Phylogeny estimationGenbank accessi

Phylogeny estimation
Genbank accessions for five gene regions (ITS, rbcL, matK, ndhF,
trnL-F) were retrieved for the species in the feedback experiments
and individually aligned using MAFFT (v.7.205) with the l-ins-i
algorithm (Katoh & Standley, 2013). Alignments were concatenated
into a supermatrix and maximum-likelihood based estimation
of the phylogeny performed using RAxML (v.7.0.4),
optimized for each gene region under the GTR-GAMMA
substitution model (Stamatakis, 2006). We restricted our search
by using a constraint tree built from systematic treatments of the
recognized tribes, families, orders and higher-level clades of the
species in our study (Wojciechowski et al., 2006; Potter et al., 2007;
Panero & Funk, 2008; Couvreur et al., 2010; Bendiksby et al.,
2011; Soltis et al., 2011; Grass Phylogeny Working Group II,

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ประมาณ phylogenyGenbank accessions ใน 5 ภูมิภาคยีน (ของ rbcL, matK, ndhFtrnL-F) ถูกเรียกสำหรับสปีชีส์ในทดลองผลป้อนกลับและจัดตำแหน่งทีใช้ MAFFT (v.7.205) กับ l-อิน-iอัลกอริทึม (Katoh & Standley, 2013) จัดแนวได้รับการรวมเป็น supermatrix และความเป็นไปได้สูงสุดตามการประเมินของ phylogeny ที่ใช้ RAxML (v.7.0.4),ทำให้เหมาะสำหรับแต่ละภูมิภาคยีนภายใต้ GTR-แกมมาแบบทดแทน (Stamatakis, 2006) เราจำกัดการค้นหาของเราโดยต้นไม้จำกัดสร้างขึ้นจากการรักษาระบบการรู้จักชนเผ่า ครอบครัว ใบสั่ง และสูงกว่า clades ของชนิดในการศึกษาของเรา (Wojciechowski et al., 2006 พอตเตอร์ et al., 2007Panero และยอด 2008 Couvreur et al., 2010 Bendiksby et al.,2011 Soltis et al., 2011 กลุ่มทำ Phylogeny หญ้า II

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การประมาณค่าเชื้อชาติ
สาย Genbank สำหรับห้าภูมิภาคยีน (ITS, rbcL, MATK, ndhF,
trnL-F) ถูกดึงสายพันธุ์ในการทดลองการตอบรับ
และรายบุคคลชิดโดยใช้ MAFFT (v.7.205) กับ L-ins ฉัน
อัลกอริทึม (Katoh และ Standley, 2013) การจัดแนวที่ถูกตัดแบ่ง
เป็น supermatrix และโอกาสสูงสุดตามการประมาณค่า
ของเชื้อชาติดำเนินการโดยใช้ RAxML (v.7.0.4)
เหมาะสำหรับแต่ละภูมิภาคยีนภายใต้ GTR-แกมมา
แบบทดแทน (Stamatakis 2006) เรา จำกัด การค้นหาของเรา
โดยใช้ต้นไม้ จำกัด สร้างขึ้นจากการรักษาระบบของ
ชนเผ่าได้รับการยอมรับ, ครอบครัว, การสั่งซื้อและ clades ระดับสูงของ
สายพันธุ์ในการศึกษาของเรา (Wojciechowski et al, 2006;. พอตเตอร์และคณะ, 2007;.
Panero & ฉุน 2008; รับเหมามุงหลังคา, et al, 2010;.. Bendiksby, et al,
2011;. Soltis et al, 2011; หญ้าเชื้อชาติ Working Group ครั้งที่สอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ตัวอย่างขนาดประมาณ
ระบบเชื้อชาติห้ายีนภูมิภาค ( rbcl matk ndhf , , , ,
trnl-f ) ถูกเรียกชนิดในการทดลองและข้อเสนอแนะจากการใช้ mafft
ชิด ( v.7.205 ) ด้วยขั้นตอนวิธี l-ins-i
( katoh & Standley 2013 ) การได้มาเป็น supermatrix

และการประเมินตามความน่าจะเป็นสูงสุดของระบบเชื้อชาติการใช้ raxml (
v.7.0.4 )เหมาะสำหรับแต่ละยีนภูมิภาคภายใต้การ gtr-gamma
แบบ ( stamatakis , 2006 ) เราจำกัดการค้นหาของเรา โดยใช้ข้อจำกัด
ต้นไม้ที่สร้างขึ้นจากระบบการรักษาของ
ยอมรับชนเผ่า , ครอบครัว , การสั่งซื้อและ clades ระดับของ
ชนิดในการศึกษาของเรา ( wojciechowski et al . , 2006 ; พอตเตอร์ et al . , 2007 ;
panero & Funk , 2008 ; ดิกซ์ คูเรอร์ et al . , 2010 ; bendiksby และ al . ,
2011 ;soltis et al . , 2011 ; หญ้าระบบเชื้อชาติกลุ่ม 2