those generated with the same human

those generated with the same human genes filtered by comparative analysis with orthologous mouse gene sequences (Table 1). The sequence pairs ranged in length between 680 and 2,900 base-pairs (bp), but all included the region -500 to +100 relative to the transcription start site. Within the 14 paired sequences are 40 experimentally defined TFBSs (Table 1) for 13 distinct TFs within the set of available matrices. For clarity, these binding sites were not utilized in the construction of the matrix models. A conservation cutoff was set to 70% for all tests, while the window size for conservation analysis was set to 50 bp.
Selectivity
Insufficient experimental data are available to confidently classify predictions as false, because many functional sites remain to be discovered. As the population of true TFBSs within a genomic sequence is anticipated to be small, we define the false-positive rate as the total number of predictions from all models divided by the length of the query sequence. The number of predicted TFBSs was determined for incrementally increasing relative matrix score thresholds (described in the Materials and methods section) between 65% and 90% for both single sequences and the corresponding orthologous pairs:
Sel(c) = ———————mM Pm,c
L
where M is the set of 108 models, Pm,c the number of predicted sites using model m and relative matrix score threshold c, and L the length of the analyzed sequence in base-pairs (Figure 2a).
Predictive selectivity (measured by the average number of predicted TFBSs per 100 bp of promoter sequence when scanning with all models) improved by 85% (average ratio: 0.15) when phylogenetic footprinting is applied. The ratios of the observed selectivity scores using phylogenetic footprinting to those obtained using single-sequence analysis modes are shown in Figure 2c.
Sensitivity
Sensitivity measures the ability to correctly detect known sites (that is, when a prediction and an annotated TFBS overlap by at least 50% of the width of the thinnest pattern), given a corresponding transcription-factor binding-profile model. Analyses were performed with incrementally increasing relative matrix score thresholds between 65% and 90%. The overall sensitivity (the fraction of known sites detected) was reduced slightly under the conservation requirement: 65.5% were detected with phylogenetic footprinting (settings of 75% relative matrix score threshold, 70% identity cut-off, 50 bp window) as compared to 72.5% when analyzing single sequences (Figure 2b). The fact that a few sites were not detected with the stringent requirements for both regional sequence and specific-site conservation can be attributed to multiple causes. For instance, TFBSs may not be conserved or may be present but not detected by the profile under the thresholds. We conclude that most

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ที่สร้างขึ้น ด้วยมนุษย์ยีนเดียวกันกรอง โดยวิเคราะห์เปรียบเทียบกับ orthologous ลำดับยีนเมาส์ (ตาราง 1) คู่ลำดับอยู่ในช่วงความยาวระหว่าง 680 และชุดละ 2900 ฐานคู่ (bp), แต่ทั้งหมดรวมภูมิภาค-500 ไป 100 เมื่อเทียบกับเว็บไซต์เริ่มต้น transcription ภายในลำดับจัดเป็นคู่ที่ 14 มี 40 TFBSs experimentally กำหนด (ตารางที่ 1) สำหรับ TFs 13 หมดภายในชุดของเมทริกซ์ว่าง สำหรับความคมชัด เว็บไซต์เหล่านี้รวมได้ไม่สามารถใช้ในการก่อสร้างแบบจำลองเมตริกซ์ อนุรักษ์ที่ตัดยอดถูกตั้งค่าให้ 70% สำหรับการทดสอบทั้งหมด ในขณะที่ขนาดของหน้าต่างสำหรับอนุรักษ์วิเคราะห์ถูกตั้งค่าให้ 50 bp ใวข้อมูลไม่เพียงพอทดลองมีการจัดประเภทการคาดคะเนเป็นเท็จ ความเนื่องจากไซต์จำนวนมากทำงานอยู่การค้นพบ เป็นประชากรของ TFBSs จริงภายในลำดับ genomic คาดมีขนาดเล็ก เรากำหนดอัตราบวกเท็จเป็นจำนวนการคาดการณ์จากแบบจำลองทั้งหมดหาร ด้วยความยาวของแบบสอบถามลำดับที่ กำหนดจำนวน TFBSs คาดการณ์สำหรับการเพิ่มแบบเพิ่มหน่วยเมตริกซ์ญาติคะแนนขีดจำกัด (อธิบายไว้ในส่วนของวัสดุและวิธีการ) 65% และ 90% ลำดับเดี่ยวและคู่ orthologous ที่สอดคล้องกัน:Sel(c) = — — — mM Pm, cLM ชุดซีรุ่น 108 น. จำนวนคาดว่า อเมริกาใช้รุ่น m และ c เมตริกซ์ญาติคะแนนขีดจำกัด และ L ความยาวของลำดับวิเคราะห์ในฐานคู่ (รูป 2a)วิธีคาดการณ์ (วัด โดยจำนวนเฉลี่ยของ TFBSs คาดการณ์ต่อ 100 bp ของโปรโมเตอร์ลำดับเมื่อการสแกนกับทุกรุ่น) ขึ้น โดย 85% (อัตราเฉลี่ย: 0.15) เมื่อใช้ phylogenetic footprinting อัตราส่วนของคะแนนสังเกตวิธีใช้ footprinting phylogenetic ผู้รับโดยใช้วิธีการวิเคราะห์ลำดับเดียวจะแสดงในรูปที่ 2 c ความไวความไววัดความสามารถในการตรวจสอบเว็บไซต์ชื่อดังอย่างถูกต้อง (นั่นคือ เมื่อการคาดการณ์และการ TFBS ประกอบซ้อนกันอย่างน้อย 50% ของความกว้างของรูปแบบที่บางที่สุด), กำหนดแบบผูกโพรไฟล์ transcription-ปัจจัยที่เกี่ยวข้อง วิเคราะห์ได้ดำเนินการกับแบบเพิ่มหน่วยเพิ่มขีดจำกัดคะแนนเมตริกซ์สัมพัทธ์ระหว่าง 65% และ 90% ความไวโดยรวม (ส่วนของไซต์ที่รู้จักตรวจพบ) ได้ลดลงเล็กน้อยภายใต้ความต้องการอนุรักษ์: 65.5% พบกับ phylogenetic footprinting (การตั้งค่าขีดจำกัดคะแนนเมตริกซ์สัมพัทธ์ 75%, 70% ตัวตัด หน้าต่าง bp 50) เมื่อเทียบกับ 72.5% เมื่อวิเคราะห์ลำดับเดียว (รูปที่ 2b) ความจริงที่ว่า บางไซต์ไม่พบกับความเข้มข้นทั้งภูมิภาคลำดับและอนุรักษ์เฉพาะไซต์สามารถเกิดจากหลายสาเหตุ เช่น TFBSs ไม่มีอยู่ หรืออาจมีแต่ตรวจไม่พบโดยโพรไฟล์การภายใต้ขีดจำกัด เราสรุปว่า ส่วนใหญ่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผู้ที่สร้างขึ้นด้วยยีนของมนุษย์เดียวกันกรองโดยการวิเคราะห์เปรียบเทียบกับลำดับยีนเมาส์ orthologous (ตารางที่ 1) คู่ลำดับอยู่ในช่วงระยะเวลาระหว่าง 680 และ 2,900 คู่ฐาน (bp) แต่รวมภูมิภาค -500 ถึง +100 เทียบกับจุดเริ่มต้นของการถอดความ ภายใน 14 ลำดับที่จับคู่ 40 กำหนดทดลอง TFBSs (ตารางที่ 1) 13 TFS ที่แตกต่างกันภายในชุดของการฝึกอบรมที่มีอยู่ เพื่อความชัดเจนเว็บไซต์ผูกพันเหล่านี้ไม่ได้นำมาใช้ในการก่อสร้างในรูปแบบเมทริกซ์ ตัดการอนุรักษ์ถูกกำหนดให้ 70% สำหรับการทดสอบทั้งหมดในขณะที่ขนาดของหน้าต่างสำหรับการวิเคราะห์การอนุรักษ์ที่ถูกกำหนดถึง 50 bp.
หัวกะทิ
ข้อมูลการทดลองที่มีอยู่ไม่เพียงพอที่จะคาดการณ์ได้อย่างมั่นใจจัดประเภทเป็นเท็จเพราะเว็บไซต์การทำงานจำนวนมากยังคงที่จะค้นพบ ในขณะที่ประชากรของจริง TFBSs ภายในลำดับจีโนมที่คาดว่าจะมีขนาดเล็กเรากำหนดอัตราการเท็จบวกเป็นจำนวนรวมของการคาดการณ์จากทุกรุ่นแบ่งตามความยาวของลำดับแบบสอบถาม จำนวนที่คาดการณ์ไว้ TFBSs ถูกกำหนดสำหรับการเพิ่มเกณฑ์คะแนนเพิ่มขึ้นเมื่อเทียบเมทริกซ์ (อธิบายไว้ในวัสดุและส่วนวิธีการ) ระหว่าง 65% และ 90% สำหรับทั้งลำดับเดี่ยวและคู่ orthologous สอดคล้อง:
Sel (c) = ------ -mm Pm ค
L
ที่ M คือชุดของ 108 รุ่น, PM, C จำนวนเว็บไซต์ที่คาดการณ์ไว้โดยใช้แบบจำลองเมตรและคะแนนเมทริกซ์ญาติเกณฑ์คและ L ความยาวของลำดับการวิเคราะห์ในฐานคู่ (รูปที่ 2a)
หัวกะทิ Predictive (วัดจากค่าเฉลี่ยของจำนวนที่คาดการณ์ไว้ TFBSs ต่อ 100 bp ของลำดับก่อการเมื่อสแกนกับทุกรุ่น) ปรับปรุงโดย 85% (อัตราส่วนเฉลี่ย: 0.15) เมื่อ footprinting phylogenetic ถูกนำไปใช้ อัตราส่วนของคะแนนการคัดสรรสังเกตโดยใช้ footprinting สายวิวัฒนาการให้กับผู้ที่ได้รับการใช้โหมดการวิเคราะห์ลำดับเดียวจะแสดงในรูปที่ 2 c.
ความไวแสง
ความไวแสงวัดความสามารถในการได้อย่างถูกต้องตรวจสอบเว็บไซต์ที่เป็นที่รู้จักกัน (นั่นคือเมื่อมีการคาดการณ์และการทับซ้อน TFBS ข้อเขียนอย่างน้อย 50% ของความกว้างของรูปแบบที่บางที่สุด) ได้รับการถอดความปัจจัยที่สอดคล้องรูปแบบผูกพันโปรไฟล์ การวิเคราะห์ได้ดำเนินการกับเพิ่มขึ้นเพิ่มขึ้นเกณฑ์คะแนนเมทริกซ์ความสัมพันธ์ระหว่าง 65% และ 90% ความไวโดยรวม (ส่วนของเว็บไซต์ที่เป็นที่รู้จักกันที่ตรวจพบ) ลดลงเล็กน้อยอยู่ภายใต้ความต้องการการอนุรักษ์: 65.5% ได้รับการตรวจพบด้วย footprinting สายวิวัฒนาการ (การตั้งค่า 75% เกณฑ์คะแนนเมทริกซ์ญาติตัวตน 70% ตัด 50 หน้าต่าง bp) เมื่อเทียบกับ 72.5% เมื่อวิเคราะห์ลำดับเดียว (รูปที่ 2b) ความจริงที่ว่าไม่กี่เว็บไซต์ที่ได้รับการตรวจไม่พบกับความต้องการที่เข้มงวดทั้งในระดับภูมิภาคและลำดับการอนุรักษ์เว็บไซต์เฉพาะที่สามารถนำมาประกอบกับหลายสาเหตุ ยกตัวอย่างเช่น TFBSs อาจไม่ได้รับการอนุรักษ์หรืออาจจะมีอยู่ แต่ไม่ได้ตรวจพบโดยรายละเอียดภายใต้เกณฑ์ เราสรุปได้ว่ามากที่สุด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผู้ที่สร้างเดียวกันกับยีนมนุษย์กรองโดยการวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบกับ orthologous เมาส์ยีน ลำดับ ( ตารางที่ 1 ) ลำดับคู่มีค่าความยาวระหว่างและ 2 , 900 คู่เบส ( BP ) แต่ทั้งหมดรวมพื้นที่ - 500 - 100 เทียบกับเว็บไซต์เริ่ม transcriptionภายใน 14 คู่ ลำดับ 40 โดยกำหนด tfbss ( ตารางที่ 1 ) 13 แตกต่างกัน TFS ภายในชุดของเมทริกซ์ที่มี เพื่อความชัดเจน เว็บไซต์เหล่านี้ไม่ได้ถูกใช้ในการสร้างเมตริกซ์แบบ การตัดตั้งไว้ที่ 70% สำหรับการทดสอบทั้งหมด ในขณะที่ขนาดของหน้าต่างสำหรับวิเคราะห์การอนุรักษ์ไว้ 50 BP .

เลือกข้อมูลไม่เพียงพอจะใช้ได้อย่างมั่นใจแยกคาดคะเนเป็นเท็จ เนื่องจากเว็บไซต์การทำงานมากมายยังคงถูกค้นพบ ในฐานะที่เป็นประชากรของ tfbss จริงภายในลำดับจีโนมคาดว่าจะเป็นขนาดเล็ก เรากำหนดอัตรา false-positive เป็นจํานวนคาดคะเนจากทุกรุ่น แบ่งตามความยาวของแบบสอบถาม ตามลําดับตัวเลขคาดการณ์ tfbss ตัวอย่างเพื่อเพิ่มคะแนนเกณฑ์เมทริกซ์แบบเพิ่มหน่วยสัมพัทธ์ ( อธิบายไว้ในวัสดุและวิธีการ ส่วน ) ระหว่าง 65 % และ 90 % ทั้งลำดับเดียว และที่ orthologous คู่ :
SEL ( C ) = ------- อืม PM , C
L
ที่เป็นชุดของ 108 รุ่น , น. C จำนวนเว็บไซต์โดยใช้แบบจำลองคาดการณ์และคะแนนเกณฑ์ญาติเมทริกซ์ Cและความยาวของข้อมูลในลำดับคู่เบส ( รูปที่ 2A ) .
การพยากรณ์ ( วัดจากจำนวนที่คาดการณ์ tfbss ต่อ 100 BP ของลำดับการเมื่อการสแกนกับทุกรุ่น ) ดีขึ้น โดย 85% ( อัตราส่วนเฉลี่ย 0.15 ) เมื่อยืนยัน footprinting คือใช้อัตราส่วนของการใช้ footprinting สังเกตคะแนน ซึ่งผู้ที่ได้ใช้โหมดการวิเคราะห์ลำดับเดียวจะแสดงในรูปที่ 2 C .
มาตรการความสามารถที่จะถูกตรวจสอบเว็บไซต์ที่รู้จักกันไว
ไว ( นั่นคือ เมื่อมีการคาดการณ์และการบันทึกย่อ tfbs ทับซ้อนกันอย่างน้อย 50 % ของความกว้างของรูปแบบวิดีโอ )ให้สอดคล้องกับการถอดความปัจจัยโปรไฟล์นางแบบ วิเคราะห์ข้อมูลใช้แบบเพิ่มหน่วยเพิ่มเกณฑ์คะแนนเมตริกซ์สัมพัทธ์ระหว่าง 65 % และ 90 % ความไวโดยรวม ( ส่วนของเว็บไซต์ที่รู้จักกันว่า ) ลดลงเล็กน้อยภายใต้การอนุรักษ์ความต้องการ : 65.5 พบด้วย ซึ่ง footprinting ( การตั้งค่าของ 75% เทียบเมตริกซ์คะแนนธรณีประตูตัดตัวตน 70 % , 50 BP หน้าต่าง ) เมื่อเทียบกับ 72.5 % เมื่อวิเคราะห์ลำดับเดียว ( รูปที่ 2B ) ที่ว่าไม่กี่เว็บไซต์ไม่พบ กับความต้องการที่เข้มงวดทั้งในระดับภูมิภาคและรักษาลำดับเว็บไซต์ที่เฉพาะเจาะจงสามารถเกิดจากหลายสาเหตุ ตัวอย่าง tfbss อาจไม่ใช่ป่าสงวน หรืออาจมี แต่ตรวจไม่พบโดยโปรไฟล์ใต้ธรณีประตูเราสรุปได้ว่าส่วนใหญ่