Images of DGGE gelwere analyzed usi

Images of DGGE gelwere analyzed using GelCompar II V6.0 software
(AppliedMaths Inc., Texas,USA) and band positions and intensitieswere
also determined. In addition, similarity coefficients and dendograms of
DGGE profiles were calculated using the Dice coefficient and the Unweighted
Pair Group Method using Arithmetic Averages (UPGMA), respectively.
The following diversity indices were calculated as described
by Yu and Morrison (2004): Richness, Evenness and Shannon–Weaver,
with the exception that the Shannon–Weaver index was calculated
using the band surface intensity (area under the Gaussian curve approximating
a band) instead of using the peak height of a band. The resulting
sequences were edited in BioEdit and aligned using ClustalW. All sequences
(≈162 bp)were identified by BLASTn searches in the GenBank
based on the closest known relative in the database for the partial 16S
rRNA. The relative abundance of bacterial species was calculated based
on band surface intensities and band phylogenetic identification. For
all samples, each of the specific band surface intensity was converted
to relative intensity by dividing its intensity on the sum of all band surface
intensities in that lane, and subsequently averaging the relative
band surface intensities for each band across all individual within the
same dietary group.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ภาพของ gelwere DGGE ที่วิเคราะห์โดยใช้ซอฟต์แวร์ GelCompar II V6.0(AppliedMaths Inc. เท็กซัส สหรัฐอเมริกา) และวงตำแหน่งและ intensitieswereนอกจากนี้ยัง กำหนด นอกจากนี้ สัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงกัน และ dendograms ของDGGE โพรไฟล์ถูกคำนวณโดยใช้ค่าสัมประสิทธิ์ลูกเต๋าและ Unweightedวิธีการ กลุ่มคู่ที่ใช้เลขคณิตค่าเฉลี่ย (UPGMA), ตามลำดับมีคำนวณดัชนีความหลากหลายต่อไปนี้ตามที่อธิบายไว้โดย Yu และมอร์ริสัน (2004): ร่ำรวย Evenness และแชนนอน ช่างทอผ้ายกเว้นว่า มีคำนวณดัชนีแชนนอนช่างทอผ้าใช้ความเข้มผิววง (พื้นที่ระหว่างเส้นโค้ง Gaussianวง) แทนที่จะใช้ความสูงสูงสุดของวงการ การส่งผลลำดับถูกแก้ไขใน BioEdit และจัดตำแหน่งโดยใช้ ClustalW ลำดับทั้งหมด(≈162 bp) ด้วยการค้นหา BLASTn ใน GenBankตามญาติชื่อดังสุดในฐานข้อมูล 16S บางส่วนrRNA ความสัมพันธ์ชนิดแบคทีเรียถูกคำนวณจากปลดปล่อยก๊าซผิววงและวง phylogenetic รหัส สำหรับแปลงตัวอย่างทั้งหมด แต่ละความเข้มผิววงเฉพาะกับความเข้มสัมพัทธ์โดยแบ่งความรุนแรงของผลบวกของพื้นผิวของวงดนตรีทั้งหมดปลดปล่อยก๊าซในเลนนั้น และมาหาค่าเฉลี่ยญาติวงการปลดปล่อยก๊าซที่ผิวในแต่ละวงผ่านบุคคลทั้งหมดในการกลุ่มอาหารเดียวกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภาพ DGGE gelwere วิเคราะห์โดยใช้ซอฟแวร์ครั้งที่สอง GelCompar V6.0
(AppliedMaths อิงค์เท็กซัสสหรัฐอเมริกา) และตำแหน่งวงดนตรีและ intensitieswere
กำหนดยัง นอกจากนี้ยังมีค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงกันและ dendograms
ของโปรไฟล์DGGE
ถูกคำนวณโดยใช้ค่าสัมประสิทธิ์ลูกเต๋าและชั่ง. คู่กลุ่มวิธีการใช้ค่าเฉลี่ยเลขคณิต (UPGMA)
ตามลำดับดัชนีความหลากหลายต่อไปนี้จะถูกคำนวณตามที่อธิบายไว้โดย
Yu และมอร์ริสัน (2004): ความร่ำรวย, สมดุล
และแชนนอน-ประกอบยกเว้นว่าดัชนีShannon-ประกอบที่คำนวณโดยใช้ความเข้มของผิววง(พื้นที่ใต้เส้นโค้งเสียนใกล้เคียงกับวงดนตรี) แทนการใช้ความสูงของยอดเขาของวงดนตรีที่ ส่งผลให้ลำดับถูกแก้ไขใน BioEdit และสอดคล้องใช้ ClustalW ลำดับทั้งหมด(≈162 bp) โดยระบุว่าการค้นหาที่กล่าวหาใน GenBank ขึ้นอยู่กับการที่ใกล้เคียงที่สุดที่รู้จักกันญาติในฐานข้อมูลสำหรับบางส่วน 16S rRNA ความอุดมสมบูรณ์ของญาติของสายพันธุ์แบคทีเรียที่คำนวณได้ตามบนพื้นผิวเข้มวงดนตรีและวงดนตรีประจำตัวสายวิวัฒนาการ สำหรับตัวอย่างแต่ละเข้มผิววงที่เฉพาะเจาะจงที่ถูกดัดแปลงเพื่อความเข้มญาติโดยการหารความรุนแรงที่มีต่อผลรวมของทุกพื้นผิววงเข้มในช่องทางนั้นและต่อมาเฉลี่ยญาติเข้มผิววงแต่ละวงข้ามแต่ละทั้งหมดภายในอาหารเดียวกันกลุ่ม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ภาพการทดลองใช้ซอฟต์แวร์ได้อย่าง gelwere วิเคราะห์ 2
gelcompar ( appliedmaths อิงค์ , Texas , USA ) และวงตำแหน่งและ intensitieswere
ยังมุ่งมั่น นอกจากนี้ ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนและ dendograms
โปรไฟล์ของการทดลองคำนวณโดยใช้ค่าสัมประสิทธิ์และลูกเต๋าถ่วงน้ำหนัก
คู่กลุ่มโดยใช้ค่าเฉลี่ยเลขคณิต ( UPGMA
) ตามลำดับต่อไปนี้คำนวณค่าดัชนีความหลากหลายไว้
โดย ยู และ มอร์ริสัน ( 2004 ) : ความ สมดุล และ แชนนอน และวีเวอร์
มีข้อยกเว้นว่า แชนนอน และวีเวอร์ดัชนีคำนวณ
ใช้วงดนตรีผิวเข้ม ( พื้นที่ใต้เส้นโค้ง Gaussian ประเภท
วงดนตรี ) แทนการใช้สูงสุด ความสูงของแถบ ส่งผลให้มีการแก้ไขใน bioedit
ลำดับและสอดคล้องโดยใช้ clustalw .ทั้งหมดลำดับ
( ≈ 162 BP ) ถูกระบุโดยการค้นหาใน blastn ขนาด
ตามรู้จักสนิทที่สุดในฐานข้อมูลสำหรับ 16S rRNA
บางส่วน ความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของแบคทีเรียสายพันธุ์ถูกคำนวณจากวงดนตรีและวงดนตรี
ผิวเข้ม ซึ่งระบุ สำหรับ
ตัวอย่างทั้งหมดของแต่ละเฉพาะผิวเข้มถูกแปลง
วงดนตรีความเข้มสัมพัทธ์ โดยแบ่งความเข้มของมันบนผลรวมของความเข้มของผิว
วงดนตรีในที่เลน โดยเฉลี่ยวงญาติ
ผิวเข้มสำหรับแต่ละวง ทั้งบุคคลภายใน
กลุ่มอาหารเดียวกัน