The coordinates of the X-ray crysta

The coordinates of the X-ray crystal structure of the aromatase/
androstenedione complex (PDB code 3EQM) were downloaded
from the Protein Databank (http://www.rcsb.org) and imported
into the modeling program SYBYL (version 8.0; Tripos, St. Louis,
MO). All non-protein components were deleted and hydrogen
atoms were added to the protein structure. Partial charges were assigned
according to the Amber library and the positions of the
added hydrogen atoms were optimized by molecular mechanics
minimization that kept the positions of the heavy atoms static.42
Energy minimization was performed with the Powell method in
combination with the Amber7 FF99 force field, a distance-dependent
dielectric constant of 4, and a convergence criterion of
0.05 kcal/(mol Å). The molecular structures of inhibitors were also
prepared in SYBYL and the conformational energy of each structure
was minimized by molecular mechanics (MMFF94s force field,
MMFF94 charges, and distance-dependent dielectric constant of
4) using the conjugate gradient method and a termination criterion
of 0.01 kcal/(mol Å).
Inhibitor structures were computationally docked into the enzyme’s
binding site using the program GOLD (version 5.0.1.; CCDC,
Cambridge, UK). GOLD operates with a genetic search algorithm
and allows for complete ligand and partial binding site flexibility.43
All four scoring functions (GoldScore, ChemScore, ASP, and Chem-
PLP) were tested and various sizes and centers of the docking
sphere were evaluated. The settings for the genetic algorithm runs
were kept at their default values (population size: 100, selection
pressure: 1.1; number of operations: 100,000, the number of islands:
5, niche size: 2, probability for migration, mutation, and
crossover: 10%, 95%, and 95%, respectively). For each ligand, 30
runs were performed under identical conditions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พิกัดของโครงสร้างผลึกเอกซเรย์ของ aromatase /ดาวน์โหลด androstenedione ซับซ้อน (PDB รหัส 3EQM)จาก Databank โปรตีน (http://www.rcsb.org) และนำเข้าเป็นโปรแกรมสร้างโมเดล SYBYL (เวอร์ชัน 8.0 Tripos, St. Louisด) ส่วนประกอบของโปรตีนไม่ใช่ทั้งหมดถูกลบ และไฮโดรเจนมีเพิ่มอะตอมโครงสร้างโปรตีน กำหนดค่าธรรมเนียมบางส่วนตามรีแอมเบอร์และตำแหน่งของการอะตอมไฮโดรเจนเพิ่มได้เหมาะ โดยกลศาสตร์โมเลกุลลดภาระที่เก็บตำแหน่งของ static.42 อะตอมหนักทำ ด้วยวิธีพาวเวลในการลดพลังงานร่วมกับฟิลด์ Amber7 FF99 บังคับ ระยะทางขึ้นอยู่กับค่าคงของ dielectric ของ 4 เงื่อนไขการลู่เข้าของ0.05 /(mol Å) กิโลแคลอรี่ โครงสร้างโมเลกุลของ inhibitors ได้ยังเตรียมใน SYBYL และพลังงาน conformational ของแต่ละโครงสร้างย่อให้เล็กสุด โดยกลศาสตร์โมเลกุล (MMFF94s ฟิลด์บังคับค่าธรรมเนียม MMFF94 และขึ้นอยู่กับระยะทางค่าคง dielectric4) ใช้วิธีการไล่โทนสีการ conjugate และเงื่อนไขการจ้างของ 0.01 /(mol Å) กิโลแคลอรี่โครงสร้างสารยับยั้ง computationally ถูกย้ายเข้าของเอนไซม์รวมเว็บไซต์ที่ใช้โปรแกรมทอง (รุ่น 5.0.1.; CCDCเคมบริดจ์ สหราชอาณาจักร) ทองดำเนินงาน ด้วยอัลกอริทึมค้นหาพันธุกรรมและลิแกนด์ที่สมบูรณ์และบางส่วนรวมเว็บไซต์ flexibility.43ฟังก์ชันทั้งหมด 4 คะแนน (GoldScore, ChemScore, ASP และเคมี-PLP) ทดสอบขนาด และต่าง ๆ และของเทียบทรงกลมที่ถูกประเมิน เรียกใช้การตั้งค่าสำหรับขั้นตอนวิธีพันธุกรรมถูกเก็บไว้ที่ค่าเริ่มต้น (ขนาดประชากร: เลือก 100ความดัน: 1.1 หมายเลขการดำเนินงาน: 100000 จำนวนเกาะ:ขนาดช่อง 5 : ความน่าเป็น 2 การโยกย้าย กลายพันธุ์ และไขว้: 10%, 95% และ 95% ตามลำดับ) สำหรับแต่ละลิแกนด์ 30ทำงานได้ดำเนินการภายใต้เงื่อนไขเหมือนกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พิกัดของโครงสร้างผลึก X-ray ของ aromatase /
ซับซ้อน androstenedione (รหัส PDB 3EQM) ถูกดาวน์โหลด
จากโปรตีน Databank (http://www.rcsb.org) และนำเข้า
สู่โปรแกรมสร้างแบบจำลอง SYBYL (รุ่น 8.0; Tripos, เซนต์หลุยส์
MO) ส่วนประกอบที่ไม่ใช่โปรตีนถูกลบและไฮโดรเจน
อะตอมถูกเพิ่มเข้าไปในโครงสร้างโปรตีน ค่าใช้จ่ายบางส่วนที่ได้รับมอบหมาย
ให้เป็นไปตามห้องสมุดแอมเบอร์และตำแหน่งของ
อะตอมไฮโดรเจนเพิ่มได้รับการเพิ่มประสิทธิภาพโดยกลศาสตร์โมเลกุล
ลดที่ทำให้ตำแหน่งของอะตอมหนัก static.42
ลดพลังงานได้ดำเนินการกับวิธีพาวเวลใน
การทำงานร่วมกับสนามพลัง Amber7 FF99 เป็นระยะทางขึ้นอยู่กับ
อิเล็กทริกคงที่ของ 4 และเกณฑ์การบรรจบกันของ
0.05 กิโลแคลอรี / (mol A) โครงสร้างโมเลกุลของสารยับยั้งก็ยัง
จัดทำขึ้น SYBYL และพลังงานโครงสร้างของแต่ละโครงสร้าง
ถูกลดลงโดยกลศาสตร์โมเลกุล (สนามพลัง MMFF94s,
MMFF94 ค่าใช้จ่ายและระยะทางขึ้นอยู่กับอิเล็กทริกคงที่ของ
4) โดยใช้วิธีการไล่ระดับสีผันและเกณฑ์การเลิกจ้าง
0.01 kcal / (mol A).
โครงสร้างยับยั้งถูกเชื่อมต่อคอมพิวเตอร์เป็นเอนไซม์ของ
เว็บไซต์ที่มีผลผูกพันใช้ GOLD โปรแกรม (เวอร์ชัน 5.0.1 .; CCDC,
เคมบริดจ์, สหราชอาณาจักร) GOLD ทำงานด้วยวิธีการค้นหาทางพันธุกรรม
และช่วยให้แกนด์ที่สมบูรณ์และเว็บไซต์บางส่วนที่มีผลผูกพัน flexibility.43
ทั้งสี่ฟังก์ชั่นการให้คะแนน (GoldScore, ChemScore, ASP, และ Chem-
PLP) ได้มีการทดสอบและขนาดต่างๆและศูนย์กลางของการเชื่อมต่อ
ทรงกลมได้รับการประเมิน การตั้งค่าสำหรับการทำงานขั้นตอนวิธีทางพันธุกรรม
ถูกเก็บไว้ที่ค่าเริ่มต้นของพวกเขา (ขนาดประชากร: 100, เลือก
ความดัน: 1.1; จำนวนของการดำเนินงาน: 100,000 จำนวนเกาะ:
5, ขนาดช่อง: 2 น่าจะเป็นสำหรับการโยกย้ายการกลายพันธุ์และ
ครอสโอเวอร์ : 10%, 95% และ 95% ตามลำดับ) สำหรับแกนด์แต่ละ 30
วิ่งได้ดำเนินการภายใต้เงื่อนไขที่เหมือนกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พิกัดของเรย์โครงสร้างผลึกของ aromatase /
ถอยเชิงซ้อน ( รหัส PDB 3eqm ) ถูกดาวน์โหลด
จากโปรตีน databank ( http://www.rcsb.org ) และนำเข้าสู่การ sybyl
โปรแกรม ( เวอร์ชั่น 8.0 ; tripos เซนต์ หลุยส์ ,
โม ) ทั้งหมดส่วนประกอบของโปรตีนไม่ ลบ และไฮโดรเจนอะตอม
ถูกเพิ่มไปยังโครงสร้างโปรตีน ค่าใช้จ่ายบางส่วนที่ได้รับมอบหมาย
ตามเด็ก ห้องสมุด และ ตำแหน่งของ
เพิ่มไฮโดรเจนอะตอมเหมาะสมโดยโมเลกุลกลศาสตร์
ลดเก็บตำแหน่งของอะตอมหนักคงที่ พลังงานลดได้ 42

กับ Powell ) ร่วมกับ amber7 ff99 สนามพลัง ระยะทางขึ้นอยู่กับ
อิเล็กทริกคงที่ 4 และการลู่เข้าเกณฑ์ ของ
0.05 กิโลแคลอรี / ( mol Å )โครงสร้างโมเลกุลของโปรตีนยัง
เตรียม sybyl และพลังงานในแต่ละโครงสร้าง
ถูกลดโดยกลศาสตร์โมเลกุล ( mmff94s บังคับสนาม
mmff94 ค่าใช้จ่ายและระยะทางขึ้นอยู่กับฉนวนคงที่ของ
4 ) การผันลาดวิธีและเกณฑ์การ
0.01 กิโลแคลอรี่ / 2518 •
โครงสร้าง inhibitor ) เป็น computationally จอดลงของเอนไซม์
เว็บไซต์การใช้โปรแกรมทอง ( รุ่น 5.0.1 ccdc
; , Cambridge , UK ) ทองประกอบกับพันธุกรรมอัลกอริทึมการค้นหา
ช่วยสมบูรณ์และมีผลผูกพันเว็บไซต์บางส่วนลิแกนด์ความยืดหยุ่น 43
4 คะแนนฟังก์ชัน ( goldscore chemscore , ASP , และเคมี -
PLP ) ถูกทดสอบ และขนาดต่าง ๆและศูนย์ของ Docking
ทรงกลมถูกประเมิน การตั้งค่าสำหรับขั้นตอนวิธีพันธุกรรมวิ่ง
เก็บค่าเริ่มต้นของพวกเขา ( ประชากรขนาด : 100 เลือก
แรงดัน 1.1 ; งาน : 100000 , จํานวนของเกาะ :
5 ช่อง ขนาด 2 , ความน่าจะเป็นสำหรับการโยกย้าย เปลี่ยนแปลง และ
ครอสโอเวอร์ : 10% , 95% และ 95% ตามลำดับ ) แต่ละ ) , 30
วิ่งได้ภายใต้เงื่อนไขที่เหมือนกัน