3. Development of a consensus melon

3. Development of a consensus melon genetic map through map merging The F2 and RIL maps developed herein shared 79 markers in common (44 melon, 34 cucumber, and 1 watermelon),
and were merged to produce a consensus map using the JoinMap 3.0 program. The 132 dominant AFLP and RAPD markers resident on the RIL map were excluded from map integration because they were deemed ineffective for defining cucumber-melon synteny.
These markers tended to clustered on the linkage map, and a number of them showed segregation distortion(data not shown). In contrast to the RIL map, the
323 markers on the F2 map were co-dominant and their order was used as the reference during map merging.The resulting consensus linkage map is presented in Figure 1 and summarized in Table 1. Shared loci (boldface typed) between the F2 and RIL maps are given in Table S3 (Additional File 1).The consensus melon genetic map consisted of 401
co-dominant marker loci positioned in 12 LGs spanning 1,029.0 cM with an average marker interval of 2.6 cM.Among the 12 LGs, LG4 (Chromosome IV) had the longest map length (116.9 cM) followed by LG7 (108.0cM) and LG1 (107.3 cM). In contrast, the length of LG
10 (Chromosome X) was the shortest (62.5 cM). Predictably LG4 possessed the most loci mapped (56) and LG3 (24) the least markers (Table 1). Since marker order of the F2 map was used as the reference during map merging, all loci on the consensus map were colinear with those on the F2 map. Moreover, inconsistencies in marker order were rare resulting in substantial colinearity between the RIL map (Table S2) and the
consensus map (Table S3, Figure 1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. พัฒนาแผนที่พันธุมติแตงผ่านแผนที่รวมแผนที่ F2 และเหลือพัฒนาร่วมกันซึ่งเครื่องหมาย 79 ในทั่วไป (44 แตงโม แตงกวา 34 และแตงโม 1),และถูกรวมในการผลิตแผนที่ช่วยให้ใช้โปรแกรม JoinMap 3.0 132 หลัก AFLP และอาร์เอพีดีเครื่องหมายประจำแผนที่เหลือถูกแยกออกจากแผนที่รวมเนื่องจากพวกเขาได้ถือว่าผลการกำหนด synteny แตงกวาแตงโมเครื่องหมายเหล่านี้มีแนวโน้มจะจับกลุ่มแผนที่เชื่อมโยง และจำนวนของพวกเขาแสดงให้เห็นว่าความผิดเพี้ยนของการแบ่งแยก (ข้อมูลไม่แสดง) ตรงข้ามแผนที่เหลือ การเครื่องหมาย 323 แผนที่ F2 มี dominant ร่วม และลำดับการถูกใช้เป็นการอ้างอิงระหว่างแผนที่ผสานแผนที่เชื่อมโยงช่วยให้ผลลัพธ์ถูกแสดงในรูปที่ 1 และสรุปในตารางที่ 1 Loci (boldface พิมพ์) ที่ใช้ร่วมกันระหว่าง F2 และเหลือ ให้แผนที่ในตาราง S3 (เพิ่มเติมไฟล์ที่ 1)แผนที่พันธุแตงมติประกอบด้วย 401loci dominant ร่วมเครื่องหมายตำแหน่งในแอลจีเอส 12 รัฐ 1,029.0 ซม. มีเครื่องหมายค่าเฉลี่ยช่วงเวลาของ 2.6 cM.Among แอลจีเอส 12, LG4 (โครโมโซม IV) มีความยาวที่สุดแผนที่ยาว (116.9 ซม.) ตาม ด้วย LG7 (108.0 เซนติเมตร) และ LG1 (107.3 ซม.) ในความคมชัด ความยาวของ LG10 (โครโมโซม X) สั้นที่สุด (62.5 ซม.) ได้ ฉาย LG4 ต้องสุด loci แมป (56) และ LG3 (24) อย่างน้อยเครื่องหมาย (ตารางที่ 1) เนื่องจากสั่งเครื่องหมายแผนที่ F2 ถูกใช้เป็นการอ้างอิงระหว่างแผนที่ผสาน loci ทุกแผนที่ช่วยได้ colinear กับแผนที่ F2 นอกจากนี้ ไม่สอดคล้องกันตามลำดับเครื่องหมายถูกใน colinearity พบระหว่างแผนที่เหลือ (ตาราง S2) หายากและแผนที่มติ (S3 ตาราง รูปที่ 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. การพัฒนาแผนที่ทางพันธุกรรมมติแตงผ่านแผนที่รวมแผนที่ F2 และอาร์ไอแอพัฒนาในที่นี้ใช้ร่วมกัน 79 ตัวบ่งชี้ในการร่วมกัน (44 แตงโม, 34 แตงกวาและแตงโม 1)
และถูกรวมในการผลิตแผนที่ฉันทามติโดยใช้โปรแกรม JoinMap 3.0 132 โดดเด่นที่อยู่อาศัย AFLP และดีเอ็นเอเครื่องหมายบนแผนที่อาร์ไอแอได้รับการยกเว้นจากการรวมแผนที่เพราะพวกเขาถือว่าไม่ได้ผลสำหรับการกำหนดแตงกวาแตงโม synteny
เครื่องหมายเหล่านี้มีแนวโน้มที่จะกระจุกตัวบนแผนที่เชื่อมโยงและจำนวนของพวกเขาแสดงให้เห็นความผิดเพี้ยนของการแยกจากกัน (ข้อมูลไม่ได้ แสดงให้เห็น) ในทางตรงกันข้ามกับแผนที่ RIL,
323 เครื่องหมายบนแผนที่ F2 ได้ร่วมโดดเด่นและสั่งของพวกเขาถูกนำมาใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงในระหว่างแผนที่ merging.The ผลมติการเชื่อมโยงแผนที่จะนำเสนอในรูปที่ 1 และสรุปไว้ในตารางที่ 1 ที่ใช้ร่วมกัน loci (หนา พิมพ์) ระหว่างแผนที่ F2 และ RIL จะได้รับในตารางที่ S3 (File เพิ่มเติม 1) ความเห็นแตงโมแผนที่พันธุกรรมประกอบด้วย 401
loci เครื่องหมายร่วมที่โดดเด่นในตำแหน่งใน 12 LGS ทอด 1,029.0 cM กับช่วงเครื่องหมายโดยเฉลี่ย 2.6 cM.Among 12 LGS, LG4 (โครโมโซม IV) มีระยะเวลาในแผนที่ที่ยาวที่สุด (116.9 CM) ตามด้วย LG7 (108.0cM) และ LG1 (107.3 CM) ในทางตรงกันข้ามความยาวของ LG
10 (โครโมโซม X) เป็นที่สั้นที่สุด (62.5 CM) คาด LG4 มีสถานะที่สุดแมป (56) และ LG3 (24) เครื่องหมายน้อย (ตารางที่ 1) ตั้งแต่การสั่งซื้อเครื่องหมายแผนที่ F2 ถูกนำมาใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงในระหว่างแผนที่รวม, loci ทั้งหมดในแผนที่ฉันทามติเป็น colinear กับผู้ที่อยู่ในแผนที่ F2 นอกจากนี้ไม่สอดคล้องกันในการสั่งซื้อเครื่องหมายเป็นสัตว์หายากที่เกิดขึ้นใน colinearity สำคัญระหว่างแผนที่ RIL (ตารางที่ S2) และ
แผนที่ฉันทามติ (ตาราง S3, รูปที่ 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . การพัฒนาฉันทามติแตงแผนที่แผนที่พันธุกรรมโดยการผสาน F2 และริลแผนที่พัฒนาในที่นี้ใช้ 79 เครื่องหมายในทั่วไป ( 44 แตงโมแตงกวาและแตงโม , 34 , 1 ) ,
และผสานเพื่อสร้างฉันทามติ joinmap 3.0 แผนที่โดยใช้โปรแกรม132 เด่นเทคนิคเครื่องหมายอาร์เอพีดีและมีถิ่นที่อยู่บนแผนที่ ริลได้รับการยกเว้นจากการรวมแผนที่ เพราะพวกเขาถือว่าไม่ได้ผลสำหรับการกำหนด synteny แตงโมแตงกวา
เครื่องหมายเหล่านี้มีแนวโน้มที่จะเป็นกลุ่มบนแผนที่ความเชื่อมโยง และตัวเลขของพวกเขาแสดงให้เห็นการบิดเบือนข้อมูลไม่แสดง ) ในทางตรงกันข้ามกับแผนที่ริล ,
หรือเครื่องหมายบนแผนที่ F2 เป็น Co เด่นและสั่งซื้อของพวกเขาถูกใช้เป็นแผนที่อ้างอิงในระหว่างการ ส่งผลให้จำนวนการเชื่อมโยงแผนที่ที่แสดงในรูปที่ 1 และสรุปตาราง 1 . แบ่งปันโลไซ ( พิมพ์ตัวหนา ) ระหว่างธนาคาร และแผนที่ ริลจะได้รับตาราง S3 ( แฟ้มเพิ่มเติม 1 ) จากแผนที่พันธุกรรมแตงจำนวน 401
Co เด่นเครื่องหมายตำแหน่งวางใน 12 LGS spanning 1 ,029.0 ซม. ช่วงเครื่องหมายเฉลี่ย 2.6 เซนติเมตร ระหว่าง 12 LGS , lg4 ( โครโมโซม 4 ) มีความยาวด้านยาว ( 116.9 ซม. ) รองลงมา คือ lg7 ( 108.0cm ) และ lg1 ( ROI ซม. ) ในทางตรงกันข้าม , ความยาวของ LG
10 ( โครโมโซม ) คือที่สั้นที่สุด ( 62.5 ซม. ) คาด lg4 ครอบครองมากที่สุดของแมป ( 56 ) และ lg3 ( 24 ) เครื่องหมายน้อยที่สุด ( ตารางที่ 1 )เนื่องจากเครื่องหมายของแผนที่ F2 เพื่อใช้อ้างอิงในแผนที่รวมทุกตำแหน่งบนแผนที่ได้ colinear ฉันทามติที่มีบนแผนที่ F2 นอกจากนี้ความไม่สอดคล้องกันเพื่อทำเครื่องหมายถูกที่หายากที่เกิดขึ้นใน colinearity อย่างมากระหว่างแผนที่ริล ( ตาราง S1 ) และ
เอกฉันท์แผนที่ ( โต๊ะ S3 , รูปที่ 1 )