มูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย ได้มอบหมายให้ นางเสงี่ยม ช.สิงหเนตร เป็นผู้แทนผู้รับใบอนุญาต ดำเนินการขออนุญาตจากกระทรวงศึกษาธิการ จัดตั้งโรงเรียนโดยใช้ชื่อว่า "โรงเรียนเชียงใหม่คริสเตียน" (The Chiangmai Christian School) อักษรย่อ ช.ค. สีประจำโรงเรียน คือ สีชมพู-สีขาว ในวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2505 โดยได้รับอนุญาตให้เปิดระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-4 มีนายธวัช เบญจวรรณ เป็นผู้จัดการ และนางสมทรง แก้ววรรณรัตน์ เป็นครูใหญ่ โดยใช้สถานที่ของคริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่ เป็นที่ตั้งของโรงเรียน ต่อมาสมาชิกคริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่มีจำนวนเพิ่มมากขึ้น ทำให้โบสถ์ซึ่งใช้เป็นสถานที่นมัสการพระเจ้าในวันอาทิตย์คับแคบ คณะธรรมกิจคริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่ จึงได้สร้างโบสถ์ใหม่ ณ คริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่ หลังปัจจุบัน และมีพิธีเปิดโบสถ์หลังใหม่เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2511 สำหรับโบสถ์คริสตจักรที่ 1 เชียงใหม่ หลังเดิม ใช้เป็นสถานที่อบรมจริยธรรมแก่นักเรียน ที่ทำการศาสนกิจ เป็นห้องประชุมของโรงเรียนเชียงใหม่คริสเตียน และเป็นสัญลักษณ์ ของโรงเรียนจนถึงปัจจุบัน
บริเวณด้านหน้าโรงเรียนเชียงใหม่คริสเตียน ด้านหลังคือตัวโบสถ์ และอาคารประกอบการเรียน
โรงเรียนเชียงใหม่คิสเตียน ได้รับการอนุญาตให้ขยายการเรียนการสอนเพิ่มขึ้นในปี พ.ศ. 2509 จนถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 และขยายขึ้นเรื่อยมาจนถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 ในปี พ.ศ. 2514 และได้รับอนุญาตให้เปิดทำการเรียนการสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ในปี พ.ศ. 2551