Determination of sample ploidies/To

Determination of sample ploidies/To determine individual chromosome ploidies per isolate the GATK tool ‘DepthOfCoverage’ (RRID:SCR_001876, v2.6–4) was used to obtain per-base read depth applying parameters: ‘--omitIntervalStatisticsX--omitLocusTableX--includeRefNSitesX--includeDeletionsX--printBaseCounts’. Results files were masked using our custom mask (see ‘Reference Genome Mask’). Summary statistics were calculated per chromosome, including median read depth. The median read depth for each chromosome was used to estimate chromosome copy number, somy, for each sample using an Expectation-Maximization approach previously described in Iantorno et al. (2017). For a few isolates where the coverage model appeared to be overfitting (high deviance values), somy estimates were manually curated by examining both coverage and allele frequency data. Where allele frequency distributions did not support high somy values, they were altered so that the majority of chromosomes were disomic and individual errors were corrected to fit clear somy expectations suggested by the respective allele frequency spectra.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การกำหนด ploidies ตัวอย่าง / เพื่อตรวจสอบโครโมโซม ploidies แต่ละตัวต่อการแยกเครื่องมือ GATK 'DepthOfCoverage' (RRID:SCR_001876, v2.6–4) ถูกนำมาใช้เพื่อรับพารามิเตอร์การใช้ความลึกการอ่านต่อฐาน: '--omitIntervalStatisticsX--omitLocusTableX-- includeRefNSitesX--includeDeletionsX--printBaseCounts' ไฟล์ผลลัพธ์ถูกมาสก์โดยใช้มาสก์แบบกำหนดเองของเรา (ดู 'มาส์กอ้างอิงจีโนม') สถิติสรุปคำนวณต่อโครโมโซม รวมถึงค่ามัธยฐานความลึกในการอ่าน ค่ามัธยฐานความลึกในการอ่านสำหรับแต่ละโครโมโซมถูกนำมาใช้เพื่อประมาณจำนวนสำเนาของโครโมโซม somy สำหรับแต่ละตัวอย่างโดยใช้วิธีคาดหวังสูงสุดที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ใน Iantorno และคณะ (2017) สำหรับไอโซเลตบางตัวที่แบบจำลองความครอบคลุมดูเหมือนจะเหมาะสมเกินไป (ค่าความเบี่ยงเบนสูง) การประมาณค่าของโซมีได้รับการดูแลจัดการด้วยตนเองโดยการตรวจสอบทั้งข้อมูลความครอบคลุมและข้อมูลความถี่อัลลีล ในกรณีที่การแจกแจงความถี่อัลลีลไม่สนับสนุนค่าโซมีที่สูง พวกมันถูกเปลี่ยนแปลงเพื่อให้โครโมโซมส่วนใหญ่เป็นแบบไดโซมิก และข้อผิดพลาดส่วนบุคคลได้รับการแก้ไขให้เหมาะสมกับความคาดหวังของโซมีที่ชัดเจนที่แนะนำโดยสเปกตรัมความถี่อัลลีลที่เกี่ยวข้อง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การกำหนดตัวอย่าง ploidies /
เพื่อกำหนดโครโมโซมแต่ละโครโมโซม ploidis สำหรับแต่ละแยกใช้เครื่องมือ GATK "DepthOfCoverage" (RRID: SCR_001876, v2.6 – 4) เพื่อให้ได้ความลึกของการอ่านเบสแต่ละพารามิเตอร์: "--omitIntervalStatisticsX-omitLocusTableX-includeRefNSitesX-includeDelete X-printBaseCounts" ไฟล์ผลลัพธ์ใช้หน้ากากที่กำหนดเองของเราสำหรับหน้ากาก (ดู "หน้ากากอ้างอิงจีโนม") สรุปสถิติของแต่ละโครโมโซมรวมถึงความลึกของการอ่านมัธยฐาน ใช้วิธีการเพิ่มความคาดหวังสูงสุดที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้โดย Iantorno et al. โดยใช้ความลึกของการอ่านค่ามัธยฐานของแต่ละโครโมโซมเพื่อประมาณจำนวนสำเนาโครโมโซมของแต่ละตัวอย่าง somy (2017). สำหรับสายพันธุ์ที่แยกต่างหากที่ดูเหมือนจะเหมาะสมมากเกินไป (ค่าเบี่ยงเบนสูง) ในรูปแบบความคุ้มครองไม่กี่แบบการประมาณการโซมี่จะถูกวางแผนด้วยตนเองโดยการตรวจสอบความครอบคลุมและข้อมูลความถี่อัลลีล เมื่อการกระจายความถี่อัลลีลไม่สนับสนุนค่า somy สูงพวกเขาจะเปลี่ยนไปเพื่อให้โครโมโซมส่วนใหญ่มีทั้งสองสถานะและเป็นอิสระ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การกําหนดความคลาดเคลื่อนของตัวอย่าง/
ในการกําหนดโครโมโซมคู่ของแต่ละสายพันธุ์เครื่องมือGATK " DepthOfCoverage " ( RRID:SCR _ 001876,v2.6-4 )ใช้เพื่อให้ได้ความลึกในการอ่านของแต่ละฐานพารามิเตอร์แอ็พพลิเคชัน:'-omitIntervalStatisticsX-omitLocusTableX-includeRefNSitesX-includeDeletionsX-printBaseCounts ' ใช้หน้ากากที่กําหนดเองของเรา(ดู"หน้ากากจีโนมอ้างอิง" )เพื่อมาสก์ไฟล์ผลลัพธ์ คํานวณข้อมูลสรุปสําหรับแต่ละโครโมโซมรวมถึงความลึกของการอ่านโดยเฉลี่ย การใช้วิธีการเพิ่มความคาดหวังที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ในIantorno et al. ( 2017 )ความลึกการอ่านค่ามัธยฐานของแต่ละโครโมโซมถูกใช้เพื่อประมาณจํานวนสําเนาโครโมโซมต่อตัวอย่าง สําหรับสายพันธุ์ที่แยกได้ซึ่งรูปแบบความครอบคลุมดูเหมือนจะพอดีเกินไป(ค่าเบี่ยงเบนสูง)การประมาณค่าของsomyถูกวางแผนด้วยตนเองโดยการตรวจสอบความครอบคลุมและข้อมูลความถี่อัลลีล ในกรณีที่การกระจายความถี่อัลลีลไม่สนับสนุนค่าsomyสูงพวกเขาจะถูกเปลี่ยนแปลงเพื่อให้โครโมโซมส่วนใหญ่เป็นไบนารีและข้อผิดพลาดของแต่ละบุคคลจะได้รับการแก้ไขเพื่อให้สอดคล้องกับความคาดหวังที่ชัดเจนของsomyที่ระบุโดยสเปกตรัมความถี่ของallel