flavigenum, Penicillium dipodomyis

flavigenum, Penicillium dipodomyis and Penicillium nalgiovense
(Frisvad & Samson 2004).

In addition, Henk et al. (2011) discovered evidence of
recombination in both P. chrysogenum and the ‘Fleming species’,
and that species were composed of isolates of either
MAT1-1 or MAT1-2 genotype, that were present in a near 1:1
ratio in sample populations. This suggested the presence of a
‘cryptic’ sexual cycle within these species (Henk et al. 2011).
These data are supported by findings in the P. chrysogenum
genome of mating-type genes, evidence of pheromonesignalling
genes and the detection of a meiosis associated
process, repeat induced point mutation (Hoff et al. 2008; van
den Berg et al. 2008). We note that the isolate used for the ‘P.
chrysogenum’ genome sequence was a strain derived from
NRRL-1951 (Wisconsin-54-1255) and is now known to be of the
‘Fleming species’ (Henk et al. 2011; Houbraken et al. 2011).
Recently, the genome of P. chrysogenum senso stricto has been
sequenced (DOE Joint Genome Institute 2012).

The most recent phylogenetic analysis of a small collection
of isolates has suggested that the ‘Fleming species’ should in
fact be named as Penicillium rubens (Houbraken et al. 2011). This
study placed the type strain of P. rubens (NRRL-792) within the
‘Fleming species’ clade (Houbraken et al. 2011), however,
this type isolate was not included in the analysis by Henk et al.
(2011) and should be included in a larger analysis. Houbraken
et al. (2011) argued that, as this species already has a type
isolate assigned the name P. rubens, this should take priority
and be named so according to the rules of taxonomic
nomenclature. The authors also suggested that the name P.
rubrum be synonymised with P. rubens by Biourge and Thom
(Thom 1930; Houbraken et al. 2011), and that actually La
Touche may have been quite accurate in his identification of
the original Fleming isolate.

In this study, we develop a diagnostic PCR tool for species
identification and ecological study of the four known species
in the Chrysogenum complex. After using molecular phylogenetic
analysis to confirm the four species delimited by Henk
et al. (2011), including P. rubens (NRRL-792), as the correct type
for the ‘Fleming species’, we design four species-specific primer
pairs for the diagnosis of the Chrysogenum complex
species by PCR from purified DNA or directly from conidia.
Based on our diagnostic, we name the previously undescribed
Species A and B as identified by Henk et al. (2011), Penicillium
floreyi and Penicillium chainii respectively. Finally, we apply our
species-specific PCR tests in a preliminary exploration of the
ecology of the Chrysogenumcomplex, through air sampling in
London, St Mary’s Hospital and the London Underground rail
transport system (the Underground).

Materials and methods
Sampling of isolates
Sample isolates were collected using the MicroBio MB1 air sampler
onto malt extract (MEA) or dichloran-glycerol with chloramphenicol
(DG18)agar platesat 200, 500or 1000 l ofair. Nineteen
locations across London were sampled including Fleming’s
laboratory and twelve stations on the Underground (GPS
co-ordinates, Supplementary Text S1). Samples collected at

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

flavigenum, Penicillium dipodomyis และ Penicillium nalgiovense(Frisvad & แซมสัน 2004)นอกจากนี้ Henk et al. (2011) พบหลักฐานของrecombination P. chrysogenum และ 'เฟลมิงสายพันธุ์"และว่า พันธุ์ที่ประกอบแยกต่างหากMAT1-1 หรือ MAT1-2 ลักษณะทางพันธุกรรม ที่มีอยู่ในแบบ 1:1 ใกล้อัตราส่วนในกลุ่มประชากรตัวอย่าง นี้แนะนำก็มี'ระทม' เพศวงจรภายในสปีชีส์เหล่านี้ (Henk et al. 2011)ข้อมูลเหล่านี้ได้รับการสนับสนุน โดย P. chrysogenum การค้นพบกลุ่มของยีนชนิดผสมพันธุ์ หลักฐานการ pheromonesignallingยีนและการตรวจพบของไมโอซิสที่เกี่ยวข้องกระบวนการ การทำซ้ำการกลายพันธุ์จุดอาจ (Hoff et al. 2008 รถตู้เดนเบิร์กลักซ์เชอรี่ et al. 2008) เราทราบว่า การแยกใช้สำหรับการ ' พีchrysogenum' จีโนมลำดับถูกต้องใช้ได้มาจากNRRL-1951 (วิสคอนซิน 54 1255) และเป็นที่รู้จักกันตอนนี้เป็นของ'เฟลมิงพันธุ์' (Henk et al. 2011 Houbraken et al. 2011)ล่าสุด จีโนมของ P. chrysogenum senso stricto ได้ตามลำดับ (ป้องกันร่วมกลุ่มสถาบัน 2012)ชุดเล็ก phylogenetic วิเคราะห์ล่าสุดของแยกได้แนะนำว่า ควร 'พันธุ์เฟลมมิง' ในความจริงมีชื่อเป็นรูเบนส์ Penicillium (Houbraken et al. 2011) นี้ศึกษาชนิดพันธุ์ของรูเบนส์ P. (NRRL-792) วางไว้ภายใน'พันธุ์เฟลมมิง' clade (Houbraken et al. 2011), อย่างไรก็ ตามชนิดนี้แยกไม่รวมอยู่ในการวิเคราะห์โดย Henk et al(2011) และควรจะรวมในการวิเคราะห์ขนาดใหญ่ Houbrakenet al. (2011) โต้เถียงว่า เป็นชนิดนี้ชนิดที่มีอยู่แล้วแยกกำหนดชื่อ P. รูเบนส์ นี้ควรใช้ระดับความสำคัญและสามารถตั้งชื่อได้ตามกฎของอนุกรมวิธานระบบการตั้งชื่อ ผู้เขียนยังแนะนำที่ชื่อพีมี synonymised rubrum กับรูเบนส์ P. โดย Biourge ธม(ธม 1930 Houbraken et al. 2011), และที่จริงทัช อาจได้ค่อนข้างแม่นยำในรหัสของเขาเดิมเฟลมมิงแยกในการศึกษานี้ เราได้พัฒนาเครื่องมือ PCR วินิจฉัยสำหรับสปีชีส์รหัสและศึกษาระบบนิเวศ 4 รู้จักพันธุ์ใน Chrysogenum ที่ซับซ้อน หลังจากใช้โมเลกุล phylogeneticการยืนยันสายพันธุ์สี่ถูกกำหนดเขต โดย Henkal. ร้อยเอ็ด (2011), P. รูเบนส์ (NRRL-792), เป็นชนิดถูกต้องรวมถึงสำหรับ 'เฟลมิงสายพันธุ์' เราออกแบบพื้นสี่ species-specificคู่สำหรับการวินิจฉัยของคอมเพล็กซ์ Chrysogenumพันธุ์ โดย PCR จากดีเอ็นเอบริสุทธิ์ หรือโดยตรง จาก conidiaขึ้นอยู่กับวินิจฉัยของเรา เราชื่อ undescribed ก่อนหน้านี้พันธุ์ A และ B ตามที่ระบุโดย Henk et al. (2011), Penicilliumfloreyi และ Penicillium chainii ตามลำดับ สุดท้าย เราใช้ของเราspecies-specific PCR ทดสอบในการสำรวจเบื้องต้นของการนิเวศวิทยาของ Chrysogenumcomplex ผ่านการสุ่มตัวอย่างอากาศในลอนดอน โรงพยาบาลเซนต์แมรี และรถไฟใต้ดินลอนดอนระบบขนส่ง (ใต้ดิน)วัสดุและวิธีการสุ่มตัวอย่างของแยกตัวอย่างแยกเก็บรวบรวมใช้แซมเพลอร์อากาศ MicroBio MB1บนข้าวมอลต์สกัด (MEA) หรือกลีเซอร dichloran กับ chloramphenicol(DG18) agar platesat 200, 500or 1000 l ofair ทส่วนสถานที่ในลอนดอนได้ตัวอย่างรวมทั้งเฟลห้องปฏิบัติการและ 12 สถานีบนดิน (GPSร่วมจรรยาบรรณ เสริมข้อความ S1) ตัวอย่างที่เก็บรวบรวมที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

flavigenum, dipodomyis Penicillium และ Penicillium nalgiovense
(Frisvad และแซมซั่น 2004). นอกจากนี้ Henk et al, (2011) พบหลักฐานของการรวมตัวกันอีกทั้งในพีchrysogenum และ 'ชนิดเฟลมมิ่ง' และว่าสายพันธุ์ประกอบด้วยของเชื้อทั้งMAT1-1 หรือจีโนไทป์ MAT1-2 ที่มีอยู่ในใกล้ 1: 1 อัตราส่วนในประชากรกลุ่มตัวอย่าง . นี้แสดงให้เห็นการปรากฏตัวของที่'ความลับ' วงจรทางเพศภายในสายพันธุ์นี้ (Henk et al. 2011). ข้อมูลเหล่านี้ได้รับการสนับสนุนจากการค้นพบใน chrysogenum พีจีโนมของยีนผสมพันธุ์ชนิดหลักฐานของpheromonesignalling ยีนและการตรวจสอบของเซลล์ชนิดหนึ่งที่ ที่เกี่ยวข้องในกระบวนการทำซ้ำจุดกลายพันธุ์เหนี่ยวนำ(ฮอฟฟ์ et al, 2008;. รถตู้. ถ้ำ Berg et al, 2008) เราทราบว่าแยกที่ใช้สำหรับ 'พีchrysogenum' ลำดับจีโนมเป็นสายพันธุ์ที่ได้มาจากNRRL-1951 (Wisconsin-54-1255) และเป็นที่รู้จักกันในขณะนี้จะเป็นของ'สายพันธุ์เฟลมมิ่ง (Henk et al, 2011;. Houbraken et al. 2011). เมื่อเร็ว ๆ นี้จีโนมของ stricto พี chrysogenum Senso ได้รับการจัดลำดับ(DOE ร่วมสถาบันจีโนม 2012). การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการล่าสุดของคอลเลกชันขนาดเล็กของเชื้อได้ชี้ให้เห็นว่า'เฟลมมิ่งสายพันธุ์ที่ควรในความเป็นจริงชื่อเป็น Penicillium รูเบนส์ (Houbraken et al. 2011) นี้การศึกษาวางสายพันธุ์ชนิดของพีรูเบนส์ (NRRL-792) ภายใน clade 'ชนิดเฟลมมิ่ง (Houbraken et al. 2011) แต่แยกประเภทนี้ไม่ได้รวมอยู่ในการวิเคราะห์โดยHenk et al. (2011) และ ควรจะรวมอยู่ในการวิเคราะห์ที่มีขนาดใหญ่ Houbraken et al, (2011) ที่ถกเถียงกันอยู่ว่าเป็นสายพันธุ์นี้แล้วมีประเภทแยกกำหนดชื่อพีรูเบนส์นี้ควรจะจัดลำดับความสำคัญและได้รับการตั้งชื่อตามกฎของอนุกรมวิธานศัพท์ ผู้เขียนยังชี้ให้เห็นว่าชื่อพีrubrum จะ synonymised กับพีรูเบนส์โดย Biourge และทอม(ทอม 1930; Houbraken et al, 2011.) และที่จริง La Touche อาจได้รับค่อนข้างถูกต้องในตัวของเขาจากเดิมเฟลมมิ่งแยกได้ในการศึกษานี้เราพัฒนาเครื่องมือวินิจฉัย PCR สำหรับสายพันธุ์ประจำตัวประชาชนและการศึกษาระบบนิเวศของสายพันธุ์ที่สี่ที่รู้จักกันในที่ซับซ้อนChrysogenum หลังจากใช้โมเลกุล phylogenetic วิเคราะห์เพื่อยืนยันสี่ชนิดคั่นด้วย Henk et al, (2011) รวมทั้งพีรูเบนส์ (NRRL-792) เป็นชนิดที่ถูกต้องสำหรับ'ชนิดเฟลมมิ่ง' เราออกแบบไพรเมอร์สี่ชนิดเฉพาะคู่สำหรับการวินิจฉัยของChrysogenum ซับซ้อนสายพันธุ์โดยวิธีPCR จากดีเอ็นเอบริสุทธิ์หรือโดยตรงจากสปอร์ . ขึ้นอยู่กับการวินิจฉัยของเราเราชื่อ undescribed ก่อนหน้านี้สายพันธุ์A และ B ที่ระบุไว้โดย Henk et al, (2011), Penicillium floreyi และ Penicillium chainii ตามลำดับ สุดท้ายเราใช้ของเราทดสอบ PCR ชนิดที่เฉพาะเจาะจงในการตรวจสอบข้อเท็จจริงเบื้องต้นของระบบนิเวศของChrysogenumcomplex ที่ผ่านการเก็บตัวอย่างอากาศในลอนดอนโรงพยาบาลเซนต์แมรี่และลอนดอนรถไฟใต้ดินระบบขนส่ง(ใต้ดิน). วัสดุและวิธีการเก็บตัวอย่างของการแยกสายพันธุ์ตัวอย่างถูกเก็บรวบรวมโดยใช้ MicroBio MB1 เก็บตัวอย่างอากาศบนสารสกัดจากมอลต์(กฟน.) หรือ Dichloran-กลีเซอรอลที่มี chloramphenicol (DG18) วุ้น platesat 200 500or 1,000 ลิตร ofair เก้าสถานที่ทั่วลอนดอนรวมทั้งตัวอย่างของเฟลมมิ่งในห้องปฏิบัติการและสิบสองสถานีใต้ดิน(GPS พิกัด, เสริมข้อความ S1) ตัวอย่างที่เก็บรวบรวม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

flavigenum , Penicillium และ dipodomyis Penicillium nalgiovense
( frisvad &แซมสัน 2004 ) .

นอกจากนี้ แฮงก์ et al . ( 2011 ) พบหลักฐานของการทั้งในและหน้าเก๊กฮวย
' เฟลมมิ่งชนิด '
และชนิด ได้แก่ ไอโซเลทเหมือนกัน
mat1-1 หรือ mat1-2 พันธุกรรม ที่ปัจจุบันอยู่ใน ใกล้ 1 : 1
) ในประชากรตัวอย่าง นี้แนะนำการปรากฏตัวของ
' ลึกลับ ' ทางเพศวงจรภายในสายพันธุ์เหล่านี้ ( แฮงก์ et al . 2011 ) .
ข้อมูลเหล่านี้ได้รับการสนับสนุนโดยการค้นพบในหน้าเก๊กฮวย
จีโนมของยีนชนิดน้ำ , หลักฐาน pheromonesignalling
ยีนและการตรวจสอบของกระบวนการไมโอซิสเกี่ยวข้อง
ซ้ำเกิดการผ่าเหล่า ( ฮอฟ et al . 2008 ; รถตู้
เดนเบิร์ก et al . 2008 ) เราทราบว่าแยกใช้สำหรับ '
Pเก๊กฮวย ' จีโนมลำดับเป็นสายพันธุ์ที่ได้มาจาก
nrrl-1951 ( wisconsin-54-1255 ) และเป็นที่รู้จักกันในขณะนี้เป็น
'fleming ชนิด ( แฮงก์ et al . 2011 ; houbraken et al . 2011 )
เมื่อเร็ว ๆนี้ , จีโนมของพี เก๊กฮวย เซนโซ stricto ได้รับ
ลำดับ ( โดร่วมสถาบัน ( 2012 )

การวิเคราะห์วิวัฒนาการล่าสุดของ
คอลเลกชันเล็กน้อยของเชื้อได้ชี้ให้เห็นว่า ' เฟลมมิ่งชนิดควรในความเป็นจริงจะมีชื่อเป็น
Penicillium รูเบนส์ ( houbraken et al . 2011 ) การศึกษา
วางชนิดสายพันธุ์ของรูเบนส์ ( หน้า nrrl-792 ) ภายใน
'fleming ชนิด clade ( houbraken et al . 2011 ) , อย่างไรก็ตาม ,
ชนิดนี้แยกไม่ได้รวมอยู่ในการวิเคราะห์โดยแฮงก์ et al .
( 2011 ) และควรจะรวมอยู่ในการวิเคราะห์ขนาดใหญ่ houbraken
et al .( 2011 ) แย้งว่าเป็นชนิดนี้ก็มีประเภท
แยกมอบหมายชื่อ P . รูเบนส์ นี้ควรจะมาก่อน
และชื่อตามกฎการตั้งชื่อหมวดหมู่
. ผู้เขียนพบว่าชื่อ P .
rubrum เป็น synonymised กับหน้ารูเบนส์โดย biourge ธม ( นครธม 1930 และ
; houbraken et al . 2011 ) และที่จริงลา
แต่งได้ค่อนข้างแน่นอนในการระบุของต้นฉบับ เฟลมมิ่งแยก


ในการศึกษานี้จึงได้พัฒนาเครื่องมือตรวจวินิจฉัยชนิด
การจำแนกและการศึกษานิเวศวิทยาของสี่ชนิดที่รู้จัก
ในเก๊กฮวยที่ซับซ้อน หลังจากการวิเคราะห์ phylogenetic
โมเลกุลเพื่อยืนยัน 4 ชนิดล้อมรอบแฮงก์
et al . ( 2011 ) รวมทั้งหน้ารูเบนส์ ( nrrl-792 ) เป็น
ชนิดที่ถูกต้องสำหรับ ' เฟลมมิ่งชนิดเราออกแบบ 4 คู่ไพรเมอร์
เผ่าพันธุ์ - เฉพาะสำหรับการวินิจฉัยของเก๊กฮวยซับซ้อน
ชนิดโดย PCR จากบริสุทธิ์ดีเอ็นเอหรือโดยตรงจากโคนิ .
ตามวินิจฉัย เราชื่อ undescribed ก่อนหน้านี้
สายพันธุ์ A และ B ตามที่ระบุโดยแฮงก์ et al . ( 2011 ) , Penicillium
floreyi และ Penicillium chainii ตามลำดับ สุดท้าย เราใช้ของเรา