Results: We constructed the Vaginal

Results: We constructed the Vaginal 16S rDNA Reference Database, a comprehensive and non-redundant database
of 16S rDNA reference sequences for bacterial taxa likely to be associated with vaginal health, and we developed
STIRRUPS, a new method that employs the USEARCH algorithm with a curated reference database for rapid
species-level classification of 16S rDNA partial sequences. The method was applied to two datasets of V1-V3 16S
rDNA reads: one generated from a mock community containing DNA from six bacterial strains associated with
vaginal health, and a second generated from over 1,000 mid-vaginal samples collected as part of the Vaginal
Human Microbiome Project at Virginia Commonwealth University. In both datasets, STIRRUPS, used in conjunction
with the Vaginal 16S rDNA Reference Database, classified more than 95% of processed reads to a species-level
taxon using a 97% global identity threshold for assignment.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลลัพธ์: เราสร้างช่องคลอด 16S rDNA อ้างอิงฐานข้อมูล ฐานข้อมูลครอบคลุม และไม่ซ้ำซ้อนของ 16S rDNA อ้างอิงลำดับสำหรับแบคทีเรียแท็กซ่าน่าจะเกี่ยวข้องกับสุขภาพช่องคลอด และเราได้พัฒนาสเตอร์รัปส์ วิธีการใหม่ที่ใช้อัลกอริทึม USEARCH กับฐานข้อมูลที่อ้างอิง curated สำหรับอย่างรวดเร็วการจัดประเภทระดับชนิดของ 16S rDNA ลำดับบางส่วน วิธีการใช้การชุดข้อมูลสองชุดของ V1 V3 16Sอ่าน rDNA: หนึ่งที่สร้างขึ้นจากชุมชนจำลองที่ประกอบด้วยดีเอ็นเอจากสายพันธุ์แบคทีเรียหกเกี่ยวข้องกับช่องคลอด และสุขภาพที่สองที่สร้างขึ้นจากกว่า 1,000 ตัวอย่างกลางช่องคลอดเก็บรวบรวมเป็นส่วนหนึ่งของช่องคลอดโครงการ Microbiome มนุษย์มหาวิทยาลัยในมลรัฐเวอร์จิเนีย ในทั้งสองชุดข้อมูล สเตอร์รัปส์ ใช้ร่วมกับช่องคลอด 16S rDNA อ้างอิงฐานข้อมูลให้ทำ จัดกว่า 95% ของการอ่านดำเนินการระดับชนิดมันใช้เกณฑ์เอกลักษณ์สากล 97% การกำหนด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผลการศึกษา: เราสร้างช่องคลอด 16S rDNA
ฐานข้อมูลอ้างอิงฐานข้อมูลที่ครอบคลุมและไม่ซ้ำซ้อนของ16S rDNA
ลำดับการอ้างอิงสำหรับแท็กซ่าแบคทีเรียมีแนวโน้มที่จะเกี่ยวข้องกับสุขภาพในช่องคลอดและเราพัฒนาโกลนวิธีการใหม่ที่มีพนักงานอัลกอริทึมUSEARCH ที่มี curated
ฐานข้อมูลอ้างอิงสำหรับการอย่างรวดเร็วการจำแนกสายพันธุ์ระดับของ16S rDNA ลำดับบางส่วน วิธีการที่ถูกนำไปใช้สองชุดข้อมูลของ V1-V3 16S
rDNA อ่าน:
หนึ่งที่เกิดจากชุมชนจำลองที่มีดีเอ็นเอจากหกสายพันธุ์แบคทีเรียที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพในช่องคลอดและเป็นครั้งที่สองที่สร้างขึ้นจากกว่า1,000
ตัวอย่างกลางช่องคลอดที่เก็บรวบรวมเป็นส่วนหนึ่งของช่องคลอดของมนุษย์โครงการ microbiome ที่มหาวิทยาลัยเวอร์จิเนียคอมมอน ในชุดข้อมูลทั้งโกลนใช้ร่วมกับช่องคลอด 16S rDNA ฐานข้อมูลอ้างอิงจัดขึ้นกว่า 95% ของการประมวลผลที่จะอ่านเป็นสายพันธุ์ที่ระดับแท็กซอนโดยใช้เกณฑ์ตัวทั่วโลก97% สำหรับการมอบหมาย