The starting structure for molecula

The starting structure for molecular dynamics for MNEI was
extracted from the protein data bank (PDB) file 1FA3, using the
first model of the NMR ensemble. Based on the evidence of comparable
fold from the NMR and circular dichroism (CD) analysis,
the model for Y65R was built on the same structure by manual
amino acid replacement. Continuum Electrostatic calculations
were realised with the H++ server (http://biophysics.cs.vt.edu/
H++), (Anandakrishnan, Aguilar, & Onufriev, 2012; Gordon,
Myers, Folta, Shoja, Heath, & Onufriev, 2005; Myers, Grothaus,
Narayanan, & Onufriev, 2006), with an external dielectric of 80,
an internal dielectric of 10 and choosing a reference pH of 5.1
and a salt concentration of 20 mM. Molecular dynamics (MD)
and trajectory analysis were performed with the software package
GROMACS 4.6.4 (Hess, Kutzner, van der Spoel, & Lindahl, 2008;
Pronk et al., 2013; Van der Spoel, Lindahl, Hess, Groenhof, Mark,
& Berendsen, 2005) using the AMBER ff03 force field (Duan
et al., 2003). The structures were protonated to reproduce pH

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

มีโครงสร้างเริ่มต้นสำหรับ dynamics โมเลกุลสำหรับ MNEIสกัดจากโปรตีนข้อมูลธนาคาร (PDB) แฟ้ม 1FA3 ใช้การรุ่นแรกของวงดนตรี NMR ตามหลักฐานการเทียบเคียงพับจาก NMR และการวิเคราะห์ dichroism กลม (ซีดี)แบบจำลองสำหรับ Y65R ถูกสร้างขึ้นบนโครงสร้างเดียวกัน โดยด้วยตนเองกรดอะมิโนแทน คำนวณงานความต่อเนื่องได้เองก็ยังคิดกับ H ++ เซิร์ฟเวอร์ (http://biophysics.cs.vt.edu/H++), (Anandakrishnan, Aguilar, & Onufriev, 2012 Gordonไมเยอร์ Folta โชจะ สุขภาพ & Onufriev, 2005 ไมเยอร์ GrothausNarayanan, & Onufriev, 2006), มี dielectric ภายนอก 80มี dielectric ภายใน 10 และการเลือกอ้างอิง pH 5.1และความเข้มข้นเกลือ 20 มม. โมเลกุล dynamics (MD)และดำเนินการวิเคราะห์วิถีกับแพคเกจซอฟต์แวร์GROMACS 4.6.4 (Hess, Kutzner, van der Spoel, & Lindahl, 2008Pronk et al., 2013 Van der Spoel, Lindahl, Hess, Groenhof เครื่องหมาย& Berendsen, 2005) ใช้แอมเบอร์ฟิลด์บังคับ ff03 (ด้วนและ al., 2003) โครงสร้างถูก protonated เพื่อสร้าง pH

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โครงสร้างเริ่มต้นสำหรับการเปลี่ยนแปลงโมเลกุล MNEI
ถูกสกัดจากโปรตีนธนาคารข้อมูล(PDB) ไฟล์ 1FA3
โดยใช้รูปแบบครั้งแรกของวงดนตรีNMR บนพื้นฐานของหลักฐานของเทียบเคียงเท่าจาก NMR และ dichroism วงกลม (CD) การวิเคราะห์แบบจำลองสำหรับY65R ถูกสร้างขึ้นบนโครงสร้างเดียวกันโดยคู่มืออะมิโนกรดแทน การคำนวณต่อเนื่องไฟฟ้าสถิตได้ตระหนักถึงกับเซิร์ฟเวอร์ H ++ (http://biophysics.cs.vt.edu/ H ++), (Anandakrishnan, อากีลาร์และ Onufriev 2012; กอร์ดอนไมเออร์, Folta, Shoja ป่าและ Onufriev 2005; ไมเออร์, Grothaus, Narayanan และ Onufriev 2006) กับอิเล็กทริกภายนอกของ 80, ฉนวนภายในของ 10 และการเลือกค่า pH 5.1 การอ้างอิงและความเข้มข้นของเกลือ20 มม การเปลี่ยนแปลงระดับโมเลกุล (MD) และการวิเคราะห์วิถีได้ดำเนินการกับแพคเกจซอฟต์แวร์GROMACS 4.6.4 (เดิม Kutzner แวนเดอร์ spoel และ Lindahl, 2008; Pronk et al, 2013;. แวนเดอร์ spoel, Lindahl, เดิม Groenhof มาร์ค , และ Berendsen, 2005) โดยใช้อำพัน ff03 สนามพลัง (Duan et al., 2003) โครงสร้างถูกโปรตอนในการทำซ้ำค่า pH

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เริ่มต้นโครงสร้างพลศาสตร์โมเลกุลเพื่อ mnei คือ
สกัดจากธนาคารข้อมูลโปรตีน ( PDB ) 1fa3 แฟ้มโดยใช้
รุ่นแรกของ NMR ประสานกัน จากหลักฐานเทียบเคียง
พับจาก NMR และการเดินสายไฟฟ้าภายในอาคาร ( CD ) การวิเคราะห์
แบบ y65r ถูกสร้างขึ้นบนโครงสร้างเดียวกัน โดยคู่มือ
กรดอะมิโนทดแทน ต่อเนื่องการคำนวณ
ไฟฟ้าสถิตเป็นตระหนักกับ H เซิร์ฟเวอร์ ( http : / / ฟิสิกส์ . cs vt.edu /
h ) , ( anandakrishnan Aguilar , & onufriev , 2012 ; กอร์ดอน
ไมเออร์ โฟต้า shoja Heath , , , & onufriev , 2005 ; ไมเออร์ grothaus นารายานัน&
, , onufriev , 2006 ) โดยมีฉนวนภายนอก 80 ,
ภายในไดอิเล็กทริกของ 10 และเลือกอ้างอิง pH 5.1
และความเข้มข้นของเกลือ 20 มม พลศาสตร์โมเลกุล ( MD )
การวิเคราะห์เส้นทางและมีการปฏิบัติกับแพคเกจซอฟต์แวร์ gromacs
4.6.4 ( Hess kutzner ฟาน เดอร์ spoel &ลินดัล , 2008 ;
pronk et al . , 2013 ; ฟาน เดอร์ spoel ลินดัล , Hess groenhof , มาร์ค ,
& berendsen , 2005 ) การใช้อำพัน ff03 สนามพลัง ( ด้วน
et al . , 2003 ) โครงสร้างเป็น protonated ผลิตอ