Annotation with Blast2GO suite [46]

Annotation with Blast2GO suite [46] resulted in significant BlastX hits to sequences in the non-redundant (nr) database of NCBI for in 44.6% of F. candida transcripts, while functional annotations could be retrieved for 34.2%. These percentages were slightly higher for O. cincta, where 48.5% of transcripts showed a significant BlastX hit, and 38.4% could be annotated. The relatively low functional annotation levels for both species can be explained by the lack of full-length sequences and by the relatively large phylogenetic distance between springtails and other genomic model organisms. Fig 2 provides a general overview of the most represented biological processes and molecular functions in both collembolan transcriptomes. Notably, most of the Blast top hits were retrieved from Daphnia pulex, followed by Tribolium castaneum and Pediculus humanus for both collembolan transcriptomes (S2 Fig). Interestingly, this shows that Daphnia, a crustacean, rather than the well-investigated genomes of insects such as Drosophila and Tribolium, produced the highest number of Blast hits with collembolan transcripts. This suggests that transcriptomes of springtails have more genes in common with crustaceans than with insects, although Collembola seem to be more related to Insecta, since they share the six-legged body plan as well as a terrestrial life-style in most cases. We have to note that the high level of similarity between Daphnia and Collembola could also be caused by the comparably fast evolution rates in Tribolium and Drosophila, which have been well documented [67, 68]. Nevertheless, Collembola represent one of the first lineages splitting off after the terrestrialization, still bearing a clear genomic signature of the crustaceans.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ประกอบ ด้วยห้องสวี Blast2GO [46] ผลในฮิต BlastX สำคัญลำดับในฐานข้อมูลไม่ซ้ำซ้อน (nr) ของ NCBI สำหรับ 44.6% F. แคนใบ ในขณะที่ทำงานคำอธิบายประกอบสามารถเรียก 34.2% เงินสูงขึ้นเล็กน้อยสำหรับโอ cincta ที่ 48.5% ของบันทึกแสดงให้เห็นว่าการตี BlastX ที่สำคัญ และ 38.4% สามารถใส่คำอธิบายประกอบได้ สามารถสามารถอธิบายระดับคำอธิบายงานที่ค่อนข้างต่ำสำหรับทั้งสองชนิด โดยไม่มีลำดับแบบเต็มตัว และระยะทาง phylogenetic ค่อนข้างใหญ่ระหว่าง springtails และสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ รูปแบบการ รูปที่ 2 แสดงภาพรวมของกระบวนการทางชีวภาพที่เป็นตัวแทนมากที่สุดและฟังก์ชั่น transcriptomes collembolan ทั้งสองโมเลกุล สะดุดตา ส่วนใหญ่นิยมระเบิดถูกเรียกจาก Daphnia pulex ตามด้วย Tribolium castaneum Pediculus humanus สำหรับทั้ง transcriptomes collembolan (S2 มะเดื่อ) น่าสนใจ การนี้แสดงว่า Daphnia ครัสเตเชียนเป็น มากกว่า genomes investigated ดีของแมลงต่าง ๆ เช่นแมลง Tribolium ผลิตจำนวนฮิตระเบิดกับใบ collembolan นี้แสดงให้เห็นว่า transcriptomes ของ springtails มียีนเพิ่มเติมประเภทกุ้งกว่ากับแมลง แม้ Collembola ดูเหมือนมากจะเกี่ยวข้องกับ Insecta เนื่องจากพวกเขาใช้แผนร่างกายขาหกเป็นชีวิตในรูปแบบบกในกรณีส่วนใหญ่ เราต้องทราบว่า ระดับสูงความคล้ายระหว่าง Daphnia Collembola อาจจะมีสาเหตุจากราคาวิวัฒนาการรวดเร็วปาน Tribolium และแมลง ซึ่งมีจัดดี [67, 68] อย่างไรก็ตาม Collembola แสดงถึงชาติแรกที่แยกออกจาก terrestrialization อย่างใดอย่างหนึ่งยังคง แบกลายเซ็นการล้างของกุ้ง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

คำอธิบายประกอบกับชุด Blast2GO [46] ส่งผลอย่างมีนัยสำคัญใน BlastX ฮิตลำดับในฐานข้อมูลที่ไม่ซ้ำซ้อน (NR) ของ NCBI ใน 44.6% ของการถอดเสียงเอฟ Candida ในขณะที่คำอธิบายประกอบการทำงานสามารถดึงข้อมูลสำหรับ 34.2% ร้อยละเหล่านี้สูงขึ้นเล็กน้อยสำหรับทุม cincta ที่ 48.5% ของยีนที่แสดงให้เห็นอย่างมีนัยสำคัญ BlastX ตีและ 38.4% อาจจะมีคำอธิบายประกอบ ค่อนข้างต่ำระดับคำอธิบายประกอบการทำงานสำหรับทั้งสองชนิดสามารถอธิบายได้จากการขาดการลำดับยาวเต็มรูปแบบและระยะทางจากสายวิวัฒนาการที่ค่อนข้างใหญ่ระหว่าง springtails และอื่น ๆ ที่มีชีวิตรูปแบบจีโนม รูปที่ 2 ให้ภาพรวมทั่วไปของกระบวนการทางชีวภาพเป็นตัวแทนมากที่สุดและฟังก์ชั่นทั้งในระดับโมเลกุลราน collembolan สะดุดตามากที่สุดของยอดฮิตระเบิดที่ถูกดึงมาจาก Daphnia pulex ตาม Tribolium castaneum และ Pediculus humanus สำหรับทั้งราน collembolan (S2 รูป) ที่น่าสนใจนี้แสดงให้เห็นว่าไรน้ำ, กุ้งมากกว่าจีโนมของการตรวจสอบที่ดีของแมลงเช่นแมลงหวี่และ Tribolium ผลิตจำนวนสูงสุดของการระเบิดฮิตจิตบำบัด collembolan นี้แสดงให้เห็นว่าทรานสของ springtails มียีนได้มากขึ้นในการร่วมกันกับกุ้งกว่ากับแมลงแม้ว่า Collembola ดูเหมือนจะเกี่ยวข้องกับ Insecta เนื่องจากพวกเขาร่วมกันร่างแผนหกขาเช่นเดียวกับทั่วโลกรูปแบบชีวิตในกรณีส่วนใหญ่ เราต้องทราบว่าระดับสูงของความคล้ายคลึงกันระหว่าง Daphnia และ Collembola ยังอาจจะเกิดจากอัตราปานวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วใน Tribolium และแมลงหวี่ที่ได้รับเอกสารอย่างดี [67, 68] อย่างไรก็ตาม Collembola แทนหนึ่งใน lineages แรกแยกออกหลังจาก terrestrialization ที่ยังคงแบกลายเซ็นจีโนมที่ชัดเจนของกุ้ง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจัดการกับ blast2go แต่งงาน [ 46 ] ส่งผลให้ฮิต blastx อย่างมีนัยสำคัญเพื่อลำดับในไม่ซ้ำซ้อน ( NR ) ในฐานข้อมูลของ ncbi 44.6 % F . Candida transcripts ในขณะที่การจัดการการทำงานอาจจะเรียก 34.2 % เปอร์เซ็นต์เหล่านี้ได้เล็กน้อยเพื่อ o . bauensis ที่ 48.5 เปอร์เซ็นต์ของยีน พบว่า blastx ตีและ 38.4% สามารถบันทึกย่อ . หมายเหตุระดับค่อนข้างต่ำการทำงานทั้ง 2 ชนิด สามารถอธิบายได้โดยขาดของลำดับและแบบเต็มตัว โดยค่อนข้างมาก ซึ่งระยะห่างระหว่าง springtails แบบจำลองจีโนมและสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ รูปที่ 2 แสดงภาพรวมทั่วไปของส่วนใหญ่แสดงกระบวนการทางชีวภาพและฟังก์ชันโมเลกุลทั้งใน collembolan transcriptomes . สะดุดตามากที่สุดของระเบิดยอดฮิตถูกดึงมาจาก pulex สั่นสะเทือน ตามมาด้วย tribolium castaneum pediculus humanus และทั้ง collembolan transcriptomes ( มีรูป ) ที่น่าสนใจนี้แสดงให้เห็นว่าสั่นสะเทือน , ครัสเตเชียน แทนที่จะศึกษาจีโนมของแมลง เช่น แมลงหวี่ได้ดี และ tribolium ผลิตจำนวนสูงสุดของระเบิดฮิต collembolan รายงาน นี้แสดงให้เห็นว่า transcriptomes ของ springtails มียีนเหมือนกันกับสัตว์มากกว่าแมลง แม้ว่าคอลเลมโบลาดูเหมือนจะเกี่ยวข้องกับ Insecta , ตั้งแต่พวกเขาร่วมกันหกขา ร่างแผน ตลอดจนวิถีชีวิตของในกรณีส่วนใหญ่ เราต้องทราบว่าระดับความเหมือนและสั่นสะเทือนคอลเลมโบลา อาจจะเกิดจากการวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วและในอัตรา tribolium ปานกันแมลงหวี่ ซึ่งมีเอกสารดี [ 67 , 68 ] อย่างไรก็ตาม คอลเลมโบลาเป็นตัวแทนคนแรกเมื่อแบ่งออกหลังจาก terrestrialization ยังคงมีลายเซ็นจีโนมที่ชัดเจนของสัตว์น้ำที่มีเปลือกแข็ง