Identification of the selected fung

Identification of the selected fungus by ITS-DNA sequence
The selected fungus strain was identified based on both microscopic
morphology and analysis of the nucleotide sequence of the
ITS1-5.8-ITS2 ribosomal RNA region. The genomic DNA was
extracted from the fungal cells using the methods of phenolcloroform.
The primers ITS1 (50-30) TCCGTAGGTGAACCTGCGG and
ITS4 (50-30) TCCTCCGCTTATTGATATGC were used to amplify the
region (630 pb) from total cellular DNA. Amplification began with a
DNA denaturation step for 5 min at 94 C; the following cycles
included 45 s denaturation at 94 C, 45 s annealing at 50 C and
1 min extension at 72 C and were repeated 30 times. Primer
extension at 72 C for 5 min completed the final cycle. PCR products
were analyzed and further purified by electrophoresis on 1.2%
agarose gels.
The final sequence of the purified ampliconwas compared to the
international database Genbank/EMBL/DDBJ with the BLAST homology
search program at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
(Zhang et al., 2000). Homologous sequences of appropriate quality
were downloaded for further cladistic analysis. Experimental
and downloaded sequences were aligned with clustral X
(Thompson and Gibson, 1997). The sequences were further visually
aligned with a text editor. The phylogenetic tree was constructed
with Clustral X software using the neighbor-joining method.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสของเชื้อราเลือกโดยลำดับของดีเอ็นเอพบสายพันธุ์เชื้อราเลือกอิงทั้งด้วยกล้องจุลทรรศน์สัณฐานวิทยาและการวิเคราะห์ลำดับของนิวคลีโอไทด์ภูมิภาคที่ ITS1-5.8-ITS2 ribosomal RNA เป็นดีเอ็นเอออกสกัดจากเซลล์เชื้อราโดยใช้วิธีการของ ph enolcloroformไพรเมอร์ ITS1 TCCGTAGGTGAACCTGCGG (50-30) และITS4 TCCTCCGCTTATTGATATGC (50-30) ใช้ในการขยายการภูมิภาค (630 pb) จากดีเอ็นเอเซลล์รวมกัน เริ่มขยายตัวขั้นตอนการแปรสภาพ DNA 5 นาทีที่ 94 C รอบต่อไปรวม 45 s แปรสภาพที่ 94 C, s 45 การหลอมที่ 50 C และนามสกุล 1 นาทีที่ 72 C และถูกทำซ้ำ 30 ครั้ง สีรองพื้นนามสกุล 72 c เป็นเวลา 5 นาทีเสร็จรอบสุดท้าย ผลิตภัณฑ์ PCRวิเคราะห์ และเพิ่มเติม บริสุทธิ์ โดยอิ 1.2%agarose เจลำดับสุดท้ายของ ampliconwas บริสุทธิ์ที่เปรียบเทียบกับการฐานข้อมูลนานาชาติ Genbank/EMBL/DDBJ ด้วย homology ระเบิดค้นหาโปรแกรมที่ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/(Zhang et al. 2000) ลำดับเซทจะมีคุณภาพที่เหมาะสมดาวน์โหลดสำหรับรูปพรรณเพิ่มเติม ทดลองและดาวน์โหลดลำดับสอดคล้องกับ clustral X(ทอมป์สันและกิบสัน 1997) ลำดับที่ถูกเพิ่มเติมด้วยภาพสอดคล้องกับตัวแก้ไขข้อความ สร้างต้นไม้ผลClustral X ซอฟต์แวร์ที่ใช้วิธีเข้าร่วมบ้าน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวของเชื้อราที่เลือกโดยการลำดับดีเอ็นเอ
สายพันธุ์เชื้อราเลือกที่ถูกระบุขึ้นอยู่กับทั้งสองด้วยกล้องจุลทรรศน์
สัณฐานวิทยาและการวิเคราะห์ลำดับเบสของ
ITS1-5.8-ITS2 โซมอลภูมิภาคอาร์เอ็นเอ ดีเอ็นเอจีโนมถูก
สกัดจากเซลล์ของเชื้อราโดยใช้วิธีการของ ph? enolcloroform ได้.
ไพรเมอร์ ITS1 (50-30) และ TCCGTAGGTGAACCTGCGG
ITS4 (50-30) TCCTCCGCTTATTGATATGC ถูกนำมาใช้เพื่อขยาย
ภูมิภาค (630 Pb) จากดีเอ็นเอของโทรศัพท์มือถือทั้งหมด ขยายเริ่มต้นด้วย
ขั้นตอนดีเอ็นเอ denaturation เวลา 5 นาทีที่ 94 องศาเซลเซียส; รอบต่อไป
รวม 45 s denaturation ที่ 94? C, 45 s การอบที่ 50 องศาเซลเซียสและ
1 ส่วนขยายนาทีที่ 72 องศาเซลเซียสและมีการทำซ้ำ 30 ครั้ง ไพรเมอร์
ส่วนขยายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาทีเสร็จสิ้นกระบวนการสุดท้าย ผลิตภัณฑ์พีซีอาร์
ถูกนำมาวิเคราะห์และต่อบริสุทธิ์โดย electrophoresis บน 1.2%
เจล agarose.
ลำดับสุดท้ายของ ampliconwas บริสุทธิ์เมื่อเทียบกับ
ฐานข้อมูลสากล Genbank / EMBL / DDBJ กับระเบิดที่คล้ายคลึงกัน
โปรแกรมค้นหาได้ที่ http: //www.ncbi.nlm.nih .gov / ระเบิด /
(Zhang et al., 2000) ลำดับที่คล้ายคลึงกันที่มีคุณภาพที่เหมาะสม
ถูกดาวน์โหลดสำหรับการวิเคราะห์ cladistic เพิ่มเติม การทดลอง
ลำดับและดาวน์โหลดถูกสอดคล้องกับ clustral X
( ธ อมป์สันและกิบสัน, 1997) ลำดับต่อไปถูกสายตา
สอดคล้องกับโปรแกรมแก้ไขข้อความ phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้น
พร้อมกับซอฟต์แวร์ Clustral X โดยใช้วิธีเพื่อนบ้านเข้าร่วม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจำแนกชนิดของเชื้อรา โดยเลือกลำดับ its-dnaเชื้อราสายพันธุ์ถูกระบุตามทั้งขนาดจิ๋วสัณฐานวิทยาและการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของits1-5.8-its2 โชเน็นจัมป์ภูมิภาค ดีเอ็นเอจีโนมคือสารสกัดจากเชื้อราเซลล์โดยใช้วิธีการ phenolcloroform .ไพรเมอร์ its1 ( 50-30 ) tccgtaggtgaacctgcgg และits4 ( 50-30 ) tcctccgcttattgatatgc ถูกใช้เพื่อขยายภูมิภาค ( 630 PB ) จากดีเอ็นเอทั้งหมดของเซลล์ เริ่มด้วยเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอ ( ขั้นตอนที่ 5 นาทีที่ 94 c ; รอบต่อไปนี้รวม 45 S 45 S ( ที่ 94 องศาเซลเซียส อบอ่อนที่อุณหภูมิ 50 องศาเซลเซียส1 นาทีที่ 72 องศาเซลเซียส และมีนามสกุลซ้ำ 30 ครั้ง ไพรเมอร์นามสกุลที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที เสร็จรอบสุดท้าย ผลิตภัณฑ์ PCRวิเคราะห์และเพิ่มเติมบริสุทธิ์โดยวิธีอิเล็กโทรโฟรีซีสบน 1.2 %กาโรสเจลลำดับสุดท้ายของบริสุทธิ์ ampliconwas เมื่อเทียบกับฐานข้อมูลนานาชาติ 5% / สัตว / ddbj ด้วยระเบิดเป็นค้นหาโปรแกรมที่ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/( Zhang et al . , 2000 ) โฮโมโลกัส ลำดับคุณภาพที่เหมาะสมถูกดาวน์โหลดเพื่อการวิเคราะห์ cladistic เพิ่มเติม ทดลองและดาวน์โหลดลำดับ ชิดกับ clustral x( ทอมป์สันและกิ๊บสัน , 1997 ) ลำดับได้ มองเห็นสอดคล้องกับโปรแกรมแก้ไขข้อความ ต้นไม้ชนิดที่ถูกสร้างขึ้นกับเพื่อนบ้านร่วม clustral X ซอฟต์แวร์ที่ใช้วิธี