ABSTRACT The Synthetic Biology Open

ABSTRACT The Synthetic Biology Open Language (SBOL) is an emerging data standard for representing synthetic biology designs. The goal of SBOL is to improve the reproducibility of these designs and their electronic exchange between researchers and/or genetic design automation tools. The latest version of the standard, SBOL 2.0, enables the annotation of a large variety of biological components (e.g., DNA, RNA, proteins, complexes, small molecules, etc.) and their interactions. SBOL 2.0 also allows researchers to organize components into hierarchical modules, to specify their intended functions, and to link modules to models that describe their behavior mathematically. To support the use of SBOL 2.0, we have developed the libSBOLj 2.0 Java library, which provides an easy to use Application Programming Interface (API) for developers, including manipulation of SBOL constructs, serialization to and from an RDF/XML file format, and migration support in the form of conversion from the prior SBOL 1.1 standard to SBOL 2.0. This letter describes the libSBOLj 2.0 library and key engineering decisions involved in its design.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อการสังเคราะห์ชีววิทยาเปิดภาษา (SBOL) เป็นข้อมูลเกิดขึ้นมาตรฐานสำหรับการแสดงออกแบบชีววิทยาสังเคราะห์ เป้าหมายของ SBOL คือการ ปรับปรุงการทำสำเนาของการออกแบบเหล่านี้และการแลกเปลี่ยนข้อมูลระหว่างนักวิจัยและ/หรือเครื่องมืออัตโนมัติออกแบบทางพันธุกรรม มาตรฐาน SBOL 2.0 รุ่นล่าสุดช่วยให้คำอธิบายของความหลากหลายของส่วนประกอบทางชีวภาพ (เช่น DNA, RNA โปรตีน คอมเพล็กซ์ โมเลกุลเล็ก ฯลฯ) และปฏิสัมพันธ์ของพวกเขา SBOL 2.0 ยังช่วยให้นักวิจัยที่จะจัดระเบียบส่วนประกอบเป็นโมดูลำดับชั้น การระบุฟังก์ชันของตนตั้งใจ และ การเชื่อมโยงโมดูแบบจำลองที่อธิบายพฤติกรรมทางคณิตศาสตร์ เพื่อสนับสนุนการใช้ SBOL 2.0 เราได้พัฒนา libSBOLj 2.0 Java ไลบรารี ซึ่งมีการใช้แอพลิเคชันเขียนโปรแกรมอินเทอร์เฟซ (API) สำหรับนักพัฒนา รวมทั้งการจัดการของ SBOL สร้าง อนุกรมการ และจากรูป RDF/XML มี รูปแบบ และการโยกย้ายสนับสนุนในรูปแบบของการแปลงจากมาตรฐาน SBOL 1.1 ก่อน SBOL 2.0 จดหมายนี้อธิบายการไลบรารี libSBOLj 2.0 และวิศวกรรมตัดสินใจที่สำคัญในการออกแบบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อสังเคราะห์ชีววิทยาเปิดภาษา (SBOL) เป็นมาตรฐานข้อมูลที่เกิดขึ้นใหม่สำหรับการออกแบบที่เป็นตัวแทนของชีววิทยาสังเคราะห์ เป้าหมายของ SBOL คือการปรับปรุงการทำสำเนาของการออกแบบเหล่านี้และแลกเปลี่ยนอิเล็กทรอนิกส์ของพวกเขาระหว่างนักวิจัยและ / หรือเครื่องมือในการออกแบบระบบอัตโนมัติทางพันธุกรรม รุ่นล่าสุดของมาตรฐาน SBOL 2.0 ช่วยให้คำอธิบายประกอบของความหลากหลายทางชีวภาพของส่วนประกอบ (เช่นดีเอ็นเออาร์เอ็นเอโปรตีนคอมเพล็กซ์โมเลกุลขนาดเล็กอื่น ๆ ) และการมีปฏิสัมพันธ์ของพวกเขา SBOL 2.0 นอกจากนี้ยังช่วยให้นักวิจัยในการจัดระเบียบส่วนประกอบเป็นโมดูลลำดับชั้นเพื่อระบุฟังก์ชั่นตั้งใจของพวกเขาและการเชื่อมโยงโมดูลรุ่นที่อธิบายพฤติกรรมของพวกเขาในทางคณิตศาสตร์ เพื่อรองรับการใช้งานของ SBOL 2.0, เราได้พัฒนา libSBOLj 2.0 ห้องสมุด Java ซึ่งให้ง่ายต่อการใช้ Application Programming Interface (API) สำหรับนักพัฒนารวมทั้งการจัดการของ SBOL สร้างอนุกรมไปและกลับจาก RDF / XML Fi le รูปแบบและ สนับสนุนการถ่ายโอนในรูปแบบของการแปลงจากก่อน SBOL 1.1 มาตรฐานเพื่อ SBOL 2.0 จดหมายฉบับนี้อธิบายถึงห้องสมุด libSBOLj 2.0 และการตัดสินใจที่เกี่ยวข้องกับด้านวิศวกรรมที่สำคัญในการออกแบบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทคัดย่อ ชีววิทยาสังเคราะห์เปิดภาษา ( sbol ) เป็นมาตรฐานสำหรับแสดงข้อมูลใหม่ การออกแบบชีววิทยาสังเคราะห์ เป้าหมายของ sbol คือการปรับปรุงยาของการออกแบบเหล่านี้และอิเล็กทรอนิกส์แลกเปลี่ยนระหว่างนักวิจัย และ / หรือเครื่องมืออัตโนมัติออกแบบทางพันธุกรรม รุ่นล่าสุดของมาตรฐาน sbol 2.0 ช่วยให้บันทึกย่อของความหลากหลายของชิ้นส่วนทางชีวภาพ ( เช่น DNA , RNA โปรตีนเชิงซ้อนโมเลกุลขนาดเล็ก ฯลฯ ) และการโต้ตอบของพวกเขา sbol 2.0 ยังช่วยให้นักวิจัยเพื่อจัดองค์ประกอบในโมดูลแบบลำดับชั้นเพื่อระบุจุดประสงค์ของพวกเขาฟังก์ชั่นและการเชื่อมโยงโมดูลที่อธิบายพฤติกรรมของแบบจำลองทางคณิตศาสตร์ . เพื่อสนับสนุนการใช้ sbol 2.0 , เราได้พัฒนา libsbolj 2.0 Java ห้องสมุด ซึ่งให้ง่ายต่อการใช้อินเตอร์เฟซการเขียนโปรแกรมประยุกต์ ( API ) สำหรับนักพัฒนา รวมถึงการจัดการของ sbol โครงสร้าง ทำให้เป็นอนุกรมและจาก RDF / XML จึงเลอ รูปแบบ และการสนับสนุนในรูปแบบของการแปลงจากมาตรฐาน sbol 1.1 ก่อน เพื่อ sbol 2.0 จดหมายฉบับนี้อธิบายถึง libsbolj 2.0 ห้องสมุดและการตัดสินใจด้านวิศวกรรมหลักที่เกี่ยวข้องในการออกแบบ