กรุงศรีอยุธยามีชื่อเดิมที่ปรากฏในเอกสารชั้นต้นที่เป็นศิลาจารึกและตำนานบางเรื่องว่า "กรุงอโยธยา" ซึ่งเป็นการนำชื่อเมืองของพระรามในเรื่องรามเกียรติ์มาใช้ ชื่อกรุงอโยธยาคงจะถูกเปลี่ยนเป็นกรุงศรีอยุธยา ซึ่งเป็นชื่อที่รู้จักกันทั่วไปในปัจจุบันนี้ในสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ซึ่งอยู่ในระยะเวลาตอนปลายของสมัยกรุงศรีอยุธยา อันเป็นสมัยที่หนังสือพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาฉบับที่เก่าที่สุดเท่าที่มีอยู่ในขณะนี้ ได้รับการเขียนและคัดลอกกันต่อๆ มา เป็นต้นฉบับตัวเขียนที่เก็บอยู่ในหอสมุดแห่งชาติ หนังสือพงศาวดารฉบับนี้ก็ได้กล่าวถึงเมืองที่มีชื่อว่า กรุงศรีอยุธยา เอาไว้ด้วย คนรุ่นหลังจึงได้เรียกชื่อนี้กันต่อมาจนถึงปัจจุบัน
ความเป็นมาของกรุงศรีอยุธยานั้นปรากฏเป็นเรื่องที่เล่าสืบทอดกันในลักษณะของตำนาน โดยเฉพาะตำนานเรื่องท้าวอู่ทอง จะมีอยู่หลายตำนานและปรากฏในหลายท้องที่ ตำนานท้าวอู่ทองบางเรื่องกล่าวถึงความเกี่ยวข้องกับดินแดนแถบจังหวัดกำแพงเพชร บางเรื่องปรากฏเป็นตำนานของบริเวณที่ราบลุ่มแม่น้ำภาคกลางในจังหวัดสุพรรณบุรี เพชรบุรี และประจวบคีรีขันธ์ เมืองนครศรีธรรมราชก็มีตำนานที่เล่าถึงท้าวอู่ทองกับพระยาศรีธรรมาโศกราช ที่ตกลงรวมดินแดนนครศรีธรรมราชเข้ากับกรุงอโยธยาก่อนเวลาการสถาปนากรุงศรีอยุธยาในหนังสือพระราชพงศาวดาร ตำนานบางเรื่องในหนังสือพงศาวดารเหนือที่รวบรวมจดไว้เป็นลายลักษณ์อักษรในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ กล่าวถึงการเป็นเมืองที่มีความสืบเนื่องมาจากเมืองลพบุรี ซึ่งเป็นเมืองที่เก่าแก่ และมีเครือข่ายที่เห็นได้อย่างชัดเจนจากหลักฐานด้านโบราณคดีว่า มีความเกี่ยวข้องกับราชอาณาจักรขอมกัมพูชา
ถ้าไม่คำนึงถึงเรื่องมิติของเวลา ตำนานต่างๆ เกี่ยวกับท้าวอู่ทองและเรื่องในพงศาวดารเหนือสามารถสะท้อนภาพของส่วนต่างๆ ซึ่งประกอบเข้าเป็นกรุงศรีอยุธยาได้ อย่างไรก็ดี เอกสารทางประวัติศาสตร์ที่เป็นพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา ที่กล่าวถึงเมื่อสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ได้สถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเมื่อ พ.ศ.๑๘๙๓ นั้น ได้กล่าวถึงสมเด็จพระราเมศวรโอรสของสมเด็จพระรามาธิบดีว่าได้ไปครองเมืองลพบุรีอีกทั้งเอกสารที่เป็นจดหมายเหตุของจีนได้เรียกกรุงศรีอยุธยาเมื่อแรกสถาปนาว่า หลอหู ซึ่งเป็นคำเดียวกับที่จีนใช้เรียกเมืองลพบุรีมาก่อนด้วย จึงสันนิษฐานได้ว่า ราชวงศ์ของสมเด็จพระรามาธิบดีผู้สถาปนากรุงศรีอยุธยานั้น มีความสืบเนื่องมาจากเมืองลพบุรีที่เป็นศูนย์อารยธรรมเก่าแก่แห่งที่ราบลุ่มแม่น้ำภาคกลางมาก่อน และเมื่อได้พิจารณาประกอบกับหลักฐานทางโบราณคดีที่มีการพบที่อยุธยา ได้แก่ เศียรพระพุทธรูปขนาดใหญ่ซึ่งเป็นศิลปะก่อนสมัยอยุธยา ที่วัดธรรมิกราช พระพนัญเชิงซึ่งสร้างก่อนเวลาการสถาปนากรุงศรีอยุธยา พระพุทธรูปทั้งสององค์มีรูปแบบศิลปะที่เรียกว่า ศิลปะอู่ทองรุ่นแรกที่ได้รับอิทธิพลของศิลปะลพบุรีด้วย ซึ่งก็เป็นสิ่งที่ชี้อย่างชัดเจนว่า ได้มีการขยายตัวของเมืองลพบุรีลงมาทางใต้บริเวณเกาะเมืองอยุธยา ก่อนที่จะมีการสถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเป็นเมืองหลวง เมื่อพ.ศ. ๑๘๙๓