The melon consensus linkage map wit

The melon consensus linkage map with cucumber SSRs.The consensus map developed herein added a considerable number of SSR markers (~2 times) towards map saturation in melon (1 < cM between markers). We added 154 and 127 new markers to the previously developed
melon F2 (from Q-3-2-2 × Top Mark) and RIL(from Top Mark × WI 846-1) maps [34,35], respectively.Marker order on the new (Table S1) and the historic F2 maps were almost identical. The RIL map was improved over the historic map [34] (i.e., from 28 LG to 22 LGs),but was still relatively fragmented (i.e., small linkage groups), which was likely due to the large number of dominant markers incorporated into the RIL-based map. It is known that dominant markers such as RAPDs or AFLPs tend to be clustered on the linkage maps[37,67,79-81], and for this reason, dominant markers were excluded in map merging for development of the consensus map.Even though more than the predicted numbers of LGs
were present on the F2 and RIL maps, the large number of shared marker loci enabled integration of the two maps to produce a consensus melon genetic map with the expected 12 LGs (Table 1, Figure 1). This consensus map contained 401 co-dominant markers including 199 derived from cucumber, and is the first melon map containing such a high number of cucumber-derived markers.The map length of this consensus map was 1,029
cM, which is within the predicted size range of the melon genome (1,000-1,500 cM) [35]. The reliability (quality) of this map can be measured by its colinearity and its relationship with available cucumber scaffolds.Although there were minor discrepancies in marker orders (Tables S1-S3) between markers on the consensus and the RIL-based maps, these maps were largely collinear (Tables S1-S3). The disparities detected between these maps may be, in part, due to varying recombination rates between mapping population (e.g.,RIL vs. F2), relatively small mapping populations (i.e., 80 RIL and 91 F2 individuals) used, and/or genome structural variations (deletion, inversion, or translocation) between populations. With few exceptions, closely linked markers on these melon maps were located in the same cucumber draft genome scaffolds (Table S3).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แผนที่เชื่อมโยงช่วยให้แตงโมกับแตงกวา SSRs.The มติแผนพัฒนานี้เพิ่มเครื่องหมาย SSR จำนวนมาก (~ 2 ครั้ง) ต่อแผนที่เข้มในแตง (1 < ซม.ระหว่างเครื่องหมาย) เราได้เพิ่มเครื่องหมายใหม่ 154 และ 127 การพัฒนาก่อนหน้านี้แตงโม F2 (จาก Q-3-2-2 การทำเครื่องหมายด้านบน) และเหลือ (จากด้านบนทำเครื่องหมาย× WI 846 - 1) แผนที่ [34,35], ตามลำดับสั่งเครื่องตัวใหม่ (ตาราง S1) และแผนที่ F2 ประวัติศาสตร์เกือบจะเหมือนได้ แผนที่เหลือขึ้นเหนือ [34] แผนที่ประวัติศาสตร์ (เช่น จาก LG 28 กับแอลจีเอส 22), แต่ก็มีกระจัดกระจาย (เช่น กลุ่มขนาดเล็กเชื่อมโยง), ซึ่งเป็นไปได้เนื่องจากเครื่องหมายหลักที่รวมอยู่ในแผนที่เหลืออยู่ เป็นที่รู้จักกันว่า เครื่องหมายหลักเช่น RAPDs หรือ AFLPs มักจะจับกลุ่ม บนแผนผังเชื่อมโยง [37,67,79-81], และด้วยเหตุนี้ เครื่องหมายหลักถูกรวมไว้ในแผนผังรวมสำหรับพัฒนาผังมติแม้ว่าตัวเลขคาดการณ์ของแอลจีเอสมากกว่าแสดงใน F2 เหลือแผนที่ จำนวนมาก loci ร่วมเครื่องหมายเปิดใช้งานรวมของแผนที่สองการผลิตแผนที่พันธุมติแตงโมกับคาดไว้ 12 แอลจีเอส (ตารางที่ 1 รูปที่ 1) แผนที่นี้ช่วยให้ประกอบด้วยเครื่องหมายร่วม dominant 401 รวม 199 จากแตงกวา และเป็นแผนที่แตงโมครั้งแรกประกอบด้วยดังกล่าวสูงแตงกวาได้รับเครื่องหมายแผนที่แผนที่มตินี้มีความ 1,029ซม. ซึ่งอยู่ในช่วงคาดการณ์ขนาดของจีโนมแตงโม (1000 1500 cM) [35] สามารถวัดความน่าเชื่อถือ (คุณภาพ) ของแผนที่นี้ของ colinearity และความสัมพันธ์ของกับแตงกวามี scaffoldsแม้ว่าจะมีความขัดแย้งรองเครื่องหมายใบสั่ง (ตาราง S1 S3) ระหว่างเครื่องหมายในการช่วยเหลือตามแผนที่ แผนที่เหล่านี้ถูก collinear ส่วนใหญ่ (ตาราง S1-S3) ความแตกต่างที่พบระหว่างแผนที่เหล่านี้ได้ ในส่วน จากราคา recombination ระหว่างประชากรแม็ป (e.g.,RIL เทียบกับ F2), แผนที่เล็กประชากร (เช่น เหลือ 80 และ 91 บุคคล F2) ใช้ และ/หรือกลุ่มโครงสร้างรูปแบบ (การลบ กลับ หรือการสับเปลี่ยน) ระหว่างประชากรที่แตกต่างกันไป มีข้อยกเว้นบาง เครื่องหมายเชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดบนแผนที่แตงเหล่านี้ได้อยู่ในเดียวกันกับแตงกวาร่างจีโนม scaffolds (ตาราง S3)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แตงโมรับการเชื่อมโยงแผนที่ ssrs แตงกวา แผนที่ทามติพัฒนาในที่นี้เพิ่มจำนวนมากของ SSR markers ( ~ 2 ครั้ง ) กับแผนที่อิ่มตัวในแตงโม ( 1 < ซม. ระหว่างเครื่องหมาย ) เราเพิ่มแล้ว 127 ตำแหน่งใหม่เพื่อพัฒนา
ก่อนหน้านี้แตงโม F2 ( จาก q-3-2-2 ×เครื่องหมายด้านบน ) และริล ( จากด้านบนเครื่องหมาย×วี 846-1 ) แผนที่ [ 34,35 ] ตามลำดับเครื่องหมายคำสั่งใหม่ ( ตาราง S1 ) และประวัติศาสตร์ F2 แผนที่ที่เกือบเหมือนกัน แผนที่ ริล เป็นดีขึ้นกว่าประวัติศาสตร์แผนที่ [ 34 ] ( เช่น จาก 28 LG 22 LGS ) แต่ยังค่อนข้างกระจัดกระจาย ( เช่นขนาดเล็กเชื่อมโยงกลุ่ม ) ซึ่งน่าจะมาจากตัวเลขขนาดใหญ่ของเด่นเครื่องหมายการจดทะเบียนเป็นริลแผนที่ตามมันเป็นที่รู้จักกันว่าเด่นเครื่องหมาย เช่น rapds หรือ aflps มีแนวโน้มที่จะเป็นกลุ่มบนแผนที่ [ การเชื่อม 37,67,79-81 ] และสำหรับเหตุผลนี้เด่นเครื่องหมายถูกตัดออกในแผนที่รวมกันเพื่อพัฒนาแผนที่เอกฉันท์ แม้ว่ากว่าคาดการณ์ตัวเลขของ LGS
อยู่ที่ F2 และริลแผนที่จํานวนใช้เครื่องหมายตำแหน่งการใช้งานรวมของทั้งสองแผนที่เพื่อสร้างฉันทามติแตงโมพันธุแผนที่คาด 12 LGS ( ตารางที่ 1 รูปที่ 1 ) นี้เอกฉันท์แผนที่ที่มีอยู่ 401 Co เด่นเครื่องหมายรวม 199 มาจากแตงกวาและแตงโมเป็นครั้งแรกที่มีจำนวนสูงของแผนที่ เช่น แตงกวา ได้รับเครื่องหมาย แผนที่นี้เป็นแผนที่ความยาวของมติ 1
ซม.ซึ่งอยู่ในช่วงขนาดของเมลทำนายจีโนม ( 1000-1500 ซม. ) [ 35 ] ความน่าเชื่อถือ ( คุณภาพ ) ของแผนที่นี้สามารถวัดได้โดย colinearity และความสัมพันธ์กับนั่งร้านแตงกวาใช้ได้ แม้ว่าจะเล็กน้อย ความขัดแย้งในคำสั่งเครื่องหมาย ( ตาราง s1-s3 ) ระหว่างเครื่องหมายบนฉันทามติและริลตามแผนที่ แผนที่เหล่านี้ส่วนใหญ่ collinear ( ตาราง s1-s3 )ตรวจพบความแตกต่างระหว่างแผนที่เหล่านี้อาจเป็น ส่วนหนึ่ง เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงอัตราระหว่างประชากรแผนที่ ( เช่น ริลกับ F2 ) ขนาดเล็ก ( เช่น แผนที่ประชากร 80 ริลและ 91 F2 บุคคล ) ใช้และ / หรือการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างจีโนม ( การลบ , การผกผันหรือโยกย้าย ) ระหว่างประชากร มีข้อยกเว้นบางเครื่องหมายบนแผนที่ที่เชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดแตงเหล่านี้อยู่ในร่างเดียวกัน แตงกวา นั่งร้าน ( ตาราง ( S3 )