Amplified fragment length polymorph

Amplified fragment length polymorphism (AFLP) was tested as an alternative to the DNA–DNA hybridization technique (DDH) to delineate genomospecies and the phylogenetic structure within the genus
Frankia. FortyFrankiastrains, including representatives of seven DDH genomospecies, were typed in order
to infer current genome mispairing (CGM) and evolutionary genomic distance (EGD). The constructed
phylogeny revealed the presence of three main clusters corresponding to the previously identified hostinfecting groups. In all instances, strains previously assigned to the same genomospecies were grouped
in coherent clusters. A highly significant correlation was found between DDH values and CGM computed
from AFLP data. The species definition threshold was found to range from 0.071 to 0.098 mismatches
per site, according to host-infecting groups, presumably as a result of large genome size differences.
Genomic distances allowed newFrankiastrains to be assigned to nine genomospecies previously determined by DDH. The applicability of AFLP for the characterization of uncultured endophytic strains was
tested on experimentally inoculated plants and then applied toAlnus incanaandA. viridisfield nodules
hosting culture refractory spore-positive (Sp+, that sporulatein planta) strains. Only 1.3% of all AFLP fragments were shown to be generated by the contaminant plant DNA and did not interfere with accurate
genomospecies identification of strains. When applied to field nodules, the procedure revealed thatAlnus
Sp+ strains werebona fidemembers of theAlnus-Myricahost infecting group. They displayed significant
genomic divergence from genomospecies G1 ofAlnusinfecting strains (i.e. Frankia alni) and thus may
belong to another subspecies or genomospecies

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความแตกต่างความยาวส่วนขยาย Amplified fragment length polymorphism (AFLP) was tested as an alternative to the DNA- –เทคนิคการผสมข้ามพันธุ์ดีเอ็นเอ DNA hybridization technique (DDH) to delineate genomospecies and the phylogenetic structure within the genus
Frankia FortyFrankiastrains Frankia. FortyFrankiastrains, including representatives of seven DDH genomospecies, were typed in order
ถูกพิมพ์ในการสั่งซื้อเพื่อสรุปจีโนมในปัจจุบันmispairing (CGM) to infer current genome mispairing (CGM) and evolutionary genomic distance (EGD). The constructed
phylogeny revealed the presence of three main clusters corresponding to the previously identified hostinfecting groups. In all instances, strains previously assigned to the same genomospecies were grouped
in coherent clusters. A highly significant correlation was found between DDH values and CGM computed
from AFLP data. The species definition threshold was found to range from 0.071 to 0.098 mismatches
per site, according to host-infecting groups, presumably as a result of large genome size differences.
Genomic distances allowed newFrankiastrains to be assigned to nine genomospecies previously determined by DDH. The applicability of AFLP for the characterization of uncultured endophytic strains was
tested on experimentally inoculated plants and then applied toAlnus incanaandA. viridisfield nodules
hosting culture refractory spore-positive (Sp+, that sporulatein planta) strains. Only 1.3% of all AFLP fragments were shown to be generated by the contaminant plant DNA and did not interfere with accurate
genomospecies identification of strains. When applied to field nodules, the procedure revealed thatAlnus
Sp+ strains werebona fidemembers of theAlnus-Myricahost infecting group. They displayed significant
genomic divergence from genomospecies G1 ofAlnusinfecting strains (i.e. Frankia alni) and thus may
belong to another subspecies or genomospecies

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เทคนิค amplified fragment length polymorphism ( AFLP ) คือการทดสอบเป็นทางเลือกให้กับดีเอ็นเอ DNA hybridization และเทคนิค ( ddh ) เพื่ออธิบาย genomospecies และโครงสร้างต่างๆ ภายในสกุล
แฟรงเคีย . fortyfrankiastrains รวมทั้งผู้แทนจากเจ็ด genomospecies ddh , พิมพ์เพื่อ
สรุปว่าพันธุกรรมปัจจุบัน mispairing ( CGM ) และระยะทางจีโนมวิวัฒนาการ ( EGD )
ที่สร้างขึ้นระบบเชื้อชาติพบว่ามี 3 กลุ่มหลัก ที่ระบุก่อนหน้านี้ hostinfecting กลุ่ม ในทุกกรณี , สายพันธุ์ที่เคยมอบหมายให้ genomospecies เดียวกันถูกจัดกลุ่ม
ในขบวนการกลุ่ม สหสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญยิ่งทางสถิติ พบว่า ระหว่าง ddh ค่านิยมและ CGM คำนวณ
ข้อมูลจากเอเอฟ . ความหมายของชนิดพบในช่วง 0.071 0098 ความไม่
ต่อเว็บไซต์ ตามติดกลุ่มโฮสต์ , สันนิษฐานว่าเป็นผลของจีโนมขนาดความแตกต่างขนาดใหญ่ .
จีโนมระยะทางให้ newfrankiastrains ได้รับมอบหมายให้เก้า genomospecies ระบุก่อนหน้านี้โดย ddh . การประยุกต์ใช้เทคนิคสำหรับคุณสมบัติของราเอนโดไฟท์สายพันธุ์เป็นไร้การศึกษา
ทดสอบทดลองปลูกพืช และใช้ toalnus incanaanda .viridisfield ปม
โฮสติ้งวัฒนธรรมวัสดุทนไฟสปอร์บวก ( SP ที่ sporulatein planta ) สายพันธุ์ เพียง 1.3% ของเศษเอเอฟทั้งหมดถูกแสดงถูกสร้างขึ้นโดยพืชที่ปนเปื้อนดีเอ็นเอและไม่ได้ยุ่งเกี่ยวกับความถูกต้อง
genomospecies การจำแนกสายพันธุ์ เมื่อใช้กับข้อมูลแบบเปิดเผย thatalnus
, ขั้นตอนSP สายพันธุ์ werebona fidemembers ของ thealnus myricahost ติดกลุ่ม พวกเขาแสดงความแตกต่างอย่างสำคัญจาก genomospecies G1
ofalnusinfecting สายพันธุ์ ( เช่น แฟรงเคีย alni ) และดังนั้นจึงอาจเป็นอีกชนิดย่อยหรือ genomospecies