ยุคก่อนประวัติศาสตร์
ประเทศมาเลเซียปัจจุบันไม่ค่อยมีหลักฐานแสดงความยิ่งใหญ่ในอดีตเหมือนประเทศอื่นๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ อย่างที่ กัมพูชามีเมืองพระนคร อินโดนีเซีย มี โบโรบูตูร์ หลักฐานทางโบราณคดีเก่าแก่ที่สุดที่พบได้แก่ กระโหลกศีรษะมนุษย์ ยุคดฮโมเซเปียน ในถ้ำนียะห์ รัฐซาราวัก โรงเครื่องมือหินที่พบในโกตาตัมปัน รัฐเประ หลักฐานดังกล่าวบ่งชี้ว่ามนุษย์ในยุคแรกเริ่มของบริเวณนี้เป็นนักล่าสัตว์ และผู้ปลูกเร่ร่อนของ ยุคหินกลาง อาศัยอยู่ตามเพิงหินและถ้ำในภูเขาหินปูนของคาบสมุทร ใช้เครื่องมือหินตัดบดและล่าสัตว์ป่า ราว 2,500 ปีก่อนคริสต์ศักราช มีกลุ่มคนยุคหินใหม่อพยพมาจากจีนตอนใต้เข้ามาสู่บริเวณนี้ และด้วยความที่มีเครื่องมือทันสมัยกว่า รู้จักวิธีเพาะปลูก ในที่สุดจึงขับไล่พวกที่มาอยู่ก่อนเข้าไปในภูเขาและป่าชั้นในของแหลมมลายู หลังจากนั้นราว 300 ปีก่อนคริสต์ศักราช ก็มีกลุ่มคนยุคเหล็กและยุคสำริด ใช้ดลหะเป็นอาวุธ รู้จักค้าขาย ก็มาขับไล่พวกเดิมให้อยู่ในป่าลึกเข้าไปอีก พวกที่มาใหม่นี้ต่อมากลายเป็นบรรพบุรุษโดยตรงของชาวมาเลเซียในปัจจุบัน
มาเลเซียเคยตกเป็นเมืองขึ้นของประเทศต่างๆ ตั้งแต่ พ.ศ.2054 โดยถูก โปรตุเกส ยึดครองช่องแคบมะละกาซึ่งเป็นเส้นทางการค้าสำคัญในขณะนั้น และต่อมาตกเป็นของ ชาวดัตช์หรือเนเธอร์แลนด์
ในพ.ศ.2359 ไทยหรือสยาม ได้ ไทรบุรี (เกดะห์) กลันตันและตรังกานู เป็นเมืองขึ้น
พ.ศ.2367 อังกฤษ เข้ายึดครองต่อจากดัตช์และได้จัดตั้งเขตปกครองรวม ปีนัง มะละกา และสิงคโปร์ เรียกว่า เขตจัดตั้งช่องแคบ (The Straits Settlements)
มาเลเซียได้รับเอกราชในวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ.2500 โดยใช้ชื่อประเทศว่า สหพันธรัฐมาลายา และมีนายกรัฐมนตรีคนแรกชื่อ ตนกู อับดุล ราห์มาน
พ.ศ. 2506 ได้มีการรวมสหพันธรัฐมาลายา สิงคโปร์ ซาบาห์ บรูไนและสิงคโปร์ได้แยกตัวออกเป็นอิสระภายหลัง