Genomic analysis of the methanotrop

Genomic analysis of the methanotrophic verrucomicrobium “Methylacidiphilum infernorum” strain V4 has shown that most pathways conferring its methanotrophic lifestyle are similar to those found in proteobacterial methanotrophs. However, due to the large sequence divergence of its methane monooxygenase-encoding genes (pmo), “universal” pmoA polymerase chain reaction (PCR) primers do not target these bacteria. Unlike proteobacterial methanotrophs, “Methylacidiphilum” fixes carbon autotrophically, and uses methane only for energy generation. As a result, techniques used to detect methanotrophs in the environment such as 13CH4-stable isotope probing (SIP) and pmoA-targeted PCR do not detect verrucomicrobial methanotrophs, and they may have been overlooked in previous environmental studies. We developed a modified SIP technique to identify active methanotrophic Verrucomicrobia in the environment by labeling with 13CO2 and 13CH4, individually and in combination. Testing the protocol in “M. infernorum” strain V4 resulted in assimilation of 13CO2 but not 13CH4, verifying its autotrophic lifestyle. To specifically detect methanotrophs (as opposed to other autotrophs) via 13CO2-SIP, a quantitative PCR (qPCR) assay specific for verrucomicrobial-pmoA genes was developed and used in combination with SIP. Incubation of an acidic, high-temperature geothermal soil with 13CH4 + 12CO2 caused little shift in the density distribution of verrucomicrobial-pmoA genes relative to controls. However, labeling with 13CO2 in

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์ genomic verrucomicrobium methanotrophic ต้องใช้ "Methylacidiphilum infernorum" V4 ได้แสดงให้เห็นว่า conferring ของชีวิต methanotrophic มนต์ส่วนใหญ่จะคล้ายกับที่พบใน proteobacterial methanotrophs อย่างไรก็ตาม เนื่องจาก divergence ลำดับใหญ่ของมีเทนของ monooxygenase เข้ารหัสยีน (pmo), ไพรเมอร์ปฏิกิริยาลูกโซ่ (PCR) การพอลิเมอเรส pmoA "สากล" เป้าหมายแบคทีเรียเหล่านี้ ซึ่งแตกต่างจาก proteobacterial methanotrophs, "Methylacidiphilum" แก้ไขคาร์บอน autotrophically และใช้มีเทนสำหรับพลังงานเท่ากัน ผล ใช้ตรวจ methanotrophs ในสภาพแวดล้อมเช่นไอโซโทป 13CH4 คอก (SIP) โดยอาศัยเทคนิค PCR pmoA เป้าหมายตรวจ verrucomicrobial methanotrophs และพวกเขาอาจถูกข้ามในสิ่งแวดล้อมศึกษาก่อนหน้านี้ เราพัฒนาเทคนิคสิบแก้ไขระบุ Verrucomicrobia methanotrophic ในการใช้งานในสภาพแวดล้อม โดยติดฉลากกับ 13CO2 และ 13CH4 แยก และรวม ทดสอบโพรโทคอลใน "ม. infernorum" ต้องใช้ V4 ผลในการผสมกลมกลืนของ 13CO2 แต่ไม่ 13CH4 ตรวจสอบชีวิตของ autotrophic โดยเฉพาะตรวจ methanotrophs (ตรงข้ามกับอื่น ๆ autotrophs) ผ่านสิบ 13CO2 เชิงปริมาณ PCR (qPCR) วิเคราะห์เฉพาะสำหรับ verrucomicrobial pmoA ยีนถูกพัฒนา และใช้ร่วมกับสิบ บ่ม อุณหภูมิสูง กรดใต้พิภพดิน 13CH4 + 12CO2 เกิดกะเล็กน้อยในการกระจายความหนาแน่นของยีน verrucomicrobial pmoA สัมพันธ์กับตัวควบคุม อย่างไรก็ตาม ติดฉลากกับ 13CO2 ใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์จีโนมของ methanotrophic verrucomicrobium "Methylacidiphilum infernorum" สายพันธุ์ V4 ได้แสดงให้เห็นว่าวิถีการดำเนินชีวิตมากที่สุดในการหารือ methanotrophic ที่มีความคล้ายคลึงกับที่พบใน methanotrophs proteobacterial แต่เนื่องจากความแตกต่างที่มีขนาดใหญ่ลำดับของก๊าซมีเทนยีน-monooxygenase มัน (PMO), "สากล" ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอ pmoA (PCR) ไพรเมอร์ไม่ได้กำหนดเป้​​าหมายแบคทีเรียเหล่านี้ ซึ่งแตกต่างจาก methanotrophs proteobacterial "Methylacidiphilum" แก้ไข autotrophically คาร์บอนไดออกไซด์มีเทนและใช้เฉพาะสำหรับการผลิตพลังงาน เป็นผลให้เทคนิคที่ใช้ในการตรวจสอบ methanotrophs ในสภาพแวดล้อมเช่นไอโซโทป 13CH4 มั่นคงละเอียด (SIP) และการกำหนดเป้​​าหมาย pmoA PCR ตรวจไม่พบ me​​thanotrophs verrucomicrobial และพวกเขาอาจได้รับการมองข้ามในการศึกษาด้านสิ่งแวดล้อมก่อนหน้า เราได้พัฒนาเทคนิค SIP ปรับเปลี่ยนการใช้งานในการระบุ methanotrophic Verrucomicrobia ในสภาพแวดล้อมโดยการติดฉลากที่มี 13CO2 และ 13CH4 เป็นรายบุคคลและในการรวมกัน การทดสอบโปรโตคอลใน "เอ็ม infernorum "สายพันธุ์ V4 ผลในการดูดซึมของ 13CO2 แต่ไม่ 13CH4 การตรวจสอบการดำเนินชีวิตของ autotrophic โดยเฉพาะตรวจสอบ methanotrophs (เมื่อเทียบกับ autotrophs อื่น ๆ ) ผ่าน 13CO2-SIP เป็นเชิงปริมาณ PCR (qPCR) เฉพาะการวิเคราะห์ยีน verrucomicrobial-pmoA ได้รับการพัฒนาและใช้ร่วมกับ SIP บ่มเพาะความเป็นกรดของดินความร้อนใต้พิภพที่อุณหภูมิสูงกับ 13CH4 + 12CO2 ก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงเล็ก ๆ น้อย ๆ ในการกระจายความหนาแน่นของยีน verrucomicrobial-pmoA เทียบกับการควบคุม อย่างไรก็ตามการติดฉลากที่มีใน 13CO2

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์จีโนมของ verrucomicrobium " methanotrophic methylacidiphilum infernorum " V4 เมื่อยได้แสดงวิถีชีวิตส่วนใหญ่พร้อม methanotrophic ของมันจะคล้ายกับที่พบใน proteobacterial methanotrophs . อย่างไรก็ตาม เนื่องจากการขนาดใหญ่ลำดับความแตกต่างของก๊าซมีเทน monooxygenase การเข้ารหัสยีน ( PMO )" สากล " pmoa Polymerase chain reaction ( PCR ) โดยใช้ไพรเมอร์ไม่เป้าหมาย แบคทีเรียเหล่านี้ ซึ่งแตกต่างจาก proteobacterial methanotrophs " methylacidiphilum " แก้ไข autotrophically คาร์บอนและการใช้ก๊าซมีเทนเท่านั้นสำหรับการผลิตพลังงาน ผลเทคนิคที่ใช้ในการตรวจสอบ methanotrophs ในสิ่งแวดล้อม เช่น การ 13ch4 ไอโซโทปเสถียร ( SIP ) และ pmoa เป้าหมาย PCR ไม่พบ verrucomicrobial methanotrophs , และพวกเขาอาจจะถูกมองข้ามในการศึกษาสิ่งแวดล้อมก่อน เราได้พัฒนาเทคนิคเพื่อระบุการจิบ verrucomicrobia methanotrophic ปราดเปรียวในสภาพแวดล้อมโดยการติดฉลาก และ 13ch4 กับ 13co2 ,เป็นรายบุคคลและในการรวมกัน การทดสอบโปรโตคอลใน " ม. infernorum " V4 สายพันธุ์มีผลในการผสมกลมกลืนของ 13co2 แต่ไม่ 13ch4 วิถีชีวิต การโตโทรฟของมัน โดยเฉพาะตรวจสอบ methanotrophs ( ตรงข้ามกับคน อื่น ๆ ) ผ่านทาง 13co2-sip , เทคนิคเชิงปริมาณ ( qpcr ) โดยเฉพาะ verrucomicrobial pmoa ยีนถูกพัฒนาและใช้ในการรวมกันกับจิบการบ่มเพาะของเปรี้ยว อุณหภูมิใต้พิภพดิน 13ch4 12co2 เกิดน้อยกะในการกระจายความหนาแน่นของ verrucomicrobial pmoa ยีนที่สัมพันธ์กับการควบคุม อย่างไรก็ตาม การติดฉลากด้วย 13co2 ใน