3.1. Identification of the date pal

3.1. Identification of the date palm seed protein isolates by LC–MS/MS

Over 300 proteins were detected in the DSPC sample by LC–MS/MS. Not all identifications were considered significant (see below). Protein identification was achieved after the MS/MS data were compared to known sequences on the NCBI database, using the Mascot Version 2.4 software (Matrix Science Ltd, UK). This search resulted in 318 hits, each of which corresponding to a unique protein. The protein list was screened to remove any contaminants (e.g. proteins that the database only identified as being found in humans or animals). Since the preparation method for the LC–MS/MS requires digestion of the sample with trypsin, this protein, corresponding to the hit number 1 (i.e. the most abundant protein) is ignored A second protein, keratin (hit number 59), an animal protein found in hair, nails and skin, was also removed as this was considered to be a contaminant. To determine the accuracy of the identification of the remaining proteins, two criteria were used: the MOWSE (molecular weight search) score and the condition that the identification be based on at least two peptides being matched to the predicted peptide map of the protein. MOWSE is a method that aids in identifying proteins based on molecular weight of the peptides formed from proteolytic digestion of the protein sample, by allowing the probability of correct identification of the protein to be calculated. The method was first developed by Pappin, Hojrup, and Bleasby (1993). This method calculates the probability that the peptide has been misidentified during database searching, i.e. the identification is a random event. A low probability (P) of misidentification is required for correct identification. Since it is more common to express a more accurate identification as a higher number, the probability of misidentification is converted to a MOWSE score using the formula,

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.1. รหัสของโปรตีนวันปาล์มเมล็ดแยก โดย LC – MS/MSกว่า 300 โปรตีนพบในตัวอย่าง DSPC โดย LC – MS/MS รหัสไม่ถูกถือว่าเป็นสำคัญ (ดูด้านล่าง) รหัสโปรตีนสำเร็จหลังจากที่ข้อมูล MS/MS ถูกเปรียบเทียบกับลำดับที่รู้จักกันในฐานข้อมูล NCBI ใช้ซอฟต์แวร์เวอร์ชัน 2.4 มิ่งขวัญ (เมทริกซ์วิทยาศาสตร์ จำกัด สหราชอาณาจักร) ผลการค้นหานี้ใน 318 hits แต่ละคนซึ่งสอดคล้องกับโปรตีนเฉพาะ รายการโปรตีนถูกคัดกรองเพื่อกำจัดสิ่งปนเปื้อนใด ๆ (เช่นโปรตีนที่ฐานข้อมูลระบุว่าเป็นการค้นพบในมนุษย์หรือสัตว์เท่านั้น) ตั้งแต่วิธีการเตรียมการ สำหรับ LC – MS/MS ต้องย่อยตัวอย่างด้วยทริปซิน โปรตีนนี้ ที่สอดคล้องกับหมายเลขตี 1 (เช่นโปรตีนสุด) จะถูกละเว้นโปรตีนสอง เครา (ตีหมายเลข 59) โปรตีนสัตว์ที่พบในเส้นผม เล็บ และผิว หนัง ถูกยังเอา ตามนี้ถือว่า เป็นสิ่งปลอมปน เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของรหัสของโปรตีนที่เหลืออยู่ ใช้สองเกณฑ์: คะแนน MOWSE (ค้นหาน้ำหนักโมเลกุล) และเงื่อนไขว่า รหัสอิงกับเปปไทด์น้อยสองตรงแผนที่คาดการณ์เปปไทด์ของโปรตีน MOWSE เป็นวิธีการที่ช่วยในการระบุโปรตีนตามน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์ที่เกิดจากย่อยย่อยโปรตีนตัวอย่างโปรตีน โดยให้ความน่าเป็นรหัสที่ถูกต้องของโปรตีนที่จะคำนวณ วิธีการพัฒนาครั้งแรก โดย Pappin, Hojrup และ Bleasby (1993) วิธีนี้คำนวณความน่าเป็นว่า เปปไทด์ที่ได้รับสถานระหว่างการค้น ฐานข้อมูลเช่นรหัสคือ เหตุการณ์สุ่ม น่าเป็นต่ำ (P) ของยืนยันไม่จำเป็นสำหรับรหัสที่ถูกต้อง เนื่องจากเป็นการแสดงรหัสที่ถูกต้องมากขึ้นเป็นตัวเลขสูงขึ้น ความน่าเป็นการยืนยันจะถูกแปลงเป็นคะแนน MOWSE โดยใช้สูตร

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.1 บัตรประจำตัวของโปรตีนวันเมล็ดปาล์มแยกโดย LC-MS / MS

กว่า 300 โปรตีนถูกตรวจพบในตัวอย่าง DSPC โดย LC-MS / MS ไม่ได้ระบุทั้งหมดได้รับการพิจารณาอย่างมีนัยสำคัญ (ดูด้านล่าง) บ่งชี้โปรตีนก็ประสบความสำเร็จหลังจากที่ข้อมูล MS / MS ถูกเมื่อเทียบกับลำดับที่รู้จักกันบนฐานข้อมูล NCBI ใช้ Mascot รุ่น 2.4 ซอฟแวร์ (Matrix วิทยาศาสตร์ Ltd สหราชอาณาจักร) การค้นหานี้ส่งผลให้ใน 318 เพลงฮิตซึ่งแต่ละที่สอดคล้องกับโปรตีนที่ไม่ซ้ำกัน รายการโปรตีนคือการคัดเลือกที่จะลบสิ่งปนเปื้อนใด ๆ (เช่นโปรตีนที่ฐานข้อมูลระบุว่าถูกพบในมนุษย์หรือสัตว์เท่านั้น) ตั้งแต่วิธีการเตรียมความพร้อมสำหรับ LC-MS / MS ต้องมีการย่อยตัวอย่างด้วย trypsin โปรตีนนี้สอดคล้องกับจำนวนการตี 1 (คือโปรตีนที่มีมากที่สุด) จะถูกละเว้นโปรตีนสองเคราติน (กดหมายเลข 59) สัตว์ โปรตีนที่พบในผม, เล็บและผิวหนังก็ถูกถอดออกเช่นนี้ถือว่าเป็นสารปนเปื้อน เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของบัตรประจำตัวของโปรตีนที่เหลือทั้งสองเกณฑ์ที่ถูกนำมาใช้คือ MOWSE (Search น้ำหนักโมเลกุล) คะแนนและเงื่อนไขที่ว่าประชาชนต้องอยู่บนพื้นฐานอย่างน้อยสองเปปไทด์ที่ถูกจับคู่กับแผนที่ของเปปไทด์ที่คาดการณ์ของโปรตีน MOWSE เป็นวิธีการที่ช่วยในการระบุโปรตีนขึ้นอยู่กับน้ำหนักโมเลกุลของเปปไทด์ที่เกิดขึ้นจากการย่อยโปรตีนของกลุ่มตัวอย่างโปรตีนโดยให้ความน่าจะเป็นของประชาชนที่ถูกต้องของโปรตีนที่จะนำไปคำนวณ วิธีการที่ได้รับการพัฒนาเป็นครั้งแรกโดย Pappin, Hojrup และ Bleasby (1993) วิธีการนี้จะคำนวณความน่าจะเป็นที่เปปไทด์ที่ได้รับการ misidentified ในระหว่างการค้นหาฐานข้อมูลเช่นบัตรประจำตัวเป็นเหตุการณ์สุ่ม ความน่าจะเป็นในระดับต่ำ (P) จากความเข้าใจผิดเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับบัตรประจำตัวที่ถูกต้อง เพราะมันเป็นเรื่องปกติมากขึ้นในการแสดงบัตรประจำตัวที่ถูกต้องมากขึ้นเป็นจำนวนที่สูงขึ้นน่าจะเป็นของการวินิจฉัยจะถูกแปลงเป็นคะแนน MOWSE โดยใช้สูตร

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.1 . การกำหนดวันเมล็ดปาล์มโปรตีนโดย LC MS / MS )กว่า 300 ชนิดถูกตรวจพบในตัวอย่าง dspc โดย LC MS / คุณไม่ทั้งหมดและอะไรบ่งบอก ถือว่าเป็นสถิติ ( ดูด้านล่าง ) การจำแนกโปรตีนเท่ากับหลัง MS / MS ข้อมูลเปรียบเทียบเพื่อรู้จักลำดับบน ncbi ฐานข้อมูลโดยใช้รุ่นมิ่งขวัญ 2.4 ซอฟต์แวร์ ( Ltd เมทริกซ์วิทยาศาสตร์สหราชอาณาจักร ) ค้นหา นี้ส่งผลในตอนนี้ฮิตซึ่งแต่ละสอดคล้องกับโปรตีนที่ไม่ซ้ำกัน รายการโปรตีนฉายเพื่อลบใด ๆที่ปนเปื้อน ( เช่น โปรตีนที่พบในฐานข้อมูลระบุเฉพาะว่าเป็นมนุษย์หรือสัตว์ ) ตั้งแต่วิธีการเตรียม LC MS / MS ซึ่งต้องย่อยตัวอย่างด้วยเอนไซม์ โปรตีนนี้ สอดคล้องกับการกดปุ่มหมายเลข 1 ( คือโปรตีนที่มีมากที่สุด ) จะถูกละเว้นโปรตีนที่สอง , keratin ( กดปุ่มหมายเลข 59 ) , โปรตีนจากสัตว์ที่พบในเส้นผม , เล็บและผิวก็ออกนี้ถือว่าเป็นสิ่งปนเปื้อน เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของรหัสของโปรตีนที่เหลือใช้สองเกณฑ์ : mowse ( ค้นหาโมเลกุล ) คะแนน และเงื่อนไขที่กำหนดตาม อย่างน้อยสองเปปไทด์ถูกจับคู่กับแผนที่คาดการณ์เปปไทด์ของโปรตีน mowse เป็นวิธีที่ช่วยในการระบุโปรตีนขึ้นอยู่กับน้ำหนักโมเลกุลของสารที่เกิดขึ้นจากการย่อยโปรตีนของโปรตีนตัวอย่าง โดยให้ความน่าจะเป็นของรหัสที่ถูกต้องของโปรตีนที่จะถูกคำนวณ . วิธีการที่ถูกพัฒนาครั้งแรกโดย pappin hojrup , และ bleasby ( 1993 ) วิธีนี้จะคำนวณความน่าจะเป็นที่เปปไทด์ได้ถูก misidentified ในการสืบค้นฐานข้อมูล เช่นบัตรประจำตัวประชาชน เป็นเหตุการณ์สุ่ม ความน่าจะเป็นต่ำ ( P ) misidentification ที่ใช้เป็นรหัสที่ถูกต้อง เพราะมันเป็นมากขึ้นทั่วไปแสดงบัตรประจำตัวที่ถูกต้องเป็นตัวเลขสูงกว่าความน่าจะเป็นของ misidentification ถูกแปลงไปเป็น mowse คะแนนโดยใช้สูตร