Mapping of the QTL for L on Chromos

Mapping of the QTL for L on Chromosome 11 with CSSLs

To verify the QTL detection accuracy of SmartGrain and the allelic effect of the QTL detected on chromosome 11, we performed further analysis using three CSSLs with a cv Nipponbare segment on chromosome 11 in a cv Koshihikari background: SL635, SL636, and SL637 (Fig. 7, A and B). Each CSSL has a single chromosome segment of cv Nipponbare on chromosome 11 in a common genetic background of cv Koshihikari (Hori et al., 2010). L was 0.17 mm longer in SL636 and SL637 than in cv Koshihikari but was not longer in SL635 (Fig. 7, B and C). Furthermore, we manually measured the L of the three CSSLs (10 seeds per plant; five plants per line) by caliper. Although these values were slightly larger than those measured by SmartGrain, the patterns of L of each line corresponded with those of SmartGrain (Supplemental Fig. S2). In addition, the 1,000-grain weight of SL636 and SL637 was significantly greater (by 0.7 g, or 3.6%; Fig. 7D). Thus, SmartGrain could detect and map the QTL accurately. The cv Nipponbare allele increased L and consequently 1,000-grain weight. Substitution mapping using the three CSSLs mapped the QTL between SNP markers SNP3403 and NIAS_Os_aa11005113, within a region of about 7 Mbp (Fig. 7A).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การแม็ปของ QTL แบบสำหรับ L 11 โครโมโซมกับ CSSLs

เพื่อตรวจสอบ QTL ตรวจสอบความถูกต้องของ SmartGrain และผล allelic QTL ที่พบบนโครโมโซม 11 เราทำการวิเคราะห์ต่อไปด้วย CSSLs สาม cv เป็น Nipponbare เซ็กเมนต์บนโครโมโซม 11 ใน cv เป็นพื้นหลัง Koshihikari: SL635, SL636 และ SL637 กิน 7, A และ B) แต่ละ CSSL มีเซ็กโครโมโซมเดียวของ cv Nipponbare บนโครโมโซม 11 เบื้องหลังทางพันธุกรรมแบบทั่วไปของ cv Koshihikari (Hori et al., 2010) L คือ 0.17 มม.ยาวใน SL636 และ SL637 กว่าใน cv Koshihikari แต่ไม่นานใน SL635 (Fig. 7, B และ C) นอกจากนี้ เราเองวัด L CSSLs สาม (10 เมล็ดต่อพืช พืชห้าต่อบรรทัด) โดยปั้ม ถึงแม้ว่าค่าเหล่านี้ได้เล็กน้อยมีขนาดใหญ่กว่าวัด โดย SmartGrain รูปแบบของ L ของแต่ละบรรทัด corresponded กับ SmartGrain (ฟิกเพิ่มเติม S2) นอกจากนี้ น้ำหนัก 1000 เมล็ดของ SL636 และ SL637 มีมากขึ้นอย่างมีนัยสำคัญ (โดย 0.7 g หรือ 3.6% Fig. 7 D) ดังนั้น SmartGrain สามารถตรวจสอบ และแผนที่ QTL ถูกต้อง ประวัติ Nipponbare allele เพิ่ม L และดังนั้น 1น้ำหนัก 000 เมล็ด แมปแทนใช้ CSSLs สามแมป QTL ระหว่าง SNP เครื่องหมาย SNP3403 และ NIAS_Os_aa11005113 ภายในภูมิภาคของ Mbp 7 (Fig. 7A)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การทำแผนที่ของ QTL สำหรับ L บนโครโมโซม 11 CSSLs กับการตรวจสอบความถูกต้องของการตรวจสอบของ QTL SmartGrain และผล allelic ของ QTL ที่ตรวจพบบนโครโมโซม 11 เราทำการวิเคราะห์เพิ่มเติมได้โดยใช้สาม CSSLs กับพันธุ์ส่วน Nipponbare บนโครโมโซม 11 พันธุ์ Koshihikari พื้นหลัง: SL635, SL636 และ SL637. (รูปที่ 7, A และ B) แต่ละ Cssl มีส่วนโครโมโซมเดียวของพันธุ์ Nipponbare บนโครโมโซม 11 ในพื้นหลังทางพันธุกรรมที่พบบ่อยของพันธุ์ Koshihikari (Hori et al., 2010) L เป็น 0.17 มมอีกต่อไปใน SL636 และ SL637 กว่าในพันธุ์ Koshihikari แต่ก็ไม่ได้อยู่ใน SL635 (รูปที่ 7., B และ C) นอกจากนี้เราวัดด้วยตนเอง L ในสาม CSSLs (10 เมล็ดต่อพืชห้าพืชต่อบรรทัด) โดยคาลิปเปอร์ แม้ว่าค่าเหล่านี้มีขนาดใหญ่กว่าที่วัดได้โดย SmartGrain เล็กน้อยรูปแบบของแอลของแต่ละบรรทัดติดต่อกับผู้ SmartGrain (เพิ่มเติมรูป. S2) นอกจากนี้น้ำหนัก 1,000 เม็ดและ SL636 SL637 อย่างมีนัยสำคัญ (0.7 กรัมหรือ 3.6% รูปที่ 7). ดังนั้น SmartGrain สามารถตรวจพบและแผนที่ QTL ได้อย่างถูกต้อง พันธุ์ Nipponbare อัลลีลที่เพิ่มขึ้นลิตรและทำให้น้ำหนัก 1,000 เมล็ด การทำแผนที่การทดแทนโดยใช้สาม CSSLs แมป QTL ระหว่างเครื่องหมาย SNP SNP3403 และ NIAS_Os_aa11005113 ภายในภูมิภาคประมาณ 7 Mbp (รูปที่ 7A).

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แผนที่ของความ L บนโครโมโซมคู่ที่ 11 กับ cssls

เพื่อตรวจสอบความความถูกต้องของ smartgrain และผลกระทบต่อยาฆ่าแมลงของ QTL พบบนโครโมโซมคู่ที่ 11 เราดำเนินการวิเคราะห์ต่อไป โดยใช้สาม cssls กับ CV nipponbare กลุ่มบนโครโมโซมคู่ที่ 11 ในพันธุ์โคชิฮิคาริ : sl635 sl636 , พื้นหลังและ sl637 ( รูปที่ 7 A และ B )แต่ละ cssl มีโครโมโซมเดี่ยวของ CV nipponbare บนโครโมโซมคู่ที่ 11 ในพื้นหลังทางพันธุกรรมสามัญของพันธุ์โคชิฮิการิ ( โฮริ et al . , 2010 ) ฉันคือ 0.17 มิลลิเมตรยาวและใน sl636 sl637 มากกว่าพันธุ์โคชิฮิคาริ แต่ไม่ได้อีกต่อไปใน sl635 ( รูปที่ 7 , B และ C ) นอกจากนี้ เราเองก็วัดแม่ของทั้งสาม cssls ( 10 เมล็ดต่อต้น ห้าต้นต่อบรรทัด ) โดย Caliper .แม้ว่าค่าเหล่านี้มีขนาดใหญ่กว่าวัด โดย smartgrain รูปแบบ ของข้า ของแต่ละสาย สอดคล้องกับผู้ smartgrain ( เพิ่มเติมรูป S2 ) นอกจากนี้ น้ำหนัก 1000 เมล็ด และ sl637 sl636 อย่างมีนัยสำคัญมากขึ้น ( 0.7 กรัม หรือ 3.6% ; ภาพ 7D ) ดังนั้น smartgrain สามารถตรวจจับและแผนที่ความถูกต้อง CV nipponbare อัลลีลเพิ่มขึ้นและจากนั้น 1น้ำหนัก 000 เม็ด การทำแผนที่การใช้สาม cssls แมปที่ความระหว่าง SNP snp3403 เครื่องหมายและ nias_os_aa11005113 ภายในเขตประมาณ 7 MBP ( รูปที่ 68 )