ทรัพยากรธรรมชาติที่สำคัญของอินโดนีเซีย คือ ปิโตรเลียม อินโดนีเซียเป็นประเทศเดียวในเอเชียที่เป็นสมาชิกกลุ่ม OPEC ซึ่งเป็นผู้ผลิตน้ำมันรายใหญ่อันดับที่ 17 ของโลก แหล่งน้ำมันดิบส่วนใหญ่อยู่นอกชายฝั่ง โดยเกาะสุมาตราตอนกลางเป็นแหล่งผลิตน้ำมันที่ใหญ่ที่สุด ในปัจจุบันมีการสำรวจพบน้ำมันในเกาะบอร์เนียวและเกาะอิเรียนจายา ทรัพยากรที่สำคัญรองลงมา คือ ดีบุก ซึ่งมีมากที่เกาะบังกา เกาะบิลลิตัน และทางตะวันออกเฉียงใต้ของเกาะสุมาตรา แร่ธาตุอื่นที่มีอยู่บ้าง ได้แก่ นิกเกิล เหล็ก แมงกานีส ถ่านหินและทองแดง