Ribbon representations of the three

Ribbon representations of the three dimensional homology models for fusion and individual fission and split proteins. A Left: Ribbon representation of the X-ray crystal structure of
3GYX, which was used as template. 3GYX consists of six copies of a heterodimer that is made up of a large α-helical barrel-like conformation (in orange color) and a smaller molecule in an
extended coil and β-sheet conformation that wraps around the larger component (in blue color). Right: The 3D homology modeled molecular system of the alpha 1,2 mannosidase (in
green color) and the Fra10Ac1 molecule (in red color) in complexed conformation. B. Left: Ribbon representation of the 3D homology model for the riboflavin synthase model superposed
on its X-ray crystal template structure. The theoretical model is in red, whereas the template X-ray crystal structure is shown in green color. Right: Following the spatial organization of the
homotrimeric template complex structure, the 3D model of the complex was established. This trimeric model (shown per monomer in green, red and blue color and wire representation)
was subsequently subjected to docking algorithms in the presence of a single DOT1 molecule (shown in yellow ribbon), also established via computer-aided homology modeling techniques.
Herein is a snapshot of the final complex conformation. C. Left: Ribbon representation of the produced 3D homology model of the COXIIa and COXIIb complex including the
modeled inserts of the fusion sites. COXIIa is showing in red, COXIIb in magenta, the secondary structure predicted α-helical insert in blue and the α-helical structure fromthe Thermotoga
maritima bacteriumin green color. Right: using the previous conventions (C, left), the 3D homology model of COXIIa–b is modeled on the complete two-subunit cytochromec oxidase from
the Paracoccus denitrificans (RCSB entry: 1AR1) crystal structure, which was used as template. D. Ribbon representation of the 3D homology model for the complex of the predicted fusion
event in Phaeodactylum tricornutum. The G6PDH model is in red, whereas the component 6PGDH model is shown in green. E. Ribbon representation of the produced Thalassiosira
pseudonana fusion protein hypothesis 3D model. The GAPDH model is in red, whereas the TIM model is shown in green.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ริบบิ้นของสามมิติ homology รุ่นฟิวชั่น และแต่ละ fission และการแยกโปรตีน ซ้าย: แสดง Ribbon ของโครงสร้างผลึก X-ray ของ3GYX ซึ่งถูกใช้เป็นแม่แบบ 3GYX ประกอบด้วยหกสำเนา heterodimer ที่ขึ้นเป็นแบบใหญ่αเกลียวกระบอกเหมือนโครงสร้าง (สีส้ม) และโมเลกุลขนาดเล็กใน ตัวขยายรูปแบบม้วนและแผ่นβที่ wraps รอบ ๆ ส่วนประกอบขนาดใหญ่ (สีฟ้า) ขวา: 3D homology จำลองระบบโมเลกุลของ mannosidase อัลฟา 1, 2 (ในสีเขียว) และโมเลกุล Fra10Ac1 (สีแดง) ในรูปแบบ complexed ข.ซ้าย: แสดง Ribbon ของรุ่น 3D homology รุ่น riboflavin synthase superposedบนโครงสร้างแบบคริสตัลเอ็กซเรย์ แบบจำลองทางทฤษฎีเป็นสีแดง ในขณะที่โครงสร้างผลึก X-ray แบบจะแสดงเป็นสีเขียว ขวา: ต่อองค์กรเชิงพื้นที่ของการhomotrimeric แม่แบบโครงสร้างซับซ้อน โมเดล 3 มิติของอาคารก่อตั้งขึ้น รุ่นนี้ trimeric (แสดงต่อน้ำยาในสีเขียว สีแดง และสีน้ำเงินแสดงสีและลวด)ต่อมาได้ภายใต้การวางอัลกอริทึมในโมเลกุลเดี่ยว DOT1 (แสดงในริบบิ้นเหลือง), จัดผ่านคอมพิวเตอร์ช่วย homology เทคนิคการสร้างโมเดลในที่นี้คือภาพรวมของโครงสร้างที่ซับซ้อนพิจารณา ค.ซ้าย: ริบบิ้นเป็นตัวแทนของรูปแบบผลิต 3D homology COXIIa และ COXIIb ซับซ้อนรวมถึงการแทรกการสร้างแบบจำลองสถานที่หลอมรวม แสดงในสีแดง ม่วง โครงสร้างรองαเกลียวแทรกคาดการณ์สีน้ำเงิน และโครงสร้างαเกลียวจากการ Thermotoga COXIIb COXIIaสีเขียว bacteriumin กานน้ำเค็ม ขวา: ใช้การประชุมก่อนหน้า (C ซ้าย), รุ่น 3D homology ของ COXIIa – b ได้แบบมาจาก oxidase cytochromec ย่อยสองสมบูรณ์จากParacoccus denitrificans (รายการ RCSB: 1AR1) มีโครงสร้างผลึก ซึ่งถูกใช้เป็นแม่แบบ D. แสดง ribbon รุ่น 3D homology ซับซ้อนของฟิวชั่นคาดการณ์เหตุการณ์ในข้อมูลอื่น[ รุ่น G6PDH เป็นสีแดง ในขณะที่แบบ 6PGDH คอมโพเนนต์จะแสดงสีเขียว แสดง E. Ribbon Thalassiosira ผลิตpseudonana ฟิวชั่นโปรตีนสมมติฐานโมเดล 3 มิติ รุ่น GAPDH เป็นสีแดง ในขณะที่รุ่นทิมเป็นสีเขียว

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การแสดงของริบบิ้นสามรูปแบบที่คล้ายคลึงกันมิติฟิวชั่นและ ssion Fi ของแต่ละบุคคลและโปรตีนแยก ซ้าย: ตัวแทนริบบิ้นของโครงสร้างผลึก X-ray ของ
3GYX ซึ่งถูกใช้เป็นแม่แบบ 3GYX ประกอบด้วยหกสำเนาของ heterodimer ที่ถูกสร้างขึ้นจากบาร์เรลเหมือนโครงสร้างα-ขดลวดขนาดใหญ่ (สีส้ม) และโมเลกุลขนาดเล็กใน
การขยายขดลวดและβแผ่นโครงสร้างที่ล้อมรอบองค์ประกอบขนาดใหญ่ (สีฟ้า ) ขวา: 3D ที่คล้ายคลึงกันแบบจำลองระบบโมเลกุลของอัลฟา 1,2 mannosidase (ใน
สีเขียว) และโมเลกุล Fra10Ac1 (สีแดง) ในรูปเชิงซ้อน บีซ้าย: ตัวแทนริบบิ้นของรูปแบบที่คล้ายคลึงกัน 3 มิติสำหรับ FL Ribo รุ่น Avin เทส superposed
ในโครงสร้างผลึกแม่แบบ X-ray แบบจำลองทางทฤษฎีเป็นสีแดงในขณะที่โครงสร้างผลึก X-ray แม่แบบจะแสดงในสีเขียว ขวา: หลังจากที่องค์การอวกาศของ
homotrimeric แม่แบบโครงสร้างที่ซับซ้อนในรูปแบบ 3 มิติที่ซับซ้อนได้ก่อตั้งขึ้น รุ่นนี้ trimeric (แสดงต่อโมโนเมอร์สีเขียว, สีแดงและสีฟ้าและการเป็นตัวแทนไวร์)
ถูกยัดเยียดต่อมาขั้นตอนวิธีการเชื่อมต่อในการปรากฏตัวของ Dot1 โมเลกุลเดี่ยว (แสดงในริบบิ้นสีเหลือง) ยังเป็นที่ยอมรับผ่านทางคอมพิวเตอร์ช่วยเทคนิคการสร้างแบบจำลองที่คล้ายคลึงกัน.
ที่นี้ เป็นภาพรวมของโครงสร้างที่ซับซ้อน Fi NAL C. ซ้าย: ตัวแทนริบบิ้นของการผลิตรูปแบบความเหมือน 3D ของ COXIIa และ COXIIb ซับซ้อนรวมทั้ง
แทรกรูปแบบของเว็บไซต์ฟิวชั่น COXIIa มีการแสดงในสีแดง, สีม่วงแดง COXIIb ในโครงสร้างทุติยภูมิที่คาดการณ์แทรกα-ขดลวดสีฟ้าและโครงสร้างα-ขดลวด fromthe Thermotoga
Maritima bacteriumin สีเขียว ขวา: ใช้การประชุมก่อนหน้า (C, ซ้าย) รูปแบบที่คล้ายคลึงกัน 3 มิติของ COXIIa-B เป็นรูปแบบสมบูรณ์สอง subunit cytochromec oxidase จาก
Paracoccus denitri Fi กระป๋อง (RCSB รายการ: 1AR1) โครงสร้างผลึกซึ่งถูกใช้เป็นแม่แบบ ตัวแทน D. ริบบิ้นของรูปแบบที่คล้ายคลึงกัน 3 มิติที่ซับซ้อนของฟิวชั่นที่คาดการณ์ไว้ที่
เหตุการณ์ใน Phaeodactylum tricornutum รุ่น G6PDH เป็นสีแดงในขณะที่รูปแบบองค์ประกอบ 6PGDH จะแสดงเป็นสีเขียว ตัวแทนอีโบผลิต Thalassiosira
pseudonana โปรตีนสมมติฐานรูปแบบ 3 มิติ รุ่น GAPDH เป็นสีแดงในขณะที่รุ่นทิมแสดงเป็นสีเขียว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ริบบิ้นรูปสามมิติที่มีรูปแบบฟิวชั่นและ ssion จึงบุคคลและโปรตีนแบ่ง ซ้าย : ริบบิ้นเป็นตัวแทนของโครงสร้างผลึกของรังสีเอกซ์3gyx ซึ่งใช้เป็นแม่แบบ 3gyx ประกอบด้วยหกชุดของ heterodimer ที่ถูกสร้างขึ้นจากขดลวดขนาดใหญ่แอลฟาบาร์เรลเหมือนโครงสร้าง ( สีส้ม ) และโมเลกุลขนาดเล็กในขยายขดลวดและบีตา - แผ่นโครงสร้างที่ตัดรอบ ๆองค์ประกอบที่มีขนาดใหญ่ ( สีฟ้า ) ขวา : เป็นระบบ 3 มิติแบบจำลองโมเลกุลของอัลฟา 2 ไซด์ ( ในสีเขียว ) และ fra10ac1 โมเลกุล ( สีแดง ) ในซับซ้อนโครงสร้าง บี ซ้าย : ริบบิ้นซึ่งเป็นตัวแทนของรูปแบบ 3D สำหรับ ribo fl avin แบบ superposed เทสบนของรังสีเอกซ์ผลึกแม่แบบโครงสร้าง แบบจำลองทางทฤษฎีเป็นสีแดง ส่วนแม่เรย์โครงสร้างผลึกจะแสดงเป็นสีเขียว ขวา : ต่อองค์การอวกาศของhomotrimeric แม่แบบซับซ้อนโครงสร้าง โมเดลที่ซับซ้อนได้ก่อตั้งขึ้น รุ่นนี้ trimeric ( แสดงต่อโมโนเมอร์ในสีเขียว , สีแดงและสีฟ้าและเป็นตัวแทนสาย )ต่อมาได้ถูกเชื่อมต่อขั้นตอนวิธีในการปรากฏตัวของโมเลกุล dot1 เดี่ยว ( แสดงเป็นสีเหลือง ) ยังสร้างผ่านคอมพิวเตอร์เป็นแบบเทคนิคในที่นี้คือ ภาพรวมของนาลจึงซับซ้อน โครงสร้าง C . ซ้าย : ริบบิ้นผลิต 3D ซึ่งเป็นตัวแทนของรูปแบบของ coxiia coxiib และซับซ้อน รวมทั้งแบบจําลองแทรกของฟิวชั่นที่เว็บไซต์ coxiia จะแสดงในสีแดง coxiib ใน Magenta , โครงสร้างทุติยภูมิคาดการณ์แอลฟาลานแทรกในสีฟ้าและแอลฟา thermotoga จากโครงสร้างของขดลวดmaritima สี bacteriumin สีเขียว ขวา : ใช้ข้อตกลงก่อนหน้านี้ ( C , ซ้าย ) , 3D ที่มีรูปแบบ coxiia – B แบบที่สมบูรณ์สองชนิดของไซโตโครม ซี จากการ paracoccus denitri จึงกระป๋อง ( rcsb รายการ : 1ar1 ) โครงสร้างผลึก ซึ่งถูกใช้เป็นแม่แบบ D . ริบบิ้นซึ่งเป็นตัวแทนของ 3D โมเดลที่ซับซ้อนของการพยากรณ์เหตุการณ์ใน phaeodactylum tricornutum . การ g6pdh แบบสีแดง ซึ่งองค์ประกอบ 6pgdh รูปแบบจะแสดงเป็นสีเขียว การเป็นตัวแทนของผลิต thalassiosira ริบบิ้น .pseudonana ของโปรตีนสมมติฐานแบบจำลอง 3 มิติ . การ gapdh รูปแบบเป็นสีแดง ส่วนรุ่นทิมจะแสดงเป็นสีเขียว