The global control of tuberculosis

The global control of tuberculosis (TB) remains a great challenge from the standpoint of diagnosis, detection of drug resistance, and treatment. Major serodiagnostic limitations include low sensitivity and high cost in detecting TB. On the other hand, treatment measures are often hindered by low efficacies of commonly used drugs and resistance developed by the bacteria. Hence, there is a need to look into newer diagnostic and therapeutic targets. The proteome information available suggests that among the 3906 proteins in Mycobacterium tuberculosis H37Rv, about quarter remain classified as hypothetical uncharacterized set. This study involves a combination of a number of bioinformatics tools to analyze those hypothetical proteins (HPs). An entire set of 999 proteins was primarily screened for protein sequences having conserved domains with high confidence using a combination of the latest versions of protein family databases. Subsequently, 98 of such potential target proteins were extensively analyzed by means of physicochemical characteristics, protein-protein interaction, sub-cellular localization, structural similarity and functional classification. Next, we predicted antigenic proteins from the entire set and identified B and T cell epitopes of these proteins in M. tuberculosis H37Rv. We predicted the function of these HPs belong to various classes of proteins such as enzymes, transporters, receptors, structural proteins, transcription regulators and other proteins. However, the structural similarity prediction of the annotated proteins substantiated the functional classification of those proteins. Consequently, based on higher antigenicity score and sub-cellular localization, we choose two (NP_216420.1, NP_216903.1) of the antigenic proteins to exemplify B and T cell epitope prediction approach. Finally we found 15 epitopes those located partially or fully in the linear epitope region. We found 21 conformational epitopes by using Ellipro server as well. In silico methodology used in this study and the data thus generated for HPs of M. tuberculosis H37Rv may facilitate swift experimental identification of potential serodiagnostic and therapeutic targets for treatment and control.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การควบคุมส่วนกลางของวัณโรค (TB) ยังคง ท้าทายจากมุมมองของการวินิจฉัย การตรวจหาการดื้อยา และการรักษา ข้อจำกัดที่สำคัญ serodiagnostic ได้แก่ความไวแสงต่ำและค่าใช้จ่ายสูงในการตรวจหาวัณโรค บนมืออื่น ๆ มาตรการรักษามักจะขัดขวาง โดยประสิทธิภาพต่ำของใช้ยาเสพติดและพัฒนา โดยแบคทีเรียต้านทาน ดังนั้น มีความจำเป็นให้ดูในการวินิจฉัย และรักษาเป้าหมายรุ่นใหม่ ข้อมูล proteome พร้อมแนะนำว่า ระหว่าง 3906 โปรตีนในเชื้อ วัณโรค H37Rv เกี่ยวกับมาสยังคงถือเป็นชุด uncharacterized สมมุติ การศึกษานี้เกี่ยวข้องกับการรวมจำนวนของ bioinformatics เครื่องมือการวิเคราะห์โปรตีนเหล่านั้นสมมุติ (HPs) การตั้งค่าทั้งหมดของ 999 โปรตีนถูกหลักตรวจโปรตีนลำดับที่มีโดเมนอนุรักษ์ ด้วยความมั่นใจสูงที่ใช้การรวมกันของโปรตีนครอบครัวฐานข้อมูลรุ่นล่าสุด ต่อมา 98 ของโปรตีนเป้าหมายดังกล่าวอาจเกิดขึ้นได้อย่างกว้างขวางวิเคราะห์คุณลักษณะ ปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนโปรตีน แปลย่อยเซลลูลาร์ คล้ายโครงสร้าง และหน้าที่การจัดประเภท ถัดไป เราคาดว่า โปรตีนแอนติเจนจากชุดทั้งหมด และระบุ B และ T เซลล์ epitopes ของโปรตีนเหล่านี้ในวัณโรค H37Rv เราคาดการณ์การทำงานของ HPs เหล่านี้เป็นของชั้นเรียนต่าง ๆ ของโปรตีนเช่นเอนไซม์ ขนส่ง รับ โปรตีนโครงสร้าง ควบคุมการถอดรหัส และโปรตีนอื่น ๆ อย่างไรก็ตาม ทำนายคล้ายโครงสร้างของโปรตีนประกอบพิสูจน์การจำแนกทำงานของโปรตีนเหล่านั้น ดังนั้น ตาม antigenicity คะแนนสูงและภาษาย่อยเซลลูลาร์ เราเลือกสอง (NP_216420.1, NP_216903.1) ของโปรตีนแอนติเจนการขยายวิธีทำนาย epitope B และ T เซลล์ ในที่สุด เราพบ 15 epitopes ที่อยู่บางส่วน หรือทั้งหมดในภูมิภาค epitope เชิงเส้น เราสามารถพบ epitopes 21 โครงสร้าง โดยใช้เซิร์ฟเวอร์ Ellipro เช่นกัน ในรูปดอกไม้ วิธีการที่ใช้ในการศึกษานี้และข้อมูลที่สร้างขึ้นสำหรับ HPs เชื้อวัณโรค H37Rv จึง อาจช่วยระบุ swift ทดลองของ serodiagnostic และรักษาเป้าหมายสำหรับรักษาและควบคุม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การควบคุมระดับโลกของวัณโรค (TB) ยังคงเป็นความท้าทายที่ดีจากมุมมองของการวินิจฉัยการตรวจหาการดื้อยาและการรักษา ข้อ จำกัด ที่สำคัญ ได้แก่ serodiagnostic ไวต่ำและค่าใช้จ่ายสูงในการตรวจหาเชื้อวัณโรค ในทางตรงกันข้ามมาตรการการรักษามักจะถูกขัดขวางโดยประสิทธิผลต่ำของยาเสพติดที่ใช้กันทั่วไปและความต้านทานต่อการพัฒนาจากเชื้อแบคทีเรีย จึงมีความจำเป็นที่จะต้องมองเข้าไปในเป้าหมายวินิจฉัยและการรักษาที่ใหม่กว่า ข้อมูลโปรตีนที่มีอยู่แสดงให้เห็นว่าในหมู่ 3906 โปรตีนในเชื้อวัณโรค H37Rv ประมาณไตรมาสที่ยังคงจัดเป็นชุด uncharacterized สมมุติ การศึกษาครั้งนี้เกี่ยวข้องกับการรวมกันของจำนวนของเครื่องมือชีวสารสนเทศในการวิเคราะห์โปรตีนสมมุติเหล่านั้น (HPS) ทั้งชุด 999 โปรตีนได้รับการคัดเลือกเป็นหลักสำหรับโปรตีนที่มีโดเมนอนุรักษ์ด้วยความมั่นใจสูงโดยใช้การรวมกันของรุ่นล่าสุดของฐานข้อมูลครอบครัวโปรตีน ต่อจากนั้น 98 ของโปรตีนเป้าหมายดังกล่าวที่อาจเกิดขึ้นได้รับการวิเคราะห์อย่างกว้างขวางโดยใช้วิธีการทางเคมีกายภาพลักษณะปฏิสัมพันธ์โปรตีนย่อยโทรศัพท์มือถือแปล, ความคล้ายคลึงกันของโครงสร้างและการจำแนกการทำงาน ต่อไปเราคาดการณ์โปรตีนแอนติเจนจากชุดทั้งหมดและระบุ B และ T epitopes เซลล์ของโปรตีนเหล่านี้ในวัณโรค H37Rv เราคาดการณ์การทำงานของ HPS เหล่านี้ที่อยู่ในชั้นเรียนต่างๆของโปรตีนเช่นเอนไซม์ขนย้าย, รับโปรตีนที่มีโครงสร้างการกำกับดูแลการถอดความและโปรตีนอื่น ๆ อย่างไรก็ตามการทำนายความคล้ายคลึงกันของโครงสร้างของโปรตีนข้อเขียนยืนยันการจัดหมวดหมู่การทำงานของโปรตีนเหล่านั้น ดังนั้นขึ้นอยู่กับคะแนน antigenicity ที่สูงขึ้นและการแปลย่อยโทรศัพท์มือถือที่เราเลือกที่สอง (NP_216420.1, NP_216903.1) ของโปรตีนแอนติเจนที่จะเป็นตัวอย่าง B และ T เซลล์ epitope วิธีการทำนาย ในที่สุดเราพบ 15 epitopes ผู้ที่อยู่บางส่วนหรือทั้งหมดในภูมิภาค epitope เชิงเส้น เราพบ 21 epitopes โครงสร้างโดยใช้เซิร์ฟเวอร์ Ellipro เช่นกัน ใน silico วิธีการที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้และข้อมูลที่สร้างขึ้นดังนั้นสำหรับ HPS ของเชื้อวัณโรค H37Rv อาจอำนวยความสะดวกในการระบุตัวตนทดลองรวดเร็วของ serodiagnostic และการรักษาเป้าหมายที่มีศักยภาพในการรักษาและการควบคุม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โลกของการควบคุมวัณโรค ( TB ) ยังคงเป็นความท้าทายที่ยิ่งใหญ่จากจุดยืนของการวินิจฉัยการดื้อยาและการรักษา ข้อจำกัดหลัก serodiagnostic รวมถึงความไวต่ำและต้นทุนที่สูงในการตรวจหาเชื้อวัณโรค บนมืออื่น ๆ , มาตรการการรักษามักจะถูกขัดขวางโดยต่ำประสิทธิภาพของยาต้านโดยทั่วไป ใช้ และพัฒนาโดยแบคทีเรีย จึงต้องดูเป็นรุ่นใหม่ การวินิจฉัยและรักษาเป้าหมาย จากข้อมูลแสดงให้เห็นว่าโปรตีนของโปรตีนในเชื้อวัณโรค h37rv 3807 ประมาณไตรมาสยังคงจัดเป็นสมมุติ uncharacterized ชุด การศึกษานี้เกี่ยวข้องกับการรวมกันของรสนเครื่องมือวิเคราะห์โปรตีนที่สมมุติ ( HPS ) ทั้งชุดของ 999 โปรตีนเป็นโปรตีนจากลำดับการรักษาโดเมนกับความเชื่อมั่นสูงโดยใช้การรวมกันของรุ่นล่าสุดของฐานข้อมูลครอบครัวโปรตีน ต่อจากนั้น 98 เช่นโปรตีนมีศักยภาพเป้าหมายอย่างกว้างขวาง โดยใช้การวิเคราะห์ลักษณะ และ ( 3 ) ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนย่อยเซลล์ภาษาท้องถิ่นและการจำแนกความเหมือนเชิงโครงสร้างหน้าที่ ต่อไป , เราคาดการณ์โปรตีนแอนติเจนจากการตั้งค่าทั้งหมดและระบุ B และ T เซลล์โปรตีนเหล่านี้ในผู้ป่วยวัณโรค h37rv . เราทำนายฟังก์ชันเหล่านี้ HPS เป็นของชั้นต่าง ๆของโปรตีน เช่น เอนไซม์ , ขนส่ง , ตัวรับโปรตีน โครงสร้างควบคุม ถอดความ และโปรตีนอื่น ๆ อย่างไรก็ตาม โครงสร้างเหมือนคำทำนายของบันทึกย่อโปรตีนแก่นสารการการทำงานของโปรตีนเหล่านั้น ดังนั้นขึ้นอยู่กับคะแนนและย่อยเซลล์ที่สูงเจื้อยจำกัด เราเลือกสอง ( np_216420.1 np_216903.1 , ) ของโปรตีนแอนติเจนจะยกตัวอย่าง B และ T เซลล์ไวรัสทำนาย ) ในที่สุดเราก็ได้พบ 15 จากบรรดาอยู่บางส่วน หรือทั้งหมด ในภาคไวรัสเชิงเส้น เราพบ 21 จากโครงสร้างโดยใช้ ellipro Server ได้เป็นอย่างดี สำหรับวิธีการที่ใช้ในการวิจัยและข้อมูลจึงสร้าง HPS ของวัณโรคอาจอำนวยความสะดวกในการ h37rv ทดลองอย่างรวดเร็วของเป้าหมาย serodiagnostic และรักษาศักยภาพในการรักษาและการควบคุม