Base-stacking interactionsFrom an e

Base-stacking interactions
From an energetic point of view, the most important
contribution to the DNA helix is the stacking of the bases
on top of each other. The ‘stacking energy’ is a measure of
how much energy is required to destack or melt a region of
double-stranded DNA. Table 1 lists the stacking energies
for all 16 different dinucleotide combinations. There is a
strong sequence dependence on the amount of stabilizing
energy from base stacking. As a general trend, alternating
pyrimidine–purine steps have less energy, and in particular
T.A steps have the lowest ( 2 3.82 kcal mol 2 1
). G.C steps
have the largest value ( 2 15 kcal mol 2 1
), and require the
most energy to melt.
The propeller twist is a measure of the angle between the
planes of the two bases, as shown in Figure 3b. Each base is
planar, but when two bases pair, they do not always line up
perfectly flat with each other; this angle is called propeller
twist because the bases are twisted away from each other
like an aeroplane propeller. This measure is related to the
rigidity of the helix, such that a larger propeller twist angle
reflects a more rigid helix. In B-DNA, the propeller twist
angles are usually quite low, as can be seen from the side
view of the helix in Figure 1b.
Another important dinucleotide parameter related to
base-stacking interactions is the twist angle of the two
bases, as shown in Figure 3b. Table 1 includes the values for
twist angles for B-DNA in solution. Note that these range
from 27.98 (which would correlate to a helix with 12.9 bp
per turn) to 408 (corresponding to 9 bp per turn). Thus the
pitch of the helix (that is, the length of a full turn of the
helix) can range considerably, based on the sequence. This
has important biological consequences. If there are two
protein-binding sites, each facing the same side of the helix,
separated by about 21 bp, or roughly two turns of the helix,
it is possible to have different intervening sequences,
resulting in quite different orientations of the two sites
(ranging over about 458 of orientation relative to each
other).
Watson–Crick base pairing
There are four different DNA bases: A (adenine), C
(cytosine), G (guanine) and T (thymine). Two of the bases
(C and T) contain only one ring (see the chemical structures
in Figure 3), and are called pyrimidines. The other two bases
(A and G) contain two rings, and are known as purines.
Within DNA the bases pair by complementary base
pairing, as in the Watson–Crick base pairs shown in
Figure 3a. Note that there are two hydrogen bonds for an
A.T base pair, and three hydrogen bonds for a G.C base
pair. Hydrogen bonds (H-bonds) are weak, and in DNA,
the hydrogen bonds have only about 2 kcal mol 2 1 energy.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปฏิสัมพันธ์ฐานซ้อนจากจุดพลังของมุมมองที่สำคัญที่สุดในการมีส่วนร่วมในการเป็นเกลียวดีเอ็นเอเป็นซ้อนของฐานด้านบนของแต่ละอื่นๆ 'การซ้อนพลังงาน' เป็นตัวชี้วัดของการใช้พลังงานเท่าใดจะต้องdestack หรือละลายภูมิภาคของดีเอ็นเอเกลียวคู่ ตารางที่ 1 แสดงพลังงานซ้อนทั้งหมดรวมกัน16 dinucleotide ที่แตกต่างกัน มีคือการพึ่งพาลำดับที่แข็งแกร่งกับปริมาณของการรักษาเสถียรภาพพลังงานจากฐานซ้อน ในฐานะที่เป็นแนวโน้มทั่วไปสลับขั้นตอน pyrimidine-purine มีพลังงานน้อยลงและโดยเฉพาะอย่างยิ่งขั้นตอน TA มีที่ต่ำที่สุด (2 3.82 กิโลแคลอรีโมล 2 1) ขั้นตอน GC มีค่าที่ใหญ่ที่สุด (2 15 กิโลแคลอรีโมล 2 1) และจำเป็นต้องใช้พลังงานมากที่สุดที่จะละลาย. บิดใบพัดเป็นตัวชี้วัดมุมระหว่างที่เครื่องบินของทั้งสองฐานดังแสดงในรูปที่ 3b ฐานแต่ละระนาบ แต่เมื่อสองคู่เบส, พวกเขาไม่เคยเข้าแถวแบนอย่างสมบูรณ์กับแต่ละอื่นๆ ; มุมนี้เรียกว่าใบพัดบิดเพราะฐานบิดออกจากกันเหมือนใบพัดเครื่องบิน วัดนี้มีความเกี่ยวข้องกับความแข็งแกร่งของเกลียวเช่นว่ามุมบิดใบพัดขนาดใหญ่สะท้อนให้เห็นถึงเกลียวเข้มงวดมากขึ้น ใน B-ดีเอ็นเอใบพัดบิดมุมมักจะค่อนข้างต่ำที่สามารถมองเห็นจากด้านข้างมุมมองของเกลียวในรูปที่1b ได้. อีก dinucleotide ตัวแปรที่สำคัญที่เกี่ยวข้องกับการซ้อน-ฐานปฏิสัมพันธ์เป็นมุมบิดของทั้งสองฐานที่แสดงในรูปที่ 3b ตารางที่ 1 มีค่าสำหรับบิดมุมสำหรับB-ดีเอ็นเอในการแก้ปัญหา โปรดทราบว่าช่วงเหล่านี้จาก 27.98 (ซึ่งจะมีความสัมพันธ์กับใบหูที่มี 12.9 bp เทิร์นละ) 408 (ตรงกับ 9 bp เทิร์นละ) ดังนั้นระดับเสียงของเกลียว(นั่นคือความยาวของการเปิดเต็มรูปแบบของเกลียว) สามารถช่วงมากขึ้นอยู่กับลำดับ นี้มีผลกระทบทางชีวภาพที่สำคัญ หากมีสองเว็บไซต์โปรตีนที่มีผลผูกพันแต่ละหันหน้าไปทางด้านเดียวกันของเกลียวที่แยกจากกันโดยประมาณ21 bp หรือประมาณสองผลัดใบหูที่มันเป็นไปได้ที่จะมีลำดับการแทรกแซงที่แตกต่างกันส่งผลให้ในทิศทางที่แตกต่างกันของทั้งสองเว็บไซต์(ตั้งแต่เวลาประมาณ 458 ของญาติวางแนวทางให้กับแต่ละอื่นๆ ). วัตสันจับคู่-Crick ฐานมีสี่ฐานดีเอ็นเอที่แตกต่างกัน: A (adenine), C (cytosine), G (guanine) และ T (thymine) สองฐาน(C และ T) มีเพียงหนึ่งแหวน (ดูโครงสร้างทางเคมีในรูปที่3) และจะเรียกว่าไซ อีกสองฐาน(A และ G) มีสองวงและเป็นที่รู้จักกันพิวรีน. ภายในดีเอ็นเอคู่ฐานฐานประกอบการจับคู่ในขณะที่วัตสัน-Crick ฐานคู่ที่แสดงในรูปที่3a โปรดทราบว่ามีสองพันธะไฮโดรเจนสำหรับคู่ฐานที่สามและพันธะไฮโดรเจนสำหรับฐาน GC คู่ พันธะไฮโดรเจน (H-พันธบัตร) จะอ่อนแอและในดีเอ็นเอพันธบัตรไฮโดรเจนมีเพียงประมาณ2 กิโลแคลอรีโมล 2 1 พลังงาน