นปัจจุบัน แอร์เอเชียมาเลเชียมีเส้นทางบินตรงสู่ 58 จุดหมายปลายทาง ครอบคลุมประเทศในกลุ่มอาเซียน เอเชียตะวันออก เอเชียใต้ และ ออสเตรเลีย ด้วยฐานการบินหลักจาก ท่าอากาศยานนานาชาติกัวลาลัมเปอร์ อาคาร LCCT
แอร์เอเชียมาเลเชีย ได้ทำการบินไปยังจุดหมายปลายทางดังต่อไปนี้
มาเลเซีย ประเทศมาเลเซีย
กัวลาลัมเปอร์ - ท่าอากาศยานนานาชาติกัวลาลัมเปอร์ ฐานการบินหลัก
ปีนัง - ท่าอากาศยานนานาชาติปีนัง ฐานการบินหลัก
ยะโฮร์บาห์รู - ท่าอากาศยานนานาชาติเซนัยฐานการบินหลัก
โกตากินะบะลู - ท่าอากาศยานนานาชาติโกตากินะบะลู ฐานการบินหลัก
อลอร์สตาร์ - ท่าอากาศยานอลอร์สตาร์
บินตูลู - ท่าอากาศยานบินตูลู
โกตาบารู - ท่าอากาศยานโกตาบารู
กัวลาตรังกานู - ท่าอากาศยานกัวลาตรังกานู
ลาบวน - ท่าอากาศยานลาบวน
มิริ - ท่าอากาศยานมิริ
กูชิง - ท่าอากาศยานนานาชาติกูชิง
ซานดากัน - ท่าอากาศยานซานดากัน
ซิบู - ท่าอากาศยานซิบู
ตาเวา - ท่าอากาศยานตาเวา
เกาะลังกาวี - ท่าอากาศยานนานาชาติลังกาวี
ไทย ประเทศไทย
กรุงเทพมหานคร - ท่าอากาศยานดอนเมือง
ภูเก็ต - ท่าอากาศยานภูเก็ต
หาดใหญ่ - ท่าอากาศยานหาดใหญ่
กระบี่ - ท่าอากาศยานนานาชาติกระบี่
เชียงใหม่ - ท่าอากาศยานเชียงใหม่
สุราษฎร์ธานี - ท่าอากาศยานนานาชาติสุราษฎร์ธานี
พัทยา - ท่าอากาศยานนานาชาติอู่ตะเภา
อุดรธานี - ท่าอากาศยานนานาชาติอุดรธานี
อินโดนีเซีย สาธารณรัฐอินโดนีเซีย
บันดาร์อาเจะห์ - ท่าอากาศยานนานาชาติ สุลต่านอีสกันดาร์มูด้า
เมดาน - ท่าอากาศยานนานาชาติกัวลานามู
เปกันบารู - ท่าอากาศยานนานาชาติ สุลต่าน Syarif Qasim
ปาดัง - ท่าอากาศยานนานาชาติปาดัง
ปาเล็มบัง - ท่าอากาศยานนานาชาติปาเล็มบัง
จาการ์ตา - ท่าอากาศยานนานาชาติซูการ์โน-ฮัตตา
บันดุง - ท่าอากาศยานนานาชาติฮุสเซอิน ซัสตราเนการ่า
ยอกยาการ์ตา - ท่าอากาศยานนานาชาติอดิสุจิบโต
เซมารัง - ท่าอากาศยานนานาชาติ Achmad Yani
สุราบายา - ท่าอากาศยานนานาชาติจวนดา
บาหลี - ท่าอากาศยานนานาชาติงูระห์ไร เดนปาซาร์
ลอมบอก - ท่าอากาศยานนานาชาติลอมบอก
บาลิก์ปาปัน - ท่าอากาศยานนานาชาติบาลิก์ปาปัน
มากัสซาร์ - ท่าอากาศยานนานาชาติมากัสซาร์ อูจุง ปาดัง
โซโล (สุราการ์ตา) - ท่าอากาศยานนานาชาติโซโล(Adisumarmo)
สิงคโปร์ สาธารณรัฐสิงคโปร์
สิงคโปร์ - ท่าอากาศยานสิงคโปร์ชางงี
บรูไน ประเทศบรูไน
บันดาร์เสรีเบกาวัน - ท่าอากาศยานนานาชาติบันดาร์เสรีเบกาวัน
ฟิลิปปินส์ ประเทศฟิลิปปินส์
กรุงมะนิลา - สนามบินนานาชาติคลาร์ค
ประเทศพม่า ประเทศพม่า
ย่างกุ้ง - ท่าอากาศยานนานาชาติย่างกุ้ง
ลาว ประเทศลาว
เวียงจันทน์ - ท่าอากาศยานนานาชาติวัตไต
เวียดนาม สาธารณรัฐสังคมนิยมเวียดนาม
ฮานอย - ท่าอากาศยานนานาชาตินอยไบ
โฮจิมินห์ซิตี - ท่าอากาศยานนานาชาติเติ่นเซินเญิ้ต
ประเทศกัมพูชา ประเทศกัมพูชา
พนมเปญ - ท่าอากาศยานนานาชาติโปเชนตง
เสียมราฐ - ท่าอากาศยานนานาชาติเสียมเรียบ
ประเทศจีน สาธารณรัฐประชาชนจีน
กวางโจว - ท่าอากาศยานนานาชาติกวางโจวไป๋หยุน
กุ้ยหลิน - ท่าอากาศยานนานาชาติกุ้ยหลิน
เซินเจิ้น - ท่าอากาศยานนานาชาติเซินเจินบาวอัน
หนานหนิง - ท่าอากาศยานนานาชาติหนานหนิง
คุนหมิง - ท่าอากาศยานนานาชาติคุนหมิงอูเจียป้า
ฮ่องกง เขตบริหารพิเศษฮ่องกง
ฮ่องกง - ท่าอากาศยานนานาชาติฮ่องกง
มาเก๊า เขตบริหารพิเศษมาเก๊า
มาเก๊า - ท่าอากาศยานนานาชาติมาเก๊า
สาธารณรัฐจีน สาธารณรัฐจีน
ไทเป - ท่าอากาศยานนานาชาติไต้หวันเถาหยวน
อินเดีย ประเทศอินเดีย
โกลกาตา - ท่าอากาศยานนานาชาติเนตาจิสุภาสจันทรโภส
เจนไน - ท่าอากาศยานนานาชาติเชนไน
บังกาลอร์ - ท่าอากาศยานนานาชาติบังกาลอร์
โกชิ - ท่าอากาศยานนานาชาติโกชิ
ติรุจิรัปปัลลิ - ท่าอากาศยานนานาชาติติรุจิรัปปัลลิ