Although the variance explained by

Although the variance explained by the first two components (49.06%) was relatively low, the PCoA analysis at population level suggested that populations were more or less closely related to the species to which they belong based on the PCoA graph (Fig. 3). The species that appeared clearly isolated from the rest were C. heldreichii and C. brunnea. Regarding C. chrysocephala, PCoA confirmed the splitting of the populations of this species into two groups, as already detected by Structure (Fig. 2). The position of population CHR1 in an intermediate position between CHR2 and MES would match the admixture results from Structure. The Mantel test indicated that there is a significant correlation between genetic differentiation and the log of geographic distance (r = 0.365, P = 0.006; Supplementary Fig. S3), suggesting a pattern of isolation by distance across all populations. The BayesAss analysis revealed an almost total absence of recent gene flow among populations. All but one m pairwise values were at least one order of magnitude below 0.099, the cut-off value to distinguish real migration from noise (Table 4). Detectable recent gene flow seems only to occur in populations BRU2 to BRU1 of C. brunnea (m = 0.244; Table 4). Regarding historical gene flow as estimated with MIGRATE-N (those occurring during the coalescent period of ca. 4Ne generations), Nm values were generally low, ranging from 0.050 to 2.543, and averaging 0.534 (Table 5). Only 29 of the pairwise estimates of Nm (13.88% of the possible cases) were above 1.0 (the cut-off value to prevent divergence due to genetic drift; Wright, 1931). Total immigration rates were highest in HEL, MES, and PRI1 (all with Nm > 10), and lowest in BRU2, CHR3, and PRI2 (all with Nm < 4); total emigration rates were highest in CHR1, BRU1, and CHR5 (all with Nm > 10), and lowest in PRI2, CHR3 and DEU1 (all of them with Nm < 5; Table 5). Most of gene flow values between pairs of populations were highly asymmetrical (Table 5 and Supplementary Table S4, Supplementary Fig. S4).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แม้ว่าความแปรปรวนที่อธิบาย โดยคอมโพเนนต์สอง (49.06%) ค่อนข้างต่ำ วิเคราะห์ PCoA ระดับประชากรแนะนำว่า ประชากรน้อยอย่างใกล้ชิดเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ที่พวกเขาอยู่ตามกราฟ PCoA (Fig. 3) สายพันธุ์ที่ปรากฏชัดเจนแยกจากส่วนเหลือถูก C. heldreichii และ C. brunnea เกี่ยวกับ C. chrysocephala, PCoA ยืนยันแบ่งประชากรของนกชนิดนี้เป็นกลุ่มที่สอง เป็นตรวจจับโครงสร้าง (Fig. 2) ตำแหน่งของประชากร CHR1 ในตำแหน่งตัวกลางระหว่าง CHR2 MES จะตรงกับผลผลิตจากโครงสร้าง การทดสอบหิ้งระบุว่า มีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญระหว่างการสร้างความแตกต่างทางพันธุกรรมและบันทึกระยะทางทางภูมิศาสตร์ (r = 0.365, P = 0.006 ฟิกเสริม S3), แนะนำแบบแยกโดยระยะห่างระหว่างประชากรทั้งหมด การวิเคราะห์ของ BayesAss เปิดเผยการขาดงานรวมเกือบล่าสุดส่งยีนระหว่างประชากร แต่ค่าแพร์ไวส์ m หนึ่งน้อยหนึ่งสั่งของขนาดด้านล่าง 0.099 ค่าตัดเพื่อแยกย้ายจริงจากเสียง (ตาราง 4) ได้ ลำดับยีนที่ล่าสุดอาสาน่าเท่านั้นที่จะ เกิดขึ้นในประชากร BRU2 เพื่อ BRU1 C. brunnea (m = 0.244 ตาราง 4) เกี่ยวกับกระแสระดับประวัติศาสตร์ยีนเป็นประเมินกับ N ย้าย (ผู้ที่เกิดในช่วงเวลา coalescent ของ ca รุ่น 4Ne), ค่า Nm ได้โดยทั่วไปต่ำ ตั้งแต่ 0.050 2.543 และหาค่าเฉลี่ย 0.534 (ตาราง 5) ได้ 29 เท่าของค่าประมาณแพร์ไวส์ Nm (13.88% กรณีได้) ข้างต้น 1.0 (ตัดค่าป้องกัน divergence จากพันธุดริฟท์ ไรท์ 1931) ตรวจคนเข้าเมืองรวมราคาถูกสุดในด้อย MES และ PRI1 (พร้อม Nm > 10), และต่ำสุดใน BRU2, CHR3 และ PRI2 (พร้อม Nm < 4); ราคา emigration รวมได้สูงสุดใน CHR1, BRU1 และ CHR5 (พร้อม Nm > 10), และต่ำสุดใน PRI2, CHR3 และ DEU1 (ทั้งหมดด้วย Nm < 5 ตาราง 5) ส่วนใหญ่ค่ากระแสยีนระหว่างคู่ของประชากรมีสูง asymmetrical (ตาราง 5 กเสริมตาราง S4 ฟิกเสริม S4)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แม้ว่าความแปรปรวนอธิบายโดยสองคนแรกส่วนประกอบ (49.06%) เป็นที่ค่อนข้างต่ำการวิเคราะห์ PCoA ในระดับประชากรที่ชี้ให้เห็นว่าประชากรมีมากหรือน้อยที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับสายพันธุ์ที่พวกเขาอยู่บนพื้นฐานของรูปแบบของกราฟ PCoA (รูปที่. 3) สายพันธุ์ที่แยกได้ปรากฏอย่างชัดเจนจากส่วนที่เหลือเป็นซี heldreichii และ C brunnea เกี่ยวกับ chrysocephala ซี PCoA ยืนยันแยกของประชากรของสายพันธุ์นี้เป็นสองกลุ่มตามที่ตรวจพบแล้วโดยโครงสร้าง (รูปที่. 2) ตำแหน่งของประชากร CHR1 ในตำแหน่งตรงกลางระหว่าง CHR2 และ mes จะตรงกับผลการผสมจากโครงสร้าง การทดสอบ Mantel ชี้ให้เห็นว่ามีความสัมพันธ์ที่สำคัญระหว่างความแตกต่างทางพันธุกรรมและการเข้าสู่ระบบของระยะทางภูมิศาสตร์ (r = 0.365, P = 0.006. เสริมรูป S3) ชี้ให้เห็นรูปแบบของการแยกของระยะทั่วประชากรทั้งหมด การวิเคราะห์ BayesAss เผยให้เห็นการขาดเกือบทั้งหมดของการไหลของยีนที่ผ่านมาในกลุ่มประชากร แต่ทุกคนม. ค่าคู่เป็นอย่างน้อยหนึ่งลำดับความสำคัญด้านล่าง 0.099 ค่าตัดที่จะแยกแยะการโยกย้ายจริงจากเสียงรบกวน (ตารางที่ 4) การไหลของยีนที่ตรวจพบเมื่อเร็ว ๆ นี้ดูเหมือนว่าจะเกิดขึ้นเฉพาะในประชากร BRU2 เพื่อ BRU1 ซี brunnea (m = 0.244; ตารางที่ 4) เกี่ยวกับการไหลของยีนประวัติศาสตร์ประมาณมีการโยกย้าย-N (ที่เกิดขึ้นในช่วงระยะเวลาของคนรุ่น Coalescent 4NE แคลิฟอร์เนีย), นิวตันเมตรค่าอยู่ในระดับต่ำโดยทั่วไปตั้งแต่ 0.050-2.543 และค่าเฉลี่ย 0.534 (ตารางที่ 5) เพียง 29 ของประมาณการจากจำนวนของนิวตันเมตร (13.88% ของกรณีที่เป็นไปได้) อยู่เหนือ 1.0 (ค่าตัดเพื่อป้องกันไม่ให้ความแตกต่างในการดริฟท์เนื่องจากพันธุกรรมไรท์, 1931) อัตราการตรวจคนเข้าเมืองรวมสูงที่สุดใน HEL, MES และ PRI1 (ทั้งหมดที่มีนิวตันเมตร> 10) และต่ำสุดในรอบ BRU2, CHR3 และ PRI2 (ทั้งหมดที่มีนิวตันเมตร <4) อัตราการอพยพรวมสูงที่สุดใน CHR1, BRU1 และ CHR5 (ทั้งหมดที่มีนิวตันเมตร> 10) และต่ำสุดในรอบ PRI2, CHR3 และ DEU1 (ทั้งหมดของพวกเขากับนิวตันเมตร <5; ตารางที่ 5) ส่วนใหญ่ของค่าการไหลของยีนระหว่างคู่ของประชากรที่ไม่สมดุลเป็นอย่างมาก (ตารางที่ 5 และตารางที่เสริม S4, เสริมรูป. S4)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แม้ว่าความอธิบายจากทั้งสองส่วนแรก ( 49.06 % ) ค่อนข้างต่ำ , pcoa การวิเคราะห์ในระดับประชากร พบว่า ประชากรมีมากกว่าหรือน้อยกว่าที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับสายพันธุ์ที่พวกเขาอยู่บนพื้นฐานของ pcoa กราฟ ( รูปที่ 3 ) ชนิดที่ปรากฏอย่างชัดเจน แยกจากส่วนที่เหลือเป็น C และ C heldreichii brunnea . chrysocephala เกี่ยวกับ C ,pcoa ยืนยันการแยกของประชากรของปลาชนิดนี้ออกเป็นสองกลุ่ม แล้วตรวจพบ โดยโครงสร้าง ( รูปที่ 2 ) ตำแหน่ง chr1 ประชากรในตำแหน่งกลางระหว่าง chr2 mes จะผสมและตรงกับผลจากโครงสร้าง หิ่งทดสอบพบว่ามีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญระหว่างความแตกต่างทางพันธุกรรม และข้อมูลทางภูมิศาสตร์ระยะทาง ( r = 0365 , p = 0.006 ; เสริมรูปที่ S3 ) แนะนำรูปแบบของการแยกโดยระยะทางทั่วทุกประชากร การวิเคราะห์ bayesass เปิดเผยเกือบทั้งหมดไม่มีการแลกเปลี่ยนยีนระหว่างประชากรล่าสุด . ทั้งหมด แต่หนึ่ง M คู่ค่าอย่างน้อยหนึ่งอันดับของขนาดด้านล่าง 0.099 , ตัดค่าแยกจริงการย้ายถิ่นจากเสียง ( ตารางที่ 4 )ค้นหาล่าสุดการไหลของยีนก็จะเกิดขึ้นในประชากร bru2 เพื่อ bru1 C . brunnea ( M = 0.244 ; ตารางที่ 4 ) เกี่ยวกับการแลกเปลี่ยนยีนประวัติศาสตร์ประมาณเป็นกับ migrate-n ( เหล่านั้นที่เกิดขึ้นในช่วงระยะเวลาการรวมตัวของ CA 4ne รุ่น ) nm มีค่าต่ำ โดยทั่วไปตั้งแต่ 0.050 ถึง 2.543 และเฉลี่ย 0.534 ( ตารางที่ 5 ) เพียง 29 ประมาณการของคู่ของ nm ( 1388% ของกรณีเป็นไปได้ ) ข้างบน 1.0 ( ตัดค่าป้องกันความแตกต่างเนื่องจากการแปรผันทางพันธุกรรม ; ไรท์ , 1931 ) อัตราการอพยพจำนวนสูงสุดในเฮเมส และ pri1 ( กับ nm > 10 ) และต่ำสุดใน bru2 chr3 , และ pri2 ( กับ nm < 4 ) ; อัตราการอพยพจำนวนสูงสุดใน chr1 bru1 , และ chr5 ( กับ nm > 10 ) และต่ำสุดใน pri2 chr3 , และ deu1 ( ทั้งหมดของพวกเขากับ nm < 5 ;ตารางที่ 5 ) ส่วนใหญ่ของการไหลของยีนค่าระหว่างคู่ของจำนวนที่ไม่สูง ( ตารางที่ 5 ตาราง S4 และเสริมเสริมภาพ S4 )