The reference is used to assemble t

The reference is used to assemble the reads, and SNPs are then called between these assembled reads. Depending on data volumes and compute infrastructure, SNP discovery generally takes between 1 and 10 hours. The SGSautoSNP algorithm uses two steps to call a SNP at each locus. Primary SNP calling requires a SNP redundancy score of at least 2. The SNP redundancy score is the minimum number of reads calling the SNP allele at the locus. As at least 2 reads are required for at least 2 cultivars to call a SNP, the minimum coverage at a locus to call a SNP is 4. After this initial SNP call, the algorithm asks if all bases within each cultivar at a locus are the same, which would be expected for homozygous genomes. This process identifies erroneously called SNPs that are due to mis-mapping of reads.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อ้างอิงที่ใช้ประกอบการอ่าน และ SNPs แล้วเรียกว่าระหว่างอ่านเหล่านี้ประกอบ ขึ้นอยู่กับปริมาณข้อมูลและโครงสร้างพื้นฐานการคำนวณ ค้นพบ SNP โดยทั่วไปใช้ระหว่าง 1 และ 10 ชั่วโมง อัลกอริทึม SGSautoSNP ใช้ขั้นตอนที่สองเรียก SNP การที่แต่ละโลกัสโพล โทรศัพท์ SNP หลักต้องคะแนนซ้ำ SNP น้อย 2 คะแนนซ้ำ SNP เป็นหัวอ่านที่เรียก SNP allele ที่โลกัสโพล อ่านน้อย 2 จำเป็นสำหรับพันธุ์น้อย 2 โทร SNP ความครอบคลุมต่ำสุดที่โลกัสโพลโทร SNP เป็น 4 หลังจากเรียก SNP นี้เริ่มต้น อัลกอริทึมถามถ้า ฐานทั้งหมดในแต่ละ cultivar ที่โลกัสโพลเท่ากัน ซึ่งจะคาดหวังใน homozygous genomes กระบวนการนี้ระบุผลเรียกว่า SNPs ที่เนื่องจากการแมปของอ่านต่อ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การอ้างอิงที่ถูกนำมาใช้ในการประกอบการอ่านและ SNPs จะเรียกว่าแล้วระหว่างเหล่านี้ประกอบอ่าน ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับปริมาณข้อมูลและคำนวณโครงสร้างพื้นฐานการค้นพบ SNP ทั่วไปจะใช้เวลาระหว่างวันที่ 1 และ 10 ชั่วโมง อัลกอริทึม SGSautoSNP ใช้ขั้นตอนที่สองจะเรียก SNP ที่ทางเดินในแต่ละ โทร SNP หลักต้องมีคะแนนซ้ำซ้อน SNP อย่างน้อย 2 คะแนนซ้ำซ้อน SNP เป็นจำนวนขั้นต่ำของการอ่านการเรียกอัลลีล SNP ที่สถานที ในฐานะที่เป็นอย่างน้อย 2 คนอ่านจะต้องอย่างน้อย 2 สายพันธุ์ที่จะเรียก SNP, ความคุ้มครองขั้นต่ำที่สถานทีที่จะเรียก SNP คือ 4 หลังจากนี้โทร SNP เริ่มต้นขั้นตอนวิธีการถามว่าฐานทั้งหมดภายในแต่ละพันธุ์ที่มีทางเดิน เดียวกันซึ่งจะได้รับการคาดว่าจีโนม homozygous กระบวนการนี​​้ระบุไม่สมควรเรียกว่า SNPs ที่เกิดจากการผิดพลาดของการทำแผนที่อ่าน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อ้างอิงที่ใช้ประกอบการอ่าน และ snps แล้วเรียกระหว่างเหล่านี้รวมตัวกันอ่าน ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับปริมาณข้อมูลและคำนวณโครงสร้าง การค้นพบ SNP ทั่วไปจะใช้เวลาระหว่าง 1 และ 10 ชั่วโมง การ sgsautosnp ขั้นตอนวิธีใช้สองขั้นตอนเพื่อเรียก SNP ในแต่ละสถานที่ . SNP เรียกหลักต้อง SNP ) คะแนนอย่างน้อย 2ส่วน SNP ) คะแนนเป็นจำนวนต่ำสุดของอ่านเรียก SNP อัลลีลที่ตน . เป็นอย่างน้อย 2 อ่านจะต้องอย่างน้อย 2 พันธุ์โทร SNP , ความคุ้มครองขั้นต่ำที่ตนเรียก SNP เป็น 4 หลังจากเริ่มต้น SNP เรียก ขั้นตอนวิธีการ ถามว่าฐานทั้งหมดภายในแต่ละพันธุ์ที่ตนอยู่เช่นเดิม ซึ่งคาดว่าจะเป็นสำหรับการทดสอบจีโนม .กระบวนการนี้เรียกว่า snps ระบุผลที่ได้จาก MIS แผนที่ของคนอ่าน