้ ความอุดมสมบูรณ์ของยีนเป้าหมาย amoA อยู่อยู่ใน microcosms สดสามทั้งสุ่มเวลา ขณะที่ amoA ไม่พบใน microcosms triplicate ควบคุม นี้มีหลักฐานพบว่า AOB แสดงใน microcosms สด และห้ามในการควบคุม microcosms ตามที่ตั้งใจไว้ วิธีการคล้ายกันถูกนำ โดย Bollmann และ Laanbroek (2001), ผู้ที่ขยาย 16S rDNA จากวัฒนธรรมรับอิเล็กตรอนแอมโมเนียแบคทีเรีย และตาม PCR กับเทคนิคอื่น ๆ ในการกำหนดปริมาณความหลากหลายและโครงสร้างชุมชนจุลินทรีย์ ในการศึกษาปัจจุบัน เทคนิคไม่ใช่ PCR ไม่ได้จ้างตั้งแต่กำหนดสถานะ หรือของยีน amoA ถูกต้องผลลัพธ์ โดยกำหนดเป้าหมายการทำงานยีน (amoA) รับผิดชอบการออกซิเดชันของแอมโมเนียมากกว่า 16S เป็นมักทำ ผลลัพธ์อาจจะอาศัยเมื่อแสดงให้เห็นถึงสถานะของแอมโมเนีย oxidizers บวก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.1.1 หลักฐานโมเลกุลแอมโมเนียมก็แสดงให้เห็นก่อนหน้านี้ในการย่อยสลายในดินของพื้นที่ชุ่มน้ำการรักษาในระดับที่มีนัยสำคัญเมตาบอลิ (พาวเวล, 2010) การศึกษาเดียวกันยังชี้ให้เห็นศักยภาพที่จะคู่ออกซิเดชันแอมโมเนียมในการย่อยสลายทางชีวภาพ TCE โดย cometabolism แอโรบิกในดินปลูกพืชตื้น ที่น่าสนใจนั้นก็คือค​​ำถามที่ว่าแบคทีเรียแอมโมเนียมออกซิไดซ์ (AOB) ที่มีอยู่ในการเชื่อมโยงกับรากพืชในพื้นที่ชุ่มน้ำในแนวทาง subsurface.Two ตื้นถูกนำมาใช้ในการรวบรวมหลักฐานของการแสดงตน AOB และกิจกรรม วิธีการทางอณูชีววิทยา yielded หลักฐานอยู่บนพื้นฐานของการแสดงตนของดีเอ็นเอ ไพรเมอร์พีซีอาร์ได้รับการแต่งตั้งในการกำหนดเป้​​าหมายยีน-subunit ของเอนไซม์ AMOA (Junier et al, 2008;.. สวน et al, 2008) ผล PCR แสดงให้เห็นว่ายีนพิพิธภัณฑ์ศิลปะในปัจจุบันคือสารสกัดดีเอ็นเอจากเครื่องปฏิกรณ์ที่อธิบายข้างต้น (รูป. S1 ในเอสเอ็ม) เป็นที่คาดหวังความอุดมสมบูรณ์ของยีนเป้าหมาย AMOA ถูกนำเสนอในสามจุลภาคสดที่ทั้งสองครั้งสุ่มตัวอย่างในขณะที่ไม่มี AMOA ถูกตรวจพบใน microcosms.This ควบคุมเพิ่มขึ้นสามเท่ามีหลักฐานมากมายที่ AOB อยู่ในปัจจุบันในระบบนิเวศน์จำลองชีวิตและการยับยั้งในระบบนิเวศน์จำลองการควบคุม ตามที่ตั้งใจไว้ วิธีการคล้ายถูกยึดครองโดย Bollmann และ Laanbroek (2001) ที่ขยาย 16S rDNA จากแบคทีเรียแอมโมเนียมออกซิไดซ์วัฒนธรรมและตาม PCR กับเทคนิคอื่น ๆ ที่จะหาจำนวนความหลากหลายและโครงสร้างชุมชนจุลินทรีย์ ในการศึกษาปัจจุบันเทคนิคอื่น ๆ กว่า PCR ไม่ได้ถูกจ้างมาตั้งแต่การกำหนดมีหรือไม่มียีน AMOA เป็นที่ต้องการ outcome.By การกำหนดเป้​​าหมายการทำงานของยีน (พิพิธภัณฑ์ศิลปะ) รับผิดชอบในการออกซิเดชั่แอมโมเนียมากกว่า 16S เป็นมักจะทำผล อาจจะมีการพึ่งพาการบวกแสดงให้เห็นถึงการปรากฏตัวของแอมโมเนียมออกซิไดเซอร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.1.1 . แอมโมเนียม หลักฐานโมเลกุลก่อนหน้านี้แสดงให้ลดลงในระดับของการรักษาพื้นที่ชุ่มน้ำที่สำคัญระดับ metabolically ( Powell , 2010 ) การศึกษาเดียวกันพบศักยภาพคู่แอมโมเนียมในการย่อยสลายด้วยการแอโรบิก โคเมตาบอลิซึมในตื้น vegetated ดินสนใจ แล้วมีคำถามว่า แอมโมเนีย แบคทีเรียที่ออกซิไดส์ ( บัณฑิตวิทยาลัย ) ที่มีอยู่ในความสัมพันธ์กับระบบรากพืชในดินตื้น สองวิธีได้แก่การรวบรวมหลักฐานของกิจกรรมการแสดงและบัณฑิตวิทยาลัย . วิธีการทางชีววิทยาระดับโมเลกุล ( DNA โดยการแสดงหลักฐานPCR ไพรเมอร์ถูกเลือกเป็นเป้าหมายของ a-subunit ของ amoa เอนไซม์การเข้ารหัส ( จูเนียร์ et al . , 2008 ; ปาร์ค et al . , 2008 ) ผล PCR พบยีนที่ amoa อยู่ในดีเอ็นเอที่สกัดมาจากเตาปฏิกรณ์ที่อธิบายข้างต้น ( ภาพที่ S1 ใน SM ) ตามที่คาดไว้ , ความอุดมสมบูรณ์ของ amoa เป้าหมายยีนอยู่ในทั้งสามอยู่ microcosms ทั้ง 2 ครั้งในขณะที่ไม่ amoa ที่ตรวจพบใน microcosms ควบคุมทำสำเนาสามฉบับนี้มีหลักฐานสําคัญที่ aob อยู่ microcosms อยู่และยับยั้งใน microcosms ควบคุมตามที่ตั้งใจไว้ คล้ายๆ ถ่ายโดย bollmann และ laanbroek ( 2001 ) ที่ขยาย 16S rDNA จากเชื้อแบคทีเรียออกซิไดซ์แอมโมเนียวัฒนธรรม ,และตาม PCR กับเทคนิคอื่น ๆที่มีความหลากหลายและโครงสร้างชุมชนจุลินทรีย์ ในการศึกษาได้ใช้เทคนิคอื่นมากกว่า PCR เนื่องจากการกําหนดการแสดงตนหรือขาดของ amoa ยีนผลที่ต้องการ โดยเป้าหมายการทำงานของยีน ( amoa ) รับผิดชอบแอมโมเนียออกซิเดชันมากกว่า ( ที่มักจะทำผลลัพธ์สามารถอาศัยเมื่อบวกแสดงให้เห็นการ oxidizers แอมโมเนีย