The complete DNA sequence of groupe

The complete DNA sequence of grouper iridovirus (GIV) was determined using a whole-genome shotgun
approach on virion DNA. The circular form genome was 139,793 bp in length with a 49% G
C content. It
contained 120 predicted open reading frames (ORFs) with coding capacities ranging from 62 to 1,268 amino
acids. A total of 21% (25 of 120) of GIV ORFs are conserved in the other five sequenced iridovirus genomes,
including DNA replication, transcription, nucleotide metabolism, protein modification, viral structure, and
virus-host interaction genes. The whole-genome nucleotide pairwise comparison showed that GIV virus was
partially colinear with counterparts of previously sequenced ranaviruses (ATV and TFV). Besides, sequence
analysis revealed that GIV possesses several unique features which are different from those of other complete
sequenced iridovirus genomes: (i) GIV is the first ranavirus-like virus which has been sequenced completely
and which infects fish other than amphibians, (ii) GIV is the only vertebrate iridovirus without CpG sequence
methylation and lacking DNA methyltransferase, (iii) GIV contains a purine nucleoside phosphorylase gene
which is not found in other iridoviruses or in any other viruses, (iv) GIV contains 17 sets of repeat sequence,
with basic unit sizes ranging from 9 to 63 bp, dispersed throughout the whole genome. These distinctive
features of GIV further extend our understanding of molecular events taking place between ranavirus and its
hosts and the iridovirus evolution.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กำหนดลำดับดีเอ็นเอที่สมบูรณ์ของ iridovirus ปลาเก๋า (ระบุวัตถุประสงค์) โดยใช้ปืนลูกซองจีโนมทั้งวิธีใน virion ดีเอ็นเอ กลุ่มแบบฟอร์มกลมถูก 139,793 bp ความยาวเนื้อหา 49% G C มันมีอยู่ 120 เฟรมการคาดการณ์เปิดอ่าน (ORFs) กับรหัสความจุตั้งแต่ 62-1268 อะมิโนกรด จำนวน 21% (25 ของ 120) ของ ORFs ระบุวัตถุประสงค์ที่อยู่ในอื่น ๆ ห้า sequenced iridovirus genomesรวมถึงการจำลองดีเอ็นเอ ถอดรหัส เมแทบอลิซึมของนิวคลีโอไทด์ โปรตีนดัดแปลง โครง สร้างไวรัส และโฮสต์ไวรัสยีนการโต้ตอบ นิวคลีโอไทด์ของจีโนมทั้งแพร์ไวส์เปรียบเทียบแสดงให้เห็นว่า ไวรัสที่ระบุวัตถุประสงค์colinear บางส่วนกับคู่ของ ranaviruses ก่อนหน้านี้ตามลำดับ (ATV และ TFV) ลำดับวิเคราะห์เปิดเผยว่า ที่ระบุวัตถุประสงค์มีหลายคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งแตกต่างจากของอื่นสมบูรณ์เรียงลำดับ iridovirus genomes: (i) ระบุวัตถุประสงค์เป็นไวรัสเหมือน ranavirus แรกซึ่งมีการเรียงลำดับอย่างสมบูรณ์และที่ติดปลานอกเหนือจากสัตว์ป่าคุ้มครอง (ii) ระบุวัตถุประสงค์คือ iridovirus สัตว์มีกระดูกสันหลังเท่านั้น โดยลำดับประวัติการทำอัณฑะและขาด methyltransferase ดีเอ็นเอ, (iii) ระบุวัตถุประสงค์ประกอบด้วยยีน phosphorylase nucleoside purineซึ่งไม่พบ ใน iridoviruses อื่น หรืออื่น ๆ ไวรัสใด ๆ, (iv) ระบุวัตถุประสงค์ประกอบด้วย 17 ชุดของลำดับซ้ำมีหน่วยพื้นฐานขนาดตั้งแต่ 9 ถึง 63 bp กระจายทั่วจีโนทั้งหมด เหล่านี้โดดเด่นสิ่งอำนวยความสะดวกที่ระบุวัตถุประสงค์เพิ่มเติมขยายความเข้าใจของโมเลกุลกิจกรรมระหว่าง ranavirus และโฮสต์และวิวัฒนาการ iridovirus

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับดีเอ็นเอที่สมบูรณ์ของปลากะรัง iridovirus (GIV) ถูกกำหนดโดยใช้ปืนลูกซองจีโนมทั้งหมด
วิธีดีเอ็นเอ virion รูปแบบจีโนมเป็นวงกลม 139,793 BP ยาวกับ 49% G? C เนื้อหา มัน
มีการคาดการณ์ 120 เฟรมเปิดอ่าน (ORFs) ที่มีความจุเข้ารหัสตั้งแต่ 62 อะมิโน 1,268
กรด รวมเป็น 21% (25 120) ของ GIV ORFs ป่าสงวนในอีกห้าจีโนม iridovirus ติดใจ
รวมทั้งจำลองดีเอ็นเอถอดความการเผาผลาญเบื่อหน่ายการปรับเปลี่ยนโปรตีนโครงสร้างไวรัสและ
ยีนปฏิสัมพันธ์ไวรัสเป็นเจ้าภาพ ทั้งจีโนมเบื่อหน่ายการเปรียบเทียบคู่แสดงให้เห็นว่าไวรัส GIV เป็น
บางส่วน colinear กับคู่ของ ranaviruses ติดใจก่อนหน้านี้ (ATV และ TFV) นอกจากนี้ลำดับ
การวิเคราะห์เปิดเผยว่า GIV ครอบครองคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์หลายอย่างที่แตกต่างจากที่อื่น ๆ สมบูรณ์
จีโนมติดใจ iridovirus: (i) GIV เป็นครั้งแรกที่ไวรัส ranavirus เหมือนที่ได้รับการจัดลำดับขั้นตอนอย่างสมบูรณ์
และที่ติดเชื้อในปลาอื่น ๆ กว่าครึ่งบกครึ่งน้ำ (ii) GIV เป็นเพียงการ iridovirus เลี้ยงลูกด้วยนมโดยไม่ต้อง CpG ลำดับ
methylation และขาดใบพัดดีเอ็นเอ (iii) GIV มี purine ยีนโฟ nucleoside
ซึ่งไม่พบใน iridoviruses อื่น ๆ หรือในไวรัสอื่น ๆ (iv) GIV มี 17 ชุดของลำดับซ้ำ
กับ ขนาดหน่วยพื้นฐานตั้งแต่ 9-63 BP, แพร่ระบาดไปทั่วทั้งจีโนม เหล่านี้ที่โดดเด่น
คุณสมบัติของ GIV ขยายความเข้าใจในเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในระดับโมเลกุลที่เกิดขึ้นระหว่าง ranavirus และของเรา
เป็นเจ้าภาพและวิวัฒนาการ iridovirus