The primary difference between MSA

The primary difference between MSA and previous multiple alignment programs is its capability to align more than three sequences using an explicitly defined measure of overall alignment quality. The default measure used by MSA considers some replacements more costly than others and penalizes for gaps in a manner reflecting the fact that a single mutational event can insert or delete several residues (14, 25). With pairwise alignment costs so defined, MSA computes a multiple alignment that minimizes the sum of the pairwise costs, weighting the pairs using information derived from an evolutionary tree. This approach is most effective in aligning sequences that share a global, but perhaps quite distant, relationship. Other methods may be more appropriate for the analysis of the statistical significance of sequence similarities (8), detection of sequence motifs or consensus sequences (3, 9, 22), or aligning large numbers of sequences (17-21). Although MSA will not always produce alignments in such good agreement with structural super positions as seen here, we believe it can be a powerful sequence analysis tool for molecular biologists.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ความแตกต่างหลักระหว่าง MSA และก่อนหน้าหลายโปรแกรมจัดเป็นความสามารถของตำแหน่งมากกว่าสามลำดับที่ใช้วัดคุณภาพโดยรวมของตำแหน่งที่กำหนดไว้อย่างชัดเจน วัดเริ่มต้นที่ใช้ โดย MSA พิจารณาแทนบางค่าใช้จ่ายสูงกว่าผู้อื่น และ penalizes สำหรับช่องว่างในลักษณะสะท้อนความจริงที่ว่า เป็นเหตุการณ์ mutational เดียวสามารถแทรก หรือลบตกค้างหลาย (14, 25) ด้วยต้นทุนตำแหน่งแพร์ไวส์จึง กำหนด MSA จะจัดหลายที่ผลรวมของต้นทุนแพร์ไวส์ ช่วยลดน้ำหนักคู่โดยใช้ข้อมูลจากแผนภูมิการวิวัฒนาการ วิธีการนี้มีประสิทธิภาพสูงสุดในตำแหน่งลำดับที่ร่วมความสัมพันธ์สากล แต่บางทีค่อนข้าง ไกล ต่าง ๆ ได้ที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ที่นัยสำคัญทางสถิติของลำดับความเหมือน (8), ตรวจความลำดับ หรือมติลำดับ (3, 9, 22), หรือตำแหน่งใหญ่หมายเลขลำดับ (17-21) แม้ว่า MSA จะไม่เสมอผลิตจัดแนวในข้อตกลงดังกล่าวดีกับซุปเปอร์ตำแหน่งโครงสร้างมองเห็นได้ เราเชื่อว่า มันสามารถเป็นเครื่องมือวิเคราะห์ลำดับมีประสิทธิภาพสำหรับ biologists โมเลกุล

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความแตกต่างหลักระหว่าง MSA และก่อนหน้านี้โปรแกรมการจัดตำแหน่งหลายความสามารถในการจัดกว่าสามลำดับโดยใช้ตัวชี้วัดที่กำหนดไว้อย่างชัดเจนของการจัดตำแหน่งที่มีคุณภาพโดยรวม วัดเริ่มต้นที่ใช้โดย MSA พิจารณาเปลี่ยนบางส่วนค่าใช้จ่ายมากขึ้นกว่าคนอื่น ๆ และ penalizes สำหรับช่องว่างในลักษณะที่สะท้อนให้เห็นถึงความจริงที่ว่าเหตุการณ์ mutational เดียวสามารถแทรกหรือลบตกค้างหลายคน (14, 25) ด้วยค่าใช้จ่ายในการจัดตำแหน่งจากจำนวนที่กำหนดไว้ดังนั้น MSA คำนวณการจัดตำแหน่งหลายตัวที่ช่วยลดผลรวมของค่าใช้จ่ายคู่, น้ำหนักคู่โดยใช้ข้อมูลที่ได้มาจากต้นไม้วิวัฒนาการ วิธีนี้เป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพมากที่สุดในการจัดตำแหน่งลำดับที่ใช้ร่วมกันทั่วโลก แต่บางทีอาจจะค่อนข้างห่างไกลความสัมพันธ์ วิธีการอื่น ๆ ที่อาจจะเหมาะสมกว่าสำหรับการวิเคราะห์นัยสำคัญทางสถิติของความคล้ายคลึงกันตามลำดับ (8), การตรวจสอบของลวดลายลำดับหรือลำดับฉันทามติ (3, 9, 22) หรือการจัดตำแหน่งจำนวนมากของลำดับ (17-21) แม้ว่า MSA จะไม่เคยผลิตการจัดแนวในสัญญาที่ดีดังกล่าวกับตำแหน่งซุปเปอร์โครงสร้างเท่าที่เห็นที่นี่เราเชื่อว่ามันสามารถเป็นเครื่องมือการวิเคราะห์ลำดับที่มีประสิทธิภาพสำหรับนักชีววิทยาโมเลกุล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความแตกต่างหลักระหว่าง MSA และก่อนหน้านี้ หลายโปรแกรมมีความสามารถในการจัดมากกว่าสามลำดับการใช้อย่างชัดเจนกำหนดแนวการวัดคุณภาพโดยรวมเริ่มต้นที่ใช้โดยบางวัด MSA พิจารณาเปลี่ยนค่าใช้จ่ายมากขึ้นกว่าคนอื่น ๆ และ penalizes สำหรับช่องว่างในลักษณะที่สะท้อนให้เห็นถึงข้อเท็จจริงที่ว่า เดียวซึ่งเปลี่ยนแปลงเหตุการณ์สามารถแทรกหรือลบตกค้างหลาย ( 14 , 25 ) กับคู่จัดค่าใช้จ่ายเพื่อคำนวณกำหนด , MSA หลายตำแหน่งที่ลดผลรวมของต้นทุนคู่ ,น้ำหนักคู่โดยใช้ข้อมูลที่ได้จากต้นไม้วิวัฒนาการ วิธีการนี้มีประสิทธิภาพมากที่สุดในการจัดเรียงลำดับที่ใช้ทั่วโลก แต่อาจจะค่อนข้างห่างไกลกัน วิธีการอื่น ๆอาจจะเหมาะสมมากขึ้นสำหรับการวิเคราะห์ทางสถิติของความคล้ายคลึงกันของลำดับ ( 8 ) การตรวจหาลำดับหรือแบบเอกฉันท์ดังนี้ 3 , 9 , 22 )หรือการจัดเรียงตัวเลขขนาดใหญ่ของลำดับ ( 17-21 ) แม้ว่าจะไม่พยายามสร้างแนวร่วมในคลิปดังกล่าวมีความสอดคล้องกับโครงสร้างตำแหน่งสุดเท่าที่เห็นมา เราเชื่อว่า มันสามารถเป็นเครื่องมือในการวิเคราะห์สำหรับนักชีววิทยาระดับโมเลกุลที่มีประสิทธิภาพลำดับ .