มะละกอถูกนำมาใช้บริโภคเป็นผักได้หลายส่วนด้วยกัน เช่น ผล(ดิบ) ยอด ใบ และลำต้น ส่วนที่ใช้มากที่สุด คือ ผลดิบ ซึ่งอาจใช้บริโภคดิบก็ได้ เช่น นำมาปรุงตำส้มที่ชาวไทยรู้จักดี หรือนำมาทำให้สุกเสียก่อน ไม่ว่าจะเป็นต้ม (หรือต้มกะทิ) เป็นผักจิ้ม แกงส้ม ต้มกับเนื้อ ฯลฯ นอกจากนี้ยังนำเนื้อมะละกอดิบมาดองกับน้ำส้มเป็นผักดอง หรือนำเนื้อมะละกอมาดองเกลือ ตากแห้ง เป็นตังฉ่าย ใช้ปรุงอาหารจีนก็ได้
ยอดอ่อนและใบมะละกอก็นำมาใช้ปรุงอาหารเป็นผักได้เช่นเดียวกันแต่ในเมืองไทยยังไม่นิยมกัน อาจจะเป็นเพราะรังเกียจความขมหรือยางในใบและยอด แต่ในหลายประเทศนิยมกันมาก เช่น บนเกาะชวาประเทศอินโดนีเซีย เป็นต้น ข้อดีประการหนึ่งของการนำใบและยอด มะละกอมาบริโภคเป็นผัก ก็คือ มีคุณค่าทางอาหารสูง ทั้งโปรตีน วิตามิน และเกลือแร่ชนิดต่างๆ จึงอยากขอฝากให้ชาวไทยที่มีฝีมือในการปรุงอาหารช่วยนำใบและยอดมะละกอมาทดลองประกอบอาหารให้ มีรสชาติที่คนไทยยอมรับเป็นอาหารไทยชนิดหนึ่งได้ ก็จะเป็นประโยชน์ต่อคนไทยในอนาคตมาก
ในส่วนลำต้นมะละกอนั้นเมื่อปอกเปลือกด้านนอกออกจะได้เนื้อภายในที่มีสีขาวครีมและค่อนข้างอ่อนนุ่ม คล้านเนื้อผักกาดหัวจีน (ไชเท้า) จึงสามารถนำมาปรุงอาหารได้เช่นเดียวกับผักกาดหัว โดยเฉพาะนำมาดองเค็ม ตากแห้ง เหมือนหัวผักกาดเค็ม (ไชโป๊) มะละกอนับเป็นผักที่มีคุณค่าทางโภชนาการสูงชนิดหนึ่ง เช่น เนื้อในผลซึ่งแม้คุณค่าจะด้อยกว่าใบและยอด แต่ก็นับว่าสูงโดยเฉพาะวิตามินเอ วิตามินบี วิตามินซี แร่ธาตุเหล็ก และแคลเซียม เป็นต้น
ประโยชน์ด้านอื่นๆ ของมะละกอ
ในต่างประเทศประชาชนส่วนใหญ่รู้จักมะละกอในฐานะผักเพราะมะละกอสุกเป็นผลไม้ที่ดีมากชนิดหนึ่ง เป็นที่นิยมกินกันทั่วโลกไม่เฉพาะในเขตร้อนที่ปลูกมะละกอได้เท่านั้น แต่ยังนำเข้าไปในประเทศเขตอบอุ่นที่ปลูกมะละกอไม่ได้อีกด้วย มะละกอสุกสามารถกินสด บรรจุกระป๋อง นำไปทำแยม และทำน้ำผลไม้ได้ดี มีรสอร่อย สีสวยน่ากิน คุณค่าทางโภชนาการสูง มีคุณค่าทางสมุนไพร มีผลให้กินตลอดปี ผลิตได้ง่าย ราคาไม่แพง ฯลฯ มะละกอมีความสำคัญมากในอุตสาหกรรมผลิตเอนไซม์ปาเปอีน (papain) ซึ่งเป็นเอนไซม์ช่วยย่อยอาหารหมัก ทำให้เนท้อเปื่อยนุ่ม ใช้ในอุตสาหกรรมเครื่องสำอาง เป็นต้น
เอนไซม์ปาเปอีนได้จากยางมะละกอ ซึ่งกรีดแผลบนผลมะละกอดิบแล้วปล่อยให้แห้ง นำยางมะละกอแห้งมาสกัดเอนไซม์ปาเปอีน และเอนไซม์อื่นๆ บางชนิด ยางมะละกอนี้แม่บ้านชาวไทยรู้จักนำมาใช้ประโยชน์นานแล้ว เช่น ใช้หมักเนื้อให้อ่อนนุ่ม ใส่ในต้มแกงให้เนื้อเปื่อยยุ่ย เป็นต้น
มะละกอมีคุณค่าด้านสมุนไพรมากมายแทบทุกส่วนของพืชชนิดนี้ เช่น
ยาง แก้ปวดฟัน ถ่ายพยาธิไส้เดือน กัดหูด ใช้ลบรอยฝ้าบนใบหน้า
ราก ต้มกินขับปัสสาวะ
เมล็ดแก่ ถ่ายพยาธิ แก้กระหายน้ำ
ใบ บำรุงหัวใจ
ผลดิบ เป็นยาระบายอ่อนๆ ขับปัสสาวะ
ผลสุก บำรุงธาตุ แก้ธาตุไม่ปกติ แก้กระเพาะอาหารอักเสบ ช่วยย่อยอาหาร เป็นยาระบายอ่อนๆ
ในสมัยก่อนหมอดูมักใช้กระดานหมอดู ที่ทำจากเปลือกมะละกอโดยการทุบเปลือกแยกเนื้อออกจนหมด เหลือแต่เส้นใยแล้วลงรักและเขม่าจนแข็งดำ ตากให้แห้ง ก็จะได้แผ่นกระดานดำที่เบาและทนทานมาก
ตำราการปลูกต้นไม้ในบ้านบางฉบับมีข้อห้ามมิให้ปลูกมะละกอในบริเวณบ้านเพราะถือตามเสียง ซึ่งมีความหมายคล้ายคลึงกับคำที่ว่า อัปมงคล คือ มะละกอ มีคำว่า “มะละ” พ้องกับบคำว่า “มร” (มะระ) ซึ่งแปลว่า ตาย จึงถือว่าเป็นอัปมงคล(คล้ายลั่นทมที่คล้ายคำว่า “ระทม”) แต่เท่าที่สังเกตดูทั่วไปในปัจจุบันพบว่า ชาวไทยส่วนใหญ่ไม่ถือตามตำราฉบับนี้ จึงปลูกมะละกอในบริเวณบ้านกันทั่วไป
แม้แต่ในสมุดคู่มือว่าด้วยการทำสวนครัวที่พิมพ์แจกเมื่อปี พ.ศ.2482 ในช่วงจอมพล ป.พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรี และรณรงค์ให้ชาวไทยทำสวนครัวกันอย่างจริงจังในสมุดคู่มือเล่นนั้นแนะนำให้ปลูกมะละกอเอาไว้ในบริเวณบ้าน โดยย่กย้องมะละกอว่า “เป็นอาหารอย่างดี หาที่เปรียบได้ยาก” คำยกย่องนั้นยังคงใช้ได้อยู่จนกระทั่งวันนี้