พระมหามณฑปพุทธบาท ภปร.สก. มีขนาดกว้าง 9.00 เมตร สูง 33.00 เมตร พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระนางเจ้าฯ ทรงพระมหากรุณาพระราชทานพระบรมราชานุญาต ให้อัญเชิญพระปรมาภิไธยย่อ ภปร. และพระนามาภิไธยย่อ สก. ประดิษฐานที่องค์พระมหามณฑป พระมหามณฑปพุทธบาทนี้ โปรดเกล้าฯ ให้สร้างบนพื้นที่ยอดเขา (เขาดินเดิม) เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 2 ชั้น ทรงมณฑป ชั้นล่างแบ่งเป็น 2 ตอน ตอนที่ 1 เป็นที่อยู่อาศัยของสงฆ์ ตอนที่ 2 เป็นถังเก็บน้ำสะอาดเพื่อการบริโภค ชั้นบนเป็นส่วนของอาคาร ที่จะประดิษฐานรอบพระพุทธบาทคู่ องค์พระมณฑปประดับด้วยโมเสกสีทองจรดยอด ซึ่งสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี พระราชทานโมเสกสีทอง ซึ่งรื้อมาจากการบูรณะปฏิสังขรณ์ พระเจดีย์วัดพระศรีรัตนศาสดาราม บริเวณพื้นองค์มณฑปปูด้วย หินแกรนิตไทย กำแพงแก้วทำหินล้างสีขาว ราวบันไดพญานาคขึ้นลงมณฑปประดับด้วยกระเบื้อง เคลือบเกล็ดพญานาคสีขาว ขั้นบันได 200 ขั้น ปูด้วยหินแกรนิตไทย ช่วงล่างของบันไดพญานาคสร้างศาลาทรงไทย 2 หลัง เพื่อประดิษฐานพระพุทธรูปสำคัญองค์ใหญ่ 2 องค์ พื้นที่จากเชิงเขาถึงบริเวณสร้างมณฑปพระพุทธบาท มีประมาณ 35 ไร่เศษ โปรดเกล้าฯ ให้อนุรักษ์ธรรมชาติเดิมไว้ และโปรดเกล้าฯ ให้ปลูกต้นไม้สำคัญทางพระพุทธศาสนา ให้เต็มพื้นที่จากส่วนที่มีอยู่แล้วและรอบบริเวณเขาชั้นล่าง ศิลาที่สลักรอยพระพุทธบาทนี้เป็นหินแกรนิต มีขนาดกว้าง 1.70 เมตร ยาว 2.00 เมตร หนา 2.90 เมตร มีน้ำหนักประมาณ 35 ตัน ได้นำมาจากป่าสวนยาง ข้างวัดซากไทย จังหวัดจันทบุรี บริษัทวิศวโยธาฯ (เขาชีจรรย์) จำกัด จัดถวาย ได้รับความอนุเคราะห์การขนส่งจาก ผู้บัญชาการฐานทัพเรือสัตหีบจากจังหวัดจันทบรีมาถึงวัดญาณสังวราราม ส่วนการนำหินขี้น ประดิษฐาน ณ มณฑปพระพุทธบาทนั้น กรมชลประทานเป็นผู้ดำเนินการ เจ้าพระคุณสมเด็จ พระญาณสังวร มอบหมายให้อาจารย์โหมด ว่องสวัสดิ์ ออกแบบแกะสลักและควบคุมการ แกะสลักจนแล้วเสร็จเป็นรอยพระพุทธบาทคู่ พร้อมทั้งพระสาวก 80 องค์ ลงรักปิดทองงามตระการตาอย่างยิ่งพลับพลารับเสด็จฯ ซึ่งสร้างขึ้นด้วยการใช้ต้นมะพร้าวเป็นเสา โครงหลังคงไม้มุงแฝก ให้เป็นพลับพลารับเสด็จชั่วคราว สมัยเมื่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนิน ทรงวางศิลาพระฤกษ์สร้างพระมหามณฑปพระพุทธบาท ภปร.สก. และทรงปฏิบัติพระราชกิจตาม โครงการพระราชดำริ เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2527 ซึ่งอยู่ด้านทิศตะวันออกของมณฑป ชำรุดไปตามสภาพ จึงสร้างศาลาทรงไทยแบบจตุรมุขไว้ ณ ที่พลับพลาเดิม เพื่อเป็นอนุสรณ์รำลึก ถึงพระมหากรุณาธิคุณที่ทรงโปรดพระราชทานแก่วัดญาณสังวรารามสืบต่อไป พระมหามณฑปพระพุทธบาท ภปร.สก. สร้างน้อมเกล้าฯ ถวายพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ พระผู้ทรงพระมหากรุณาธิคุณล้นกระหม่อมต่อพสกนิกรทุกหมู่เหล่า