2.4. DNA extraction, amplification,

2.4. DNA extraction, amplification, and sequencing
Mushroom DNA was extracted from dried tissue using High Pure PCR Template preparation kit (Roche, Germany) according to the manufacturer’s instructions.

Following DNA extraction, the ITS region of the nuclear rDNA was amplified by polymerase chain reaction (PCR) using primers ITS1-F (5 CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA 3) and ITS4-R (5 CAGGAGACTTGTACACGGTCCAG 3).

The PCR conditions were as follows; initial denaturation at 94 C for 2 min followed by 30 cycles of denaturation (at 98 C for 10 s), annealing (at 55 C for 30 s) and an extension (at 72 C for 50 s).
These cycles were then followed by a final extension step at 72 C for 5 min.
The PCR product was purified with a High Pure PCR Purification Kit (Roche,Germany).
The purified products were sequenced with primers ITS1-F and ITS4-R at the RefGen (Ankara, Turkey).
A sequence analysis and a multiple sequence analysis were performed using the CLC-BIO main workbench.
A close sequence searching was performed using BLASTn at NCBI.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. ดีเอ็นเอแยก ขยาย และจัดลำดับเห็ดดีเอ็นเอที่สกัดจากเนื้อเยื่อที่แห้งโดยใช้แม่แบบ PCR บริสุทธิ์สูงเตรียมชุด (โร เยอรมนี) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต ต่อการสกัดดีเอ็นเอ แคว้นของ rDNA นิวเคลียร์ถูกขยาย โดยพอลิเมอเรสปฏิกิริยาลูกโซ่ (PCR) โดยใช้ไพรเมอร์ ITS1 F (5 CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA 3) และ ITS4-R (5 CAGGAGACTTGTACACGGTCCAG 3) เงื่อนไข PCR มีดังนี้ denaturation เริ่มที่ C 94 สำหรับ 2 นาทีตาม ด้วยวงจร 30 การ denaturation (ที่ C 98 10 s), หลอม (ที่ 55 C สำหรับ 30 s) และการขยาย (ที่ 72 C สำหรับ 50 s) วงจรเหล่านี้ได้แล้วตาม ด้วยขั้นตอนสุดท้ายต่อที่ C 72 สำหรับ 5 นาที ผลิตภัณฑ์ PCR ที่บริสุทธิ์กับสูงบริสุทธิ์ PCR ฟอกชุด (โร เยอรมนี)ผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์ถูกเรียงลำดับกับไพรเมอร์ ITS1 F และ R ITS4 ที่ RefGen (อังการา ตุรกี) การวิเคราะห์และการวิเคราะห์ลำดับหลายถูกดำเนินโดยใช้หลักการทางชีวภาพ CLC ที่ปรับแต่ง ปิดลำดับค้นที่ดำเนินการโดยใช้ BLASTn ที่ NCBI

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 สกัดดีเอ็นเอขยายและลำดับ
ดีเอ็นเอเห็ดสกัดจากเนื้อเยื่อแห้งโดยใช้แม่แบบ PCR บริสุทธิ์สูงเตรียมชุด (Roche, เยอรมนี) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต. ต่อไปนี้การสกัดดีเอ็นเอภูมิภาคของนิวเคลียร์ rDNA ถูกขยายโดยวิธี Polymerase chain reaction ( PCR) โดยใช้ไพรเมอร์ ITS1-F (5 CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA 3) และ ITS4-R (5 CAGGAGACTTGTACACGGTCCAG 3). PCR เงื่อนไขดังนี้ denaturation เริ่มต้นที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาทีตามด้วย 30 รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติ (ที่ 98 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 วินาที), การอบ (ที่ 55 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที) และส่วนต่อขยาย (ที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 50 s). รอบเหล่านั้นตามมาด้วย ขั้นตอนการขยายสุดท้ายที่ 72 C เป็นเวลา 5 นาที. ผลิตภัณฑ์ PCR บริสุทธิ์ด้วยวิธี PCR บริสุทธิ์บริสุทธิ์สูง Kit (Roche, เยอรมนี). ผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์มีลำดับขั้นตอนกับไพร ITS1-F และ ITS4-R ที่ RefGen (Ankara, ตุรกี ). การวิเคราะห์ลำดับและการวิเคราะห์ลำดับหลายได้รับการดำเนินการโดยใช้ CLC-BIO ปรับแต่งหลัก. ลำดับการค้นหาใกล้ได้รับการดำเนินการโดยใช้ไทด์ที่ NCBI

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . การสกัดดีเอ็นเอ ( DNA sequencing
, , และเห็ดสกัดจากเยื่อบริสุทธิ์สูงใช้ชุดแม่แบบ PCR แห้งเตรียม ( โรช , เยอรมนี ) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต

ต่อไปนี้การสกัดดีเอ็นเอของเขตของ rDNA นิวเคลียร์ถูกขยายโดยวิธีพีซีอาร์ ( PCR ) โดยใช้ไพรเมอร์ its1-f ( 5 cttggtcatttagaggaagtaa 3 ) และ its4-r ( 5 caggagacttgtacacggtccag 3 )

สภาพ PCR มีดังนี้ ( เริ่มต้นที่ 94 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 2 นาที ตามด้วย 30 รอบ ( ( 98 C 10 ) อบที่ 55 C 30 S ) และส่วนขยาย ( 72 C
50 s )รอบนี้แล้วตามด้วยขั้นตอนการสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที
ผลิตภัณฑ์ PCR บริสุทธิ์บริสุทธิ์บริสุทธิ์สูงด้วย PCR Kit ( โรช , เยอรมนี )
ผลิตภัณฑ์ที่บริสุทธิ์เป็นลำดับด้วยไพรเมอร์และ its1-f its4-r ที่ refgen ( อังการา , ตุรกี ) .
การวิเคราะห์ลำดับและการวิเคราะห์หลายลำดับ การใช้หลัก
clc-bio โต๊ะทำงานปิดการค้นหาตามลำดับมีการใช้ blastn ที่ ncbi .