As noted above, the design of the s

As noted above, the design of the six-helix bundle is simple,10,11 but the design of the eighthelix
bundle is somewhat more complex. The theoretical diameter of the inner cavity is 3.2 nm
when the helices are placed on the edges of regular octagon. We gave higher priority to the
two-fold symmetric nature of the 8HB to achieve self-assembly from two 4HB molecules, and
correspondingly lower priority to distributing the inner angles evenly. Consequently, we used
rather different angles from those of a regular octagon (135°) for each dihedral angle. In helix
I, for example, four crossover points from the left in Figure 1a are placed 16 nucleotides (32/21
turn, assuming 10.5 nucleotide pairs/turn), 26 nucleotides (52/21 turn), and 16 nucleotides
apart, respectively. As a result, helix I is connected to helix II and another helix I, and the
theoretical dihedral angle between DX motifs of I/II and I/I is ca. 171°. Similarly, the theoretical
dihedral angles at helix II and III are ca. 154° (15 nucleotides = 10/7 turn) and 120° (14
nucleotides = 4/3 turn), respectively. These angles are calculated on the assumption that all the
crossovers are on the straight lines that connect adjacent helix axes. In the actual 8HB
molecules, however, some of these crossovers are expected to be off the lines as a consequence
of strain on the helices. Figure S3a shows proposed structures of the dimers of arched fourhelix
bundle capable of binding to itself only at Point A (8HB-A) or at Point B (8HB-B). There
is no collision in the theoretical structure of 8HB-A, thus each helix in this motif is expected
to be placed just according to the calculated dihedral angles to form a widely open eight-helix
bundle. On the other hand, there is an improbable overlapping of helices I due to dihedral angles
at helices III and IV that are too small. As a result, 8HB-B may be under strain to resolve this
overlap. The closed circular 8HB molecule has both of the above features, and the cross-section

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตามที่ระบุไว้ข้างต้นการออกแบบของกำหกใบหูเป็นเรื่องง่าย 10,11 แต่การออกแบบของ eighthelix กำ
ค่อนข้างซับซ้อนมากขึ้น เส้นผ่าศูนย์กลางทฤษฎีของช่องภายในคือ 3.2 นาโนเมตร
เมื่อเอนริเก้จะถูกวางไว้บนขอบของรูปแปดเหลี่ยมปกติ เราให้ความสำคัญที่สูงขึ้นเพื่อ
สมมาตรธรรมชาติสองเท่าของ 8HB เพื่อให้บรรลุตนเองประกอบจากสองโมเลกุล 4HB และ
ลำดับความสำคัญลดลงคล้าย ๆ กันกระจายมุมภายในอย่างสม่ำเสมอ ดังนั้นเราจะใช้มุมที่แตกต่างค่อนข้าง
จากพวกแปดเหลี่ยมปกติ (135 °) สำหรับมุมไดฮีดรัแต่ละ ในส่วนที่เป็นเกลียว
ผมยกตัวอย่างเช่นสี่จุดครอสโอเวอร์จากซ้ายในรูปที่ 1a จะถูกวางไว้ 16 นิวคลีโอ (32/21 เปิด
สมมติว่า 10.5 คู่เบื่อหน่าย / เปิด) 26 นิวคลีโอ (เปิด 52/21) และ 16 นิวคลีโอ
นอกเหนือ ,ตามลำดับ เป็นผลให้ส่วนที่เป็นเกลียวผมจะเชื่อมต่อกับส่วนที่เป็นเกลียวที่สองและส่วนที่เป็นเกลียวผมอื่นและมุมไดฮีดรั
ทฤษฎีระหว่างลวดลาย DX ของ i / ii และฉัน / ผมเป็นรัฐแคลิฟอร์เนีย 171 ° ในทำนองเดียวกันมุมไดฮีดรั
ทฤษฎีที่เป็นเกลียว ii และ iii เป็นแคลิฟอร์เนีย 154 ° (15 นิวคลีโอ = เปิด 10/7) และ 120 ° (14
นิวคลีโอ = เลี้ยว 4/3) ตามลำดับ มุมเหล่านี้จะถูกคำนวณบนสมมติฐานว่าทุกคน
ไขว้อยู่บนเส้นตรงที่เชื่อมต่อแกนเกลียวที่อยู่ติดกัน ในโมเลกุลที่เกิดขึ้นจริง
8HB แต่บางส่วนของไขว้เหล่านี้คาดว่าจะปิดเส้นเป็น
ผลมาจากความเครียดในเอนริเก้ ตัวเลขที่แสดงให้เห็นถึงโครงสร้าง S3A เสนอของ dimers ของ fourhelix โค้ง
กำความสามารถในการจับกับตัวเองเพียงคนเดียวที่จุด (8HB-) หรือที่จุด b (8HB-B) มี
คือการปะทะกันไม่อยู่ในโครงสร้างทางทฤษฎีของ 8HB-จึงเป็นเกลียวในแม่ลายนี้แต่ละคนจะคาดหวัง
จะอยู่เพียงแค่ตามที่คำนวณมุมไดฮีดรัแบบเปิดอย่างกว้างขวางแปดเกลียวมัด
บนมืออื่น ๆ ที่มีความน่าจะเป็นที่ทับซ้อนกันของเอนริเก้ผมเนื่องจากมุมไดฮีดรั
ที่เอนริเก้ iii และ iv ที่มีขนาดเล็กเกินไป เป็นผลให้ 8HB b-อาจจะเป็นภายใต้ความเครียดที่จะแก้ปัญหาการทับซ้อน
นี้ปิดโมเลกุล 8HB วงกลมทั้งสองมีคุณสมบัติข้างต้นและตัดขวาง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ตามที่กล่าวข้างต้น การออกแบบของกลุ่ม 6 เกลียวจะง่าย 10, 11 แต่การออกแบบของ eighthelix
กลุ่มจะค่อนข้างซับซ้อน เส้นผ่าศูนย์กลางทฤษฎีของโพรงภายในมี 3.2 nm
เมื่อ helices จะวางอยู่บนขอบของรูปแปดเหลี่ยมปกติ เราให้ความสำคัญสูงกับการ
สองพับลักษณะสมมาตรของ 8HB เพื่อให้บรรลุ self-assembly จากสอง 4HB โมเลกุล และ
จำนวน ลดลงไปกระจายมุมภายในเท่ากัน ดังนั้น เราใช้
มุมค่อนข้างแตกต่างจากของรูปแปดเหลี่ยมปกติ (135°) สำหรับแต่ละมุม dihedral ในเกลียว
ฉัน เช่น ไขว้โฟร์จากซ้ายในรูปที่ 1a อยู่ 16 นิวคลีโอไทด์ (32/21
เปิด สมมติว่านิวคลีโอไทด์ 10.5 คู่/เปิด), นิวคลีโอไทด์ 26 (52/21 เปิด), และนิวคลีโอไทด์ที่ 16
อพาร์ท ตามลำดับ ดัง เกลียวฉันจะเชื่อมต่อกับเกลียว II และเกลียวอื่น และ
มุม dihedral ทฤษฎีระหว่างลง DX ของผม / II และผม/ฉันเป็น ca. 171° ทฤษฎี
มุม dihedral ที่เกลียว II และ III ได้ ca 154 องศา (นิวคลีโอไทด์ที่ 15 = 10/7 เปิด) และ 120° (14
นิวคลีโอไทด์ =เปิด 4/3), ตามลำดับ มุมนี้จะคำนวณจากสมมติฐานที่ทั้งหมด
crossovers อยู่บนเส้นตรงที่เชื่อมต่อติดกันเกลียวแกน ใน 8HB จริง
โมเลกุล อย่างไรก็ตาม บาง crossovers เหล่านี้คาดว่าจะปิดบรรทัดผล
ของ helices จะต้องใช้ S3a รูปแสดงโครงสร้างการนำเสนอของ dimers ของมน fourhelix
กลุ่มสามารถผูกตัวเองเฉพาะจุด (8HB-A) หรือ ที่จุด B (8HB-B) มี
จะไม่ชนกันในโครงสร้างทฤษฎีของ 8HB A ดังนั้นแต่ละเกลียวในแปลนนี้คาด
ไปวางตามมุม dihedral คำนวณเพื่อเปิดแปดเกลียวเพียง
กลุ่ม ในทางกลับกัน มีการ improbable ซ้อนของ helices ฉันจากมุม dihedral
ที่ helices III และ IV ที่มีขนาดเล็กเกินไป ดังนั้น 8HB B อาจอยู่ภายใต้ต้องใช้การแก้ปัญหานี้
ซ้อนกันได้ โมเลกุล 8HB ปิดวงกลมมีทั้งคุณลักษณะข้างต้น และระหว่างส่วน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ดังที่กล่าวไว้ข้างต้นการออกแบบของกลุ่มหก - Helix มี simple, 10,11 แต่มีการออกแบบของ eighthelix
ซึ่งจะช่วยกลุ่มที่ค่อนข้างจะมีความซับซ้อนมากขึ้น เส้นผ่านศูนย์กลางทางทฤษฎีที่ด้านในของช่องที่มี 3.2 nm
เมื่อวงก้นหอยตั้งอยู่บนขอบของแปดเหลี่ยมเป็นประจำ เราจะให้ลำดับความสำคัญสูงกว่ากับ
สองเท่าที่ธรรมชาติสมมาตร 8 HB ที่จะทำให้ตัวเอง - ชุดจากสอง 4 โมเลกุลของ HB และ
ลำดับความสำคัญต่ำตามไปด้วยเพื่อการกระจายมุมด้านในได้อย่างทั่วถึง ดังนั้นเราจึงใช้มุม
ค่อนข้างแตกต่างจากปกติแปดเหลี่ยม( 135 ° C )สำหรับมุม dihedral แต่ละ Helix
ซึ่งจะช่วยในการยกตัวอย่างเช่นครอสโอเวอร์สี่จุดจากทางซ้ายในรูปที่ 1 ที่ได้รับการวาง 16 กว้างขวาง( 32/21
เปิดสันนิษฐานว่า 10.5 nucleotide คู่/ปิด) 26 กว้างขวาง(เปิด 52/21 )และ 16 กว้างขวาง
แยกออกจากกันตามลำดับ. เป็นผลให้ฉัน Helix มีการเชื่อมต่อไปยัง Helix II และฉัน Helix อื่นและมุม dihedral ทางทฤษฎีที่
ระหว่างความโดดเด่นตามแบบ DX ของ I / II และผม/ฉันเป็นไม่ 171 ° ในทำนองเดียวกันมุม
dihedral ในทางทฤษฎีที่ Helix II และ III เป็นไม่ 154 °( 15 กว้างขวาง=เปิด 10/7 )และ 120 °( 14
กว้างขวาง=เปิด 4/3 )ตามลำดับ. มุมนี้จะถูกคำนวณบนสมมติฐานว่าทั้งหมดที่
ตามมาตรฐานเป็นอนาล็อกอยู่บนสายตรงที่เชื่อมต่อขวาน Helix อยู่ใกล้กับ ในโมเลกุลของ 8 HB
ซึ่งจะช่วยได้จริงแต่เป็นอนาล็อกเหล่านี้บางรุ่นเป็นคาดว่าจะปิดการส่งผลให้
ซึ่งจะช่วยในการดึงวงก้นหอยที่ รูปที่ 3 แสดงที่เสนอโครงสร้างของ dimers ของทรงโค้ง fourhelix
กลุ่มสามารถมีผลผูกพันในตัวของมันเองเท่านั้นที่จุดที่( 8 HB - a )หรือที่จุด B ( 8 HB - b ) ไม่มี
ตามมาตรฐานไม่มีการเกิดอุบัติเหตุเช่นในโครงสร้างเชิงทฤษฎีของ 8 HB - จึง Helix แต่ละตัวในลักษณะของความโดดเด่นแห่งนี้คาดว่าจะมี
ซึ่งจะช่วยในการนำไปวางไว้เพียงตามมุม dihedral คำนวณให้อยู่ในรูปแบบอย่างกว้างขวางเปิดให้บริการแปด Helix
กลุ่ม อีกด้านหนึ่งที่มีซ้อนกันไม่น่าจะเป็นไปได้ที่ในวงก้นหอยผมเนื่องจากมุม dihedral
ที่ III และ IV วงก้นหอยที่มีขนาดเล็กเกินไป เป็นผลให้ HB 8 - B อาจอยู่ ภายใต้ ความเมื่อยล้า
ซึ่งจะช่วยในการแก้ไขปัญหานี้สองส่วนทับซ้อนกันพอดีวงกลมปิดที่ 8 โมเลกุล HB มีทั้งในความโดดเด่นด้านบนและข้ามมาตราที่