individuals in which a null allele

individuals in which a null allele occurs in heterozygosity (i.e. a
given locus has one null and one visible allele) are falsely interpreted
as being homozygous for the visible allele. The values of
null allele frequency at all loci were low (ranging from 0.035 for
the CD37 locus to 0.150 in locus 21D9 with a mean of 0.110), suggesting
that null alleles are not expected to cause significant biases
in our genetic analyses (except for producing artificially inflated FIS
values); several authors have suggested that biases are negligible
when null alleles are present at frequencies below 0.200 (Dakin
and Avise, 2004). Linear correlations between the frequency of null
alleles and the FIS values were significantly positive both for loci
within populations (N = 120, R2 = 0.89, P = 0.00) and for loci across
populations (N = 8, R2 = 0.69, P = 0.01) indicating that the significant
deviations from H–W equilibrium can be partly attributed
to the presence of null alleles.
All values of genetic divergence between populations based on
FST were significant (P < 0.05) and ranged from 0.078 (PRI1-DEU1)
to 0.451 (HEL-PRI2), with a mean of 0.243 (Table 2). The values of
FST between pairs of species were all significant also, and of similar
magnitude to those between populations: they ranged from 0.074
(C. deusta–C. chrysocephala) to 0.407 (C. heldreichii–C. messenicolasiana),
with a mean of 0.182 (Table 3). Values of FST corrected
for null alleles closely resembled the uncorrected ones, both
between populations and between species (Supplementary
Tables S2 and S3). Mean FST between pairs of populations and
between pairs of species were 0.229 and 0.172, respectively (that
is, the differences between corrected and uncorrected values were
only ca. 5%). Consequently, we consider the effect of null alleles on
our data to be very weak.
According to Evanno’s approach, K = 2, 9, 7 and 11 were the
most likely numbers of genetic clusters for Structure simulations
(Supplementary Fig. S1). Since K = 2 was not informative, we
focused on the result for K = 9, which was the second most likely
number of clusters (Fig. 2). Notably, in all the runs performed,
almost all the clusters generated corresponded to individual populations
or to taxa: (1) the yellow cluster to C. brunnea; (2) the
magenta cluster to populations CHR3 and CHR4 of C. chrysocephala;
(3) the green cluster to populations CHR5 and CHR2 of C. chrysocephala;
(4) the pale blue cluster to C. heldreichii; (5) the purple cluster
to C. litochorea; (6) the dark blue cluster to C. messenicolasiana;
(7) the salmon pink to population PRI2 of C. princeps; (8) and (9)
orange and red clusters to populations DEU1 and DEU2 of C. deusta,
respectively. Populations CHR1 of C. chrysocephala and PRI1 of C.
princeps, by contrast, showed an admixture of individuals from distinct
clusters. The results of Barrier based on Monmonier’s algorithm
(Supplementary Fig. S2) closely agreed with the genetic
patterns recovered using Structure. Most populations were separated
from the first assigned barrier, and the significance of the
separations (as measured by bootstrap values) increased with the
addition of new barriers, reaching the maximum values at 10
barriers.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

allele เป็น null ซึ่งเกิดใน heterozygosity บุคคล (เช่นการให้โลกัสโพลมี null หนึ่งและเห็น allele หนึ่ง) แอบแปลเป็น homozygous สำหรับ allele มองเห็น ค่าของความถี่ของ allele เป็น null ที่ทั้งหมด loci ถูกต่ำสุด (ตั้งแต่ 0.035 สำหรับแนะนำ CD37 โลกัสโพลกับ 0.150 ในโลกัสโพล 21D 9 มีค่าเฉลี่ยของ 0.110),null alleles ไม่คาดว่าจะทำให้ยอมอย่างมีนัยสำคัญในการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมของเรา (ยกเว้นการผลิตสูงเกินจริงเหือด FISค่า); หลายผู้เขียนได้แนะนำว่า ยอมเป็นระยะเมื่อ null alleles อยู่ที่ความถี่ต่ำ (Dakin 0.200ก Avise, 2004) ความสัมพันธ์เชิงเส้นระหว่างความถี่ของค่า nullalleles และค่า FIS ได้บวกอย่างมีนัยสำคัญทั้ง lociในกลุ่มประชากร (N = 120, R2 = 0.89, P = 0.00) และ loci ข้ามประชากร (N = 8, R2 = 0.69, P = 0.01) แสดงที่สำคัญความเบี่ยงเบนจากสมดุล H – W สามารถบางส่วนเกิดจากการแสดงตนของ null allelesค่าทั้งหมดของ divergence พันธุกรรมระหว่างประชากรตามFST ได้อย่างมีนัยสำคัญ (P < 0.05) และมา 0.078 (PRI1-DEU1)การ 0.451 (ด้อย-PRI2), กับค่าเฉลี่ยของ 0.243 (ตาราง 2) ค่าของFST ระหว่างคู่พันธุ์แนะนำสำคัญทั้งหมด และ ของที่คล้ายกันขนาดที่ระหว่างประชากร: พวกเขาอยู่ในช่วงจาก 0.074(C. deusta – C. chrysocephala) กับ 0.407 (C. messenicolasiana heldreichii – ซี),มีค่าเฉลี่ยของ 0.182 (ตาราง 3) ค่าของ FST แก้ไขสำหรับ null alleles อย่างใกล้ชิดคล้ายกับคน uncorrected ทั้งสองระหว่างประชากร และระ หว่างสปีชีส์ (Supplementaryตาราง S2 และ S3) หมายความว่า FST ระหว่างคู่ของประชากร และระหว่างคู่พันธุ์คำ 0.229 0.172 ตามลำดับได้มี ความแตกต่างระหว่างค่า uncorrected และแก้ไขได้เพียง ca 5%) ดังนั้น พิจารณาผลของ null alleles บนข้อมูลของเราจะอ่อนแอมากตามวิธีการของ Evanno, K = 2, 9, 7 และ 11เลขที่ของคลัสเตอร์ทางพันธุกรรมสำหรับการจำลองโครงสร้าง(เสริมฟิก S1) เนื่องจาก K = 2 ไม่ข้อมูล เราเน้นผลลัพธ์สำหรับ K = 9 ที่ที่สองมักเป็นหมายเลขของคลัสเตอร์ (Fig. 2) ยวด ในการทำงานทั้งหมดที่ดำเนินการคลัสเตอร์เกือบทั้งหมดสร้างประชากร corresponded แต่ละบุคคลหรือ taxa: (1) คลัสเตอร์สีเหลืองกับ C. brunnea (2)ให้ประชากร CHR3 และ CHR4 c chrysocephala ม่วงคลัสเตอร์(3 ให้ประชากร CHR5 และ CHR2 c chrysocephala คลัสเตอร์)สีเขียว(4 คลัสเตอร์)สีน้ำเงินซีดไป C. heldreichii (5 คลัสเตอร์)สีม่วงการ C. litochorea (6 คลัสเตอร์)สีน้ำเงินเข้มกับ C. messenicolasiana(7 ปลาแซลมอน)สีชมพูเพื่อประชากร PRI2 C. princeps (8) และ (9)สีส้ม และสีแดงครถประชากร DEU1 และ DEU2 c deustaตามลำดับ ประชากร CHR1 C. chrysocephala และ PRI1 cprinceps โดยคมชัด แสดงให้เห็นว่าการผลิตของบุคคลจากความแตกต่างคลัสเตอร์ ผลของสิ่งกีดขวางตามอัลกอริทึมของ Monmonier(เสริมฟิก S2) ตกลงอย่างใกล้ชิดกับพันธุกรรมที่รูปแบบการกู้คืนโดยใช้โครงสร้าง ประชากรส่วนใหญ่ได้แบ่งจากแรกกำหนดอุปสรรค และความสำคัญของการประโยชน์ (ตามที่วัด โดยค่าเริ่มต้นระบบ) เพิ่มขึ้นด้วยการแห่งอุปสรรคใหม่ การเข้าถึงค่าสูงสุดที่ 10อุปสรรค

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บุคคลในการที่อัลลีล null เกิดขึ้นใน heterozygosity
(เช่นสถานที่ที่กำหนดมีหนึ่งโมฆะและอัลลีลที่มองเห็นได้อย่างใดอย่างหนึ่ง) จะถูกตีความอวดอ้างว่าเป็น homozygous สำหรับอัลลีลที่มองเห็นได้
ค่าของความถี่อัลลีล null ที่ตำแหน่งทั้งหมดอยู่ในระดับต่ำ (ตั้งแต่ 0.035 สำหรับทีCD37 เพื่อ 0.150 ใน 21D9 สถานที่มีค่าเฉลี่ย 0.110) ที่บอกว่าอัลลีลnull ไม่ได้คาดว่าจะก่อให้เกิดอคติอย่างมีนัยสำคัญในการวิเคราะห์พันธุกรรมของเรา(ยกเว้นสำหรับการผลิต พองเทียม FIS ค่า); ผู้เขียนหลายคนบอกว่าเป็นอคติเล็กน้อยเมื่ออัลลีล null มีอยู่ที่ความถี่ด้านล่าง 0.200 (Dakin และ Avise, 2004) ความสัมพันธ์เชิงเส้นตรงระหว่างความถี่ของการโมฆะอัลลีลและค่า FIS เป็นบวกอย่างมีนัยสำคัญทั้งสำหรับตำแหน่งภายในประชากร(ยังไม่มี = 120, R2 = 0.89, P = 0.00) และตำแหน่งทั่วประชากร(ยังไม่มี = 8 R2 = 0.69, P = 0.01 ) แสดงให้เห็นว่ามีความสำคัญเบี่ยงเบนไปจากความสมดุลH-W สามารถนำมาประกอบส่วนหนึ่งการปรากฏตัวของอัลลีลเป็นโมฆะ. ค่าทั้งหมดของความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างประชากรบนพื้นฐานของFST อย่างมีนัยสำคัญ (P <0.05) และตั้งแต่ 0.078 (PRI1-DEU1) เพื่อ 0.451 (HEL-PRI2) โดยมีค่าเฉลี่ย 0.243 (ตารางที่ 2) ค่าของFST ระหว่างคู่ของสายพันธุ์ที่มีนัยสำคัญทั้งหมดด้วยและของที่คล้ายกันขนาดให้กับผู้ที่ระหว่างประชากรพวกเขาตั้งแต่0.074 (ค deusta-C chrysocephala.) เพื่อ 0.407 (ค heldreichii-C messenicolasiana.) ที่มีค่าเฉลี่ย ของ 0.182 (ตารางที่ 3) ค่านิยมของการแก้ไข FST สำหรับอัลลีล null อย่างใกล้ชิดคล้ายกับคนที่ไม่ได้แก้ไขทั้งระหว่างประชากรและระหว่างเผ่าพันธุ์(เสริมตาราง S2 และ S3) หมายถึง FST ระหว่างคู่ของประชากรและระหว่างคู่ของสายพันธุ์เป็น0.229 และ 0.172 ตามลำดับ (นั่นคือความแตกต่างระหว่างค่าการแก้ไขและการแก้ไขมีเพียง5% โดยประมาณ) ดังนั้นเราจะพิจารณาผลกระทบของอัลลีล null ในข้อมูลของเราจะอ่อนแอมาก. ตามวิธีการ Evanno ของ K = 2, 9, 7 และ 11 เป็นตัวเลขที่มากที่สุดของกลุ่มทางพันธุกรรมสำหรับการจำลองโครงสร้าง(เสริมรูป. S1) ตั้งแต่ K = 2 ไม่ได้ให้ข้อมูลที่เรามุ่งเน้นไปที่ผลการK = 9 ซึ่งเป็นไปได้มากที่สุดที่สองจำนวนกลุ่ม(รูปที่. 2) โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการทำงานทั้งหมดที่ดำเนินการเกือบทุกกลุ่มที่สร้างขึ้นตรงกับประชากรของแต่ละบุคคลหรือแท็กซ่า(1) กลุ่มสีเหลืองซี brunnea; (2) กลุ่มสีม่วงแดงกับประชากร CHR3 และ CHR4 ซี chrysocephala; (3) กลุ่มสีเขียวเพื่อประชากร CHR5 และ CHR2 ซี chrysocephala; (4) กลุ่มสีฟ้าอ่อนซี heldreichii; (5) กลุ่มสีม่วงซีlitochorea; (6) กลุ่มสีฟ้าเข้มซี messenicolasiana; (7) สีชมพูแซลมอนประชากร PRI2 ของท่านชายซี; (8) และ (9) สีส้มและสีแดงเป็นกลุ่มประชากร DEU1 และ DEU2 ซี deusta, ตามลำดับ ประชากร CHR1 ซี chrysocephala และ PRI1 ซีท่านชายโดยคมชัดแสดงให้เห็นว่าส่วนผสมของบุคคลที่แตกต่างจากกลุ่ม ผลที่ได้จากสิ่งกีดขวางบนพื้นฐานของอัลกอริทึมของ Monmonier (เสริมรูป. S2) เห็นอย่างใกล้ชิดกับทางพันธุกรรมรูปแบบการกู้คืนโดยใช้โครงสร้าง ประชากรส่วนใหญ่ถูกแยกออกจากอุปสรรคที่ได้รับมอบหมายเป็นครั้งแรกและความสำคัญของการแยก(โดยวัดจากค่าบูต) เพิ่มขึ้นด้วยนอกจากนี้อุปสรรคใหม่ถึงค่าสูงสุดที่10 อุปสรรค

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บุคคลซึ่งเกิดขึ้นในเฉพาะที่ null allele ( i.e .
ให้ความเชื่อมีกิจกรรมหนึ่งที่มองเห็นอัลลีล ) เป็นเท็จที่ตีความ
เป็นยีนกลุ่มที่มองเห็นได้ ค่า null allele ในทุกรูปแบบ
ความถี่ต่ำ ( ตั้งแต่ 0.035 สำหรับ
cd37 ความเชื่อในความเชื่อ เพื่อทำธุรกิจ 21d9 กับค่าเฉลี่ยของ 0.110 ) แนะนำ
พบว่าค่า null คาดว่าจะไม่ทำให้เกิดความอคติ
ในการวิเคราะห์พันธุกรรมของเรา ( ยกเว้นการผลิตพองเทียม 6
; หลายค่า ) ผู้เขียนได้ชี้ให้เห็นว่าอคติเป็นเล็กน้อย
เมื่อ null อัลลีลเป็นปัจจุบันที่ความถี่ต่ำกว่า 0.200 ( เดกคิ้น
และ วีเซ่ , 2004 ) ความสัมพันธ์เชิงเส้นระหว่างความถี่ของ null
อัลลีลและปรับค่าแตกต่างกันทั้งตำแหน่ง
ภายในประชากร ( n = 120 , R2 = 0.89 , p = 0.00 ) และตำแหน่งในประชากร
( n = 8 , R2 = 0.69 , p = 0.01 ) แสดงว่าเบี่ยงเบนอย่างมีนัยสำคัญจาก H (
w
สมดุลสามารถมีส่วนประกอบกับการปรากฏตัวของ null อัลลีล ค่าทุกค่าของความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่าง

f จำนวนประชากรตามอย่างมีนัยสำคัญ ( p < 005 ) และอยู่ระหว่าง 0.078 ( pri1-deu1 )
ให้ 0.451 ( hel-pri2 ) กับค่าเฉลี่ยของ 0.243 ( ตารางที่ 2 ) ค่า
f ระหว่างคู่ของชนิดในระดับปานกลาง และขนาดคล้ายกัน
ที่ระหว่างประชากร : พวกเขาระหว่าง 0.074
( C ) C deusta chrysocephala ) ( C ) C messenicolasiana heldreichii 0.407 )
กับค่าเฉลี่ยของ 0.182 ( ตารางที่ 3 ) แก้ไขค่าของ f
สำหรับคนที่ uncorrected null อัลลีลอย่างใกล้ชิดคล้ายทั้ง
ระหว่างประชากรและระหว่างชนิด ( เสริม
ตาราง S2 และ S3 ) หมายถึง f ระหว่างคู่ของประชากรและ
ระหว่างคู่ของชนิดและ 0.172 0.229 ตามลำดับ (
คือ ความแตกต่างระหว่างการแก้ไขและค่า uncorrected ถูก
เพียงประมาณ 5% ) จากนั้น เราพิจารณาผลของอัลลีลบน
เป็นโมฆะข้อมูลของเราจะอ่อนแอมาก ตามแนวทางของ evanno
, k = 2 , 9 , 7 และ 11
ส่วนใหญ่ตัวเลขกลุ่มพันธุกรรมเพื่อโครงสร้างจำลอง
( เพิ่มเติมรูปที่ S1 ) เมื่อ k = 2 ไม่มีข้อมูล เราเน้นผล
k = 9 ซึ่งเป็นหมายเลขโอกาส
ส่วนใหญ่ที่สองของกลุ่ม ( รูปที่ 2 ) โดยเฉพาะ ทั้งหมดวิ่ง
โดยเกือบทั้งหมดของประชากรแต่ละกลุ่มสร้างขึ้น
หรือซ่า ( 1 ) กลุ่มซี brunnea สีเหลือง ( 2 ) กลุ่มบานเย็น
ประชากรและ chrysocephala chr3 chr4 ของ C ;
( 3 ) กลุ่มสีเขียวและประชากร chr5 chr2 chrysocephala ของ C ;
( 4 ) กลุ่มสีฟ้าซีด กับ c heldreichii ; ( 5 )
กลุ่มสีม่วง C litochorea ; ( 6 ) สีน้ำเงินเข้มพวง Cmessenicolasiana ;
( 7 ) ปลาแซลมอนสีชมพู pri2 ประชากรของ princeps ; ( 8 ) และ ( 9 )
ส้มและกลุ่มสีแดงและประชากร deu1 deu2 deusta C .
, ตามลำดับ chr1 ประชากรของ C และ C .
chrysocephala pri1 princeps ในทางกลับกัน พบว่า มีการผสมของบุคคลจากกลุ่มที่แตกต่าง

ผลของ monmonier กั้นตามขั้นตอนวิธี
( อ่านฟิคS2 ) อย่างใกล้ชิด เห็นด้วยกับรูปแบบทางพันธุกรรม
กู้คืนโดยใช้โครงสร้าง ประชากรส่วนใหญ่แยกกัน
จากครั้งแรกที่ได้รับมอบหมาย อุปสรรค และความสำคัญของ
แยก ( เป็นวัดโดยค่า Bootstrap ) มีค่าเพิ่มขึ้น
เพิ่มอุปสรรคใหม่ ถึงสูงสุดที่ค่า

10 ด่านแล้ว