Abundance of phages across samplesC

Abundance of phages across samples

Coverage calculations were limited to the window encompassing the region defined by the spacer hits (proto-spacers) and phage-associated genes. This was in order to make sure only phage abundance was measured if it was integrated in a bacterial genome. Metagenomic reads from each sample were mapped to phage contigs using BLASTN, requiring at least 80% of the read to align against the contig with at least 85% identity. To declare a phage contig exists in a particular sample, the phage region of the contig had to be covered by at least one read per base pair and at least 70% of the phage-region bases had to be covered (if the phage region was

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Abundance of phages across samples

Coverage calculations were limited to the window encompassing the region defined by the spacer hits (proto-spacers) and phage-associated genes. This was in order to make sure only phage abundance was measured if it was integrated in a bacterial genome. Metagenomic reads from each sample were mapped to phage contigs using BLASTN, requiring at least 80% of the read to align against the contig with at least 85% identity. To declare a phage contig exists in a particular sample, the phage region of the contig had to be covered by at least one read per base pair and at least 70% of the phage-region bases had to be covered (if the phage region was <2 kb, it was extended by 2 kb upstream and downstream). See the Supplemental Text for discussion on the parameters chosen for the sharing analysis. Coverage is reported in reads per kilobase per millions of reads (RPKM). Visual data on phage abundance across samples are found at http://www.weizmann.ac.il/molgen/Sorek/microbiome_phages/.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความอุดมสมบูรณ์ของ phages ทั่วตัวอย่างการคำนวณครอบคลุมถูก จำกัด ให้หน้าต่างที่ครอบคลุมภูมิภาคที่กำหนดโดยฮิต spacer (โปรโต spacers) และยีนทำลายจุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้อง นี่คือเพื่อให้แน่ใจว่าอุดมสมบูรณ์ทำลายจุลินทรีย์เพียงวัดถ้ามันเป็นแบบบูรณาการในจีโนมของเชื้อแบคทีเรีย Metagenomic อ่านจากแต่ละตัวอย่างถูกแมปไป contigs ทำลายจุลินทรีย์โดยใช้ BLASTN ต้องไม่น้อยกว่า 80% ของการอ่านเพื่อให้สอดคล้องกับ contig กับตัวตนอย่างน้อย 85% ที่จะประกาศ contig ทำลายจุลินทรีย์ที่มีอยู่ในตัวอย่างโดยเฉพาะอย่างยิ่งในภูมิภาคทำลายจุลินทรีย์ของ contig จะต้องได้รับการคุ้มครองอย่างน้อยหนึ่งอ่านต่อคู่ฐานและอย่างน้อย 70% ของฐานทำลายจุลินทรีย์ภูมิภาคจะต้องได้รับการคุ้มครอง (ถ้าภูมิภาคทำลายจุลินทรีย์ได้ <2 กิโลมันก็ขยายออกไปโดย 2 กิโลต้นน้ำและปลายน้ำ) ดูข้อความเพิ่มเติมสำหรับการอภิปรายในพารามิเตอร์ที่ได้รับเลือกสำหรับการวิเคราะห์ร่วมกัน ครอบคลุมรายงานในอ่านต่อ kilobase ต่อนับล้านอ่าน (RPKM) ข้อมูลภาพในความอุดมสมบูรณ์ทำลายจุลินทรีย์ทั่วตัวอย่างพบที่ http://www.weizmann.ac.il/molgen/Sorek/microbiome_phages/

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความอุดมสมบูรณ์ของฟาจผ่านตัวอย่าง

ครอบคลุมการคำนวณจำนวน จำกัด เพียงหน้าต่างที่ครอบคลุมภูมิภาคที่กำหนดโดยช่วงฮิต ( Proto spacers ) และฟายีนที่เกี่ยวข้อง นี้คือเพื่อให้แน่ใจว่าอุดมสมบูรณ์เท่านั้น วัดถ้าเป็นแบบบูรณาการในจีโนมแบคทีเรีย เมตาจีโนมิคอ่านจากแต่ละตัวอย่างถูกแมปไปใช้ blastn ฟาสูง ,ต้องการอย่างน้อย 80% ของการอ่านเพื่อให้สอดคล้องกับ contig อย่างน้อย 85% ของตัวตน ประกาศว่า contig ที่มีอยู่ในตัวอย่างที่เฉพาะเจาะจง ว่าภูมิภาคของ contig ต้องครอบคลุมอย่างน้อยหนึ่งอ่านต่อคู่เบสและอย่างน้อย 70% ของโรงพยาบาลชุมชนเขตฐานต้องครอบคลุม ( ถ้าว่าภูมิภาค < 2 กิโล มันขยายและตามน้ำทวนน้ำ และ 2 )ดูข้อความเพิ่มเติมสำหรับการอภิปรายเกี่ยวกับพารามิเตอร์ที่เลือกสำหรับการแบ่งปันข้อมูล ครอบคลุมรายงานอ่านต่อกิโลเบสต่อล้าน อ่าน rpkm ) ข้อมูลภาพบนเฟจความอุดมสมบูรณ์ทั่วตัวอย่างที่ http : / / www.weizmann . ac.il / molgen / โซเรค / microbiome_phages /