The human gastrointestinal tract ha

The human gastrointestinal tract harbors a diverse community
of microorganisms which include a large number of mainly
anaerobic bacteria. These have largely been studied by plate
count analysis of fecal samples, which usually contain 1010 to
1011 CFU per g (9, 13, 29). One of the limitations in using
conventional microbiological methods is that only easily cultivable
organisms are counted. Bacteria which have obligate
interactions with the host or other microorganisms, or which
require unknown growth conditions, will not be selected this
way. Estimates of culturability of bacteria in the gastrointestinal
tract vary from 10 to 50% (16, 20, 37). Other limitations of
cultivation include the selectivity of the medium used, the
stress imposed by cultivation procedures, and the necessity of
strictly anoxic conditions. As a consequence, insight into the
interaction between the host and the microbial community,
and into the influence of environmental factors on microbial
composition, is still lacking.
This decade has shown an explosive development in the
application of molecular techniques based on 16S and 23S
rRNA to the study of microbial diversity in ecosystems (reviewed
in references 1 and 32). So far, the rRNA approach has
been used only incidentally to study human intestinal microbial
ecology, and only specific groups of bacteria, such as Bifidobacterium
and Lactobacillus, have been studied (16, 19). In addition,
PCR has been used to quantify specific groups of bacteria
in human feces (35), and random cloning approaches have
been used to analyze the microbial diversity of feces from one
individual (37). Although these studies report significant information
on specific bacteria and specific individuals, the approaches
are time-consuming, expensive, and unsuitable for
characterizing complex microbial communities. Methods such
as denaturing gradient gel electrophoresis (10) or temperature
gradient gel electrophoresis (TGGE) (28) have been developed
to analyze microbial communities rapidly, based on sequence-specific
separation of 16S rDNA amplicons (8, 22).
The aim of the present study was to use molecular approaches
to describe the bacterial diversity in human fecal samples and
to investigate to what extent this diversity is affected by the
host. We analyzed PCR-amplified V6 to V8 regions of 16S
rRNA (23) by TGGE to describe the diversity of the predominant
bacteria in fecal samples. Since the ratio of 16S ribosomal
DNA (rDNA) and rRNA is dependent on cellular activity (33),
we compared TGGE patterns derived from 16S rRNA and
rDNA amplicons. Finally, to gain insight into the phylogenetic
positions of the most prominent bacteria, we prepared a 16S
rDNA clone library and sequenced clones corresponding to

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ชุมชนหลากหลาย harbors มนุษย์ระบบทางเดินจุลินทรีย์ซึ่งมีเป็นจำนวนมากส่วนใหญ่แบคทีเรียไม่ใช้ออกซิเจน เหล่านี้มีส่วนใหญ่แล้วศึกษา ด้วยแผ่นวิเคราะห์อย่าง fecal ซึ่งมักจะประกอบด้วย 1010 การนับ1011 CFU ต่อกรัม (9, 13, 29) ข้อจำกัดในการใช้อย่างใดอย่างหนึ่งวิธีทางจุลชีววิทยาทั่วไปจะได้ cultivable เท่านั้นสิ่งมีชีวิตจะถูกนับ แบคทีเรียที่มี obligateโต้ตอบกับโฮสต์ หรือจุลินทรีย์อื่น ๆ หรือที่ต้องเติบโตไม่ทราบเงื่อนไข จะไม่เลือกนี้วิธีการ Culturability ของแบคทีเรียในระบบการประเมินทางเดินอาหารแตกต่างกันจาก 10 ถึง 50% (16, 20, 37) ข้อจำกัดอื่น ๆ ของเพาะปลูกรวมถึงวิธีการของสื่อที่ใช้ การความเครียดที่กำหนด โดยวิธีการเพาะปลูก การสภาวะ anoxic อย่างเคร่งครัด เป็นสัจจะ ความเข้าใจในการปฏิสัมพันธ์ระหว่าง host และชุมชนจุลินทรีย์และ เป็นอิทธิพลของปัจจัยแวดล้อมในจุลินทรีย์ยังมีการขาดองค์ประกอบทศวรรษนี้ได้แสดงให้เห็นการพัฒนาระเบิดในการประยุกต์ใช้เทคนิคโมเลกุล 16S และ 23SrRNA ในการศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพจุลินทรีย์ในระบบนิเวศ (ทบทวนในการอ้างอิง 1 และ 32) ไกล มีวิธี rRNAการใช้เพียงบังเอิญเรียนมนุษย์ลำไส้จุลินทรีย์นิเวศวิทยา และเฉพาะกลุ่มแบคทีเรีย เช่น Bifidobacteriumและแลคโต บาซิลลัส มีการศึกษา (16, 19) นอกจากนี้PCR ถูกใช้เพื่อกำหนดปริมาณของแบคทีเรียกลุ่มในอุจจาระของมนุษย์ (35), และสุ่มโคลนแนวทางได้การใช้การวิเคราะห์ความหลากหลายของอุจจาระจากจุลินทรีย์บุคคล (37) แม้ว่าการศึกษานี้รายงานข้อมูลที่สำคัญในเฉพาะแบคทีเรีย และการ วิธีการเวลา ราคาแพง และไม่เหมาะสมกับกำหนดลักษณะชุมชนซับซ้อนจุลินทรีย์ วิธีดังกล่าวเป็นการไล่ระดับสี denaturing เจ electrophoresis (10) หรืออุณหภูมิelectrophoresis เจลไล่ระดับสี (TGGE) (28) ได้รับการพัฒนาการวิเคราะห์จุลินทรีย์ ชุมชนอย่างรวดเร็ว ตามลำดับเฉพาะแยกของ 16S rDNA amplicons (8, 22)จุดมุ่งหมายของการศึกษาปัจจุบันมีการ ใช้แนวทางโมเลกุลเพื่ออธิบายความหลากหลายทางชีวภาพแบคทีเรียในตัวอย่าง fecal มนุษย์ และการตรวจสอบขอบเขตความหลากหลายนี้เป็นผลจากการไม่ไกล เราวิเคราะห์ V6 PCR ขยายไปยังภูมิภาค V8 ของ 16SrRNA (23) โดย TGGE เพื่ออธิบายความหลากหลายของการกันแบคทีเรียในตัวอย่าง fecal เนื่องจากอัตราส่วนของ ribosomal 16Sดีเอ็นเอ (rDNA) และ rRNA จะขึ้นอยู่กับกิจกรรมโทรศัพท์มือถือ (33),เราเปรียบเทียบรูปแบบ TGGE มา 16S rRNA และrDNA amplicons ในที่สุด การเข้าใจในการ phylogeneticตำแหน่งงานของแบคทีเรียที่สุด เราเตรียมการ 16SrDNA โคลนไลบรารีและโคลนตามลำดับสอดคล้องกับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ระบบทางเดินอาหารของมนุษย์สถิตอยู่เป็นชุมชนที่มีความหลากหลายของเชื้อจุลินทรีย์ซึ่งรวมถึงจำนวนมากส่วนใหญ่เป็นแบคทีเรีย เหล่านี้ส่วนใหญ่ได้รับการศึกษาโดยจานวิเคราะห์นับจากตัวอย่างอุจจาระซึ่งมักจะมีที่จะ 1010 1011 CFU ต่อกรัม (9, 13, 29) หนึ่งในข้อ จำกัด ในการใช้วิธีการทางจุลชีววิทยาแบบเดิมคือการที่เพาะปลูกได้อย่างง่ายดายเพียงสิ่งมีชีวิตที่มีการนับ แบคทีเรียที่มีภาระการสื่อสารกับโฮสต์หรือจุลินทรีย์อื่น ๆ หรือที่จำเป็นต้องมีการเจริญเติบโตที่ไม่รู้จักเงื่อนไขจะไม่ได้รับการคัดเลือกนี้ทาง การประเมิน culturability ของแบคทีเรียในระบบทางเดินอาหารทางเดินที่แตกต่างกัน 10-50% (16, 20, 37) ข้อ จำกัด อื่น ๆ ของการเพาะปลูกรวมถึงการเลือกของสื่อที่ใช้ในการความเครียดที่กำหนดโดยวิธีการเพาะปลูกและความจำเป็นของสภาพซิกอย่างเคร่งครัด เป็นผลให้ข้อมูลเชิงลึกในการทำงานร่วมกันระหว่างโฮสต์และชุมชนจุลินทรีย์และเข้าสู่อิทธิพลของปัจจัยสิ่งแวดล้อมจุลินทรีย์องค์ประกอบยังขาด. ทศวรรษที่ผ่านมานี้ได้แสดงให้เห็นถึงการพัฒนาระเบิดในการประยุกต์ใช้เทคนิคโมเลกุลขึ้นอยู่กับ 16S และ 23S rRNA การศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์ในระบบนิเวศ (สอบทานในการอ้างอิงที่1 และ 32) เพื่อให้ห่างไกล rRNA วิธีการได้ถูกนำมาใช้เพียงบังเอิญในการศึกษาจุลินทรีย์ในลำไส้ของมนุษย์นิเวศวิทยาและกลุ่มเฉพาะของแบคทีเรียเช่นBifidobacterium และแลคโตบาซิลลัสได้รับการศึกษา (16, 19) นอกจากนี้วิธี PCR มีการใช้ที่จะหาจำนวนเฉพาะกลุ่มของเชื้อแบคทีเรียในอุจจาระของมนุษย์(35) และวิธีการสุ่มโคลนได้ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์อุจจาระจากที่หนึ่งของแต่ละบุคคล(37) ถึงแม้ว่าการศึกษาเหล่านี้รายงานข้อมูลที่สำคัญเกี่ยวกับแบคทีเรียที่เฉพาะเจาะจงและบุคคลเฉพาะแนวทางเป็นเวลานานราคาแพงและไม่เหมาะสมสำหรับการพัฒนาการกลุ่มจุลินทรีย์ที่มีความซับซ้อน วิธีการดังกล่าวเป็น denaturing ลาดข่าวคราว (10) หรืออุณหภูมิลาดข่าวคราว(TGGE) (28) ได้รับการพัฒนาในการวิเคราะห์ชุมชนจุลินทรีย์อย่างรวดเร็วตามลำดับโดยเฉพาะการแยกของ16S rDNA amplicons (8, 22). จุดมุ่งหมายของการที่ การศึกษาครั้งนี้คือการใช้วิธีการโมเลกุลที่จะอธิบายความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียในตัวอย่างอุจจาระของมนุษย์และการตรวจสอบสิ่งที่ขอบเขตความหลากหลายนี้ได้รับผลกระทบโดยเจ้าภาพ เราวิเคราะห์ V6 PCR-V8 เพื่อขยายภูมิภาคของ 16S rRNA (23) โดย TGGE เพื่ออธิบายความหลากหลายของเด่นแบคทีเรียในอุจจาระ เนื่องจากอัตราส่วนของ 16S โซมอลดีเอ็นเอ(rDNA) และ rRNA จะขึ้นอยู่กับกิจกรรมที่โทรศัพท์มือถือ (33), เราเมื่อเทียบกับรูปแบบ TGGE มาจาก 16S rRNA และrDNA amplicons สุดท้ายที่จะได้รับข้อมูลเชิงลึกในสายวิวัฒนาการตำแหน่งของแบคทีเรียที่โดดเด่นที่สุดเราเตรียม 16S rDNA ห้องสมุดโคลนและโคลนติดใจที่สอดคล้องกับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ระบบทางเดินอาหารของมนุษย์ท่าเรือชุมชน
ของจุลินทรีย์ซึ่งรวมถึงจำนวนมากส่วนใหญ่
แอโรบิคแบคทีเรีย เหล่านี้ส่วนใหญ่ได้ถูกศึกษา โดยการวิเคราะห์นับจาน
ตัวอย่างอุจจาระซึ่งมักจะประกอบด้วย 1010 CFU ต่อ

ชั้น G ( 9 , 13 , 29 ) หนึ่งในข้อ จำกัด ในการใช้วิธีทางจุลชีววิทยาทั่วไป
เป็นแค่สิ่งมีชีวิตเพาะปลูก
ได้อย่างง่ายดายจะนับแบคทีเรียซึ่งมีข้อผูกมัด
ปฏิสัมพันธ์กับโฮสต์หรือจุลินทรีย์อื่น ๆหรือเงื่อนไขการเจริญเติบโตซึ่ง
ต้องไม่รู้จัก จะไม่เลือกวิธีนี้
. ประมาณการของ culturability ของแบคทีเรียในทางเดินอาหาร
แตกต่างจาก 10 ถึง 50 % ( 16 , 20 , 37 ) ข้อ จำกัด อื่น ๆรวมถึงการปลูก
ของตัวกลางที่ใช้ กำหนด โดยขั้นตอนการเพาะปลูก
ความเครียด ,และความจำเป็นของ
สภาพถังอย่างเคร่งครัด เป็นผลให้ลึกลงไป
ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโฮสต์และชุมชนจุลินทรีย์
และอิทธิพลของปัจจัยสิ่งแวดล้อมต่อจุลินทรีย์ที่ยังขาดองค์ประกอบ
.
ทศวรรษนี้ได้แสดงการพัฒนาระเบิดใน
การประยุกต์ใช้โมเลกุล ( เทคนิคตาม และ 23s
สร้างขึ้นเพื่อการศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์ในระบบนิเวศ ( อ่าน
ในการอ้างอิง 1 และ 32 ) ดังนั้นไกล , rRNA โดยได้ถูกใช้เพื่อศึกษาเท่านั้น อนึ่ง

นิเวศวิทยาจุลินทรีย์ในลำไส้ของมนุษย์ และเฉพาะกลุ่ม อาทิ แบคทีเรีย แลคโตบาซิลัส และบิฟิโดแบคทีเรีย
ได้เรียน ( 16 , 19 ) นอกจากนี้วิธี PCR ได้ถูกใช้เพื่อวัด

เฉพาะกลุ่มของแบคทีเรียในอุจจาระของมนุษย์ ( 35 )การโคลนนิ่งและวิธีการได้
ถูกใช้เพื่อวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์ในอุจจาระจาก
บุคคล ( 37 ) ถึงแม้ว่าการศึกษานี้รายงานข้อมูลทางสถิติ และแบคทีเรีย
เฉพาะเจาะจงเฉพาะบุคคล แนวทาง
จะใช้เวลานาน ราคาแพง และไม่เหมาะสมกับ
ลักษณะประชากรจุลินทรีย์ที่ซับซ้อน วิธีการดังกล่าว
ที่ี่ลาด gel electrophoresis ( 10 ) หรืออุณหภูมิ
ลาด gel electrophoresis ( tgge ) ( 28 ) ได้รับการพัฒนา
วิเคราะห์ชุมชนจุลินทรีย์อย่างรวดเร็วตามลำดับเฉพาะ
แยกของ 16S rDNA amplicons ( 8 , 22 ) .
จุดมุ่งหมายของการศึกษาคือการใช้โมเลกุลวิธี
อธิบายถึงความหลากหลายของแบคทีเรียในตัวอย่างอุจจาระของมนุษย์และ
เพื่อศึกษาระดับความหลากหลายนี้ได้รับผลกระทบโดย
โฮสต์ เราวิเคราะห์ดีเอ็นเอ amplified V6 V8 ภูมิภาคของ 16S rRNA เพื่อ
( 23 ) โดย tgge อธิบายถึงความหลากหลายของแบคทีเรียโดด
ในตัวอย่างอุจจาระ . เนื่องจากอัตราส่วนของ 16S ไรโบโซมอล
ดีเอ็นเอ ( rDNA ) และสร้างขึ้นจะขึ้นอยู่กับกิจกรรมเซลลูลาร์ ( 33 ) ,
เราเทียบ tgge รูปแบบมาจากเบส 16S rRNA และ
amplicons ด้วย . ในที่สุดเพื่อเพิ่มความเข้าใจในตำแหน่งต่างๆ
ของแบคทีเรียที่โดดเด่นที่สุดที่เราเตรียมใช้
ด้วยโคลนและโคลนยีนที่ห้องสมุด