To examine the phylogenetic signal

To examine the phylogenetic signal in gap characters, we obtained estimates of the avian tree of life based only upon gap characters (Figure 3 and supporting information, files 3 and 4). The gap tree had relatively high bootstrap support for most orders (Figure 3), the structure within orders (supporting information, files 3 and 4) and the small number of strongly supported supra-ordinal clades (i.e., the clades indicated with red asterisks in Figure 1), albeit often with lower bootstrap support than the nucleotide tree. Those supra-ordinal groups recovered in the gap trees (e.g., Novaeratitae, Picocoraciae, Picodynastornithes and Strisores) were much more poorly supported by the bootstrap in the gap character tree than they were in the nucleotide tree. Other independently corroborated supra-ordinal clades were not even present in the gap tree (e.g., Telluraves). However, there was also an interesting exception; McCormack et al. [64] found a strongly supported Eurypygiformes-Phaethontiformes clade. This clade is present in the gap trees. We have refrained from suggesting a name for this clade, since it is absent from the Early Bird tree and lacks independent corroboration, but it could be a case where analyses of gap characters exhibit better agreement with other sources of information than the analyses nucleotides conducted by Hackett et al. [13]. Overall, these analyses demonstrated that a large gap character matrix has sufficient phylogenetic signal to recover many of the most strongly corroborated nodes in the avian tree of life, but few of the most difficult nodes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การตรวจสอบสัญญาณ phylogenetic อักขระช่องว่าง เรารับประเมินนกต้นไม้ชีวิตเฉพาะตามอักขระช่องว่าง (รูปที่ 3 และสนับสนุนข้อมูล ไฟล์ที่ 3 และ 4) ช่องว่างของต้นไม้มีค่อนข้างสูง bootstrap สนับสนุนใบสั่งส่วนใหญ่ (รูป 3), โครงสร้างภายในใบสั่ง (สนับสนุนข้อมูล ไฟล์ที่ 3 และ 4) และขนาดเล็กจำนวน clades supra-ลำดับขอสนับสนุน (เช่น การ clades แสดง ด้วยเครื่องหมายดอกจันสีแดงในรูปที่ 1), แม้ว่าที่มักจะ มีการสนับสนุนเริ่มต้นระบบต่ำกว่าทรีนิวคลีโอไทด์ Supra-ลำดับกลุ่มกู้ในช่วงต้นไม้ (เช่น Novaeratitae, Picocoraciae, Picodynastornithes และ Strisores) กำลังงานมากสนับสนุน bootstrap ในอักขระช่องว่างเกินกว่าพวกเขาในนิวคลีโอไทด์ Clades supra-ลำดับอื่น ๆ corroborated อิสระไม่ได้อยู่ในช่องว่าง (เช่น Telluraves) อย่างไรก็ตาม มียังข้อยกเว้นที่น่าสนใจ รีแมคคอร์แมค et al. [64] พบ clade Eurypygiformes Phaethontiformes ขอสนับสนุน Clade นี้อยู่ในช่องว่างของต้นไม้ เรามี refrained จากการแนะนำชื่อสำหรับ clade นี้ เนื่องจากขาด จากเบิร์ดแผนภูมิ และขาดอิสระ corroboration แต่อาจเป็นกรณีที่วิเคราะห์ช่องว่างของอักขระแสดงข้อตกลงที่ดีกับแหล่งข้อมูลอื่นกว่านิวคลีโอไทด์วิเคราะห์ดำเนินการโดย Hackett et al. [13] โดยรวม วิเคราะห์เหล่านี้แสดงว่า เมทริกซ์อักขระช่องว่างขนาดใหญ่มีสัญญาณ phylogenetic เพียงพอในการกู้คืนหลายโหน corroborated ขอมากที่สุดในชีวิตของต้นไม้นก แต่ไม่กี่ของโหนยากที่สุด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อตรวจสอบสัญญาณสายวิวัฒนาการในตัวอักษรช่องว่างเราได้ประมาณการของต้นไม้นกชีวิตอยู่เฉพาะเมื่อตัวละครช่องว่าง (รูปที่ 3 และสนับสนุนข้อมูลไฟล์ 3 และ 4) ต้นไม้ช่องว่างได้รับการสนับสนุนเงินทุนที่ค่อนข้างสูงสำหรับการสั่งซื้อมากที่สุด (รูปที่ 3) โครงสร้างภายในคำสั่งซื้อ (สนับสนุนข้อมูลไฟล์ที่ 3 และ 4) และขนาดเล็กจำนวนมากได้รับการสนับสนุนอย่างมาก clades ประชาชน-ลำดับ (เช่น clades แสดงด้วยเครื่องหมายดอกจันสีแดงใน รูปที่ 1) แม้ว่ามักจะมีการสนับสนุนเงินทุนต่ำกว่าต้นไม้เบื่อหน่าย บรรดากลุ่มประชาชน-ลำดับคืนต้นไม้ช่องว่าง (เช่น Novaeratitae, Picocoraciae, Picodynastornithes และ Strisores) ได้รับการสนับสนุนมากขึ้นไม่ดีโดยบูตในช่องว่างต้นไม้ตัวละครกว่าที่พวกเขาอยู่ในต้นไม้เบื่อหน่าย อื่น ๆ ยืนยันอิสระ clades ประชาชน-ลำดับก็ไม่ได้อยู่ในต้นไม้ช่องว่าง (เช่น Telluraves) แต่มียังมีข้อยกเว้นที่น่าสนใจ; McCormack และคณะ [64] พบการสนับสนุนอย่างมาก Eurypygiformes-Phaethontiformes clade clade นี้มีอยู่ในต้นไม้ช่องว่าง เราได้งดเว้นจากการบอกชื่อสำหรับ clade นี้เพราะมันจะหายไปจากต้นไม้น Early Bird และขาดการยืนยันอิสระ แต่มันอาจจะเป็นกรณีที่การวิเคราะห์ช่องว่างของตัวอักษรที่แสดงสัญญาที่ดีกับแหล่งข้อมูลอื่น ๆ กว่านิวคลีโอวิเคราะห์ที่จัดทำโดย Hackett และคณะ [13] โดยรวมแล้วการวิเคราะห์เหล่านี้แสดงให้เห็นว่าตัวละครเมทริกซ์มีช่องว่างขนาดใหญ่เพียงพอสัญญาณสายวิวัฒนาการในการกู้คืนหลายโหนดส่วนใหญ่ยืนยันมั่นในต้นไม้นกของชีวิต แต่ไม่กี่ของโหนดที่ยากที่สุด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อตรวจสอบสัญญาณต่างๆในอักขระช่องว่าง เราได้ประมาณการของต้นไม้ของชีวิตโดยเฉพาะเมื่อนกอักขระช่องว่าง ( รูปที่ 3 และสนับสนุนข้อมูล ไฟล์ที่ 3 และ 4 ) ต้นไม้ช่องว่างได้สนับสนุนบูค่อนข้างสูงและสั่งซื้อมากที่สุด ( รูปที่ 3 ) โครงสร้างภายในคำสั่ง สนับสนุนข้อมูลไฟล์ที่ 3 และ 4 ) และจำนวนน้อย ขอสนับสนุน Supra . clades ( เช่น clades แสดงเครื่องหมายดอกจันสีแดง ในรูปที่ 1 ) แต่มักจะสนับสนุนบูต่ำกว่าต้นเบส . พวก Supra . กลุ่มหายในช่องว่าง ( เช่น novaeratitae picocoraciae , ต้นไม้ ,picodynastornithes strisores ) และมีงานมากขึ้น โดยได้รับการสนับสนุนจากบูทในช่องว่างอักขระต้นไม้กว่าพวกเขาในต้นไม้เบส . อื่นๆอิสระยืนยัน Supra . clades ไม่ได้อยู่ในช่องว่าง ( เช่น ต้นไม้ telluraves ) อย่างไรก็ตาม มีข้อยกเว้นที่น่าสนใจ ; McCormack et al . [ 64 ] พบขอสนับสนุน eurypygiformes phaethontiformes clade .ถัดจากนี้อยู่ในช่องว่างของต้นไม้ ขณะนี้มี refrained จากการแนะนำชื่อ ถัดจากนี้ เพราะมันขาดจากนกต้นไม้ต้นและขาดการสนับสนุนที่เป็นอิสระ แต่มันอาจเป็นกรณีที่ใช้อักขระช่องว่างแสดงดีข้อตกลงกับแหล่งข้อมูลอื่นมากกว่าการวิเคราะห์นิวคลีโอไทด์ โดยแฮ็คเก็ตต์ et al . [ 13 ] โดยรวมเหล่านี้การวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่าช่องว่างขนาดใหญ่ตัวอักษรเมทริกซ์ได้เพียงพอ ซึ่งสัญญาณฟื้นตัวมากที่สุดขอยืนยันโหนดในต้นไม้ต่างๆ ของชีวิต แต่ไม่กี่ของโหนดที่ยากที่สุด