To evaluate the performance of diff

To evaluate the performance of different assembly methods in terms of SNP-calling, we analysed SNPs called using assemblies from the GAGE-B study (Magoc et al., 2013) for R. sphaeroides and M. abscessus (Dataset 1). Assemblies were available for eight most popular assembly methods (Abyss, Cabog, Mira, MaSuRCA, SGA, SoapDenovo, SPAdes and Velvet) with both HiSeq and MiSeq reads

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพื่อประเมินประสิทธิภาพของวิธีการประกอบแตกต่างกันในแง่ของ SNP โทรศัพท์ เราเคราะห์ SNPs ที่เรียกใช้แอสเซมบลีจากศึกษาเกจ-B (Magoc et al. 2013) อาร์ sphaeroides และ M. abscessus (1 ชุดข้อมูล) มีแอสเซมบลีสำหรับแปดนิยมประกอบวิธี (นรก Cabog, Mira, MaSuRCA, SGA, SoapDenovo โพดำ และกำมะหยี่) กับอ่านทั้ง HiSeq และ MiSeq

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อประเมินประสิทธิภาพของวิธีการชุมนุมที่แตกต่างกันในแง่ของ SNP-เรียกเราวิเคราะห์ SNPs เรียกใช้ประกอบจากการศึกษา GAGE-B (การ Magoc et al., 2013) สำหรับ sphaeroides อาร์เอ็มและ abscessus (ชุดข้อมูล 1) ประกอบได้สำหรับแปดวิธีการชุมนุมที่นิยมมากที่สุด (นรก Cabog, Mira, MaSuRCA, เอสจีเอ, SoapDenovo จอบและกำมะหยี่) กับทั้ง HiSeq และ MiSeq อ่าน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อประเมินประสิทธิภาพของวิธีการประกอบที่แตกต่างกันในแง่ของ HR โทรมา เราวิเคราะห์ snps เรียกใช้ส่วนประกอบจาก gage-b ศึกษา ( magoc et al . , 2013 ) และ อาร์ sphaeroides abscessus ( วันที่ 1 ) ประกอบมีวิธีการประกอบที่ได้รับความนิยมมากที่สุดแปด ( อเวจี cabog ร่า masurca SGA soapdenovo , , , spades และเขากวาง ) มีทั้ง hiseq miseq อ่านและ