The Public Data Portal of BOLD (Rat

The Public Data Portal of BOLD (Ratnasingham, 2007) and Core Nucleotide
database of GenBank were searched for COI (Cytochorome C
Oxidase 1) barcode sequences of Indian freshwater fishes. The data
were retrieved using Boolean operator ‘AND’ with two terms under a
different context (taxonomic: Order and geographic: India) thereby
extracting records that only matched both the terms. Sequences from
both the databases were compiled together and duplicate records
were removed, to finally get a set of 1413 barcode sequences for 179
species. Sequences of length N600 bp, with no missing nucleotides or
gaps,were included, thereby reducing the possibility of NUMTs (nuclear
DNA originating from mitochondrial DNA sequences) (Zhang and
Hewitt, 1996), and aligned using Clustal Omega (Sievers et al., 2011).
Suspected erroneous sequences, with highly unlikely positions (species
clustering with different family or order) or having extreme branch
lengths were omitted, based on a Neighbor-Joining tree. The COI coding
DNA sequence were translated using MEGA 5.1 and aligned with the
available COI amino acid sequences to ensure the presence of an open
reading frame (Tamura et al., 2011). The sequenceswere trimmed at either
ends to exclude any gaps and a final set of 503 bp long 1383 consensus
barcode sequences for 175 species were used for analysis.
Among them, 172 sequences for North-East Indian freshwater fishes
were developed following the protocol as below.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เว็บไซต์ข้อมูลสาธารณะของตัวหนา (Ratnasingham, 2007) และนิวคลีโอไทด์ฐานข้อมูลของ GenBank ถูกค้นหา COI (Cytochorome Cลำดับบาร์โค้ด oxidase 1) ของปลาน้ำจืดที่อินเดีย ข้อมูลถูกเรียกใช้โดยใช้ตัวดำเนินการแบบบูลีน 'และ' สองเงื่อนไขภายใต้การบริบทที่แตกต่างกัน (อนุกรมวิธาน: สั่ง และภูมิศาสตร์: อินเดีย) จึงแยกเรกคอร์ดที่ตรงกับเงื่อนไขทั้งสองเท่านั้น ลำดับจากทั้งฐานข้อมูลถูกรวบรวมเข้าด้วยกัน และซ้ำกันระเบียนออก จะได้รับชุด 1413 โค้ดลำดับสุดท้าย สำหรับ 179สายพันธ์ ลำดับของความยาว N600 bp ด้วยไม่มีนิวคลีโอไทด์ขาดหายไป หรือช่อง ที่อยู่ จึงช่วยลดความเป็นไปได้ของ NUMTs (นิวเคลียร์ลำดับดีเอ็นเอที่เกิดจาก mitochondrial DNA) (จาง และฮิววิท 1996) และใช้โอเมก้า Clustal (Sievers et al., 2011) จัดขึ้นสงสัยลำดับผิดพลาด มีตำแหน่งสูงไม่น่า (พันธุ์คลัสเตอร์กับครอบครัวอื่นหรือใบสั่ง) หรือมีสาขามากความยาวถูกละเว้น ตามต้นไม้ใกล้เคียงเข้าร่วมด้วย รหัส COIลำดับดีเอ็นเอถูกแปลร็อค 5.1 และด้วยการลำดับกรดอะมิโน COI มีให้ของเปิดอ่านเฟรม (Tamura et al., 2011) Sequenceswere ตัด ณสิ้นสุดการแยกช่องว่างใด ๆ และชุดสุดท้ายของ bp 503 มติยาว 1383ลำดับบาร์โค้ดสำหรับพันธุ์ 175 ถูกใช้สำหรับวิเคราะห์ในหมู่พวกเขา 172 ลำดับในอินเดียตะวันออกเฉียงเหนือปลาน้ำจืดได้พัฒนาโปรโตคอลดังต่อไปนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พอร์ทัลข้อมูลสาธารณะของ BOLD (Ratnasingham 2007) และ Core
เบสฐานข้อมูลของGenBank ถูกค้นหา COI (Cytochorome C
Oxidase 1) ลำดับบาร์โค้ดของปลาน้ำจืดที่อินเดีย ข้อมูลที่ถูกดึงมาใช้ประกอบการบูลีน 'และ' มีสองแง่ภายใต้บริบทที่แตกต่างกัน(การจัดหมวดหมู่: การสั่งซื้อและทางภูมิศาสตร์: อินเดีย) จึงสกัดระเบียนที่จับคู่เท่านั้นทั้งเงื่อนไข ลำดับจากทั้งฐานข้อมูลที่ถูกรวบรวมเข้าด้วยกันและระเบียนที่ซ้ำกันถูกถอดออกจนได้รับชุดของ1413 ลำดับบาร์โค้ด 179 สายพันธุ์ ลำดับของ bp N600 ยาวไม่มีนิวคลีโอหายไปหรือช่องว่างได้รวมซึ่งจะช่วยลดความเป็นไปได้ของNUMTs (นิวเคลียร์ดีเอ็นเอมาจากลำดับดีเอ็นเอยล) (Zhang และเฮวิตต์, 1996) และสอดคล้องใช้ Clustal โอเมก้า (Sievers et al., 2011). สงสัยลำดับผิดพลาดที่มีตำแหน่งไม่น่าจะสูง (ชนิดจัดกลุ่มกับครอบครัวที่แตกต่างกันหรือคำสั่ง) หรือมีสาขามากความยาวถูกมองข้ามอยู่บนพื้นฐานของต้นไม้เพื่อนบ้านเข้า เข้ารหัส COI ลำดับดีเอ็นเอถูกแปลโดยใช้ MEGA 5.1 และสอดคล้องกับที่มีอยู่ลำดับกรดอะมิโนCOI เพื่อให้แน่ใจว่าการปรากฏตัวของเปิดกรอบการอ่าน(ทามูระ et al., 2011) sequenceswere ตัดที่ทั้งจบลงที่จะไม่รวมช่องว่างใดๆ และชุดสุดท้ายของ 503 bp ยาว 1,383 ฉันทามติลำดับบาร์โค้ด175 สายพันธุ์ที่ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์. ในหมู่พวกเขา 172 ลำดับสำหรับภาคตะวันออกเฉียงเหนือปลาน้ำจืดที่อินเดียได้รับการพัฒนาต่อไปนี้โครงการดังต่อไปนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พอร์ทัลข้อมูลสาธารณะของตัวหนา ( ratnasingham , 2007 ) และแกนของนิวคลีโอไทด์
ฐานข้อมูลขนาดกำลังค้นหา ลำปาง ( cytochorome C
ของบาร์โค้ด 1 ) ลำดับของอินเดียน้ำจืดปลา ข้อมูล
ถูกเรียกใช้เย็นชื่น ' และ ' กับสองแง่ ภายใต้บริบทที่แตกต่างกัน ( หมวดหมู่ :
สั่งซื้อและทางภูมิศาสตร์ : อินเดีย ) จึงแยกระเบียนที่ตรงกัน
ทั้งสองเงื่อนไขลำดับจาก
ฐานข้อมูลทั้งสองถูกรวบรวมเข้าด้วยกันและสำเนาระเบียน
ถูกลบออกในที่สุดได้รับชุดของบาร์โค้ดสำหรับการลำดับ 179
ชนิด ลำดับความยาว n600 BP ไม่ขาดคู่หรือ
ช่องว่างอยู่จึงช่วยลดความเป็นไปได้ของ numts ( นิวเคลียร์
ดีเอ็นเอที่มาจากดีเอ็นเอลำดับ ) ( จางและ
Hewitt , 1996 )