The phylogenetic tree presented in

The phylogenetic tree presented in Fig. 3 (ML analysis of the
combined all codon positions of COI, 16S rRNA and 28S rRNA sequences)
does not conflict with the analysis of the three genes separately
or by the analysis with ML, NJ or BI (data not shown). For
some species (e.g. C. pfeifferi, C. malayanus, C. consociatus and C.
bensoni) for which the relationships inferred in the concatenated
COI, 16S rRNA and 28S rRNA tree (Fig. 3) differed from those inferred
in analyses based on other datasets. These differences and/
or lack of resolution are consistent with the pattern we would expect
if many or all genes shared the same history, but some of them
individually contained too little information relative to stochastic
noise to support clades. This supports the idea that concatenation
can overcome misleading homoplasy (Townsend et al., 2011). We
note also the possibility that mitochondrial introgression can mislead
phylogenetic analyses, but as our analyses were based on both
nuclear and mitochondrial markers, and analyses of the nuclear
28S rRNA gene (Supplemental analyses – Fig. S2) gave identical results
with mtDNA (Supplemental analyses – Fig. S1) and concatenated
datasets (Fig. 3), it seems improbable that introgression
has had any major effect on our phylogenies.
In the molecular tree (Fig. 3), Cyclophorus divides into two major
clades (clades 1 and 2), with C. perdix tuba from Malaysia the
sole species in clade 1 and with the remaining Cyclophorus species
in clade 2. The sole species of C. perdix tuba (clade 1, Fig. 3) also
showed some distinctive morphological characters (unique colour
patterns, more prominent keel, a conical shape but with peculiar
trumpet shaped dilatation of the ultimate whorl towards the aperture
and it also possesses a unique line around the suture.) when
compared to the rest of the Cyclophorus group. Moreover, the p-distance
between C. perdix tuba and those species in clade 2 was 16%
and 19% in the 16S rRNA and COI genes, respectively. We note similar
genetic distances have been inferred to be indicative of distinct
genera in studies of other land snails (Köhler, 2011). Clade 2 was
further divided into two subgroups, the minor clade 2a comprised
the non-Thai species, and the main clade 2b comprised all of the

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ต้นไม้สายวิวัฒนาการที่นำเสนอในมะเดื่อ 3 (การวิเคราะห์มิลลิลิตร
รวมทุกตำแหน่ง codon ของ COI, rrna 16s และ 28s rRNA ลำดับ)
ไม่มีความขัดแย้งกับการวิเคราะห์ยีนที่สามแยก
หรือโดยการวิเคราะห์ด้วย มล. nj หรือสอง (ไม่ได้แสดงข้อมูล) เพื่อ
บางชนิด (consociatus EGC pfeifferi ค malayanus. ค. และค.
bensoni) ซึ่งความสัมพันธ์ในการตัดแบ่งสรุป
COI,rrna 16s และ 28s ต้น rrna (รูปที่ 3) แตกต่างไปจากที่คาดการณ์
ในการวิเคราะห์บนพื้นฐานของชุดข้อมูลอื่น ๆ ความแตกต่างเหล่านี้และ /
หรือขาดความละเอียดที่สอดคล้องกับรูปแบบที่เราจะคาดหวัง
ถ้ายีนจำนวนมากหรือทั้งหมดที่ใช้ร่วมกันประวัติศาสตร์เหมือนกัน แต่บางส่วนของพวกเขาเป็นรายบุคคล
มีข้อมูลน้อยเกินไปเมื่อเทียบกับสุ่ม
เสียงที่จะสนับสนุน clades นี้สนับสนุนความคิดที่เชื่อม
สามารถเอาชนะ homoplasy ทำให้เข้าใจผิด (ทาวน์เซนด์และคณะ. 2011)
เรายังทราบความเป็นไปได้ที่อินโทรยลสามารถเข้าใจผิด
วิเคราะห์สายวิวัฒนาการ แต่เป็นการวิเคราะห์ของเราขึ้นอยู่กับทั้งสอง
เครื่องหมายนิวเคลียร์และยลและวิเคราะห์ของนิวเคลียร์
28s rRNA ยีน (เสริมวิเคราะห์ -. มะเดื่อ s2) ให้ผลเหมือนกัน
ด้วย mtDNA (เสริมวิเคราะห์ -. มะเดื่อ s1) และตัดแบ่ง
ชุดข้อมูล (รูปที่ 3) ดูเหมือนว่าไม่น่าที่อินโทร
ได้มีผลสำคัญใด ๆ ใน phylogenies ของเรา.
ในต้นไม้โมเลกุล (รูปที่ 3), cyclophorus แบ่งออกเป็นสองหลัก clades
(clades 1 และ 2) โดยมีค ทูบา perdix จากมาเลเซีย
แต่เพียงผู้เดียวชนิดใน clade 1 และส่วนที่เหลืออีก cyclophorus ชนิด
ใน clade 2 ชนิดเดียวของค perdix ทูบา (clade 1 มะเดื่อ 3.) นอกจากนี้ยัง
แสดงให้เห็นว่าตัวละครที่โดดเด่นบางก้าน (สีที่ไม่ซ้ำกัน
รูปแบบกระดูกงูโดดเด่นมากขึ้นรูปทรงกรวย แต่ด้วยความแปลก
รูปแตรขยายวงของรูรับแสงสูงสุดต่อ
และมันยังมีคุณสมบัติที่ไม่ซ้ำกันเส้นรอบเย็บ.) เมื่อเทียบกับ
ส่วนที่เหลือของกลุ่ม cyclophorus นอกจากนี้-p
ระยะทางระหว่างค ทูบา perdix และผู้ที่อยู่ในสายพันธุ์ clade 2 เป็น 16%
และ 19% ใน 16s rRNA และยีน COI ตามลำดับ เราทราบที่คล้ายกัน
ระยะทางพันธุกรรมที่ได้รับการคาดการณ์ว่าจะบ่งบอกถึงความแตกต่าง
จำพวกในการศึกษาของหอยทากบกอื่น ๆ (โคห์เลอร์ 2011) clade 2
ถูกแบ่งออกเป็นสองกลุ่มย่อย 2a clade เล็กน้อยประกอบด้วย
ไม่ใช่สายพันธุ์ไทยและ 2b clade หลักประกอบด้วยทั้งหมดของ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ต้น phylogenetic ใน Fig. 3 (วิเคราะห์ ML
รวมตำแหน่งรหัสพันธุกรรมทั้งหมดของ COI, 16S rRNA และ 28S rRNA ลำดับ)
ไม่ขัดแย้งกับการวิเคราะห์ยีนสามแยก
หรือ โดยการวิเคราะห์ด้วย ML, NJ หรือ BI (ข้อมูลไม่แสดง) สำหรับ
บางชนิด (เช่น C. pfeifferi, C. malayanus, C. consociatus และ C.
bensoni) สำหรับความสัมพันธ์สรุปในการต่อซึ่ง
COI 16S rRNA และ 28S rRNA ทรี (Fig. 3) แตกต่างจากเอเชีย
ในวิเคราะห์ตาม datasets อื่น ๆ ความแตกต่างเหล่านี้ และ /
หรือขาดความสอดคล้องกับรูปแบบที่เราคาดหวัง
ถ้ายีนจำนวนมาก หรือทั้งหมดที่ใช้ร่วมกันเดียวกันประวัติ แต่บางส่วน
ทีประกอบด้วยข้อมูลน้อยเกินไปเมื่อเทียบกับแบบเฟ้นสุ่ม
เสียงสนับสนุน clades นี้สนับสนุนความคิดที่เรียงต่อกัน
สามารถเอาชนะ homoplasy เข้าใจ (จัห et al., 2011) เรา
สังเกตความเป็นไปได้ที่ introgression ที่ mitochondrial สามารถเข้าใจ
phylogenetic วิเคราะห์ แต่ เป็นวิเคราะห์ของเราถูกใช้ทั้ง
mitochondrial และนิวเคลียร์เครื่องหมาย และการวิเคราะห์ของการนิวเคลียร์
28S rRNA ยีน (เพิ่มเติมวิเคราะห์ – ฟิกได้ S2) ให้ผลลัพธ์เหมือนกัน
กับ mtDNA (เพิ่มเติมวิเคราะห์ – ฟิก S1) และต่อ
datasets (Fig. 3), เหมือน improbable ที่ introgression
มีผลสำคัญใด ๆ ใน phylogenies ของเรา
ในโมเลกุล (Fig. 3), Cyclophorus แบ่งออกเป็นสองวิชา
clades (clades 1 และ 2), กับทูบา C. perdix จากมาเลเซีย
โซลชนิด clade 1 และ มีพันธุ์ Cyclophorus ที่เหลือ
ใน clade 2 พันธุ์ C. perdix ทูบา (clade 1, Fig. 3) แต่เพียงผู้เดียวยัง
พบอักขระบางตัวของโดดเด่น (เฉพาะสี
รูปทรงกรวย รูปแบบ keel โดดเด่นมาก แต่แปลก
แตรรูป dilatation ของขวัญที่ดีที่สุดต่อรูรับแสง
และยังมีรายการเฉพาะรอบ ๆ รอยประสาน) เมื่อ
เมื่อเทียบกับส่วนเหลือของกลุ่ม Cyclophorus นอกจากนี้ ระยะ p
ระหว่าง C. perdix ทูบาและพันธุ์เหล่านั้นใน clade 2 ได้ 16%
และ 19% 16S rRNA และยีน COI ตามลำดับ เราทราบคล้าย
ระยะทางพันธุกรรมมีการสรุปให้ส่อหมด
สกุลในศึกษาอื่น ๆ ที่ดินหอย (Köhler, 2011) Clade 2 ถูก
แบ่งกลุ่มย่อย 2, 2a clade รองประกอบด้วย
พันธุ์-ไทย และ 2b clade หลักประกอบด้วยทั้งหมดของการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทรี phylogenetic ที่นำเสนอในรูป. 3 (มล.การวิเคราะห์ของ
รวมทั้งหมด codon ตำแหน่งของ coi , 16 S rrna และ 28 S rrna ลำดับ)
ไม่ขัดแย้งกับการวิเคราะห์ของยีนที่สามแยกต่างหาก
หรือโดยการวิเคราะห์ด้วยมล., NJ หรือ BI (ข้อมูลไม่มีใน ภาพ ประกอบ) สำหรับ
บางสายพันธุ์(เช่น pfeifferi . C . C . C . consociatus หมีหมาและ C .
bensoni )ที่ความสัมพันธ์จึงลงความเห็นในค่าใช้จ่ายเป็น SMS แบบต่อเนื่องที่
coi16 S และ 28 S rrna rrna ต้นไม้(รูปที่ 3 )แตกต่างจากผู้ที่จริงแต่อย่างใด
ซึ่งจะช่วยในการวิเคราะห์บนพื้นฐาน datasets อื่นๆ. ความแตกต่างกันเหล่านี้และ/
หรือขาดความละเอียดจะมีความต่อเนื่องพร้อมด้วยรูปแบบที่เราคาดหวังว่าจะได้รับ
หากจำนวนมากหรือยีนทั้งหมดใช้ร่วมกันประวัติเดียวกันแต่บางคน
แบบที่อยู่เกินไปข้อมูลน้อยมากเมื่อเทียบกับ,แบบใดก็ได้ทั้งหมดรองรับงาน
ซึ่งจะช่วยขจัดเสียงรบกวนในการสนับสนุน clades นี้สนับสนุนความคิดที่ว่า concatenation
ตามมาตรฐานสามารถเอาชนะ homoplasy ก่อให้เกิดความเข้าใจผิด( townsend et al . 2011 ) เรา
หมายเหตุ:ความเป็นไปได้ที่ introgression mitochondrial สามารถชักจูงการวิเคราะห์
phylogenetic แต่เป็นการวิเคราะห์ของเราอยู่บนพื้นฐานการวิเคราะห์และการหลบหลีกตัวประกบ
นิวเคลียร์และ mitochondrial ทั้งของยีน rrna นิวเคลียร์
28 S (ส่วนเสริมการวิเคราะห์ - รูป S 2 )ทำให้ผลเหมือนกัน
ด้วย mtdna (ส่วนเสริมการวิเคราะห์ - รูป S 1 )และค่าใช้จ่ายเป็น SMS แบบต่อเนื่อง
ตามมาตรฐานdatasets (รูปที่ 3 )มันดูเหมือนจะเป็นไปได้ว่า introgression
มีผลกระทบใดๆใน phylogenies ของเรา.
ในทรีระดับโมเลกุล(รูปที่ 3 ) cyclophorus แบ่งเป็นสองหลัก
clades ( clades 1 และ 2 )พร้อมด้วยและท่อหายใจ perdix c จากประเทศมาเลเซียพันธุ์
แต่เพียงผู้เดียวใน clade 1 และพร้อมด้วยส่วนที่เหลือสายพันธุ์ cyclophorus
ใน clade 2 . สายพันธุ์แต่เพียงผู้เดียวของ C . perdix ท่อหายใจและส่ง( clade 1 รูป. 3 )ยัง
ตามมาตรฐานแสดงให้เห็นว่าบางอย่างที่มีลักษณะพิเศษเกี่ยวกับวิชาว่าด้วยรูปร่างลักษณะตัวอักษร(โดดเด่นสี
รูปแบบ,โดดเด่นไปได้มากกว่านี้อีกกระดูกงูที่ทรงกรวยรูปแต่พร้อมด้วยลักษณะเฉพาะ
แตรรูปทรงกล่าวอย่างยืดยาวของสิ่งที่เป็นวงที่เข้าสู่ช่อง
และยังเป็นเจ้าของที่บรรทัดที่ไม่ซ้ำกันโดยรอบที่รอยเย็บแผล.)เมื่อ
เมื่อเทียบกับส่วนที่เหลือ cyclophorus กลุ่ม. ยิ่งไปกว่านั้นและท่อหายใจ perdix P - ระยะทาง
ระหว่าง C .และสายพันธุ์ที่อยู่ใน clade 216%
และ 19% ใน 16 S rrna และยีน coi ตามลำดับ. เราบันทึกไว้ด้วยความเหมือน
ระยะไกลทางพันธุกรรมได้รับจึงลงความเห็นเป็นตัวบ่งชี้ถึง
ซึ่งจะช่วยเอื้องโดดเด่นในการศึกษาของตัวบุ้งแผ่นดินอื่นๆ( köhler 2011 ) clade 2 แบ่งออกเป็นสองกลุ่มย่อย clade เล็กน้อยที่ 2 ประกอบด้วย
ที่สายพันธุ์ไม่มีสัญชาติไทยและหลัก clade 2 B ที่ประกอบด้วยทั้งหมดของ
ซึ่งจะช่วยเพิ่มเติม