4. DiscussionIntestinal prokaryotic

4. Discussion

Intestinal prokaryotic communities are common in terrestrial invertebrates including insects and the best understood intestinal communities are those of termites, which have been extensively studied using both traditional cultivation methods and modern molecular tools (Ohkuma and Kudo 1998; Zhang et al. 2014). Such studies on termites have revealed bacterial and archaeal

Fig. 5. Functional profiles of the gut metagenomes of (a) E. foetida and (b) P. excavatus annotated using METAGENassist server.

et al. 1992). However, culturebased techniques typically detect only a very small percentage of the total prokaryotic populations and metagenomic studies on their gut microbiome as a transient microhabitat are few (Natal-da-Luz et al. 2012).
The casts of Lumbricus rubellus were studied using 16S rRNA gene clone libraries (Furlong et al. 2002) and flouorescent in situ hybridization (FISH) method (Fischer et al. 1995; Schönholzer et al.
2002) and electron microscopy of gut walls (Jolly et al., 1993; Vinceslas-Akpa and Loquet 1995) have been undertaken. Thakuria et al. (2010) identified the major phylotypes of microbial commu- nities associated with the gut wall of selected anecic and endogeic earthworms. However, none of these studies were able to identify organisms and specifically associate them with their functional attributes. Our hypothesis was related to understanding the differences in the inherent gut microflora of two useful earthworm genera E. foetida and P. excavatus, which were grown on a common lignocellulose diet and identify the uncultivable bacteria that are tightly associated with their gut. Isolation of such gut associ ated bacteria may prove a treasure trove of industrially important enzymes, having applications in lignocellulosic deconstruction for second generation biofuels.
Information on the gut microflora of domesticated earthworms
P. excavatus and E. foetida from India has mainly focussed on specific microbial inhabitants or on enumerating the different
et al. 1992). However, culture-based techniques typically detect only a very small percentage of the total prokaryotic populations and metagenomic studies on their gut microbiome as a transient microhabitat are few (Natal-da-Luz et al. 2012).
The casts of Lumbricus rubellus were studied using 16S rRNA gene clone libraries (Furlong et al. 2002) and flouorescent in situ hybridization (FISH) method (Fischer et al. 1995; Schönholzer et al.
2002) and electron microscopy of gut walls (Jolly et al., 1993; Vinceslas-Akpa and Loquet 1995) have been undertaken. Thakuria et al. (2010) identified the major phylotypes of microbial commu- nities associated with the gut wall of selected anecic and endogeic earthworms. However, none of these studies were able to identify organisms and specifically associate them with their functional attributes. Our hypothesis was related to understanding the dif- ferences in the inherent gut microflora of two useful earthworm genera – E. foetida and P. excavatus, which were grown on a com- mon lignocellulose diet and identify the uncultivable bacteria that are tightly associated with their gut. Isolation of such gut associated bacteria may prove a treasure trove of industrially important enzymes, having applications in lignocellulosic deconstruction for second generation biofuels.
Information on the gut microflora of domesticated earthworms
P. excavatus and E. foetida from India has mainly focussed on specific microbial inhabitants or on enumerating the differen

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

4. สนทนาชุมชนลำไส้ prokaryotic มีทั่วไปในภาคพื้น invertebrates รวมทั้งแมลง และเข้าใจดีสุดคือชุมชนลำไส้ของปลวก ซึ่งมีการอย่างกว้างขวางศึกษาใช้วิธีการเพาะปลูกแบบดั้งเดิมและเครื่องมือระดับโมเลกุลทันสมัย (Ohkuma และ Kudo 1998 เตียว et al. 2014) ได้มีการเปิดเผยดังกล่าวศึกษาปลวกแบคทีเรียและ archaealFig. 5 Profiles ทำงานของ metagenomes ไส้โหม E. (ก) และ (ข) P. excavatus ใส่คำอธิบายประกอบโดยใช้เซิร์ฟเวอร์ METAGENassistร้อยเอ็ด al. 1992) อย่างไรก็ตาม เทคนิค culturebased โดยทั่วไปพบเพียงเปอร์เซ็นต์ขนาดเล็กมากของประชากร prokaryotic รวม และศึกษา metagenomic microbiome ลำไส้ของพวกเขาเป็น microhabitat ชั่วคราวมีน้อย (Natal da Luz et al. 2012)Casts ของ Lumbricus rubellus ได้ศึกษาการใช้ 16S rRNA ยีนโคลนไลบรารี (เฟอร์ลอง et al. 2002) และ flouorescent ในซิ hybridization (ปลา) วิธี (ตื่น et al. 1995 Schönholzer et al2002) และอิเล็กตรอน microscopy ของผนังลำไส้ (จอลลี่ et al., 1993 Vinceslas-Akpa และ Loquet 1995) มีการดำเนินการ Thakuria et al. identified (2010) phylotypes หลักของ nities commu จุลินทรีย์เกี่ยวข้องกับผนังลำไส้ของไส้เดือน endogeic และ anecic ที่เลือก อย่างไรก็ตาม ไม่มีการศึกษาเหล่านี้ได้สามารถระบุสิ่งมีชีวิต และ specifically เชื่อมโยงกับคุณลักษณะงาน สมมติฐานของเราเกี่ยวข้องกับเข้าใจความแตกต่างใน microflora ไส้แต่กำเนิดสองประโยชน์ไส้เดือนดินสกุล E. โหมและ excavatus P. ซึ่งได้เติบโตในอาหาร lignocellulose ทั่วไป และระบุเชื้อแบคทีเรีย uncultivable ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับลำไส้ของพวกเขา แยกเชื้อแบคทีเรียเส้น associ เช่นลำไส้อาจพิสูจน์มรดกของเอนไซม์สำคัญ industrially มีโปรแกรมประยุกต์ใน deconstruction lignocellulosic สำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สองข้อมูลเกี่ยวกับ microflora ลำไส้ของไส้เดือนที่บ้าน P. excavatus และโหม E. จากอินเดียมีส่วนใหญ่ focussed specific ประชากรจุลินทรีย์ หรือตรวจที่แตกต่างกันร้อยเอ็ด al. 1992) อย่างไรก็ตาม เทคนิคตามวัฒนธรรมโดยทั่วไปพบเพียงเปอร์เซ็นต์ขนาดเล็กมากของประชากร prokaryotic รวม และศึกษา metagenomic microbiome ลำไส้ของพวกเขาเป็น microhabitat ชั่วคราวมีน้อย (Natal da Luz et al. 2012)Casts ของ Lumbricus rubellus ได้ศึกษาการใช้ 16S rRNA ยีนโคลนไลบรารี (เฟอร์ลอง et al. 2002) และ flouorescent ในซิ hybridization (ปลา) วิธี (ตื่น et al. 1995 Schönholzer et al2002) และอิเล็กตรอน microscopy ของผนังลำไส้ (จอลลี่ et al., 1993 Vinceslas-Akpa และ Loquet 1995) มีการดำเนินการ Thakuria et al. identified (2010) phylotypes หลักของ nities commu จุลินทรีย์เกี่ยวข้องกับผนังลำไส้ของไส้เดือน endogeic และ anecic ที่เลือก อย่างไรก็ตาม ไม่มีการศึกษาเหล่านี้ได้สามารถระบุสิ่งมีชีวิต และ specifically เชื่อมโยงกับคุณลักษณะงาน สมมติฐานของเราเกี่ยวข้องกับการเข้าใจ ferences dif ใน microflora แต่กำเนิดลำไส้ของไส้เดือนดินมีประโยชน์สองสกุล – โหม E. P. excavatus ซึ่งได้ปลูกใน lignocellulose com จันทร์อาหาร และระบุเชื้อแบคทีเรีย uncultivable ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับลำไส้ของพวกเขา การแยกแบคทีเรียลำไส้ที่เกี่ยวข้องดังกล่าวอาจพิสูจน์มรดกของเอนไซม์สำคัญ industrially มีโปรแกรมประยุกต์ใน deconstruction lignocellulosic สำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สองข้อมูลเกี่ยวกับ microflora ลำไส้ของไส้เดือนที่บ้านP. excavatus และโหม E. จากอินเดียมีส่วนใหญ่ focussed specific ประชากรจุลินทรีย์ หรือ differen การแจงนับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

4. อภิปรายลำไส้ชุมชน prokaryotic อยู่ทั่วไปในสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังบกรวมทั้งแมลงและเข้าใจได้ดีที่สุดชุมชนลำไส้เป็นผู้ปลวกซึ่งได้รับการศึกษาอย่างกว้างขวางใช้ทั้งวิธีการเพาะปลูกแบบดั้งเดิมและเครื่องมือที่ทันสมัยในระดับโมเลกุล (Ohkuma และ Kudo 1998;. Zhang et al, 2014) . การศึกษาดังกล่าวเมื่อวันที่ปลวกได้พบแบคทีเรียและ archaeal รูป 5. ฟังก์ชั่นโปรไฟ les ของลำไส้ metagenomes ของ (ก) อี foetida และ (ข) P. excavatus ข้อเขียนใช้เซิร์ฟเวอร์ METAGENassist. และคณะ 1992) อย่างไรก็ตามเทคนิค culturebased มักจะตรวจสอบเพียงร้อยละขนาดเล็กมากของประชากรทั้งหมดโปรคาริโอและการศึกษา Metagenomic ใน microbiome ลำไส้ของพวกเขาเป็น microhabitat ชั่วคราวจะไม่กี่ (Natal-da-Luz et al. 2012). บรรยากาศของ Lumbricus rubellus การศึกษาโดยใช้ 16S rRNA ห้องสมุดยีนโคลน (หลา et al, 2002.) และชั้น ouorescent ในแหล่งกำเนิดพันธุ์ (FISH) วิธีการ (ฟิชเชอร์, et al. 1995; Schönholzer et al. 2002) และกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนของผนังลำไส้ (Jolly et al, 1993;. Vinceslas-Akpa และ Loquet 1995) ได้รับการดำเนินการ Thakuria และคณะ (2010) สายการระบุ ed phylotypes สำคัญของ nities แล้วแต่จุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องกับผนังลำไส้ของ anecic เลือกและไส้เดือน endogeic แต่ไม่มีการศึกษาเหล่านี้มีความสามารถในการระบุและการมีชีวิตที่ระบุไว้เองโดยเชื่อมโยงกับคุณลักษณะการทำงานของพวกเขา สมมติฐานของเราที่เกี่ยวข้องกับการทำความเข้าใจความแตกต่างในทางเดินอาหารโดยธรรมชาติไมโครชั้นร่าของสองจำพวกไส้เดือนที่มีประโยชน์อี foetida และพี excavatus ซึ่งถูกปลูกในอาหารลิกโนเซลลูโลสที่พบบ่อยและระบุแบคทีเรีย uncultivable ที่เกี่ยวข้องอย่างแน่นหนากับทางเดินอาหารของพวกเขา แยก Associ ลำไส้เช่น ated แบคทีเรียที่อาจพิสูจน์ขุมสมบัติของเอนไซม์ที่สำคัญในอุตสาหกรรมที่มีการใช้งานในโครงสร้างลิกโนเซลลูโลสสำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สอง. ข้อมูลเกี่ยวกับลำไส้ไมโครชั้นร่าของไส้เดือนโดดP. excavatus และอี foetida จากอินเดียได้เพ่งความสนใจส่วนใหญ่ในที่ระบุอยู่อาศัยของจุลินทรีย์คหรือบนแจงที่แตกต่างกันและคณะ 1992) อย่างไรก็ตามเทคนิคการเพาะเลี้ยงที่ใช้มักจะตรวจสอบเพียงร้อยละขนาดเล็กมากของประชากรทั้งหมดโปรคาริโอและการศึกษา Metagenomic ใน microbiome ลำไส้ของพวกเขาเป็น microhabitat ชั่วคราวมีเพียงไม่กี่ (Natal-da-Luz et al. 2012). บรรยากาศของ Lumbricus rubellus การศึกษา โดยใช้ 16S rRNA ยีนห้องสมุดโคลน (หลา et al, 2002.) และชั้น ouorescent ในแหล่งกำเนิดพันธุ์ (FISH) วิธีการ (ฟิชเชอร์, et al. 1995;. Schönholzer et al, 2002) และกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนของผนังลำไส้ (Jolly et al, 1993;. Vinceslas -Akpa และ Loquet 1995) ได้รับการดำเนินการ Thakuria และคณะ (2010) สายการระบุ ed phylotypes สำคัญของ nities แล้วแต่จุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องกับผนังลำไส้ของ anecic เลือกและไส้เดือน endogeic แต่ไม่มีการศึกษาเหล่านี้มีความสามารถในการระบุและการมีชีวิตที่ระบุไว้เองโดยเชื่อมโยงกับคุณลักษณะการทำงานของพวกเขา สมมติฐานของเราที่เกี่ยวข้องกับการทำความเข้าใจความแตกต่างกันในทางเดินอาหารโดยธรรมชาติไมโครชั้นร่าของสองจำพวกไส้เดือนมีประโยชน์ - อี foetida และพี excavatus ซึ่งถูกปลูกในองค์ประกอบจันทร์อาหารลิกโนเซลลูโลสและระบุแบคทีเรีย uncultivable ที่เกี่ยวข้องอย่างแน่นหนากับพวกเขา ไส้ใน การแยกทางเดินอาหารเช่นเชื้อแบคทีเรียที่เกี่ยวข้องอาจพิสูจน์ขุมสมบัติของเอนไซม์ที่สำคัญในอุตสาหกรรมที่มีการใช้งานในโครงสร้างลิกโนเซลลูโลสสำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สอง. ข้อมูลเกี่ยวกับลำไส้ไมโครชั้นร่าของไส้เดือนโดดP. excavatus และอี foetida จากอินเดียได้เพ่งความสนใจส่วนใหญ่ในที่ระบุคจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในหรือบนแจงแตกต่างกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

4 . การอภิปรายในชุมชน

โพรคาริโอติกทั่วไปในสัตว์บก รวมทั้งแมลงและดีที่สุดเข้าใจในชุมชนของปลวกซึ่งได้รับอย่างกว้างขวางใช้ศึกษาทั้งแบบดั้งเดิมและทันสมัย เครื่องมือ วิธีการเพาะและโมเลกุล ( ohkuma คุโด้ 1998 ; Zhang et al . 2014 ) การศึกษาดังกล่าวในปลวกพบเชื้อแบคทีเรียและ archaeal

รูปที่ 5การทำงานของลำไส้ metagenomes Pro จึงเลส ( ) เช่น เฟติดาและ ( b ) P excavatus บันทึกย่อที่ใช้ metagenassist เซิร์ฟเวอร์ .

et al . 1992 ) อย่างไรก็ตาม culturebased เทคนิคมักจะพบเพียงร้อยละขนาดเล็กมากของการรวมโพรคาริโอติกประชากรและการศึกษาเมตาจีโนมิคในลำไส้ไมโครไบโ เป็น microhabitat ชั่วคราวไม่กี่ ( Natal Da Luz et al .
2012 )การ ศึกษาของ lumbricus rubellus ใช้เบส 16S rRNA ยีนโคลนห้องสมุด ( เฟอร์ลอง et al . 2002 ) และfl ouorescent ใน situ hybridization ( FISH ) วิธีการ ( Fischer et al . 1995 ; Sch ö nholzer et al .
2002 ) และกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนของผนังลำไส้ ( Jolly et al . , 1993 ; vinceslas Akpa และ loquet 1995 ) ได้ดำเนินการ thakuria et al .( 2010 ) identi จึง phylotypes ed สาขาการสื่อสาร - จุลินทรีย์ nities เกี่ยวข้องกับลำไส้ ผนังและเลือก anecic endogeic ไส้เดือน อย่างไรก็ตามยังไม่มีการศึกษาเหล่านี้สามารถระบุสิ่งมีชีวิตและกาจึงคอลลี่เข้ากับหน้าที่แอตทริบิวต์ สมมติฐานของเราที่เกี่ยวข้องกับการทำความเข้าใจความแตกต่างใน บริษัท ไมโครflโอร่าสองไส้ประโยชน์ไส้เดือนสกุล .เฟติดา , excavatus ซึ่งเติบโตในอาหารทั่วไป และระบุ uncultivable ลิกโนเซลลูโลสแบคทีเรียที่แน่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับความกล้าหาญของพวกเขา การแยกแบคทีเรียจากลำไส้ ( พ่อพันธุ์ดังกล่าวอาจพิสูจน์ขุมสมบัติของเอนไซม์ที่สำคัญทางอุตสาหกรรม มีการประยุกต์ใช้ใน lignocellulosic โครงสร้างสำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สอง
ข้อมูล ลําไส้เล็กflโอร่าของโดดเด่นไส้เดือน
P excavatus . เฟติดาจากอินเดียส่วนใหญ่เน้นกาจึง C หรือ enumerating จุลินทรีย์อาศัยอยู่แตกต่างกัน
et al . 1992 ) อย่างไรก็ตามวัฒนธรรมพื้นฐานเทคนิคตรวจพบเพียงร้อยละขนาดเล็กมากของการรวมโพรคาริโอติกประชากรและการศึกษาเมตาจีโนมิคในลำไส้ไมโครไบโ มักจะเป็น microhabitat ชั่วคราวไม่กี่ ( Natal Da Luz et al . 2012 ) .
casts lumbricus rubellus ศึกษาการใช้เบส 16S rRNA ยีนโคลนห้องสมุด ( เฟอร์ลอง et al . 2002 ) และfl ouorescent ใน situ hybridization ( FISH ) วิธีการ ( Fischer et al . 1995 ;Sch ö nholzer et al .
2002 ) และกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนของผนังลำไส้ ( Jolly et al . , 1993 ; vinceslas Akpa และ loquet 1995 ) ได้ดำเนินการ thakuria et al . ( 2010 ) identi จึง phylotypes ed สาขาการสื่อสาร - จุลินทรีย์ nities เกี่ยวข้องกับลำไส้ ผนังและเลือก anecic endogeic ไส้เดือน อย่างไรก็ตามไม่มีการศึกษาเหล่านี้สามารถระบุสิ่งมีชีวิตและกาจึงคอลลี่เข้ากับหน้าที่แอตทริบิวต์ สมมติฐานของเราที่เกี่ยวข้องกับความเข้าใจ DIF - ferences ในบริษัทไมโครflโอร่าสองไส้ประโยชน์ไส้เดือนสกุล ) และ excavatus E เฟติดาหน้า ,ซึ่งปลูกบนคอม - มอญลิกโนเซลลูโลสอาหารและระบุ uncultivable แบคทีเรียที่แน่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับความกล้าหาญของพวกเขา การแยกแบคทีเรียลำไส้ที่เกี่ยวข้องเช่นอาจพิสูจน์ขุมสมบัติของเอนไซม์ที่สำคัญทางอุตสาหกรรม มีการประยุกต์ใช้ใน lignocellulosic โครงสร้างสำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สอง .
ข้อมูลบนอุทรไมโครflโอร่าของโดดเด่นไส้เดือน
Pexcavatus . เฟติดาจากอินเดียส่วนใหญ่เน้นกาจึง C จุลินทรีย์หรือที่คิด





enumerating ชาว