Over a thousand individual Fibronec

Over a thousand individual Fibronectin type III (FnIII) domain sequences, extracted from more than 60 different FnIII-dependent protein super-structures, were downloaded from curated database resources. Three regions of extreme sequence conservation within the well-characterized FnIII β-sandwich structure were respectively defined by near absolute conservation of a tryptophan (Trp) in β-strand-B, tyrosines (Tyr) in both β-strand-C and β-strand-F, and a leucine (Leu) residue in the unstructured region immediately preceding β-strand-F. Employing these four conserved landmarks, the entire FnIII sequence dataset was vertically registered to align the three conserved regions, and the cumulative distribution of all other amino acid functionality was determined and plotted relative to these landmark residues. Conserved aromatic sites were each found to be flanked by aliphatic residues that assure localization of these sites to the inaccessible hydrophobic interface between major sheet structures. Mapping the location of conserved aromatic sites in numerous PDB structures demonstrated the consistent pair-wise co-localization of the indole side-chain of the conserved strand-B Trp site to within 0.35 nm of the phenolic side-chain of the strand-C Tyr site located 8–14 amino acids distal. Likewise, the side-chain of the strand-F Tyr site co-localized to within 0.45 nm of the aliphatic side-chain of the conserved Leu that uniformly precedes it by six residues. While classic hydropathy-based theories would deem the “burying” of Tyr and Trp side-chains and/or their association with hydrophobic FnIII core residues thermodynamically unnecessary, alternative contributions of conserved Trp and Tyr residues, and particularly the role of the absolutely conserved tyrosine phenolic –OH in native FnIII structure–function are considered. A more global role for conserved FnIII aromaticity is also discussed in light of the aromatic conservation observed in other well-established protein families.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กว่าพันชนิด Fibronectin ละ III (FnIII) โดเมนลำดับ สกัดจาก 60 กว่าแตกต่างกันขึ้นอยู่กับ FnIII โปรตีนซุปเปอร์โครงสร้าง ถูกดาวน์โหลดจากฐานข้อมูล curated ภาคสามของลำดับมากอนุรักษ์ภายในโครงสร้างแซนวิβ FnIII characterized แห่งตามลำดับกำหนดไว้โดยใกล้อนุรักษ์สัมบูรณ์ของทริปโตเฟน (Trp) ในβ-สาระ-B, tyrosines (Tyr) ทั้งβ-สาระ-C และβ-สาระ-F และ leucine (ลือ) ตกค้างในพื้นที่ไม่มีโครงสร้างก่อนβ-สาระเอฟ ใช้สถานเหล่านี้นำสี่ ชุดข้อมูลลำดับ FnIII ทั้งในแนวตั้งลงทะเบียนตำแหน่งภูมิภาคนำสาม และการแจกแจงสะสมของฟังก์ชันกรดอะมิโนอื่น ๆ ถูกกำหนด และพล็อตเทียบกับแลนด์มาร์คตกเหล่านี้ แต่ละพบการตกค้าง aliphatic ที่แปลของเว็บไซต์เหล่านี้ไม่สามารถเข้าถึงอินเตอร์เฟซ hydrophobic ระหว่างโครงสร้างแผ่นงานหลักมั่นใจ นักท่องนำหอม การแม็ปตำแหน่งของนำหอมจำนวนมาก PDB โครงสร้างแสดงแปล pair-wise ร่วมที่สอดคล้องกันของอินโดลด้านของนำสาระ-บี Trp ไซต์ภายใน 035 nm ของฟีนอด้านไซต์ Tyr สแตรนด์ C อยู่กระดูกกรดอะมิโน 8–14 ทำนองเดียวกัน โซ่ข้างของสแตรนด์-F Tyr ไซต์ร่วมเป็นภาษาท้องถิ่นไปใน 0.45 nm ของ aliphatic ด้านของลัวนำที่สม่ำเสมอเมื่อเทียบเคียงก่อนหน้า โดยตกค้าง 6 ในขณะที่คลาสสิ hydropathy ตามทฤษฎีจะถือการ "burying" ของ Tyr และ Trp ด้านโซ่ หรืออาศัยเชื่อมโยงกับ hydrophobic FnIII หลักตก thermodynamically ไม่จำเป็น ทางเลือกจัดสรรของ Trp และ Tyr ตก และโดยเฉพาะอย่างยิ่งบทบาทของ –OH ฟีนอ tyrosine อย่างนำในพื้นเมือง FnIII structure–function ถือเป็น ยังมีการกล่าวถึงบทบาทมากทั่วโลกสำหรับ aromaticity FnIII นำเมื่ออนุรักษ์หอมในครอบครัวอื่น ๆ โปรตีนดีขึ้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กว่าพันประเภท fibronectin บุคคลที่สาม (FnIII)​​ ลำดับโดเมนสกัดจากกว่า 60 FnIII ขึ้นอยู่กับโปรตีนโครงสร้างซุปเปอร์ที่แตกต่างกันถูกดาวน์โหลดจากฐานข้อมูลทรัพยากร curated ภูมิภาคท​​ี่สามของการอนุรักษ์ลำดับมากภายในอย่างดีลักษณะโครงสร้าง FnIII β-แซนวิชที่ถูกกำหนดไว้ตามลำดับโดยการอนุรักษ์แน่นอนใกล้ของโพรไบโอ (Trp) ในβ-สาระ-B tyrosines, (เทอร์) ทั้งในβ-สาระ-C และβ- สาระ-F และ leucine (ลื้อ) ที่เหลือในภูมิภาคท​​ี่ไม่มีโครงสร้างทันทีก่อนβ-สาระ-F พนักงานสถานที่สำคัญเหล่านี้สี่อนุรักษ์ชุดทั้ง FnIII ลำดับได้รับการจดทะเบียนในแนวตั้งเพื่อจัดพื้นที่อนุรักษ์สามและการแจกแจงสะสมของการทำงานทั้งหมดกรดอะมิโนอื่น ๆ ที่ถูกกำหนดและพล็อตเทียบกับสารตกค้างเหล่านี้สถานที่สำคัญ แต่ละเว็บไซต์ที่มีกลิ่นหอมอนุรักษ์พบว่ามีการตกค้างขนาบข้างด้วยสารประกอบที่มั่นใจท้องถิ่นของเว็บไซต์เหล่านี้เพื่อเชื่อมต่อน้ำไม่สามารถเข้าถึงได้ระหว่างโครงสร้างแผ่นใหญ่ การทำแผนที่ตำแหน่งของเว็บไซต์ที่มีกลิ่นหอมในป่าสงวนโครงสร้าง PDB จำนวนมากแสดงให้เห็นถึงคู่ฉลาดร่วมท้องถิ่นที่สอดคล้องกันของอินโดลด้านห่วงโซ่ของเว็บไซต์สาระ-B Trp อนุรักษ์ภายใน 0.35 นาโนเมตรของฟีนอลด้านห่วงโซ่ของสาระ-C เทอร์ เว็บไซต์ตั้งอยู่ 8-14 กรดอะมิโนส่วนปลาย ในทำนองเดียวกันด้านห่วงโซ่ของเว็บไซต์สาระ-F เทอร์ร่วมกับท้องถิ่นภายใน 0.45 นาโนเมตรของสารประกอบด้านห่วงโซ่ของป่าสงวนลื้อที่สม่ำเสมอนำโดยหกตกค้าง ในขณะที่ทฤษฎี hydropathy ตามคลาสสิกจะเห็นว่า "สุสาน" ของเทอร์และ Trp ด้านเครือข่ายและ / หรือความสัมพันธ์ของพวกเขากับน้ำ FnIII ตกค้างหลักที่ไม่จำเป็นต่อความร้อนมีส่วนร่วมทางเลือกของการอนุรักษ์ Trp และเทอร์ตกค้างและโดยเฉพาะอย่างยิ่งบทบาทของซายน์ป่าสงวนอย่าง ฟีนอล-OH ในท้องถิ่น FnIII โครงสร้างและหน้าที่จะมีการพิจารณา บทบาททั่วโลกมากขึ้นสำหรับป่าสงวน aromaticity FnIII ยังกล่าวถึงในแง่ของการอนุรักษ์ที่มีกลิ่นหอมที่พบในอื่น ๆ ที่ดีขึ้นครอบครัวของโปรตีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

กว่าชนิดไฟโบรเนกตินพันบุคคล 3 ( fniii ) โดเมนลำดับ สกัดจากกว่า 60 แตกต่างกันขึ้นอยู่กับโครงสร้างโปรตีน fniii ซูเปอร์ถูกดาวน์โหลดจาก Curated ทรัพยากรฐานข้อมูลสามภูมิภาคของการอนุรักษ์ลำดับสุดโต่งภายใน fniii บีตา - ดีลักษณะโครงสร้างแซนวิชตามลำดับที่กำหนดโดยใกล้อนุรักษ์สัมบูรณ์ของทริปโตเฟน ( TRP ) บีตา - strand-b tyrosines , ( เทียร์ ) ทั้งในและ strand-c บีตา - บีตา - strand-f และลิวซีน ( Name ) ตกค้างในแต่ละภูมิภาคทันทีก่อน strand-f. บีตา - พนักงาน เหล่านี้สี่เพื่อสถานที่ ,ทั้ง fniii ลำดับชุดข้อมูลเป็นแนวตั้งจดทะเบียนจัดสามบริเวณอนุรักษ์ และการสะสมของกรดอะมิโนทั้งหมดอื่น ๆฟังก์ชันได้มุ่งมั่นและวางแผนให้ญาติที่ตกค้างเหล่านี้เว็บไซต์อนุรักษ์หอมถูกพบว่าถูกขนาบข้างด้วยอะลิฟตกค้าง ที่รับประกันการเข้าถึงของเว็บไซต์เหล่านี้เพื่อเชื่อมต่อระหว่างแผ่น ) โครงสร้างใหญ่ แผนที่ที่ตั้งของเว็บไซต์ในโครงสร้าง PDB อนุรักษ์ หอมมากมาย แสดงให้เห็นถึงความสอดคล้องคู่ปัญญา Co จำกัดของอินโดลด้านห่วงโซ่ของการอนุรักษ์ strand-b TRP เว็บไซต์ภายใน 035 nm ของฟีนอลด้านห่วงโซ่ของเว็บไซต์ tyr strand-c ตั้งอยู่ 8 – 14 กรดอะมิโนที่ปลาย . อนึ่ง ด้านห่วงโซ่ของ strand-f tyr เว็บไซต์ Co ถิ่นภายใน 0.45 nm ของตาตุ่มด้านห่วงโซ่ของป่าสงวนลิวที่ขึ้นนำหน้ามันหกตกค้างในขณะที่ทฤษฎี hydropathy คลาสสิกโดยจะเห็นว่า " ฝัง " และโซ่ข้าง tyr กและ / หรือ ความสัมพันธ์ของพวกเขา ) fniii หลัก thermodynamically ตกค้างเป็นทางเลือกการรักษาและ TRP tyr ตกค้าง และโดยเฉพาะอย่างยิ่งบทบาทของฟีโนลิกมากแต่อย่างใด –โอ้ ในหน้าที่และโครงสร้าง fniii พื้นเมืองจะพิจารณาบทบาทการอนุรักษ์ทั่วโลกมากขึ้นสำหรับ fniii พระบรมวงศ์เธอยังกล่าวถึงในแง่ของการอนุรักษ์ที่พบในโปรตีนในครอบครัวดีขึ้น หอมๆ