analysisAnalytical profiling index

analysisAnalytical profiling index (API) strip tests and 16S rRNA genesequence analyses were carried out to identify the genus to whichthe TN650 strain belonged. The nature of Gram staining, motilityin hanging drop preparations, and physiological and biochemicalcharacteristics of the strain were investigated using API 50 CHand API ZYM strips in accordance with the manufacturer’s instruc-tions (bioMérieux, SA, Marcy-l’Etoile, France). The 16S rRNA genewas amplified by polymerase chain reaction (PCR) using two uni-versal primers: forward primer, 5-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3,and reverse primer, 5-AAGGAGGTGATCCAAGCC-3, designed frombase positions 8–27 and 1541–1525, respectively, which were theconserved zones within the rRNA operon of E. coli. The genomicDNA of the strain was purified using the Wizard® Genomic DNAPurification Kit (Promega, Madison, WI, USA) and then used as atemplate for PCR amplification (30 cycles, 94◦C for 30 s denatur-ation, 57◦C for 60 s primer annealing, and 72◦C for 120 s extension).The amplified ∼1.5 kb PCR product was then cloned in the pGEM-T Easy vector (Promega, Madison, WI, USA), leading to the pMB1plasmid (This study). The E. coli DH5 (Invitrogen, Carlsbad, CA,USA) was used as a host strain. All recombinant clones of E. coliwere grown in LB broth media with the addition of ampicillin(100 g/ml), IPTG (160 g/ml), and X-gal (360 g/ml) for screening.DNA electrophoresis, DNA purification, restriction, ligation, andtransformation were all performed in accordance with the methodof Sambrook et al. [19].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รวบ analysisAnalytical ดัชนี (API) แถบทดสอบและ 16S rRNA genesequence วิเคราะห์ได้ดำเนินการเพื่อระบุประเภทการ whichthe สายพันธุ์ TN650 เป็น ธรรมชาติของแขวนเตรียมหล่น motilityin การย้อมสีกรัม และสรีรวิทยา และ biochemicalcharacteristics ของสายพันธุ์ที่ถูกตรวจสอบโดยใช้ API 50 แชนด์ API ZYM แถบตามของผู้ผลิต instruc-ทุกระดับ (bioMérieux, SA ซี l'Etoile ฝรั่งเศส) การ 16S rRNA genewas ขยาย โดยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส (PCR) โดยใช้ไพรเมอร์ uni versal สอง: รองพื้นไปข้างหน้า 5 - AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3 และรอง พื้นกลับ 5 - AAGGAGGTGATCCAAGCC-3 ออกแบบตำแหน่ง frombase 8-27 และ 1541-1525 ตามลำดับ ซึ่งถูก theconserved โซนภายใน operon rRNA ของ E. coli GenomicDNA ของสายพันธุ์บริสุทธิ์ใช้กับ Wizard®การ DNAPurification Kit (Promega เมดิสัน WI สหรัฐอเมริกา) และจากนั้น ใช้เป็น atemplate ปลัก (30 รอบ 94◦C สำหรับ 30 s denatur-ต้อง 57◦C รองพื้น s 60 หลอม และ 72◦C สำหรับส่วนขยาย 120 s) ผลิตภัณฑ์ PCR kb ∼1.5 ขยายแล้วถูกโคลนในการง่าย pGEM T เวกเตอร์ (Promega เมดิสัน WI สหรัฐอเมริกา), ไป pMB1plasmid (วิจัย) DH5 ไล (Invitrogen คาร์ลบาด CA สหรัฐอเมริกา) ถูกใช้เป็นสายพันธุ์ของโฮสต์ ทั้งหมด recombinant โคลนของ E. coliwere ปลูกในสื่อซุป LB จากแอมพิซิลลิน (100 g/ml), IPTG (160 กรัม/มิลลิลิตร), และ X-gal (360 กรัม/มิลลิลิตร) ตรวจ อิดีเอ็นเอ ดีเอ็นเอบริสุทธิ์ จำกัด ligation ทั้งหมดดำเนินการ andtransformation ตาม methodof Sambrook et al. [19]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ดัชนี (API) การทดสอบแถบ analysisAnalytical โปรไฟล์และ 16S rRNA genesequence วิเคราะห์ได้ดำเนินการในการระบุประเภทการ whichthe TN650 ความเครียดเป็น ธรรมชาติของแกรมการย้อมสี motilityin แขวนเตรียมวางและสรีรวิทยาและ biochemicalcharacteristics ของสายพันธุ์ที่ถูกตรวจสอบโดยใช้ API 50 พรีมแถบ API ZYM สอดคล้องกับผู้ผลิต instruc-tions (bioM? rieux, SA, Marcy-l'Etoile ฝรั่งเศส) genewas 16S rRNA ขยายโดยวิธี Polymerase chain reaction (PCR) โดยใช้ไพรเมอร์สอง Uni-Versal: ไพรเมอร์ไปข้างหน้า 5 -AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3 และไพรเมอร์ 5 ย้อนกลับ -AAGGAGGTGATCCAAGCC-3 ?, ออกแบบตำแหน่ง frombase 8-27 และ 1541? -1525 ตามลำดับซึ่งถูก theconserved โซนภายใน operon rRNA ของเชื้อ E. coli genomicDNA ของสายพันธุ์บริสุทธิ์โดยใช้ชุดWizard®จีโนม DNAPurification (Promega, Madison, WI, USA) และจากนั้นใช้เป็น atemplate สำหรับขยาย PCR (30 รอบ94◦Cเป็นเวลา 30 วินาที denatur-ation, 57◦C 60 s ไพรเมอร์หลอมและ72◦Cสำหรับการขยาย 120 s) ได้โดยง่ายขยาย ~1.5 KB สินค้า PCR เป็นโคลนจากนั้นในเวกเตอร์ pGEM-T ง่าย (Promega, Madison, WI, USA) นำไปสู่​​การ pMB1plasmid (การศึกษาครั้งนี้) อีโคไล DH5? (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) ถูกใช้เป็นสายพันธุ์ที่เป็นเจ้าภาพ ทั้งหมดโคลน recombinant อี coliwere ปลูกในน้ำซุปสื่อ LB ด้วยนอกจากนี้ของจิบูตี (100 g / ml) IPTG (160 g / ml) และ X-แกลลอน (360? g / ml) สำหรับ screening.DNA electrophoresis บริสุทธิ์ดีเอ็นเอข้อ จำกัด ligation, andtransformation ทุกคนดำเนินการให้สอดคล้องกับ methodof Sambrook et al, [19]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

analysisanalytical โปรไฟล์ดัชนี ( API ) และแถบทดสอบเบส 16S rRNA genesequence วิเคราะห์ ได้ดำเนินการเพื่อระบุสกุล เพื่อขึ้น tn650 เมื่อยอยู่ ธรรมชาติของกรัม staining motilityin แขวนเตรียมปล่อย และสรีรวิทยา และ biochemicalcharacteristics ของสายพันธุ์ คือการใช้ API 50 Chand API zym แถบตามใช้งาน instruc ของผู้ผลิต ( biom é rieux , SA , marcy-l"etoile , ฝรั่งเศส ) ส่วนเบส 16S rRNA genewas ขยายโดยวิธีพีซีอาร์ ( PCR ) โดยใช้ไพรเมอร์รองพื้น versal Uni : ส่งต่อ , ย้อนกลับ 5-agagtttgatcctggctcag-3 และไพรเมอร์ 5-aaggaggtgatccaagcc-3 ออกแบบ frombase ตำแหน่ง 8 – 27 และ 1564 –เดือน ตามลำดับ ซึ่ง theconserved โซนภายในโอเปอรอนของแบคทีเรีย E . coli . การ genomicdna ของสายพันธุ์บริสุทธิ์ที่ใช้ตัวช่วยสร้าง®จีโนม dnapurification Kit ( promega เมดิสัน , WI , USA ) และใช้เป็น atemplate สำหรับ PCR ( 30 รอบ ( 94 ◦ C 30 s denatur ation , 57 ◦ C 60 s รองพื้นอ่อน , และ 72 ◦ C 120 เป็นนามสกุล ) ขยาย∼ 1.5 KB ) ผลิตภัณฑ์โคลนใน pgem-t ง่ายเวกเตอร์ ( promega เมดิสัน , WI , USA ) , นำไปสู่ pmb1plasmid ( การศึกษา ) E . coli DH5 ( Invitrogen Carlsbad , CA , USA ) ถูกใช้เป็นโฮสต์สายพันธุ์ โคลนยีนทั้งหมดของ E . coliwere โตใน LB broth สื่อกับการเพิ่มของยาแอมพิซิลิน ( 100 g / ml ) , โปรตีน ( 160 กรัม / มิลลิลิตร ) และ x-gal ( 360 กรัม / มล. ) สำหรับ screening.dna electrophoresis , ดีเอ็นเอบริสุทธิ์ จำกัด , Ligation andtransformation ทั้งหมด , ดำเนินการตามวิธีการ sambrook et al . [ 19 ]