Amplified ribosomal DNA restriction

Amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA)
and PCR-RFLP
Amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA)
and PCR restriction fragment length polymorphism
(PCR-RFLP) are fingerprinting techniques, which
involves the digestion of amplified community/pure
DNA followed by gel electrophoresis. The unique banding
patterns generated on gel can be used for microbial
identification or comparison of microbial communities
(McSweeney et al. 2007; Zhou et al. 2011). Acinas et
al. (1997) reported the use of ARDRA fingerprinting to
study spatial and temporal variation in bacterial marine
plankton diversity. Since then, it has found wider applications
as described in Tables 2 and 4. Resensbogenova
et al. (2004) applied this technique for rapid identification
and diversity analysis of rumen protozoa in sheep.
Similarly, Singh et al. (2011) studied the diversity of
rumen protozoa in Surti buffaloes based on ARDRA
and found that Dasytricha, Isotricha, Ostracodinium,
and Polyplastron were predominant. In a study aimed
to explore methanogens diversity in Murrah buffaloes
Table 4 Applications of 18S ribosomal gene-based molecular techniques for determining the population density and diversity of rumen protozoa in
domesticated and wild ruminants
Animal Molecular
techniques used
Number of
phylotypes/OTUs
Geographic
location
Dominant protozoan genera
identified/remarks
References
Cattle, sheep,
deer
PCR cloning, DGGE,
qRT-PCR
41 New Zealand Cattle: Polyplastron, Ostracodinium Kittelmann and
Deer/sheep: Epidinium, Janssen (2011)
Eudiplodinium
Cow PCR cloning 23 USA Entodinium, Dasytricha Karnati et al. (2003)
PCR cloning 37 South Korea Entodinium, Epidinium Shin et al. (2004)
qRT-PCR na USA Protozoa biomass was quantified Sylvester et al. (2004)
qRT-PCR na Canada Protozoa biomass was quantified Hook et al. (2011)
T-RFLP na Canada Entodinium Tymensen et al. (2012)
Ibex, goat PCR - DGGE 24 Spain Entodinium, Entodinium de la Fuente et al.
(2009)
Reindeer PCR-DGGE, qRT-PCR 5 Norway Entodinium, Epidinium, Isotricha Sundset et al. (2009)
Sheep PCR - ARDRA na Slovakia Entodinium, Ophryoscolex, Epidinium
Regensbogenova et al.
(2004)
qRT-PCR na Australia Entodinium Skillman et al. (2006)
PCR cloning 32 Canada Polyplastron, Entodinium Ohene-Adjei et al.
(2007)
Buffalo (Surti) ARDRA, RFLP, qRTPCR
14 India Dasytricha, Isotricha, Ostracodinium, Polyplastron
Singh et al. (2011)
Cattle (Yunnan
yellow)
PCR cloning 121 China Entodinium, Dasytricha, Isotricha, Diplodinium
Leng et al. (2011)
na not available
1144 Appl Microbiol Biotechnol (2012) 95:1135–1154by ARDRA, it was observed most of clones (66) resemble
uncultured strains, whereas 24 clones clustered
with Methanomicrobium mobile and remaining with
Methanobrevibacter spp. (Chaudhary et al. 2012).
ARDRA is preferred when the community is dominated
by few members only. However, in case of complex
communities, the comparison and interpretation of banding
patterns becomes difficult.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เอาต์ ribosomal ดีเอ็นเอจำกัดวิเคราะห์ (ARDRA)และ PCR-RFLPเอาต์ ribosomal ดีเอ็นเอจำกัดวิเคราะห์ (ARDRA)ส่วน PCR ข้อจำกัดความยาวโพลิมอร์ฟิซึมและ(PCR-RFLP) มีลายพิมพ์เทคนิค ซึ่งเกี่ยวข้องกับการย่อยอาหารของเอาต์ชุมชน/บริสุทธิ์ดีเอ็นเอตาม ด้วยเจล electrophoresis แถบเฉพาะสามารถใช้รูปแบบที่สร้างขึ้นบนเจลสำหรับจุลินทรีย์รหัสหรือเปรียบเทียบชุมชนจุลินทรีย์(McSweeney et al. 2007 โจว et al. 2011) Acinas ร้อยเอ็ดal. (1997) รายงานการใช้ ARDRA ลายพิมพ์การศึกษาการเปลี่ยนแปลงชั่วคราว และพื้นที่ในทะเลแบคทีเรียความหลากหลายทางชีวภาพของแพลงก์ตอน ตั้งแต่นั้น พบโปรแกรมประยุกต์ที่กว้างตามที่อธิบายไว้ในตาราง 2 และ 4 Resensbogenovaal. ร้อยเอ็ด (2004) ใช้เทคนิคนี้สำหรับรหัสอย่างรวดเร็วและการวิเคราะห์ความหลากหลายของโพรโทซัวต่อในแกะในทำนองเดียวกัน สิงห์ et al. (2011) ศึกษาความหลากหลายของโพรโทซัวต่อใน Surti ควายตาม ARDRAและพบว่า Dasytricha, Isotricha, Ostracodiniumและ Polyplastron ถูกกัน ในการศึกษาที่มุ่งเน้นการสำรวจความหลากหลาย methanogens ในควายมูร่าห์ตารางงาน 4 18S ribosomal ยีนตามโมเลกุลเทคนิคในการกำหนดความหนาแน่นของประชากรและความหลากหลายของโพรโทซัวต่อในบ้าน และป่า ruminantsสัตว์ระดับโมเลกุลเทคนิคที่ใช้จำนวนphylotypes/OTUsทางภูมิศาสตร์สถานที่ตั้งสกุลหลัก protozoanระบุ/หมายเหตุการอ้างอิงวัว แกะเดียร์PCR โคลน DGGEqRT PCRวัวนิวซีแลนด์ 41: Polyplastron, Ostracodinium Kittelmann และเดียร์/แกะ: Epidinium, Janssen (2011)Eudiplodiniumวัว PCR โคลน Entodinium สหรัฐอเมริกา 23, Dasytricha Karnati et al. (2003)PCR โคลน Entodinium เกาหลีใต้ 37, Epidinium ชิน et al. (2004)qRT PCR นาโพรโทซัวประเทศสหรัฐอเมริกาที่มีชีวมวล quantified ซิลเวสเตอร์ et al. (2004)qRT PCR นาชีวมวลถูกโพรโทซัวแคนาดา quantified เบ็ด et al. (2011)นา T RFLP แคนาดา Entodinium Tymensen et al. (2012)Ibex แพะ PCR - DGGE 24 Entodinium สเปน Entodinium เดอลาฟูเอนเต et al(2009)กวางขนาดใหญ่ DGGE PCR, qRT-PCR 5 นอร์เวย์ Entodinium, Epidinium, Isotricha Sundset et al. (2009)แกะ PCR - นา ARDRA สโลวาเกีย Entodinium, Ophryoscolex, EpidiniumRegensbogenova et al(2004)นา qRT PCR Skillman ออสเตรเลีย Entodinium et al. (2006)PCR โคลน Polyplastron แคนาดา 32, Entodinium Ohene-Adjei et al(2007)QRTPCR ARDRA, RFLP บัฟฟาโล (Surti)อินเดีย 14 Dasytricha, Isotricha, Ostracodinium, Polyplastronสิงห์ et al. (2011)วัว (มณฑลยูนนานสีเหลือง)PCR โคลน 121 จีน Entodinium, Dasytricha, Isotricha, Diplodiniumเล้ง et al. (2011)ไม่มีนา1144 Microbiol Biotechnol Appl (2012) 95:1135-1154by ARDRA มันถูกตรวจสอบโคลน (66) ส่วนใหญ่มีลักษณะสายพันธุ์ uncultured ในขณะที่ 24 clones จับกลุ่มมี Methanomicrobium เคลื่อนที่ และส่วนที่เหลือด้วยโอ Methanobrevibacter (Chaudhary et al. 2012)ARDRA ถูกต้องเมื่อชุมชนถูกครอบงำโดยสมาชิกเพียงเล็กน้อยเท่านั้น อย่างไรก็ตาม ในกรณีที่ซับซ้อนชุมชน การเปรียบเทียบ และตีความของแถบรูปแบบการกลายเป็นยาก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ดีเอ็นเอของไรโบโซมจำกัด ( ardra )

และการวิเคราะห์ดีเอ็นเอของไรโบโซมว่าจำกัด ( ardra )
และ PCR จำกัด fragment length polymorphism
( ว่า ) เป็นเทคนิคลายพิมพ์ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยอาหารของชุมชน /

ดีเอ็นเอบริสุทธิ์ ตามด้วยเจลขยาย . เอกลักษณ์ลวดลายที่สร้างขึ้นบนแถบ

เจลสามารถใช้จุลินทรีย์การระบุหรือการเปรียบเทียบของจุลินทรีย์ชุมชน
( mcsweeney et al . 2007 ; โจว et al . 2011 ) acinas et
อัล ( 1997 ) รายงานการใช้ ardra ลาย

ศึกษาพื้นที่และเวลาการเปลี่ยนแปลงในแบคทีเรียทะเล
แพลงก์ตอนความหลากหลาย จากนั้น ก็พบว่ามีการใช้งานที่กว้างขึ้น
ตามที่อธิบายไว้ใน ตารางที่ 2 และ 4 resensbogenova
et al . ( 2547 ) การใช้เทคนิค
อย่างรวดเร็วการวิเคราะห์ความหลากหลายของโปรโตซัวในกระเพาะแกะ
โดย Singh et al . ( 2554 ) ศึกษาความหลากหลายของโปรโตซัวใน surti
กระเพาะควายตาม ardra
และพบว่า dasytricha isotricha ostracodinium
, , , และ polyplastron เป็นเด่น ในการศึกษาครั้งนี้เพื่อศึกษาความหลากหลายของเมทาโนเจน

กระบือมูราห์การวิเคราะห์ความหลากหลายของโปรโตซัวในกระเพาะแกะ
โดย Singh et al . ( 2554 ) ศึกษาความหลากหลายของโปรโตซัวใน surti
กระเพาะควายตาม ardra
และพบว่า dasytricha isotricha ostracodinium
, , , และ polyplastron เป็นเด่น ในการศึกษาครั้งนี้เพื่อศึกษาความหลากหลายของเมทาโนเจน

กระบือมูราห์ostracodinium kittelmann
แกะและกวาง : epidinium แจนเซน ( 2011 )
,
) eudiplodinium วัวโคลนนิ่ง 23 สหรัฐอเมริกา entodinium dasytricha karnati , et al . ( 2003 )
) โคลน 37 เกาหลีใต้ entodinium epidinium ชิน , et al . ( 2004 )
ข้าพเจ้า PCR na อเมริกามีปริมาณมวลชีวภาพ ( ซิลเวสเตอร์ et al . ( 2004 )
ข้าพเจ้า PCR na แคนาดาชีวมวลโปรโตซัวถูก quantified ตะขอ et al . ( 2011 )
ตารางที่ 4 การประยุกต์ของยีน 18S ribosomal ใช้เทคนิคระดับโมเลกุลสำหรับการกำหนดประชากรและความหลากหลายของโปรโตซัวในกระเพาะสัตว์เคี้ยวเอื้อง สัตว์ป่า

โดดเด่น และใช้เทคนิคโมเลกุล

/

phylotypes จำนวนในตำแหน่งภูมิศาสตร์

เด่นโปรโตซัวสกุล / หมายเหตุอ้างอิง


ว่าโค กระบือ แกะ กวาง

โดยการโคลนนิ่ง การทดลอง

ข้าพเจ้า PCR , 41 : polyplastron โค , นิวซีแลนด์t-rflp na แคนาดา entodinium tymensen et al . ( 2012 )
Ibex แพะ PCR - การทดลอง 24 สเปน entodinium entodinium , de la Fuente et al . ( 2009 )

กวางดีเอ็นเอ 9 แถบบ่งชี้ข้าพเจ้า PCR , 5 entodinium epidinium isotricha sundset , นอร์เวย์ , et al . ( 2009 )
- ardra แกะ PCR na สโลวาเกีย entodinium ophryoscolex epidinium , ,
regensbogenova et al . ( 2004 )

ข้าพเจ้า PCR na ออสเตรเลีย entodinium Skillman et al . ( 2006 )
ดีเอ็นเอโคลนนิ่ง 32 แคนาดา polyplastron entodinium ohene , adjei et al . ( 2007 )

( surti ) ardra : ควาย , qrtpcr
14 , อินเดีย dasytricha isotricha ostracodinium , , ,
polyplastron Singh et al . ( 2011 )
โค ( Yunnan

สีเหลือง ) โดยการโคลนจีน entodinium dasytricha isotricha 121 , , ,
diplodinium เล้ง et al . ( 2011 )

1 นา ไม่สามารถใช้งาน App biotechnol ธนิดา เหรียญทอง B Sc ( 2012 ) 95:1135 – ardra 1154by ,พบที่สุดของโคลน ( 66 ) คล้าย
สายพันธุ์ไร้การศึกษา ในขณะที่ 24 โคลนเป็นกลุ่ม
กับ methanomicrobium มือถือและที่เหลือด้วย
methanobrevibacter spp . ( Chaudhary et al . 2012 )
ardra เป็นที่ต้องการเมื่อชุมชนมีการปกครอง
โดยสมาชิกน้อยเท่านั้น อย่างไรก็ตาม ในกรณีของชุมชนที่ซับซ้อน
, การเปรียบเทียบและการตีความของแถบ
รูปแบบกลายเป็นยาก