The detection of mutant spectra wit

The detection of mutant spectra within the viral quasispecies is critical for therapeutic management of
HIV-1 infections. Routine clinical application of ultrasensitive genotyping requires reproducibility and
concordance within and between laboratories. The goal of the study was to evaluate a new protocol on
HIV-1 drug resistance testing by 454 ultra-deep pyrosequencing (454-UDS) in an international multicenter
study. Sixteen blinded HIV-1 subtype B samples were provided for 454-UDS as both RNA and
cDNA with viral titers of 88,600–573,000 HIV-1 RNA copies/ml. Eight overlapping amplicons spanning
protease (PR) codons 10–99 and reverse transcriptase (RT) codons 1–251 were generated using molecular
barcoded primers. 454-UDS was performed using the 454 Life Sciences/Roche GS FLX platform. PR
and RT sequences were analyzed using 454 Life Sciences Amplicon Variant Analyzer (AVA) software.
Quantified variation data were analyzed for intra-laboratory reproducibility and inter-laboratory concordance.
Routine population sequencing was performed using the ViroSeq HIV-1 genotyping system.
Eleven laboratories and the reference laboratory 454 Life Sciences sequenced the HIV-1 sample set. Data
presented are derived from seven laboratories and the reference laboratory since severe study protocol
execution errors occurred in four laboratories leading to exclusion. The median sequencing depth across
all sites was 1364 reads per position (IQR = 809–2065). 100% of the ViroSeq-reported mutations were
also detected by 454-UDS. Minority HIV-1 drug resistance mutations, defined as HIV-1 drug resistance
mutations identified at frequencies of 1–25%, were only detected by 454-UDS. Analysis of 10 preselected

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตรวจสอบแรมสเป็คตราเต่าภายใน quasispecies ไวรัสมีความสำคัญสำหรับการบริหารยาการติดเชื้อเอชไอวี-1 ประจำคลินิกประยุกต์ ultrasensitive genotyping ต้อง reproducibility และสอดคล้องภายใน และ ระหว่างห้องปฏิบัติการ เป้าหมายของการศึกษาคือการ ประเมินโพรโทคอลใหม่ในต้านทานยาเสพติดเอชไอวี-1 ทดสอบ โดย 454 pyrosequencing ลึก (454-ยูดีเอส) ใน multicenter การนานาชาติศึกษา สิบหกมองไม่เห็น 1 เอชไอวีชนิดย่อย B ตัวอย่างได้ใน 454-ยูดีเอสเป็นอาร์เอ็นเอทั้งสอง และcDNA กับไวรัส titers สำเนาอาร์เอ็นเอของเชื้อเอชไอวี-1 88,600-573,000 / ml. แปดทับซ้อนรัฐ ampliconscodons รติเอส (PR) 10-99 และกลับ transcriptase (RT) codons 1 – 251 ถูกสร้างโดยใช้โมเลกุลไพรเมอร์ barcoded 454-ยูดีเอสที่ดำเนินการโดยใช้แพลตฟอร์มวิทยาศาสตร์สุขภาพ/โร GS FLX 454 PRและลำดับ RT ได้วิเคราะห์โดยใช้ซอฟต์แวร์วิทยาศาสตร์ชีวิต Amplicon ตัวแปรวิเคราะห์ (เอวา) 454ข้อมูลเปลี่ยนแปลง quantified ได้วิเคราะห์ความสอดคล้อง reproducibility และห้องปฏิบัติการระหว่างห้องปฏิบัติการภายในลำดับประชากรประจำที่ดำเนินการโดยใช้ระบบ ViroSeq เอชไอวี-1 genotypingสิบเอ็ดห้องทดลองและห้องปฏิบัติการอ้างอิง 454 วิทยาศาสตร์สุขภาพเอชไอวี-1 ตัวอย่างชุดที่เรียงลำดับ ข้อมูลนำมาจากเจ็ดห้องทดลองและห้องปฏิบัติการอ้างอิงเนื่องจากโพรโทคอลการศึกษาอย่างรุนแรงเกิดข้อผิดพลาดการดำเนินการในห้องปฏิบัติการ 4 ชั้นนำไปแยก ลำดับมัธยฐานความลึกต่าง ๆเว็บไซต์ทั้งหมดอ่าน 1364 ต่อตำแหน่ง (IQR = 809 – 2065) 100% ของการกลายพันธุ์ ViroSeq รายงานได้นอกจากนี้ยัง ตรวจพบ โดย 454-ยูดีเอส ชนกลุ่มน้อยเชื้อเอชไอวี-1 ยาต้านทานกลายพันธุ์ กำหนดเป็นความต้านทานต่อยาของเชื้อเอชไอวี-1เพียงพบการกลายพันธุ์ที่ระบุที่ความถี่ 1 – 25% โดย 454-ยูดีเอส วิเคราะห์เลือก 10

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การตรวจสอบของสเปกตรัมกลายพันธุ์ภายใน quasispecies ไวรัสเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการจัดการการรักษาของ
การติดเชื้อเอชไอวี-1 ประยุกต์ใช้ทางคลินิกกิจวัตรประจำวันของ genotyping ultrasensitive ต้องทำซ้ำและ
ความสอดคล้องภายในและระหว่างห้องปฏิบัติการ เป้าหมายของการศึกษาคือการประเมินโปรโตคอลใหม่ใน
เอชไอวี 1 การทดสอบความต้านทานยาเสพติดโดย 454 pyrosequencing ลึกเป็นพิเศษ (454-UDS) ใน multicenter ระหว่างประเทศ
ศึกษา สิบหกตาบอด HIV-1 subtype B ตัวอย่างมีให้สำหรับ 454-UDS เป็นทั้งอาร์เอ็นเอและ
ยีนที่มีเชื้อไวรัสเอชไอวีของ 88,600-573,000-1 RNA copies / มิลลิลิตร แปด amplicons ที่ทับซ้อนกันซึ่งประกอบไปด้วย
โปรตีเอส (PR) codons 10-99 และ transcriptase ย้อนกลับ (RT) codons 1-251 ถูกสร้างขึ้นโดยใช้โมเลกุล
ไพรบรรณานุกรม 454-UDS ได้รับการดำเนินการโดยใช้ 454 ชีวิตวิทยาศาสตร์ / โรช GS FLX แพลตฟอร์ม PR
และลำดับ RT ถูกวิเคราะห์โดยใช้ 454 วิทยาศาสตร์สิ่งมีชีวิต Amplicon ตัวแปรวิเคราะห์ (AVA) ซอฟแวร์.
ข้อมูลการเปลี่ยนแปลงเชิงปริมาณที่ได้มาวิเคราะห์สำหรับการทำสำเนาภายในห้องปฏิบัติการและความสอดคล้องระหว่างห้องปฏิบัติการ.
ลำดับประชากรตามปกติได้รับการดำเนินการโดยใช้ระบบ genotyping ViroSeq HIV-1.
Eleven ห้องปฏิบัติการ และห้องปฏิบัติการอ้างอิง 454 วิทยาศาสตร์เพื่อชีวิตติดใจเอชไอวี 1 ชุดตัวอย่าง ข้อมูล
ที่นำเสนอจะได้มาจากเจ็ดห้องปฏิบัติการและห้องปฏิบัติการอ้างอิงตั้งแต่โปรโตคอลการศึกษารุนแรง
ข้อผิดพลาดของการดำเนินการที่เกิดขึ้นในสี่ห้องปฏิบัติการที่นำไปสู่การยกเว้น ความลึกลำดับเฉลี่ยทั่ว
เว็บไซต์ทั้งหมดเป็น 1364 อ่านต่อตำแหน่ง (IQR = 809-2065) 100% ของการกลายพันธุ์ ViroSeq รายงานถูก
นอกจากนี้ยังตรวจพบโดย 454-UDS ชนกลุ่มน้อยที่ติดเชื้อ HIV-1 กลายพันธุ์ดื้อยาหมายถึงการติดเชื้อ HIV-1 ดื้อยา
ระบุการกลายพันธุ์ที่ความถี่ของ 1-25% ถูกตรวจพบโดยเฉพาะ 454-UDS การวิเคราะห์ 10 ไว้ล่วงหน้า

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การตรวจหาไวรัสนี้กลายพันธุ์ภายใน quasispecies สำคัญสำหรับการจัดการการรักษา
เชื้อเชื้อ การประยุกต์ทางคลินิกประจำ ultrasensitive เขตต้องกระชับและ
ความสอดคล้องภายในและระหว่างห้องปฏิบัติการ เป้าหมายของการศึกษาคือ เพื่อประเมินโปรโตคอลใหม่
เชื้อดื้อยาในการทดสอบโดย 454 Ultra ไพโรซีเควนซิงลึก ( 454-uds ) ในการศึกษาสห
ระหว่างประเทศ สิบหกตาบอดในกลุ่ม B จำนวนให้ 454-uds เป็นทั้งไวรัสกับไวรัสโดย 88600
cDNA ของ ( 573000 HIV-1 RNA ในพลาสมาสำเนา / มล. แปดที่ทับซ้อนกัน amplicons สแป
i ( PR ) ras 10 – 99 และ reverse transcriptase ( RT ) ซิส 1 – 251 ถูกสร้างขึ้นโดยใช้โมเลกุล
บรรณานุกรมรองพื้น 454-uds ได้ดําเนินการโดยใช้ชีวิต 454 วิทยาศาสตร์ / โรช GS flx แพลตฟอร์ม พีอาร์
RT ลำดับและวิเคราะห์โดย 454 ชีวิตวิทยาศาสตร์และวิเคราะห์ตัวแปร ( AVA ) ซอฟต์แวร์ .
ตรวจข้อมูลการวิเคราะห์และตรวจสอบความสอดคล้องระหว่างห้องปฏิบัติการภายในห้องปฏิบัติการ การจัดลำดับขั้นตอนการปฏิบัติ
ประชากรใช้ในการอ่าน
viroseq ระบบห้องปฏิบัติการ 11 และอ้างอิงทางห้องปฏิบัติการ 454 วิทยาศาสตร์สิ่งมีชีวิตลำดับชุดตัวอย่าง 1 . ข้อมูล
นำเสนอได้มาจากเจ็ดห้องปฏิบัติการและห้องปฏิบัติการอ้างอิงตั้งแต่รุนแรงศึกษาข้อผิดพลาดเกิดขึ้นในการโพรโทคอล
4 ห้องปฏิบัติการนำไปสู่การยกเว้น ความลึกเฉลี่ยข้ามลำดับ
เว็บไซต์ทั้งหมดคือ 1 ตำแหน่ง ( อ่านต่อ iqr = 68 ( 1799 )100% ของ viroseq รายงานการกลายพันธุ์เป็น
ยังตรวจพบโดย 454-uds . เชื้อดื้อยาชนกลุ่มน้อยการกลายพันธุ์ เช่นเชื้อดื้อยา
การกลายพันธุ์ที่ระบุที่ความถี่ 1 – 25 % เท่านั้นที่ตรวจพบโดย 454-uds . การวิเคราะห์ 10 ไว้ล่วงหน้า