Protein bands observed in SDS-PAGE

Protein bands observed in SDS-PAGE were carefully excised and
subjected to in-gel trypsin digestion according to Shevchenko and
colleagues (Shevchenko et al., 2006). Nano-LC MS/MS analyses were
performed as already described (Pallotta et al., 2013). Data were
searched against the National Center for Biotechnology Information
nonredundant database (NCBInr, Version 20150127) using computer
software (Mascot, in-house version 2.2, Matrix Science, London,
UK) with the following constraints: taxonomy ¼ Viridiplantae;
enzyme ¼ trypsin; missed cleavage ¼ 1; peptide and fragment mass
tolerance ¼ ±0.3 Da; fixed modifications ¼ carbamidomethyl (Cys);
variable modifications ¼ Oxidation (Met); Gln- > pyro-Glu (N-term
Q), Glu- > pyro-Glu (N-term E). For positive identification, the score
of the result of [e10  Log(P)] had to be over the significance
threshold level (p < 0.05).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แถบโปรตีนที่พบในองค์กรหน้าถูก excised อย่างระมัดระวัง และการย่อยอาหารทริปซินตามเชฟเชนโคในเจล และเพื่อนร่วมงาน (เชฟเชนโคและ al., 2006) นาโน-LC MS/MS วิเคราะห์ได้ทำเป็นแล้วอธิบาย (Pallotta et al., 2013) ข้อมูลได้ค้นหาข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพกับศูนย์แห่งชาติฐานข้อมูล nonredundant (NCBInr รุ่น 20150127) โดยใช้คอมพิวเตอร์ซอฟต์แวร์ (แมสคอท บริการรุ่น 2.2 เมตริกซ์วิทยาศาสตร์ ลอนดอนสหราชอาณาจักร) มีข้อจำกัดต่อไปนี้: ระบบ¼ Viridiplantae¼ของเอนไซม์ทริปซิน ปริพลาด¼ 1 เพปไทด์และส่วนรวมยอมรับ¼ ±0.3 ดา แก้ไขถาวร¼ carbamidomethyl (Cys);ปรับเปลี่ยนตัวแปร¼ออกซิเดชัน (Met); Gln - > pyro Glu (เงื่อนไข NQ) Glu - > pyro Glu (ระยะ N E) สำหรับรหัสบวก คะแนนหนึ่ง [e10 Log(P)] มีความสำคัญไประดับขีดจำกัด (p < 0.05)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วงดนตรีที่โปรตีนสังเกตใน SDS-PAGE
ถูกตัดอย่างระมัดระวังและภายใต้การในการย่อยอาหารเจtrypsin ตาม Shevchenko
และเพื่อนร่วมงาน(Shevchenko et al., 2006) Nano-LC MS / MS
วิเคราะห์ถูกดำเนินการตามที่อธิบายไว้แล้ว(Pallotta et al., 2013) ข้อมูลการสืบค้นกับศูนย์แห่งชาติสำหรับข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพฐานข้อมูลnonredundant (NCBInr รุ่น 20150127) โดยใช้เครื่องคอมพิวเตอร์ซอฟแวร์(Mascot รุ่นในบ้าน 2.2 เมทริกซ์วิทยาศาสตร์ลอนดอนสหราชอาณาจักร) ที่มีข้อ จำกัด ต่อไปนี้: อนุกรมวิธาน¼ Viridiplantae; เอนไซม์ trypsin ¼; พลาดแตกแยก¼ 1; เปปไทด์และส่วนมวลความอดทน¼± 0.3 ดา; การปรับเปลี่ยนคง¼ carbamidomethyl (Cys) การปรับเปลี่ยนตัวแปร¼ออกซิเดชัน (Met); Gln-> Pyro-Glu (N-ระยะQ) Glu-> Pyro-Glu (N-ระยะ E) สำหรับประชาชนในเชิงบวกคะแนนผลการ [e10 ได้หรือไม่? เข้าสู่ระบบ (P)] จะต้องมากกว่าอย่างมีนัยสำคัญในระดับเกณฑ์(p <0.05)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แถบโปรตีนเอนไซม์ที่ถูกตัดและสังเกตอย่างระมัดระวัง
ภายใต้ในการย่อยอาหารเอนไซม์เจลตามเชฟเชนโก้และ
เพื่อนร่วมงาน ( เชฟเชนโก้ et al . , 2006 ) นาโน LC MS / MS วิเคราะห์ข้อมูลอธิบายไว้แล้ว (
) เช่น พัลล ตา et al . , 2013 ) ค้นหาข้อมูลกับศูนย์เทคโนโลยีชีวภาพ

nonredundant ข้อมูลฐานข้อมูลแห่งชาติ ( ncbinr รุ่น 20150127
) โดยใช้คอมพิวเตอร์ซอฟต์แวร์ ( มาสค็อต ในรุ่น 2.2 เมทริกซ์วิทยาศาสตร์ , ลอนดอน ,
UK ) กับเงื่อนไขต่อไปนี้ : อนุกรมวิธาน¼ viridiplantae ;
¼เอนไซม์เอนไซม์ ; พลาดการ¼ 1 ; เปปไทด์และส่วนมวล
ความอดทน¼± 0.3 ดา ; แก้ไขปรับเปลี่ยน¼ carbamidomethyl ( ภาวะ ) ;
¼ตัวแปรการออกซิเดชัน ( เจอ ) ; gln -- > ไฟ GLU ( n-term
Q ) , -- > ไฟ ( ซึ่งรวมถึง n-term E ) สำหรับการระบุบวกคะแนน
ผลของ [ PCC7942  log ( P ) ] ต้องผ่านเกณฑ์ระดับความสำคัญ
( P < 0.05 )