One hundred and ninety-four SSR mar

One hundred and ninety-four SSR markers randomly distributed across 12 chromosomes of rice were selected from Gramene (http://www.gramene.org/) and used to screen for polymorphisms in 4 DNA pools bulked by 24 genotypes each. Finally, 58 polymorphic markers were selected to genotype each accession, of which 8, 5, 8, 3, 4, 7, 3, 7, 3, 4, 1, and 5 were located on each of 12 chromosomes, respectively. Chromosome 11 was represented by only one marker.

PCR was carried out in a 20 μL reaction mixtures containing 10 μL of 2 × Taq MasterMix II (Beijing Cowin Biotech Co., Ltd.), 0.5 μmol L− 1 SSR primers and 1.0 μL of template DNA. Amplifications were performed with pre-denaturation of 2 min at 94 °С, 30 cycles of 30 s at 94 °С, 30 s at 50–55 °С, 30 s at 72 °С and extension of 2 min at 72 °С. PCR products were visualized on 2% agarose gels using GelRed staining or on 6% non-denaturing polyacrylamide gel using silver staining.

2.4. Statistical analyses

Genetic diversity was assessed using PowerMarker version 3.25 [20], and was measured by the number of alleles per locus, major allele frequency, gene diversity, and polymorphism information content (PIC). Nei's distance was calculated and used for the unrooted phylogeny reconstruction though the neighbor joining method implemented in PowerMarker with Treeview using MEGA 4.0 [21]. Population structure of the rice germplasm was analyzed using STRUCTURE v2.0 [22]. Models with putative numbers of sub-populations (K) from 1 to 10 with admixture and correlated allele frequencies were considered. Seven independent runs with burn-in of 10,000, and run length of 100,000 iterations for each K were implemented. Both ln P(D) value and Evanno's ΔK were used to determine the K-value [23]. ln P(D) is the log likelihood of the observed genotype distribution in K clusters and was found by STRUCTURE simulation. Evanno's ΔK takes into consideration the variance of ln P(D) among repeated runs and indicates the ideal K. The optimum value of K was then used to determine inferred ancestries. An individual was assigned to a specific population if it had more than 0.8 membership in that population, whereas individuals with membership probabilities less than 0.8 were assigned to an admixed group.

Association between marker alleles and salinity tolerance data was performed using a mixed linear model (MLM) function based on population structure (Q) + relative kinship (K) in TASSEL 3.0. For each locus, rare alleles (frequency < 5%) were treated as null alleles. The relative kinship matrix was calculated by Tassel. Significant marker-trait associations were declared by P ≤ 0.05 with relative magnitudes represented by the R2 value as the portion of variation explained by the marker.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หนึ่งร้อย และไนน์ตี้ - โฟร์เครื่องหมาย SSR กระจาย chromosomes 12 ข้าวสุ่มเลือกจาก Gramene (ส่วน http://www.gramene.org/) และใช้จอ polymorphisms ในดีเอ็นเอ 4 สระ bulked โดย 24 ศึกษาจีโนไทป์แต่ละ ในที่สุด เครื่องหมาย polymorphic 58 ได้เลือกลักษณะทางพันธุกรรมแต่ละทะเบียน ที่ 8, 5, 8, 3, 4, 7, 3, 7, 3, 4, 1 และ 5 มีอยู่ละของ 12 chromosomes ตามลำดับ โครโมโซม 11 ถูกแทน ด้วยเครื่องหมายเดียวเท่านั้นPCR ถูกดำเนินใน 20 μL ปฏิกิริยาส่วนผสม μL 10 ของ 2 × Taq MasterMix II (ปักกิ่ง Cowin เทคโนโลยีชีวภาพ Co., ltd), ไพรเมอร์ L− 1 SSR μmol 0.5 และ 1.0 μL ของดีเอ็นเอต้นแบบ Amplifications ดำเนินกับ denaturation ก่อน 2 นาทีที่ 94 °С รอบ 30 30 s ที่ 94 °С 30 s ที่ 50-55 °С 30 s 72 °Сและนามสกุล 2 นาทีที่ 72 °С ผลิตภัณฑ์ PCR มี visualized บน agarose 2% ใช้ย้อมสี GelRed หรือ 6% ไม่ใช่ denaturing polyacrylamide เจลใช้ย้อมสีเงิน2.4. สถิติวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมถูกประเมินโดยใช้ PowerMarker รุ่น 3.25 [20], และถูกวัด ด้วยจำนวน alleles ต่อโลกัสโพล ความถี่ของ allele ที่สำคัญ ความหลากหลายของยีน และเนื้อหาข้อมูลโพลิมอร์ฟิซึม (PIC) ระยะห่างของ Nei คำนวณ และใช้สำหรับการฟื้นฟู unrooted phylogeny แม้ว่าเพื่อนบ้านที่เข้าร่วมวิธีดำเนินการใน PowerMarker กับ Treeview ใช้ 4.0 ร็อค [21] โครงสร้างประชากรของ germplasm ข้าวถูกวิเคราะห์โดยใช้โครงสร้าง v2.0 [22] รุ่นที่ มีจำนวนย่อยประชากร (K) 1 จะมีการผลิตและความถี่ของ correlated allele putative ได้ถือ ทำงานอิสระเจ็ดกับเขียนในความยาว 10000 และใช้แผน 100000 สำหรับแต่ละ K ถูกนำมาใช้ ค่า ln P(D) และ Evanno ของ ΔK ถูกใช้เพื่อกำหนด K-ค่า [23] ln P(D) โอกาสล็อกการกระจายลักษณะทางพันธุกรรมที่พบในคลัสเตอร์ K และพบ โดยการจำลองโครงสร้าง Evanno ของ ΔK จะพิจารณาความแปรปรวนของ ln P(D) ระหว่างทำงานซ้ำ และบ่งชี้ว่า คุณเหมาะ ค่า K เหมาะสมแล้วที่ใช้กำหนดล่วง ancestries บุคคลถูกกำหนดให้กับประชากรเฉพาะมันมีสมาชิกมากกว่า 0.8 ที่ประชากร ในขณะที่มีกำหนดบุคคลที่ มีน้อยกว่า 0.8 กิจกรรมสมาชิกกลุ่ม admixedเชื่อมโยงระหว่างเครื่องหมาย alleles และเค็มยอมรับข้อมูลที่ดำเนินการโดยใช้ฟังก์ชันรูปแบบเชิงผสม (MLM) ตามโครงสร้างประชากร (Q) + ญาติญาติ (K) ใน 3.0 พู่ ในแต่ละโลกัสโพล alleles หายาก (ความถี่ < 5%) ถือว่าเป็น null alleles มีคำนวณเมทริกซ์ญาติญาติ โดยเปีย ติดเครื่องหมายสำคัญสมาคมถูกประกาศ โดย P ≤ 0.05 กับญาติ magnitudes แทน ด้วยค่า R2 เป็นส่วนของความแปรปรวนที่อธิบายความหมาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

หนึ่งร้อย 94 เครื่องหมาย SSR สุ่มกระจายทั่ว 12 โครโมโซมข้าวได้รับเลือกจาก Gramene (http://www.gramene.org/) และใช้ในการคัดกรองความหลากหลายใน 4 สระดีเอ็นเอเนื้อมีหนังขึ้น 24 ยีนแต่ละ สุดท้าย 58 เครื่องหมาย polymorphic ได้รับเลือกให้เข้า genotype แต่ละที่ 8, 5, 8, 3, 4, 7, 3, 7, 3, 4, 1, 5 และตั้งอยู่ในแต่ละโครโมโซม 12 ตามลำดับ โครโมโซม 11 เป็นตัวแทนจากเพียงหนึ่งเครื่องหมาย. PCR ได้ดำเนินการในผสมปฏิกิริยาไมโครลิตร 20 ที่มี 10 ไมโครลิตรของ 2 × Taq MasterMix ครั้งที่สอง (ปักกิ่งโคลินไบโอเทค จำกัด ), 0.5 ไมโครโมล L- 1 SSR ไพรเมอร์และ 1.0 ไมโครลิตรของ ดีเอ็นเอแม่แบบ เครื่องขยายเสียงได้รับการดำเนินการกับ denaturation ก่อน 2 นาทีที่ 94 °С 30 รอบของ 30 วินาทีที่ 94 °С, 30 วินาทีที่ 50-55 °С, 30 วินาทีที่ 72 °Сและการขยาย 2 นาทีที่ 72 °С ผลิตภัณฑ์ PCR ถูกมองเห็นในเจล agarose 2% โดยใช้การย้อมสี GelRed หรือ 6% ที่ไม่ denaturing เจลอะคริเลตโดยใช้การย้อมสีเงิน. 2.4 การวิเคราะห์ทางสถิติความหลากหลายทางพันธุกรรมได้รับการประเมินโดยใช้รุ่น PowerMarker 3.25 [20] และได้วัดจากจำนวนของอัลลีลต่อสถานที่ความถี่อัลลีลที่สำคัญความหลากหลายของยีนและหลายรูปแบบเนื้อหาข้อมูล (PIC) ระยะ Nei ถูกคำนวณและใช้สำหรับการฟื้นฟูเชื้อชาติ unrooted แม้ว่าวิธีการเข้าร่วมเพื่อนบ้านดำเนินการใน PowerMarker กับ Treeview ใช้ MEGA 4.0 [21] โครงสร้างประชากรของเชื้อพันธุกรรมข้าวได้รับการวิเคราะห์โดยใช้โครงสร้าง v2.0 [22] รุ่นที่มีตัวเลขสมมุติย่อยประชากร (K) 1-10 ที่มีส่วนผสมและความถี่อัลลีลได้รับการพิจารณาความสัมพันธ์ เซเว่นวิ่งอิสระที่มีการเผาไหม้ใน 10,000 และระยะเวลาในการทำงานของ 100,000 ซ้ำสำหรับแต่ละ K ถูกนำมาใช้ ทั้งสอง LN P (D) มูลค่าและΔK Evanno ถูกใช้ในการกำหนดค่า K [23] LN P (D) โอกาสการเข้าสู่ระบบของการกระจายพันธุ์พบว่าในกลุ่ม K และถูกพบโดยการจำลองโครงสร้าง Evanno ของΔKคำนึงถึงความแปรปรวนของ LN P (D) ในหมู่วิ่งซ้ำและระบุที่เหมาะเคมูลค่าที่เหมาะสมของ K ที่ถูกนำมาใช้เพื่อตรวจสอบ ancestries สรุป บุคคลที่ได้รับมอบหมายให้ประชากรเฉพาะถ้ามันมีมากกว่า 0.8 สมาชิกในประชากรที่ในขณะที่บุคคลที่มีความน่าจะเป็นสมาชิกน้อยกว่า 0.8 ได้รับมอบหมายให้กลุ่ม admixed. ความสัมพันธ์ระหว่างอัลลีลเครื่องหมายและข้อมูลที่ทนทานต่อความเค็มได้ดำเนินการโดยใช้แบบจำลองเชิงเส้นผสม ( MLM) ฟังก์ชั่นขึ้นอยู่กับโครงสร้างประชากร (Q) + ญาติญาติ (K) ในพู่ 3.0 สำหรับแต่ละสถานที่, อัลลีลที่หายาก (ความถี่ <5%) ได้รับการรักษาเป็นอัลลีล null เมทริกซ์เครือญาติญาติที่คำนวณได้จากพู่ สมาคมลักษณะเครื่องหมายที่สําคัญถูกประกาศโดย P ≤ 0.05 เคาะกับญาติแทนด้วยค่า R2 เป็นส่วนหนึ่งของการเปลี่ยนแปลงการอธิบายโดยเครื่องหมาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หนึ่งร้อยเก้าสิบสี่ SSR markers กระจายแบบสุ่มทั่วทั้ง 12 โครโมโซมของข้าวที่ได้รับเลือกจาก gramene ( http://www.gramene.org/ ) และใช้หน้าจอเพื่อความหลากหลายในประเภทยก 4 ดีเอ็นเอโดย 24 สายพันธุ์ แต่ละ ในที่สุด , 58 ที่มีเครื่องหมายถูกเลือกกับแต่ละชนิด ซึ่ง 8 , 5 , 8 , 3 , 4 , 7 , 3 , 5 , 3 , 2 , 1 และ 5 ตั้งอยู่ในแต่ละ 12 โครโมโซมตามลำดับ โครโมโซมคู่ที่ 11 ได้แสดงโดยเพียงหนึ่งเครื่องหมาย

) ได้ดำเนินการใน 20 μ L ปฏิกิริยาผสม บรรจุ 10 μ L 2 ×แท็ค mastermix II ( Beijing ทางการเทคโนโลยีชีวภาพ Co . , Ltd . ) , 0.5 μโมล L − 1 SSR ชนิด 1.0 μ L ของดีเอ็นเอแม่แบบ amplifications แสดงด้วย ( ก่อน 2 นาทีที่ 94 °С 30 รอบ 30 s ที่ 94 °С 30 เป็น 50 °С– 55 ,30 s 72 °Сและเบอร์ 2 นาทีที่ 72 °С . ผลิตภัณฑ์ทั้งหมดจะถูกมองเห็นใน 2% ( เจลใช้ gelred staining หรือ 6 % โนนี่ polyacrylamide gel ใช้ silver staining

2.4 . การวิเคราะห์สถิติ

ความหลากหลายทางพันธุกรรมและการใช้ powermarker เวอร์ชั่น 3.25 [ 20 ] และถูกวัดด้วยจำนวนอัลลีลต่อความเชื่อหลัก ในความถี่ ความหลากหลายของยีนและเนื้อหาข้อมูล polymorphism ( PIC ) เนยเป็นระยะทางคำนวณและใช้สำหรับการฟื้นฟูแม้ว่าเพื่อนบ้าน unrooted ระบบเชื้อชาติกับวิธีที่ใช้ในการ powermarker กับเพลงร็อค 4.0 [ 21 ] โครงสร้างประชากรของข้าวพันธุ์วิเคราะห์โดยใช้โครงสร้าง V2.0 [ 22 ]รุ่นที่มีตัวเลขของประชากรย่อยกรดอะมิโน ( k ) จาก 1 ถึง 10 ด้วยการผสมมีความถี่ระดับปานกลาง เจ็ดวิ่งอิสระในการเขียน ของ 10 , 000 , และความยาวของ 100000 ซ้ำสำหรับแต่ละ K ถูกนำมาใช้ ทั้งใน P ( D ) และค่าของ evanno Δ K เพื่อใช้ตรวจสอบ K - ค่า [ 23 ]ใน P ( D ) เป็นโอกาสของการตรวจสอบจีโนไทป์ log K กลุ่มถูกพบโดยการจำลองโครงสร้าง evanno เป็นΔ K จะพิจารณาความแปรปรวนใน P ( D ) ระหว่างกันและวิ่งแสดงมูลค่าที่เหมาะสมที่เหมาะ K . K ก็ใช้ว่ามีบรรพบุรุษ . แต่ละคนได้รับมอบหมายให้ประชากรที่เฉพาะเจาะจง ถ้ามันมีมากกว่า 08 สมาชิกในประชากร ในขณะที่บุคคลที่มีสถานะเป็นสมาชิกน้อยกว่า 0.8 ได้รับการผสมกลุ่ม

และความสัมพันธ์ระหว่างยีนเครื่องหมายความเค็มข้อมูลกระทำโดยใช้แบบจำลองเชิงเส้นผสม ( MLM ) ฟังก์ชันตามโครงสร้างประชากร ( Q ) เครือญาติญาติ ( K ) พู่ 3.0 สำหรับแต่ละโลกัสยีน , หายาก ( ความถี่ < 5% ) ถือว่าเป็น null อัลลีลเมทริกซ์เครือญาติญาติถูกคำนวณโดยพู่ . ลักษณะสำคัญเครื่องหมายสมาคมประกาศโดย P ≤ 0.05 กับญาติขนาดแสดงโดยค่า R2 เป็นส่วนของการอธิบายโดยเครื่องหมาย